MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli APEC O1 plasmid pAPEC-O1-R

Total Repeats: 164

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009838	TTTTG	2	10	2499	2508	0 %	80 %	20 %	0 %	157412017
2	NC_009838	CGACT	2	10	3344	3353	20 %	20 %	20 %	40 %	157412018
3	NC_009838	CTGCT	2	10	4838	4847	0 %	40 %	20 %	40 %	157412020
4	NC_009838	GACTT	2	10	9198	9207	20 %	40 %	20 %	20 %	157412025
5	NC_009838	ATGTC	2	10	10125	10134	20 %	40 %	20 %	20 %	157412025
6	NC_009838	AGTTT	2	10	10263	10272	20 %	60 %	20 %	0 %	157412025
7	NC_009838	CAAAA	2	10	16481	16490	80 %	0 %	0 %	20 %	157412026
8	NC_009838	TGATT	2	10	17008	17017	20 %	60 %	20 %	0 %	157412026
9	NC_009838	TCTTT	2	10	19554	19563	0 %	80 %	0 %	20 %	157412030
10	NC_009838	ATTTT	2	10	19971	19980	20 %	80 %	0 %	0 %	157412030
11	NC_009838	TCTTT	2	10	20187	20196	0 %	80 %	0 %	20 %	157412030
12	NC_009838	AATCG	2	10	20305	20314	40 %	20 %	20 %	20 %	157412031
13	NC_009838	AAAGT	2	10	22439	22448	60 %	20 %	20 %	0 %	157412032
14	NC_009838	AAAAG	2	10	23150	23159	80 %	0 %	20 %	0 %	157412033
15	NC_009838	CGCTT	2	10	26276	26285	0 %	40 %	20 %	40 %	157412037
16	NC_009838	TGTAA	2	10	26625	26634	40 %	40 %	20 %	0 %	157412038
17	NC_009838	TGAAA	2	10	28961	28970	60 %	20 %	20 %	0 %	157412038
18	NC_009838	CGTTG	2	10	29939	29948	0 %	40 %	40 %	20 %	157412038
19	NC_009838	AAAAG	2	10	30344	30353	80 %	0 %	20 %	0 %	157412038
20	NC_009838	GTTTC	2	10	37615	37624	0 %	60 %	20 %	20 %	157412043
21	NC_009838	ACATT	2	10	39758	39767	40 %	40 %	0 %	20 %	157412044
22	NC_009838	AACTG	2	10	41021	41030	40 %	20 %	20 %	20 %	157412045
23	NC_009838	AAACG	2	10	42873	42882	60 %	0 %	20 %	20 %	157412047
24	NC_009838	GTTTC	2	10	48337	48346	0 %	60 %	20 %	20 %	157412052
25	NC_009838	TGATG	2	10	48610	48619	20 %	40 %	40 %	0 %	157412052
26	NC_009838	ACTTT	2	10	50580	50589	20 %	60 %	0 %	20 %	157412054
27	NC_009838	AATTA	2	10	51123	51132	60 %	40 %	0 %	0 %	157412054
28	NC_009838	ACATT	2	10	51262	51271	40 %	40 %	0 %	20 %	157412055
29	NC_009838	GGGCA	2	10	51282	51291	20 %	0 %	60 %	20 %	157412055
30	NC_009838	AAGGG	2	10	51500	51509	40 %	0 %	60 %	0 %	157412055
31	NC_009838	ATGAA	2	10	52761	52770	60 %	20 %	20 %	0 %	157412056
32	NC_009838	ATTCT	2	10	53397	53406	20 %	60 %	0 %	20 %	157412057
33	NC_009838	TTTGC	2	10	54734	54743	0 %	60 %	20 %	20 %	157412058
34	NC_009838	GAAGT	2	10	55670	55679	40 %	20 %	40 %	0 %	157412059
35	NC_009838	AGAGC	2	10	58980	58989	40 %	0 %	40 %	20 %	157412065
36	NC_009838	CAGCT	2	10	59292	59301	20 %	20 %	20 %	40 %	157412065
37	NC_009838	CATGT	2	10	63916	63925	20 %	40 %	20 %	20 %	157412068
38	NC_009838	TGTTT	2	10	65652	65661	0 %	80 %	20 %	0 %	157412069
39	NC_009838	AAGGG	2	10	66254	66263	40 %	0 %	60 %	0 %	157412069
40	NC_009838	CGGTT	2	10	68457	68466	0 %	40 %	40 %	20 %	157412072
41	NC_009838	TTCAG	2	10	70092	70101	20 %	40 %	20 %	20 %	157412074
42	NC_009838	CAGGA	2	10	70523	70532	40 %	0 %	40 %	20 %	157412075
43	NC_009838	GTGGC	2	10	75136	75145	0 %	20 %	60 %	20 %	157412079
44	NC_009838	ATGTT	2	10	79871	79880	20 %	60 %	20 %	0 %	157412084
45	NC_009838	CCGTC	2	10	80552	80561	0 %	20 %	20 %	60 %	157412085
