MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli APEC O1 plasmid pAPEC-O1-ColBM

Total Repeats: 85

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009837	CCTTC	2	10	1556	1565	0 %	40 %	0 %	60 %	229776985
2	NC_009837	CCGCC	2	10	3850	3859	0 %	0 %	20 %	80 %	157418088
3	NC_009837	TATGC	2	10	5310	5319	20 %	40 %	20 %	20 %	157418090
4	NC_009837	GGCAC	2	10	5350	5359	20 %	0 %	40 %	40 %	157418090
5	NC_009837	GGCGG	2	10	6726	6735	0 %	0 %	80 %	20 %	157418092
6	NC_009837	ACCGG	2	10	7946	7955	20 %	0 %	40 %	40 %	157418094
7	NC_009837	CTGCC	2	10	8956	8965	0 %	20 %	20 %	60 %	157418094
8	NC_009837	AAGTG	2	10	12191	12200	40 %	20 %	40 %	0 %	157418099
9	NC_009837	ACTGA	2	10	13503	13512	40 %	20 %	20 %	20 %	157418100
10	NC_009837	CATTC	2	10	14391	14400	20 %	40 %	0 %	40 %	157418101
11	NC_009837	ATCAC	2	10	15319	15328	40 %	20 %	0 %	40 %	157418104
12	NC_009837	CAGGG	2	10	19981	19990	20 %	0 %	60 %	20 %	157418111
13	NC_009837	CCGTG	2	10	22146	22155	0 %	20 %	40 %	40 %	157418115
14	NC_009837	GCCCG	2	10	22661	22670	0 %	0 %	40 %	60 %	157418116
15	NC_009837	AGAGC	2	10	23497	23506	40 %	0 %	40 %	20 %	157418116
16	NC_009837	AAATG	2	10	24089	24098	60 %	20 %	20 %	0 %	157418117
17	NC_009837	TCAGT	2	10	25036	25045	20 %	40 %	20 %	20 %	157418120
18	NC_009837	TCTGA	2	10	26408	26417	20 %	40 %	20 %	20 %	157418122
19	NC_009837	TGTTC	2	10	29983	29992	0 %	60 %	20 %	20 %	157418125
20	NC_009837	AGTCC	2	10	30048	30057	20 %	20 %	20 %	40 %	157418125
21	NC_009837	GTGAA	2	10	31546	31555	40 %	20 %	40 %	0 %	157418127
22	NC_009837	TTTCT	2	10	33902	33911	0 %	80 %	0 %	20 %	157418130
23	NC_009837	GCTGG	2	10	37530	37539	0 %	20 %	60 %	20 %	157418136
24	NC_009837	GCAGT	2	10	39131	39140	20 %	20 %	40 %	20 %	157418136
25	NC_009837	TAATG	2	10	40421	40430	40 %	40 %	20 %	0 %	157418137
26	NC_009837	GTGCT	2	10	42710	42719	0 %	40 %	40 %	20 %	157418139
27	NC_009837	GACCT	2	10	44798	44807	20 %	20 %	20 %	40 %	157418141
28	NC_009837	GCAGC	2	10	47716	47725	20 %	0 %	40 %	40 %	157418141
29	NC_009837	TGGCC	2	10	48739	48748	0 %	20 %	40 %	40 %	157418141
30	NC_009837	ACCTG	2	10	49585	49594	20 %	20 %	20 %	40 %	157418141
31	NC_009837	AACAC	2	10	49866	49875	60 %	0 %	0 %	40 %	157418142
32	NC_009837	CTGGT	2	10	49923	49932	0 %	40 %	40 %	20 %	157418142
33	NC_009837	GTGTT	2	10	53250	53259	0 %	60 %	40 %	0 %	157418146
34	NC_009837	AAAAT	2	10	54372	54381	80 %	20 %	0 %	0 %	157418149
35	NC_009837	TCATC	2	10	54547	54556	20 %	40 %	0 %	40 %	157418149
36	NC_009837	TGGAG	2	10	59739	59748	20 %	20 %	60 %	0 %	157418156
37	NC_009837	CCTGA	2	10	61487	61496	20 %	20 %	20 %	40 %	157418156
38	NC_009837	TCCGG	2	10	62343	62352	0 %	20 %	40 %	40 %	157418156
39	NC_009837	TCAGG	2	10	68603	68612	20 %	20 %	40 %	20 %	157418162
40	NC_009837	TGTTT	2	10	68958	68967	0 %	80 %	20 %	0 %	157418163
41	NC_009837	CGCGG	2	10	69149	69158	0 %	0 %	60 %	40 %	157418163
42	NC_009837	CGTGG	2	10	69211	69220	0 %	20 %	60 %	20 %	157418163
