MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli APEC O1 plasmid pAPEC-O1-ColBM

Total Repeats: 61

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009837	TCATTG	2	12	1762	1773	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	229776985
2	NC_009837	AGTAAT	2	12	1965	1976	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	229776985
3	NC_009837	GTGATG	2	12	6148	6159	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157418091
4	NC_009837	TCCTCT	2	12	6669	6680	0 %	50 %	0 %	50 %	157418092
5	NC_009837	TCAGCA	2	12	8588	8599	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157418094
6	NC_009837	GGCAGA	2	12	8993	9004	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	157418094
7	NC_009837	ACTCAG	2	12	10960	10971	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157418097
8	NC_009837	TCAGCC	2	12	10998	11009	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157418097
9	NC_009837	GGCGCT	2	12	12077	12088	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157418099
10	NC_009837	CAGGTG	2	12	12108	12119	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157418099
11	NC_009837	GCCGGA	2	12	12449	12460	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	157418099
12	NC_009837	CACTGG	2	12	13843	13854	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157418100
13	NC_009837	TGGCAG	2	12	14519	14530	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157418101
14	NC_009837	TGGAAA	2	12	26247	26258	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	157418122
15	NC_009837	GTCAAC	2	12	35233	35244	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157418133
16	NC_009837	TCTGTT	2	12	35492	35503	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	157418134
17	NC_009837	AAATAA	2	12	35618	35629	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	157418134
18	NC_009837	GGCAGG	2	12	36131	36142	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	157418136
19	NC_009837	ACAGTT	2	12	38126	38137	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157418136
20	NC_009837	ATGTGG	2	12	47313	47324	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157418141
21	NC_009837	TGGGGC	2	12	47619	47630	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	157418141
22	NC_009837	AATCCG	2	12	54708	54719	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	229776983
23	NC_009837	TGGTGA	2	12	59176	59187	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157418156
24	NC_009837	TTGGTC	2	12	60909	60920	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	157418156
25	NC_009837	AGGGGA	2	12	61468	61479	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	157418156
26	NC_009837	GTAACT	2	12	65089	65100	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157418160
27	NC_009837	CCCGTG	2	12	66378	66389	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157418161
28	NC_009837	CGGGAA	2	12	74066	74077	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	157418168
29	NC_009837	GCACCT	2	12	79365	79376	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157418176
30	NC_009837	GAAGAC	2	12	79646	79657	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	157418176
31	NC_009837	AATGGT	2	12	82020	82031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157418179
32	NC_009837	TATTTA	2	12	83487	83498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157418179
33	NC_009837	GACAGG	2	12	84523	84534	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	157418179
34	NC_009837	TCATAA	2	12	84740	84751	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	157418179
35	NC_009837	GCAGAA	2	12	86711	86722	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	157418181
36	NC_009837	CGCCAG	2	12	87532	87543	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157418182
37	NC_009837	CCGGTT	2	12	93586	93597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	157418190
38	NC_009837	CGGGCT	2	12	96707	96718	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157418193
39	NC_009837	ACTGGA	2	12	96888	96899	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157418193
40	NC_009837	GCGCTG	2	12	99764	99775	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157418199
41	NC_009837	GATGGT	2	12	101680	101691	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157418201
42	NC_009837	ATAGAT	2	12	102993	103004	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	157418202
43	NC_009837	ATTATC	2	12	111624	111635	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157418217
44	NC_009837	TTAATT	2	12	113890	113901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	157418221
45	NC_009837	TCAAAG	2	12	114980	114991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	157418221
46	NC_009837	GTTCAT	2	12	117326	117337	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	157418223
47	NC_009837	CAGTGT	2	12	117777	117788	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157418223
48	NC_009837	TCCAGT	2	12	120800	120811	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157418224
49	NC_009837	ATGGGC	2	12	130428	130439	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157418235
50	NC_009837	CTGACT	2	12	130975	130986	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157418236
51	NC_009837	CATATC	2	12	136290	136301	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157418244
52	NC_009837	TCAATT	2	12	136532	136543	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	157418244
53	NC_009837	ATGATT	2	12	141056	141067	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	157418251
54	NC_009837	CTGCCA	2	12	146067	146078	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157418254
55	NC_009837	CGGCAG	2	12	146088	146099	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	157418254
56	NC_009837	TGACAC	2	12	159205	159216	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157418270
57	NC_009837	TGGATA	2	12	159403	159414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	157418270
58	NC_009837	ACATTC	2	12	163614	163625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	157418273
59	NC_009837	GCAGAA	2	12	168124	168135	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	157418278
60	NC_009837	GACTGG	2	12	171209	171220	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157418281
61	NC_009837	ATAGCT	2	12	172981	172992	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	157418282

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.