MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Escherichia coli APEC O1 plasmid pAPEC-O1-R

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009838	TTAT	2	8	920	927	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009838	CATT	2	8	1058	1065	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_009838	TCAT	2	8	1177	1184	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_009838	TTTG	2	8	1194	1201	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009838	GAAT	2	8	1525	1532	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009838	ATGA	2	8	1592	1599	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009838	TGTA	2	8	1616	1623	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009838	AGAT	2	8	1688	1695	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009838	TAAT	2	8	11769	11776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009838	GGAC	2	8	14206	14213	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_009838	AAAC	2	8	16102	16109	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_009838	TTAC	2	8	21325	21332	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_009838	AAGG	2	8	23475	23482	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009838	ATGA	2	8	40614	40621	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009838	CTTC	2	8	40658	40665	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_009838	ACCC	2	8	42003	42010	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
17	NC_009838	AAAT	2	8	44328	44335	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009838	TGCT	2	8	49505	49512	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_009838	TAAA	2	8	49517	49524	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009838	TTGG	2	8	54154	54161	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009838	ATCT	2	8	55376	55383	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_009838	GTTC	2	8	61426	61433	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_009838	CAGT	2	8	63098	63105	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_009838	TCTG	2	8	67482	67489	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_009838	TTAA	2	8	68779	68786	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009838	TATG	2	8	69675	69682	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009838	ATTT	2	8	76800	76807	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009838	TCAA	2	8	81751	81758	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_009838	AAAG	2	8	83432	83439	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009838	TTAT	2	8	83480	83487	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009838	TCAC	2	8	84127	84134	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_009838	AGTA	2	8	84768	84775	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009838	GGTT	2	8	89190	89197	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009838	TCGC	2	8	89334	89341	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_009838	ATTC	2	8	89351	89358	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_009838	GAAG	2	8	98971	98978	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009838	CAAG	2	8	100712	100719	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_009838	CAGC	2	8	106320	106327	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_009838	CTGG	2	8	108892	108899	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_009838	TACT	2	8	109080	109087	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_009838	GCTG	2	8	115865	115872	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_009838	ATCT	2	8	118032	118039	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_009838	AACC	2	8	118194	118201	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_009838	AGTT	2	8	118205	118212	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009838	ATTT	2	8	125280	125287	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009838	TAAA	2	8	138051	138058	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009838	ATTG	2	8	141685	141692	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009838	GCCC	2	8	147958	147965	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
49	NC_009838	ATCT	2	8	149754	149761	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_009838	TTTA	2	8	149856	149863	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009838	GAAG	2	8	150651	150658	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009838	TTGT	2	8	152487	152494	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009838	TATT	2	8	152856	152863	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009838	GACA	2	8	153125	153132	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_009838	ACTC	2	8	153168	153175	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_009838	TACA	2	8	154423	154430	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_009838	GTTA	2	8	157010	157017	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009838	GAAA	2	8	159471	159478	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009838	GATA	2	8	159482	159489	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009838	TTCT	2	8	160193	160200	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_009838	TACT	2	8	182610	182617	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_009838	ATGG	2	8	183356	183363	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009838	TCGT	2	8	183990	183997	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_009838	ATAA	2	8	185726	185733	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009838	TGTT	2	8	186003	186010	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009838	TGGT	2	8	187649	187656	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009838	AATA	2	8	188616	188623	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009838	TCAT	2	8	188673	188680	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_009838	GCTG	2	8	191742	191749	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_009838	CTGC	2	8	191809	191816	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_009838	ATTT	2	8	191835	191842	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009838	AACA	2	8	192602	192609	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_009838	CTGC	2	8	193279	193286	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_009838	CGAA	2	8	194862	194869	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_009838	GCTG	2	8	194967	194974	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_009838	TTTG	2	8	196142	196149	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009838	GAAT	2	8	196272	196279	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009838	TCGC	2	8	196513	196520	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_009838	TAAG	2	8	197374	197381	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009838	CATT	2	8	197473	197480	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_009838	TTGA	2	8	198226	198233	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009838	ACTG	2	8	198859	198866	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_009838	GTGA	2	8	199684	199691	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009838	CAGG	2	8	202946	202953	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_009838	TAAT	2	8	203766	203773	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009838	AACA	2	8	203794	203801	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_009838	AATA	2	8	204077	204084	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009838	GCTG	2	8	204109	204116	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_009838	GTAA	2	8	207304	207311	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009838	TAAA	2	8	207730	207737	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009838	ATTT	2	8	207886	207893	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009838	ATCC	2	8	208252	208259	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_009838	CACT	2	8	209679	209686	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_009838	ACTC	2	8	211224	211231	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_009838	GAAG	2	8	211250	211257	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009838	ACTC	2	8	211310	211317	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_009838	TCTT	2	8	214065	214072	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_009838	ACGG	2	8	214239	214246	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_009838	TCAG	2	8	214303	214310	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_009838	TTTC	2	8	215345	215352	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_009838	GGTT	2	8	216169	216176	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009838	AGGA	2	8	217099	217106	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009838	AATT	2	8	217222	217229	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009838	GCCC	2	8	218695	218702	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
105	NC_009838	TTTA	2	8	219221	219228	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009838	GCTT	2	8	219276	219283	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_009838	CCTT	2	8	222007	222014	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_009838	TGGC	2	8	222075	222082	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_009838	ATTC	2	8	222244	222251	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_009838	TAAA	2	8	224607	224614	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009838	TTTC	2	8	225098	225105	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_009838	GCTC	2	8	226728	226735	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_009838	TCAT	2	8	228233	228240	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_009838	TTAC	2	8	228915	228922	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_009838	GAAC	2	8	229353	229360	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_009838	CCAG	2	8	230522	230529	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_009838	TTAT	2	8	230554	230561	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009838	TAAT	2	8	233367	233374	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009838	GTTG	2	8	233534	233541	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009838	AGAA	2	8	235356	235363	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009838	TAAT	2	8	238741	238748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009838	GTGA	2	8	238867	238874	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009838	ATGC	2	8	241244	241251	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_009838	TGAA	2	8	241262	241269	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009838	AAGG	2	8	241271	241278	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.