43	NC_009837	TGAAG	2	10	70813	70822	40 %	20 %	40 %	0 %	157418165
44	NC_009837	GGAAG	2	10	70864	70873	40 %	0 %	60 %	0 %	157418165
45	NC_009837	CAGGT	2	10	72802	72811	20 %	20 %	40 %	20 %	157418167
46	NC_009837	ACTCC	2	10	74282	74291	20 %	20 %	0 %	60 %	157418169
47	NC_009837	TTGCC	2	10	74583	74592	0 %	40 %	20 %	40 %	157418169
48	NC_009837	TCATT	2	10	75290	75299	20 %	60 %	0 %	20 %	157418169
49	NC_009837	GCGTG	2	10	76286	76295	0 %	20 %	60 %	20 %	157418170
50	NC_009837	GCACT	2	10	81228	81237	20 %	20 %	20 %	40 %	157418178
51	NC_009837	AAATC	2	10	82601	82610	60 %	20 %	0 %	20 %	157418179
52	NC_009837	TACAA	2	10	83149	83158	60 %	20 %	0 %	20 %	157418179
53	NC_009837	GGGAT	2	10	83256	83265	20 %	20 %	60 %	0 %	157418179
54	NC_009837	ATGAA	2	10	88111	88120	60 %	20 %	20 %	0 %	157418182
55	NC_009837	ACATC	2	10	89323	89332	40 %	20 %	0 %	40 %	157418184
56	NC_009837	GCTCC	2	10	89940	89949	0 %	20 %	20 %	60 %	157418185
57	NC_009837	AAATA	2	10	95454	95463	80 %	20 %	0 %	0 %	157418193
58	NC_009837	GCACA	2	10	96058	96067	40 %	0 %	20 %	40 %	157418193
59	NC_009837	GAACG	2	10	96214	96223	40 %	0 %	40 %	20 %	157418193
60	NC_009837	GACGT	2	10	97476	97485	20 %	20 %	40 %	20 %	157418194
61	NC_009837	TTTTA	2	10	102383	102392	20 %	80 %	0 %	0 %	157418203
62	NC_009837	TTTAC	2	10	102403	102412	20 %	60 %	0 %	20 %	157418203
63	NC_009837	CAGTG	2	10	107114	107123	20 %	20 %	40 %	20 %	157418208
64	NC_009837	CTGAA	2	10	108471	108480	40 %	20 %	20 %	20 %	157418211
65	NC_009837	GGTTG	2	10	113616	113625	0 %	40 %	60 %	0 %	157418221
66	NC_009837	TCAAC	2	10	116833	116842	40 %	20 %	0 %	40 %	157418223
67	NC_009837	AACAG	2	10	119165	119174	60 %	0 %	20 %	20 %	157418224
68	NC_009837	CCGTC	2	10	120837	120846	0 %	20 %	20 %	60 %	157418224
69	NC_009837	GCGCA	2	10	121471	121480	20 %	0 %	40 %	40 %	157418224
70	NC_009837	GCACT	2	10	127948	127957	20 %	20 %	20 %	40 %	157418233
71	NC_009837	GGAAA	2	10	131763	131772	60 %	0 %	40 %	0 %	157418237
72	NC_009837	ATATT	2	10	136135	136144	40 %	60 %	0 %	0 %	157418244
73	NC_009837	ATAAA	2	10	136383	136392	80 %	20 %	0 %	0 %	157418244
74	NC_009837	CGGCA	2	10	139855	139864	20 %	0 %	40 %	40 %	157418249
75	NC_009837	TGAAG	2	10	140125	140134	40 %	20 %	40 %	0 %	157418249
76	NC_009837	TTCTT	2	10	141276	141285	0 %	80 %	0 %	20 %	157418251
77	NC_009837	CCAGC	2	10	142012	142021	20 %	0 %	20 %	60 %	157418252
78	NC_009837	CCCTG	2	10	144051	144060	0 %	20 %	20 %	60 %	157418253
79	NC_009837	CGCAG	2	10	146543	146552	20 %	0 %	40 %	40 %	157418254
80	NC_009837	TTCGC	2	10	147900	147909	0 %	40 %	20 %	40 %	157418256
81	NC_009837	GAGAA	2	10	152995	153004	60 %	0 %	40 %	0 %	157418261
82	NC_009837	GTTCA	2	10	157560	157569	20 %	40 %	20 %	20 %	157418267
83	NC_009837	ATTTC	2	10	162328	162337	20 %	60 %	0 %	20 %	157418272
84	NC_009837	GGCAG	2	10	164208	164217	20 %	0 %	60 %	20 %	157418274
85	NC_009837	TTCTG	2	10	169780	169789	0 %	60 %	20 %	20 %	157418280

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.