MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli APEC O1 plasmid pAPEC-O1-ColBM

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009837	CCTTC	2	10	1556	1565	0 %	40 %	0 %	60 %	229776985
2	NC_009837	CCGCC	2	10	3850	3859	0 %	0 %	20 %	80 %	157418088
3	NC_009837	TATGC	2	10	5310	5319	20 %	40 %	20 %	20 %	157418090
4	NC_009837	GGCAC	2	10	5350	5359	20 %	0 %	40 %	40 %	157418090
5	NC_009837	GGAAG	2	10	6546	6555	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009837	GGCGG	2	10	6726	6735	0 %	0 %	80 %	20 %	157418092
7	NC_009837	ACCGG	2	10	7946	7955	20 %	0 %	40 %	40 %	157418094
8	NC_009837	CTGCC	2	10	8956	8965	0 %	20 %	20 %	60 %	157418094
9	NC_009837	AAGTG	2	10	12191	12200	40 %	20 %	40 %	0 %	157418099
10	NC_009837	CCGCC	2	10	13455	13464	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
11	NC_009837	ACTGA	2	10	13503	13512	40 %	20 %	20 %	20 %	157418100
12	NC_009837	CATTC	2	10	14391	14400	20 %	40 %	0 %	40 %	157418101
13	NC_009837	ATCAC	2	10	15319	15328	40 %	20 %	0 %	40 %	157418104
14	NC_009837	TTTAT	2	10	18425	18434	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009837	CAGGG	2	10	19981	19990	20 %	0 %	60 %	20 %	157418111
16	NC_009837	CCGTG	2	10	22146	22155	0 %	20 %	40 %	40 %	157418115
17	NC_009837	GCCCG	2	10	22661	22670	0 %	0 %	40 %	60 %	157418116
18	NC_009837	AGAGC	2	10	23497	23506	40 %	0 %	40 %	20 %	157418116
19	NC_009837	AAATG	2	10	24089	24098	60 %	20 %	20 %	0 %	157418117
20	NC_009837	TCAGT	2	10	25036	25045	20 %	40 %	20 %	20 %	157418120
21	NC_009837	TCTGA	2	10	26408	26417	20 %	40 %	20 %	20 %	157418122
22	NC_009837	TGTTC	2	10	29983	29992	0 %	60 %	20 %	20 %	157418125
23	NC_009837	AGTCC	2	10	30048	30057	20 %	20 %	20 %	40 %	157418125
24	NC_009837	GTGAA	2	10	31546	31555	40 %	20 %	40 %	0 %	157418127
25	NC_009837	GATTT	2	10	33824	33833	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009837	TTTCT	2	10	33902	33911	0 %	80 %	0 %	20 %	157418130
27	NC_009837	GCTGG	2	10	37530	37539	0 %	20 %	60 %	20 %	157418136
28	NC_009837	GCAGT	2	10	39131	39140	20 %	20 %	40 %	20 %	157418136
29	NC_009837	TAATG	2	10	40421	40430	40 %	40 %	20 %	0 %	157418137
30	NC_009837	AAATA	2	10	41510	41519	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009837	GTGCT	2	10	42710	42719	0 %	40 %	40 %	20 %	157418139
32	NC_009837	GACCT	2	10	44798	44807	20 %	20 %	20 %	40 %	157418141
33	NC_009837	GCAGC	2	10	47716	47725	20 %	0 %	40 %	40 %	157418141
34	NC_009837	TGGCC	2	10	48739	48748	0 %	20 %	40 %	40 %	157418141
35	NC_009837	ACCTG	2	10	49585	49594	20 %	20 %	20 %	40 %	157418141
36	NC_009837	AACAC	2	10	49866	49875	60 %	0 %	0 %	40 %	157418142
37	NC_009837	CTGGT	2	10	49923	49932	0 %	40 %	40 %	20 %	157418142
38	NC_009837	GTGTT	2	10	53250	53259	0 %	60 %	40 %	0 %	157418146
39	NC_009837	TCATT	2	10	53487	53496	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009837	AAAAT	2	10	54372	54381	80 %	20 %	0 %	0 %	157418149
41	NC_009837	TCATC	2	10	54547	54556	20 %	40 %	0 %	40 %	157418149
42	NC_009837	CCTGT	2	10	55866	55875	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_009837	ACTCA	2	10	57218	57227	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_009837	ATTTT	2	10	58747	58756	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009837	TGGAG	2	10	59739	59748	20 %	20 %	60 %	0 %	157418156
46	NC_009837	CCTGA	2	10	61487	61496	20 %	20 %	20 %	40 %	157418156
47	NC_009837	TCCGG	2	10	62343	62352	0 %	20 %	40 %	40 %	157418156
48	NC_009837	TCAGG	2	10	68603	68612	20 %	20 %	40 %	20 %	157418162
49	NC_009837	TGTTT	2	10	68958	68967	0 %	80 %	20 %	0 %	157418163
50	NC_009837	CGCGG	2	10	69149	69158	0 %	0 %	60 %	40 %	157418163
51	NC_009837	CGTGG	2	10	69211	69220	0 %	20 %	60 %	20 %	157418163
52	NC_009837	AAAAG	2	10	70433	70442	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009837	TGAAG	2	10	70813	70822	40 %	20 %	40 %	0 %	157418165
54	NC_009837	GGAAG	2	10	70864	70873	40 %	0 %	60 %	0 %	157418165
55	NC_009837	CAGGT	2	10	72802	72811	20 %	20 %	40 %	20 %	157418167
56	NC_009837	ACTCC	2	10	74282	74291	20 %	20 %	0 %	60 %	157418169
57	NC_009837	TTGCC	2	10	74583	74592	0 %	40 %	20 %	40 %	157418169