46	NC_009838	CATTT	2	10	81083	81092	20 %	60 %	0 %	20 %	157412086
47	NC_009838	TGCTC	2	10	88253	88262	0 %	40 %	20 %	40 %	157412236
48	NC_009838	AGGCC	2	10	88442	88451	20 %	0 %	40 %	40 %	157412236
49	NC_009838	TCGCG	2	10	89897	89906	0 %	20 %	40 %	40 %	157412095
50	NC_009838	AGCGA	2	10	90555	90564	40 %	0 %	40 %	20 %	157412095
51	NC_009838	GCCGC	2	10	91201	91210	0 %	0 %	40 %	60 %	157412096
52	NC_009838	GCTTC	2	10	91233	91242	0 %	40 %	20 %	40 %	157412096
53	NC_009838	GCCGT	2	10	91762	91771	0 %	20 %	40 %	40 %	157412097
54	NC_009838	GCGAA	2	10	92275	92284	40 %	0 %	40 %	20 %	157412097
55	NC_009838	AGCGC	2	10	93185	93194	20 %	0 %	40 %	40 %	157412097
56	NC_009838	GTTCG	2	10	96372	96381	0 %	40 %	40 %	20 %	157412100
57	NC_009838	GCACC	2	10	101542	101551	20 %	0 %	20 %	60 %	157412104
58	NC_009838	AGGGT	2	10	101943	101952	20 %	20 %	60 %	0 %	157412104
59	NC_009838	AGCCA	2	10	102440	102449	40 %	0 %	20 %	40 %	157412105
60	NC_009838	TCCGA	2	10	102453	102462	20 %	20 %	20 %	40 %	157412105
61	NC_009838	ATTTT	2	10	104264	104273	20 %	80 %	0 %	0 %	157412106
62	NC_009838	CAGCG	2	10	104856	104865	20 %	0 %	40 %	40 %	229776986
63	NC_009838	GGGAT	2	10	104999	105008	20 %	20 %	60 %	0 %	229776986
64	NC_009838	GTGAT	2	10	106482	106491	20 %	40 %	40 %	0 %	157412109
65	NC_009838	GAGCA	2	10	107585	107594	40 %	0 %	40 %	20 %	157412110
66	NC_009838	TAAAA	2	10	110103	110112	80 %	20 %	0 %	0 %	157412112
67	NC_009838	ATATT	2	10	110160	110169	40 %	60 %	0 %	0 %	157412112
68	NC_009838	ATTGG	2	10	113127	113136	20 %	40 %	40 %	0 %	157412113
69	NC_009838	ACTCC	2	10	113259	113268	20 %	20 %	0 %	60 %	157412113
70	NC_009838	AACAG	2	10	113481	113490	60 %	0 %	20 %	20 %	157412113
71	NC_009838	GAAAA	2	10	113493	113502	80 %	0 %	20 %	0 %	157412113
72	NC_009838	TTTGC	2	10	116789	116798	0 %	60 %	20 %	20 %	157412116
73	NC_009838	TGATC	2	10	116831	116840	20 %	40 %	20 %	20 %	157412117
74	NC_009838	TGGAG	2	10	117708	117717	20 %	20 %	60 %	0 %	157412118
75	NC_009838	GCTGC	2	10	119092	119101	0 %	20 %	40 %	40 %	157412119
76	NC_009838	GATAA	2	10	121599	121608	60 %	20 %	20 %	0 %	157412122
77	NC_009838	CTGAG	2	10	122723	122732	20 %	20 %	40 %	20 %	157412122
78	NC_009838	TGCGC	2	10	125039	125048	0 %	20 %	40 %	40 %	157412124
79	NC_009838	ACCCA	2	10	126051	126060	40 %	0 %	0 %	60 %	157412126
80	NC_009838	TGCCT	2	10	127187	127196	0 %	40 %	20 %	40 %	157412127
81	NC_009838	TCATC	2	10	129313	129322	20 %	40 %	0 %	40 %	157412127
82	NC_009838	CGAAT	2	10	130739	130748	40 %	20 %	20 %	20 %	157412128
83	NC_009838	CAACA	2	10	130898	130907	60 %	0 %	0 %	40 %	157412129
84	NC_009838	CTGTC	2	10	131260	131269	0 %	40 %	20 %	40 %	157412129
85	NC_009838	TGTGG	2	10	131484	131493	0 %	40 %	60 %	0 %	157412129
86	NC_009838	TGCGT	2	10	133288	133297	0 %	40 %	40 %	20 %	157412129
87	NC_009838	ATACG	2	10	134104	134113	40 %	20 %	20 %	20 %	157412130
88	NC_009838	TGACC	2	10	135446	135455	20 %	20 %	20 %	40 %	157412132
89	NC_009838	TGAAA	2	10	135992	136001	60 %	20 %	20 %	0 %	157412132
90	NC_009838	TAACT	2	10	139115	139124	40 %	40 %	0 %	20 %	157412135
