MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Escherichia coli E24377A chromosome

Total Repeats: 178

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009801	GAAAAT	2	12	11891	11902	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009801	TTTCAC	2	12	20877	20888	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_009801	AAGGGA	2	12	86021	86032	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009801	TCTCCC	2	12	166010	166021	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_009801	TCACCC	2	12	166061	166072	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_009801	GTAGTG	2	12	201010	201021	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009801	TTATTT	2	12	239463	239474	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009801	TAAGGG	2	12	335229	335240	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009801	TGTGGA	2	12	336376	336387	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009801	CTATTT	2	12	347798	347809	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_009801	TTTATT	2	12	380231	380242	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009801	TATTGA	2	12	417849	417860	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009801	AACAAT	2	12	440247	440258	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_009801	TATTGA	2	12	443093	443104	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009801	TTTTCA	2	12	507626	507637	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_009801	GATTAC	2	12	596074	596085	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_009801	CCATCG	2	12	598571	598582	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_009801	CAGCAA	2	12	605647	605658	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_009801	ACCGTC	2	12	606022	606033	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009801	TAACTC	2	12	608909	608920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009801	TGCAAA	2	12	635327	635338	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009801	ATTTTT	2	12	731381	731392	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009801	TTTACC	2	12	742293	742304	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_009801	AATACA	2	12	785796	785807	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_009801	TCTGCT	2	12	830040	830051	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_009801	TTATAT	2	12	837093	837104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009801	CAGAAA	2	12	881167	881178	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_009801	GGCTGG	2	12	970090	970101	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009801	CCTGCG	2	12	970762	970773	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_009801	ATGTTG	2	12	970782	970793	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009801	TAACCG	2	12	972236	972247	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009801	AAATAA	2	12	1020526	1020537	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009801	AAAGAT	2	12	1053056	1053067	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009801	TGTCCA	2	12	1086426	1086437	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009801	TAAGGA	2	12	1108705	1108716	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009801	ATAATG	2	12	1110119	1110130	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009801	CAAAAA	2	12	1198687	1198698	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009801	TCTTTA	2	12	1302505	1302516	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_009801	TTTTGT	2	12	1310170	1310181	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009801	ACGCTT	2	12	1330808	1330819	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009801	ACTCGA	2	12	1330828	1330839	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009801	CAGGCT	2	12	1330960	1330971	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_009801	CTTATT	2	12	1382487	1382498	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_009801	CAAAAG	2	12	1389382	1389393	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009801	CTGATC	2	12	1399859	1399870	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009801	TAAACT	2	12	1447111	1447122	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_009801	CTATAA	2	12	1488992	1489003	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_009801	ATTAAT	2	12	1627086	1627097	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009801	TTTTAT	2	12	1634374	1634385	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009801	AAAAAC	2	12	1658843	1658854	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_009801	ATTAAT	2	12	1659532	1659543	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009801	TATTGA	2	12	1670789	1670800	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009801	GGCTTT	2	12	1671288	1671299	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_009801	CAGATA	2	12	1671480	1671491	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_009801	CAATGT	2	12	1671578	1671589	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_009801	ACCGTT	2	12	1680461	1680472	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009801	TGGTTA	2	12	1689291	1689302	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009801	GTTGTC	2	12	1709050	1709061	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_009801	TTTCTG	2	12	1730673	1730684	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_009801	CAAAAA	2	12	1749838	1749849	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009801	TTAAAT	2	12	1751637	1751648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009801	ATTTTT	2	12	1753359	1753370	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009801	ATACTT	2	12	1866952	1866963	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_009801	TTTCTA	2	12	1873028	1873039	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009801	AAAATA	2	12	1880609	1880620	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009801	TGTTTT	2	12	1881242	1881253	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009801	AAGACT	2	12	1881502	1881513	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009801	ACGTTT	2	12	1925695	1925706	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009801	GTGCTT	2	12	1925743	1925754	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009801	GAACAG	2	12	1929284	1929295	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_009801	TATTAC	2	12	1997536	1997547	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009801	TTTCTT	2	12	2017524	2017535	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_009801	TTAATG	2	12	2106339	2106350	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009801	AATTCA	2	12	2113464	2113475	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009801	TCTTAT	2	12	2127280	2127291	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_009801	GTGTAT	2	12	2142022	2142033	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009801	ATATTT	2	12	2163439	2163450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009801	CATCTC	2	12	2164800	2164811	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_009801	CAGCAT	2	12	2189626	2189637	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_009801	ACCGGA	2	12	2195450	2195461	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_009801	TGGCTG	2	12	2215798	2215809	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_009801	ATTTTT	2	12	2235800	2235811	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009801	TCCCCC	2	12	2335637	2335648	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
84	NC_009801	CTATGG	2	12	2382228	2382239	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_009801	CCTTAC	2	12	2385968	2385979	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_009801	CCTTAC	2	12	2386576	2386587	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_009801	ACGCAG	2	12	2422460	2422471	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_009801	TCGCTA	2	12	2440490	2440501	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009801	TCTTCC	2	12	2452126	2452137	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009801	CCACTA	2	12	2528541	2528552	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_009801	TTACCC	2	12	2559469	2559480	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009801	TAAATG	2	12	2577343	2577354	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009801	TGTCAC	2	12	2590977	2590988	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_009801	AGAAAA	2	12	2601257	2601268	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009801	GTTAAC	2	12	2639686	2639697	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_009801	GTTATG	2	12	2676351	2676362	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009801	CAAGTG	2	12	2689314	2689325	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009801	GGCGCG	2	12	2753447	2753458	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_009801	ACGTTG	2	12	2755536	2755547	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_009801	TTTGTG	2	12	2757925	2757936	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009801	GCGCTG	3	18	2758432	2758449	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_009801	ACAGCA	2	12	2785539	2785550	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009801	TCCTTC	2	12	2789686	2789697	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_009801	TGGACA	2	12	2839343	2839354	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009801	CAGTTT	2	12	2853947	2853958	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_009801	GCACCT	2	12	2941629	2941640	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_009801	GAAGAC	2	12	2941910	2941921	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_009801	CTTTTA	2	12	2943612	2943623	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_009801	AATATA	2	12	3022717	3022728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009801	ATTTTT	2	12	3030487	3030498	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009801	GGTTTT	2	12	3098105	3098116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009801	ACAAGA	2	12	3102436	3102447	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_009801	AATTTT	2	12	3191768	3191779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009801	ATATCA	2	12	3239048	3239059	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_009801	GTAAGG	2	12	3260189	3260200	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009801	GTAAGG	2	12	3260581	3260592	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009801	ACTGAG	2	12	3288661	3288672	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_009801	TTGAAG	2	12	3328808	3328819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009801	GAAAAC	2	12	3356301	3356312	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_009801	CCCGAT	2	12	3368440	3368451	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
121	NC_009801	CGTCAC	2	12	3370497	3370508	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_009801	TTTCTC	2	12	3370531	3370542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_009801	AACATT	2	12	3382104	3382115	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_009801	CTTTGC	2	12	3387124	3387135	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_009801	GTTAAT	2	12	3409840	3409851	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.