MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Ignicoccus hospitalis KIN4/I chromosome

Total Repeats: 72

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009776	TCGCA	2	10	5695	5704	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_009776	GGCCG	3	15	30213	30227	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
3	NC_009776	TGGGA	2	10	40212	40221	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009776	ATTTT	2	10	56334	56343	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009776	CCCTT	2	10	89479	89488	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_009776	CCCTA	2	10	96726	96735	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_009776	GGAGG	2	10	133824	133833	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009776	GATAT	2	10	144832	144841	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009776	TCCCG	2	10	153080	153089	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_009776	CTTTC	2	10	250388	250397	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_009776	TCCGC	2	10	281834	281843	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
12	NC_009776	AGAGT	2	10	290948	290957	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009776	AAGGA	2	10	308180	308189	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009776	GGGGA	2	10	314216	314225	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009776	CGACG	2	10	363252	363261	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_009776	CCTTC	2	10	375608	375617	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_009776	GGTGT	2	10	376648	376657	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009776	AAGGG	2	10	394796	394805	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009776	GAACT	2	10	404722	404731	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_009776	CCCTA	2	10	503804	503813	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
21	NC_009776	GGGTC	2	10	542242	542251	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_009776	AGGGG	2	10	556377	556386	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009776	GCCTC	2	10	556464	556473	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_009776	CGTGG	2	10	557550	557559	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009776	CGCAG	2	10	562806	562815	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_009776	CGCTC	2	10	596957	596966	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_009776	TCCCC	2	10	598337	598346	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
28	NC_009776	GCGAG	2	10	664022	664031	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009776	TCTGC	2	10	664080	664089	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_009776	CTCCC	2	10	664248	664257	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
31	NC_009776	AATAC	2	10	718219	718228	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_009776	CAATA	2	10	719437	719446	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009776	GATAC	2	10	719627	719636	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_009776	GCCCC	2	10	731301	731310	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
35	NC_009776	GGCTC	2	10	731343	731352	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_009776	GAGGG	2	10	731636	731645	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009776	CCCGG	2	10	733459	733468	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
38	NC_009776	GCGTA	2	10	733575	733584	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009776	GGCAG	2	10	734165	734174	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009776	ACCCC	2	10	734226	734235	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
41	NC_009776	CCTCG	2	10	793000	793009	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_009776	CGGCC	3	15	842840	842854	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
43	NC_009776	GAGGC	2	10	863682	863691	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_009776	CCCGC	2	10	881838	881847	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
45	NC_009776	CCTTT	2	10	926566	926575	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_009776	CCCCT	2	10	941749	941758	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
47	NC_009776	GGGAT	2	10	950064	950073	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009776	TCATC	2	10	950215	950224	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_009776	CGTTT	2	10	950647	950656	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009776	ACGTG	2	10	951595	951604	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_009776	CCTCT	2	10	952127	952136	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_009776	TTAAT	2	10	952195	952204	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009776	AGGTG	2	10	952642	952651	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009776	CATTC	2	10	955996	956005	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_009776	AGGAG	2	10	978262	978271	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009776	GCCGC	2	10	1008110	1008119	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
57	NC_009776	TGAGG	2	10	1027803	1027812	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009776	ACCCG	2	10	1030210	1030219	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_009776	GGGTA	2	10	1038497	1038506	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009776	GGGAG	2	10	1060177	1060186	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009776	AAAGT	2	10	1060262	1060271	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009776	CCCCT	2	10	1075176	1075185	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
63	NC_009776	AGGAG	2	10	1089803	1089812	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009776	GGGGC	2	10	1110752	1110761	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
65	NC_009776	CTCCC	2	10	1129431	1129440	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
66	NC_009776	GACGG	2	10	1129960	1129969	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_009776	AAACC	2	10	1166700	1166709	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_009776	CGTTA	2	10	1185233	1185242	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009776	GGTGG	2	10	1186906	1186915	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009776	CGCCC	2	10	1196669	1196678	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
71	NC_009776	TCGTT	2	10	1228887	1228896	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009776	AAATA	2	10	1238497	1238506	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.