58	NC_009837	TCATT	2	10	75290	75299	20 %	60 %	0 %	20 %	157418169
59	NC_009837	CAGGT	2	10	75418	75427	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009837	GCGTG	2	10	76286	76295	0 %	20 %	60 %	20 %	157418170
61	NC_009837	GCACT	2	10	81228	81237	20 %	20 %	20 %	40 %	157418178
62	NC_009837	AAATC	2	10	82601	82610	60 %	20 %	0 %	20 %	157418179
63	NC_009837	TACAA	2	10	83149	83158	60 %	20 %	0 %	20 %	157418179
64	NC_009837	GGGAT	2	10	83256	83265	20 %	20 %	60 %	0 %	157418179
65	NC_009837	ATGAA	2	10	88111	88120	60 %	20 %	20 %	0 %	157418182
66	NC_009837	ACATC	2	10	89323	89332	40 %	20 %	0 %	40 %	157418184
67	NC_009837	GCTCC	2	10	89940	89949	0 %	20 %	20 %	60 %	157418185
68	NC_009837	AAATA	2	10	95454	95463	80 %	20 %	0 %	0 %	157418193
69	NC_009837	GCACA	2	10	96058	96067	40 %	0 %	20 %	40 %	157418193
70	NC_009837	GAACG	2	10	96214	96223	40 %	0 %	40 %	20 %	157418193
71	NC_009837	GACGT	2	10	97476	97485	20 %	20 %	40 %	20 %	157418194
72	NC_009837	TTTTA	2	10	102383	102392	20 %	80 %	0 %	0 %	157418203
73	NC_009837	TTTAC	2	10	102403	102412	20 %	60 %	0 %	20 %	157418203
74	NC_009837	CAGTG	2	10	107114	107123	20 %	20 %	40 %	20 %	157418208
75	NC_009837	CTGAA	2	10	108471	108480	40 %	20 %	20 %	20 %	157418211
76	NC_009837	GGTTG	2	10	113616	113625	0 %	40 %	60 %	0 %	157418221
77	NC_009837	TCAAC	2	10	116833	116842	40 %	20 %	0 %	40 %	157418223
78	NC_009837	AACAG	2	10	119165	119174	60 %	0 %	20 %	20 %	157418224
79	NC_009837	CCGTC	2	10	120837	120846	0 %	20 %	20 %	60 %	157418224
80	NC_009837	GCGCA	2	10	121471	121480	20 %	0 %	40 %	40 %	157418224
81	NC_009837	CAGGT	2	10	124037	124046	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009837	GCACT	2	10	127948	127957	20 %	20 %	20 %	40 %	157418233
83	NC_009837	AGGGT	2	10	128913	128922	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009837	GGAAA	2	10	131763	131772	60 %	0 %	40 %	0 %	157418237
85	NC_009837	CTGCT	2	10	134657	134666	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_009837	ATATT	2	10	136135	136144	40 %	60 %	0 %	0 %	157418244
87	NC_009837	ATAAA	2	10	136383	136392	80 %	20 %	0 %	0 %	157418244
88	NC_009837	ACAAT	2	10	137652	137661	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009837	CTATC	2	10	138519	138528	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_009837	TAAGG	2	10	139288	139297	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009837	CGGCA	2	10	139855	139864	20 %	0 %	40 %	40 %	157418249
92	NC_009837	TGAAG	2	10	140125	140134	40 %	20 %	40 %	0 %	157418249
93	NC_009837	TTCTT	2	10	141276	141285	0 %	80 %	0 %	20 %	157418251
94	NC_009837	CCAGC	2	10	142012	142021	20 %	0 %	20 %	60 %	157418252
95	NC_009837	CCCTG	2	10	144051	144060	0 %	20 %	20 %	60 %	157418253
96	NC_009837	CGCAG	2	10	146543	146552	20 %	0 %	40 %	40 %	157418254
97	NC_009837	TTCGC	2	10	147900	147909	0 %	40 %	20 %	40 %	157418256
98	NC_009837	GAGAA	2	10	152995	153004	60 %	0 %	40 %	0 %	157418261
99	NC_009837	GCAAA	2	10	156409	156418	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_009837	CAGAG	2	10	157353	157362	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_009837	AGACC	2	10	157384	157393	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_009837	GTTCA	2	10	157560	157569	20 %	40 %	20 %	20 %	157418267
103	NC_009837	AGCTG	2	10	160273	160282	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_009837	TTATG	2	10	160388	160397	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009837	ATTTC	2	10	162328	162337	20 %	60 %	0 %	20 %	157418272
106	NC_009837	GGCAG	2	10	164208	164217	20 %	0 %	60 %	20 %	157418274
107	NC_009837	TAATA	2	10	164548	164557	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009837	TCCAG	2	10	165139	165148	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_009837	TGTTT	2	10	165412	165421	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009837	TTATT	2	10	166166	166175	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009837	CTTTA	2	10	166470	166479	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_009837	TTCTG	2	10	169780	169789	0 %	60 %	20 %	20 %	157418280

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.