91	NC_009838	AGGGA	2	10	139245	139254	40 %	0 %	60 %	0 %	157412135
92	NC_009838	CGATG	2	10	140332	140341	20 %	20 %	40 %	20 %	157412137
93	NC_009838	GGTCT	2	10	140639	140648	0 %	40 %	40 %	20 %	157412137
94	NC_009838	CATGA	2	10	141927	141936	40 %	20 %	20 %	20 %	157412138
95	NC_009838	TAAAC	2	10	144303	144312	60 %	20 %	0 %	20 %	157412140
96	NC_009838	CAGAC	2	10	145651	145660	40 %	0 %	20 %	40 %	157412141
97	NC_009838	ACCAC	2	10	145826	145835	40 %	0 %	0 %	60 %	157412141
98	NC_009838	GGTGT	2	10	146023	146032	0 %	40 %	60 %	0 %	157412141
99	NC_009838	AATTC	2	10	146451	146460	40 %	40 %	0 %	20 %	157412142
100	NC_009838	GATAT	2	10	148357	148366	40 %	40 %	20 %	0 %	157412143
101	NC_009838	TGCTC	2	10	153767	153776	0 %	40 %	20 %	40 %	157412149
102	NC_009838	AGGCC	2	10	153956	153965	20 %	0 %	40 %	40 %	157412149
103	NC_009838	ACTTT	2	10	155088	155097	20 %	60 %	0 %	20 %	157412151
104	NC_009838	TGTGG	2	10	155273	155282	0 %	40 %	60 %	0 %	157412151
105	NC_009838	ACATA	2	10	157963	157972	60 %	20 %	0 %	20 %	157412154
106	NC_009838	CAGGC	2	10	158220	158229	20 %	0 %	40 %	40 %	157412155
107	NC_009838	TTTTG	2	10	159062	159071	0 %	80 %	20 %	0 %	157412156
108	NC_009838	TCCAT	2	10	163185	163194	20 %	40 %	0 %	40 %	157412160
109	NC_009838	CCTGA	2	10	163261	163270	20 %	20 %	20 %	40 %	157412160
110	NC_009838	GTCAC	2	10	164694	164703	20 %	20 %	20 %	40 %	157412160
111	NC_009838	AAGCA	2	10	165101	165110	60 %	0 %	20 %	20 %	157412160
112	NC_009838	TGACA	2	10	166726	166735	40 %	20 %	20 %	20 %	157412161
113	NC_009838	GAAAG	2	10	167198	167207	60 %	0 %	40 %	0 %	157412161
114	NC_009838	TTGCA	2	10	167214	167223	20 %	40 %	20 %	20 %	157412161
115	NC_009838	GCTGA	2	10	167959	167968	20 %	20 %	40 %	20 %	157412162
116	NC_009838	GCCTG	2	10	168591	168600	0 %	20 %	40 %	40 %	157412162
117	NC_009838	GTTTT	2	10	169671	169680	0 %	80 %	20 %	0 %	157412163
118	NC_009838	GTATT	2	10	169734	169743	20 %	60 %	20 %	0 %	157412163
119	NC_009838	TTTCC	2	10	170371	170380	0 %	60 %	0 %	40 %	157412164
120	NC_009838	CAACT	2	10	172296	172305	40 %	20 %	0 %	40 %	157412166
121	NC_009838	TCTCA	2	10	172657	172666	20 %	40 %	0 %	40 %	157412167
122	NC_009838	TTCTA	2	10	173484	173493	20 %	60 %	0 %	20 %	157412167
123	NC_009838	TTGGT	2	10	176341	176350	0 %	60 %	40 %	0 %	157412168
124	NC_009838	AGCAG	2	10	178952	178961	40 %	0 %	40 %	20 %	157412170
125	NC_009838	CAGTT	2	10	179412	179421	20 %	40 %	20 %	20 %	157412170
126	NC_009838	GCTAT	2	10	182926	182935	20 %	40 %	20 %	20 %	157412175
127	NC_009838	TCATC	2	10	184675	184684	20 %	40 %	0 %	40 %	157412177
128	NC_009838	TTCAT	2	10	186528	186537	20 %	60 %	0 %	20 %	157412181
129	NC_009838	CAGGA	2	10	187893	187902	40 %	0 %	40 %	20 %	157412182
130	NC_009838	GATGG	2	10	192031	192040	20 %	20 %	60 %	0 %	157412189
131	NC_009838	GATCT	2	10	195654	195663	20 %	40 %	20 %	20 %	157412193
132	NC_009838	ATTTC	2	10	198392	198401	20 %	60 %	0 %	20 %	157412198
133	NC_009838	CAGCT	2	10	198652	198661	20 %	20 %	20 %	40 %	157412198
134	NC_009838	CACAC	2	10	199395	199404	40 %	0 %	0 %	60 %	157412200
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.