MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Kineococcus radiotolerans SRS30216 plasmid pKRAD01

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009806	CCCACC	2	12	1189	1200	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	157283830
2	NC_009806	CGACCT	2	12	1878	1889	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157283831
3	NC_009806	GCCACC	2	12	2456	2467	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	157283833
4	NC_009806	TGCTGA	2	12	2514	2525	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	157283833
5	NC_009806	ATGAGC	2	12	2990	3001	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157283833
6	NC_009806	CTCGAC	3	18	4374	4391	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157283834
7	NC_009806	CTGACC	2	12	6849	6860	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157283837
8	NC_009806	TGCAGG	2	12	8162	8173	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157283838
9	NC_009806	CGGCAG	2	12	13556	13567	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	157283845
10	NC_009806	GGTGCT	2	12	13857	13868	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	157283845
11	NC_009806	CAGCCG	2	12	14102	14113	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283846
12	NC_009806	GCCACC	2	12	17586	17597	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	157283849
13	NC_009806	GGCGGT	2	12	18208	18219	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	157283849
14	NC_009806	GCCCCC	2	12	18754	18765	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	157283850
15	NC_009806	CCACGA	2	12	19284	19295	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	157283851
16	NC_009806	GCACCG	2	12	20337	20348	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283852
17	NC_009806	CGCCGG	2	12	24212	24223	0 %	0 %	50 %	50 %	157283854
18	NC_009806	ACCGGC	3	18	25399	25416	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283854
19	NC_009806	TGCACC	2	12	28360	28371	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157283856
20	NC_009806	GCACCG	2	12	28420	28431	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283856
21	NC_009806	TGGCCG	2	12	29485	29496	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157283858
22	NC_009806	CGTCAC	2	12	30127	30138	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157283859
23	NC_009806	CCTGGA	2	12	30712	30723	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283859
24	NC_009806	GACCTG	2	12	31642	31653	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283860
25	NC_009806	CCTGGC	2	12	33456	33467	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157283862
26	NC_009806	CGAAGG	2	12	34038	34049	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	157283862
27	NC_009806	CCGGCG	2	12	34337	34348	0 %	0 %	50 %	50 %	157283862
28	NC_009806	GTCACC	2	12	35347	35358	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157283863
29	NC_009806	CCACCC	2	12	35560	35571	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	157283863
30	NC_009806	GCCGGC	2	12	37068	37079	0 %	0 %	50 %	50 %	157283865
31	NC_009806	CGGGGA	2	12	38512	38523	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	157283867
32	NC_009806	GGTCTG	2	12	38693	38704	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	157283867
33	NC_009806	GCCCCC	2	12	40511	40522	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	157283869
34	NC_009806	GTGGCC	2	12	43859	43870	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157283873
35	NC_009806	GTGGCG	2	12	43871	43882	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	157283873
36	NC_009806	CGGTGG	2	12	47768	47779	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	157283875
37	NC_009806	CACCGC	2	12	50396	50407	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	157283876
38	NC_009806	GGGAAC	2	12	52789	52800	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	157283880
39	NC_009806	GCGGTG	2	12	55710	55721	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	157283882
40	NC_009806	GCCTCG	2	12	56239	56250	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157283883
41	NC_009806	TCGTTC	2	12	59247	59258	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	157283887
42	NC_009806	ACGCCA	2	12	59532	59543	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	157283887
43	NC_009806	GGCCTG	2	12	59771	59782	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157283887
44	NC_009806	GCTCCA	2	12	61202	61213	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157283889
45	NC_009806	CACAGC	2	12	63488	63499	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	157283891
46	NC_009806	CTGGCC	2	12	67129	67140	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157283895
47	NC_009806	ACGGCA	2	12	67145	67156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	157283895
48	NC_009806	CCTGGA	2	12	67395	67406	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283895
49	NC_009806	CACCCT	2	12	71057	71068	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	157283901
50	NC_009806	CACCGG	5	30	71069	71098	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283901
51	NC_009806	GCATCG	2	12	74314	74325	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283904
52	NC_009806	CATCGT	2	12	74636	74647	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157283904
53	NC_009806	GCCGGT	2	12	74682	74693	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157283904
54	NC_009806	GCCTGC	2	12	75820	75831	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157283904
55	NC_009806	GCACCA	2	12	76034	76045	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	157283905
56	NC_009806	TGGCCT	2	12	76504	76515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	157283905
57	NC_009806	CCGCTG	2	12	78523	78534	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157283907
58	NC_009806	GGCCGC	2	12	79089	79100	0 %	0 %	50 %	50 %	157283908
59	NC_009806	GACCCA	2	12	79268	79279	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	157283908
60	NC_009806	CGAGGA	2	12	79418	79429	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	157283909
61	NC_009806	ACCGGC	2	12	79551	79562	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283909
62	NC_009806	CCGGCG	2	12	80498	80509	0 %	0 %	50 %	50 %	157283912
63	NC_009806	TGCAGC	2	12	80738	80749	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283913
64	NC_009806	GACGTC	2	12	80968	80979	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283913
65	NC_009806	CCTCGA	2	12	82047	82058	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157283913
66	NC_009806	GGTCGA	2	12	84882	84893	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157283914
