MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Roseiflexus castenholzii DSM 13941 chromosome

Total Repeats: 293

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009767	TTCCAT	2	12	17164	17175	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009767	GGTAAA	2	12	81754	81765	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009767	GTGCGG	2	12	91422	91433	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009767	GACCGT	2	12	146449	146460	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_009767	GAAGGT	2	12	160566	160577	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009767	GGCGCC	2	12	198186	198197	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_009767	CTGCGC	2	12	198481	198492	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_009767	CCGCGC	2	12	230139	230150	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_009767	CGGGAT	2	12	238177	238188	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009767	ATTACA	2	12	248067	248078	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_009767	AGGGCG	2	12	281763	281774	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_009767	CTAACC	2	12	319937	319948	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_009767	TGGCGC	2	12	326489	326500	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009767	GCAGGC	2	12	337191	337202	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_009767	TGCGAC	2	12	338311	338322	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_009767	GCGCAC	2	12	402133	402144	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
17	NC_009767	ACGTTC	2	12	433279	433290	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_009767	GACGTT	2	12	480099	480110	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_009767	CCGCGC	2	12	486805	486816	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_009767	TCCGGG	2	12	494225	494236	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009767	AGGTTC	4	24	508710	508733	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009767	AGGTTC	2	12	513915	513926	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_009767	TCCTGA	2	12	518197	518208	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_009767	TGGCTT	2	12	518298	518309	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_009767	GCTGCC	2	12	545176	545187	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_009767	CGATGG	2	12	562502	562513	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_009767	CATGCA	2	12	598206	598217	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_009767	TCCGCG	2	12	607818	607829	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_009767	GCCCGT	2	12	607919	607930	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_009767	TCGATG	2	12	613213	613224	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_009767	TGAACC	2	12	637709	637720	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009767	GGCTTC	2	12	659085	659096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_009767	GCAACA	2	12	671028	671039	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_009767	AACGTC	2	12	681004	681015	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009767	TCTCCT	2	12	684572	684583	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_009767	CAGAAT	2	12	692961	692972	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_009767	GAGAAC	2	12	698493	698504	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009767	AACCTG	2	12	710276	710287	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009767	GATACT	2	12	811364	811375	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_009767	TCGACC	2	12	818789	818800	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
41	NC_009767	CGGGCG	2	12	826839	826850	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009767	ACCCCC	2	12	828434	828445	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
43	NC_009767	CGCCAG	2	12	849339	849350	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_009767	CGTGGT	2	12	857896	857907	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009767	GGCGCC	2	12	872819	872830	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_009767	AGAGGA	2	12	894694	894705	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009767	CAACGA	2	12	922275	922286	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009767	GCGTAT	2	12	959115	959126	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_009767	CCTCAC	2	12	1002293	1002304	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_009767	AGACCG	2	12	1009713	1009724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009767	GCCAAC	2	12	1024097	1024108	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_009767	CGATCC	2	12	1047880	1047891	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_009767	TTCACC	2	12	1098539	1098550	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_009767	CGCAGG	2	12	1100722	1100733	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_009767	TATAGA	2	12	1100905	1100916	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009767	CGATGA	2	12	1108644	1108655	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009767	GCATCC	2	12	1135177	1135188	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_009767	CTGGCG	2	12	1150666	1150677	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009767	CCCACT	2	12	1152340	1152351	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_009767	CCGCCT	2	12	1170962	1170973	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_009767	CAACCT	2	12	1185869	1185880	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_009767	AAGGGA	2	12	1194915	1194926	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009767	AGGCGC	2	12	1212953	1212964	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009767	CGTGAT	2	12	1242129	1242140	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009767	ATTCAC	2	12	1263377	1263388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_009767	GCTTCT	2	12	1312157	1312168	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009767	GTTGGC	2	12	1314170	1314181	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009767	CTTGTG	2	12	1317797	1317808	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009767	TTTCCC	2	12	1353223	1353234	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_009767	CGTGCG	2	12	1375475	1375486	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_009767	GGCAAG	2	12	1402371	1402382	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009767	AGGCGC	2	12	1403285	1403296	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009767	ATCTCC	2	12	1413798	1413809	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_009767	GTTGCC	2	12	1439862	1439873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_009767	GGGATA	2	12	1469941	1469952	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009767	CCAAAG	2	12	1472052	1472063	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009767	GCCGAA	2	12	1476014	1476025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_009767	CAGGTG	2	12	1516874	1516885	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_009767	ATTGGT	2	12	1520633	1520644	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009767	GCCCCC	2	12	1532180	1532191	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
81	NC_009767	AGGCTC	2	12	1552956	1552967	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_009767	CAGCGC	2	12	1615389	1615400	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
83	NC_009767	AGTATA	2	12	1646172	1646183	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009767	CGTATG	2	12	1647331	1647342	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_009767	AGGGAA	2	12	1688111	1688122	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009767	CACCCT	2	12	1690111	1690122	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_009767	CTTTTC	2	12	1693502	1693513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_009767	CAATGT	2	12	1693622	1693633	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_009767	CCGCCT	2	12	1695863	1695874	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_009767	GCGTGA	2	12	1721526	1721537	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_009767	CTGCGC	2	12	1797481	1797492	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009767	CTGCGC	2	12	1797620	1797631	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
93	NC_009767	CATTGA	2	12	1814821	1814832	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_009767	GCCGCT	2	12	1880952	1880963	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_009767	TCCTGC	2	12	1893006	1893017	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_009767	TGTGTT	2	12	1899090	1899101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009767	CCGTCA	2	12	1912769	1912780	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_009767	TCAGTT	2	12	1925077	1925088	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_009767	GACGCC	2	12	1976186	1976197	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_009767	AGCGCC	2	12	1979642	1979653	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_009767	GACGAG	2	12	1982264	1982275	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009767	CTTCGT	2	12	1983003	1983014	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009767	AAACAC	2	12	2059639	2059650	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009767	GGGCGC	2	12	2061968	2061979	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_009767	GGGCGC	2	12	2062394	2062405	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009767	GGGCGC	2	12	2062493	2062504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009767	GCCAGG	2	12	2062905	2062916	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_009767	GCCTGC	2	12	2062953	2062964	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
109	NC_009767	GGTCGC	2	12	2142133	2142144	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_009767	TTGCCT	2	12	2160684	2160695	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_009767	GCATGG	2	12	2186939	2186950	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_009767	GTTGCC	2	12	2212979	2212990	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_009767	CAGGGG	2	12	2215199	2215210	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_009767	AAGCCT	2	12	2215661	2215672	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_009767	CCCTTC	2	12	2255769	2255780	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_009767	GAGTGT	2	12	2289355	2289366	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009767	GAAAGA	2	12	2335114	2335125	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009767	GGGAAA	2	12	2382395	2382406	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009767	GCAGAA	2	12	2412862	2412873	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_009767	CATCTG	2	12	2421217	2421228	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_009767	ACTCGA	2	12	2422647	2422658	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_009767	AGGGGA	2	12	2431252	2431263	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009767	TCAGAA	2	12	2454480	2454491	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_009767	CGAGCG	2	12	2456851	2456862	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_009767	TGCTCC	2	12	2481224	2481235	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
126	NC_009767	CGTTAT	2	12	2544420	2544431	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_009767	CCGCTT	2	12	2545018	2545029	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
128	NC_009767	GCTGTT	2	12	2545864	2545875	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_009767	ACGGGG	2	12	2554509	2554520	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_009767	CGCATT	2	12	2555927	2555938	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_009767	TAGAAT	2	12	2559525	2559536	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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246	NC_009767	GACGTG	2	12	4698235	4698246	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
247	NC_009767	CCTCAT	2	12	4721516	4721527	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
248	NC_009767	CCTCAT	2	12	4721803	4721814	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
249	NC_009767	CCTCAT	2	12	4722007	4722018	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
250	NC_009767	CCTCAT	2	12	4722214	4722225	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
251	NC_009767	CTGATC	2	12	4753816	4753827	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
252	NC_009767	AACCGC	2	12	4753868	4753879	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
253	NC_009767	CACCCT	2	12	4806706	4806717	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
254	NC_009767	CAACCG	2	12	4816090	4816101	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
255	NC_009767	CCGCTG	2	12	4824863	4824874	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
256	NC_009767	GAACGT	2	12	4834275	4834286	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
257	NC_009767	GCTCAG	2	12	4870517	4870528	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
258	NC_009767	CCGGTT	2	12	4911815	4911826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
259	NC_009767	CGAACA	2	12	4939281	4939292	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
260	NC_009767	ATTGAT	2	12	4960311	4960322	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
261	NC_009767	AGGTGC	2	12	4996473	4996484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
262	NC_009767	CATCGC	2	12	5011123	5011134	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
263	NC_009767	GCCAGG	2	12	5018165	5018176	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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265	NC_009767	ATTGAC	2	12	5069840	5069851	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
266	NC_009767	CGCCCC	2	12	5104247	5104258	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
267	NC_009767	GGCGCC	2	12	5108314	5108325	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
268	NC_009767	GGGCAG	2	12	5184907	5184918	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
269	NC_009767	AGCCGG	2	12	5185843	5185854	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
270	NC_009767	AGCGAG	2	12	5186737	5186748	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
271	NC_009767	TCGCTG	2	12	5198869	5198880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
272	NC_009767	ATTGCA	2	12	5245283	5245294	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
273	NC_009767	CGGCAG	2	12	5319139	5319150	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
274	NC_009767	GACATT	2	12	5348211	5348222	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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277	NC_009767	GGCGCC	2	12	5403156	5403167	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
278	NC_009767	GCATTA	2	12	5453559	5453570	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.