67	NC_009806	GCAGCT	2	12	85548	85559	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283915
68	NC_009806	GTCGTG	2	12	87125	87136	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	157283916
69	NC_009806	GTTCCA	2	12	89208	89219	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	157283917
70	NC_009806	ACCCTG	2	12	89696	89707	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157283917
71	NC_009806	GGATGA	2	12	92903	92914	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	157283920
72	NC_009806	CGGCAG	2	12	94930	94941	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	157283922
73	NC_009806	CCCCCT	2	12	97672	97683	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	157283924
74	NC_009806	CGCCCG	2	12	100178	100189	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	157283927
75	NC_009806	GGCCCA	2	12	100445	100456	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283927
76	NC_009806	TGCGCG	2	12	101324	101335	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157283928
77	NC_009806	CGCTGG	2	12	101427	101438	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157283928
78	NC_009806	TCGGGT	2	12	102182	102193	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	157283929
79	NC_009806	CGGTGA	2	12	106157	106168	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157283931
80	NC_009806	ACCTCC	2	12	111117	111128	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	157283937
81	NC_009806	CCTCGG	2	12	111247	111258	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157283937
82	NC_009806	TGGTCT	2	12	112134	112145	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	157283937
83	NC_009806	GTTGTC	2	12	112658	112669	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	157283938
84	NC_009806	CCTTGC	2	12	113473	113484	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	157283938
85	NC_009806	GACGGT	2	12	114314	114325	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157283938
86	NC_009806	AGCCGC	2	12	114560	114571	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283938
87	NC_009806	AGCAGG	2	12	114876	114887	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	157283939
88	NC_009806	GCGACC	2	12	114894	114905	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283939
89	NC_009806	CCGCGG	2	12	116295	116306	0 %	0 %	50 %	50 %	157283940
90	NC_009806	TACCGG	2	12	116851	116862	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283940
91	NC_009806	CCCAGC	2	12	118879	118890	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	157283941
92	NC_009806	CGGGCG	2	12	120802	120813	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	157283942
93	NC_009806	CTCCGT	2	12	122008	122019	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	157283943
94	NC_009806	GGCGTA	2	12	122707	122718	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157283944
95	NC_009806	CGCCGT	2	12	123105	123116	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157283944
96	NC_009806	GGCCGC	2	12	123400	123411	0 %	0 %	50 %	50 %	157283944
97	NC_009806	GAAGCG	2	12	123703	123714	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	157283945
98	NC_009806	CGGCGA	2	12	127604	127615	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	157283946
99	NC_009806	CCGCGC	2	12	129696	129707	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	157283947
100	NC_009806	GGCCGC	2	12	129778	129789	0 %	0 %	50 %	50 %	157283947
101	NC_009806	CAACAG	2	12	131462	131473	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	157283949
102	NC_009806	CGGCGA	2	12	131913	131924	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	157283950
103	NC_009806	GGTGCG	2	12	133123	133134	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	157283951
104	NC_009806	CGTCCT	2	12	133228	133239	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	157283951
105	NC_009806	CCCCGA	2	12	137423	137434	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	157283955
106	NC_009806	CGCCGA	2	12	139461	139472	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	157283957
107	NC_009806	CCTGGC	2	12	143960	143971	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157283961
108	NC_009806	GCAGGA	2	12	144763	144774	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	157283962
109	NC_009806	CCGCGG	2	12	145232	145243	0 %	0 %	50 %	50 %	157283963
110	NC_009806	GGCCGC	2	12	145784	145795	0 %	0 %	50 %	50 %	157283964
111	NC_009806	CAACCA	2	12	147276	147287	50 %	0 %	0 %	50 %	157283966
112	NC_009806	GCGGAC	2	12	147505	147516	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	157283966
113	NC_009806	GCGGCC	2	12	147853	147864	0 %	0 %	50 %	50 %	157283966
114	NC_009806	AGCTGC	2	12	148406	148417	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283966
115	NC_009806	TGGGCT	2	12	154079	154090	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	157283970
116	NC_009806	CGATGA	2	12	156471	156482	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157283973
117	NC_009806	GCGCTC	2	12	159038	159049	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	157283977
118	NC_009806	GGGGGT	2	12	159248	159259	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	157283977
119	NC_009806	GCTGAC	2	12	160494	160505	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283979
120	NC_009806	GTAGAC	2	12	161806	161817	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	157283981
121	NC_009806	CTCGGT	2	12	162603	162614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	157283981
122	NC_009806	GGTGAG	2	12	163951	163962	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	157283983
123	NC_009806	TCGTCC	2	12	166156	166167	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	157283987
124	NC_009806	CACGAT	2	12	169516	169527	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	157283990
125	NC_009806	GTGGGG	2	12	169640	169651	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	157283990
126	NC_009806	TGGTGA	2	12	170981	170992	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	157283993
127	NC_009806	CTGGAG	2	12	171505	171516	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	157283995
128	NC_009806	GCCGGT	2	12	172058	172069	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	157283996
129	NC_009806	TCGCCT	2	12	173873	173884	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	157283999
130	NC_009806	GGCCAG	2	12	173928	173939	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	157283999
131	NC_009806	GCGACT	2	12	174445	174456	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	157283999
132	NC_009806	CCTCGA	2	12	177019	177030	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	157284003

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.