MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 chromosome

Total Repeats: 831

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009727	ATGGCC	2	12	1316	1327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154706441
2	NC_009727	TGAGCG	2	12	4129	4140	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209363643
3	NC_009727	CCGACG	2	12	5626	5637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209363643
4	NC_009727	TCACCA	2	12	9597	9608	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	154706378
5	NC_009727	AAGTGG	2	12	16512	16523	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	154706946
6	NC_009727	CCTTAG	2	12	17061	17072	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154706946
7	NC_009727	CCTGTA	2	12	17972	17983	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009727	CAGAAA	2	12	18170	18181	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	209363645
9	NC_009727	AATTTG	2	12	20591	20602	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009727	GAAGAG	2	12	21243	21254	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009727	AAAATG	2	12	21582	21593	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009727	ATTAAA	2	12	30352	30363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	154705832
13	NC_009727	TTTTTA	2	12	32930	32941	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	154706970
14	NC_009727	ATTAAT	2	12	39081	39092	50 %	50 %	0 %	0 %	154706910
15	NC_009727	CCGTTG	2	12	40323	40334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154706192
16	NC_009727	CGTTAT	2	12	40904	40915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	154706192
17	NC_009727	ATTGGT	2	12	43285	43296	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	154706317
18	NC_009727	GATAAT	2	12	45272	45283	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	154705781
19	NC_009727	GTCGAA	2	12	45830	45841	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154707506
20	NC_009727	GAATTA	2	12	47567	47578	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	154706010
21	NC_009727	CTAAAG	2	12	49060	49071	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209363653
22	NC_009727	TACTCG	2	12	52419	52430	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154707221
23	NC_009727	CCTTTT	2	12	53071	53082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209363656
24	NC_009727	GCATAG	2	12	64329	64340	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154707185
25	NC_009727	GAAGCC	2	12	68911	68922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154705751
26	NC_009727	CTGATA	2	12	69026	69037	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	154705751
27	NC_009727	TTGGCT	2	12	70056	70067	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	209363662
28	NC_009727	ATTGAT	2	12	72072	72083	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	154706906
29	NC_009727	GCAATT	2	12	72222	72233	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	154706906
30	NC_009727	CCTTGT	2	12	72797	72808	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	209363665
31	NC_009727	TCAAAG	2	12	75351	75362	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209363667
32	NC_009727	TTTTCT	2	12	76060	76071	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	209363669
33	NC_009727	CTTTTT	2	12	76142	76153	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	209363669
34	NC_009727	ATTGTT	2	12	78571	78582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	154706599
35	NC_009727	TTGGAT	2	12	88744	88755	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	154707212
36	NC_009727	GACTCC	2	12	91604	91615	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	154707257
37	NC_009727	AAAATT	2	12	92011	92022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009727	AATTTT	2	12	92881	92892	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209363673
39	NC_009727	CCTTTG	2	12	93114	93125	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	209363674
40	NC_009727	ATAAAG	2	12	98139	98150	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	209363677
41	NC_009727	AGACAT	2	12	101871	101882	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_009727	ATTTTT	2	12	101985	101996	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009727	ACCATT	2	12	102027	102038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_009727	CATCCC	2	12	102401	102412	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	154706977
45	NC_009727	CCGCAG	2	12	104319	104330	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209363679
46	NC_009727	ACCATC	2	12	108961	108972	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	154705953
47	NC_009727	CCGCTG	2	12	110627	110638	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154705953
48	NC_009727	ATTGAA	2	12	111270	111281	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	154707089
49	NC_009727	ATTATA	2	12	118445	118456	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009727	GTTATG	2	12	119800	119811	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	154707193
51	NC_009727	TTTTCT	2	12	122676	122687	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	209363688
52	NC_009727	ACGCCT	2	12	123108	123119	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	154706571
53	NC_009727	AAGCCA	2	12	123858	123869	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	154706571
54	NC_009727	TATAAT	2	12	126836	126847	50 %	50 %	0 %	0 %	154707014
55	NC_009727	CATACG	2	12	127559	127570	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209363691
56	NC_009727	AAAAGC	2	12	128990	129001	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	209363692
57	NC_009727	GACGGT	2	12	132338	132349	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154706380
58	NC_009727	GCGCTT	2	12	132762	132773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009727	CTAATG	2	12	136935	136946	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	154706309
60	NC_009727	CCAAAG	2	12	140608	140619	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	154706035
61	NC_009727	TGTGAT	2	12	141536	141547	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	154706035
62	NC_009727	TAATAT	2	12	149113	149124	50 %	50 %	0 %	0 %	154706034
63	NC_009727	AATAAA	2	12	150436	150447	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	154706034
64	NC_009727	TCGAGG	2	12	152377	152388	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209363696
65	NC_009727	AAAACC	2	12	152858	152869	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	154707472
66	NC_009727	TAAATT	2	12	154747	154758	50 %	50 %	0 %	0 %	154705921
67	NC_009727	TGACAT	2	12	158900	158911	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	154707242
68	NC_009727	TCAACG	2	12	161629	161640	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209363699
69	NC_009727	GGTTTT	2	12	173152	173163	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209363703
70	NC_009727	TTTCGA	2	12	173274	173285	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	209363703
71	NC_009727	TTATCG	2	12	177336	177347	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	209363707
72	NC_009727	TTTTCC	2	12	178889	178900	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209363708
73	NC_009727	CCGCTT	2	12	184285	184296	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	209363710
74	NC_009727	CCATTT	2	12	186445	186456	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	154706390
75	NC_009727	TTTTCA	2	12	188679	188690	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	154707343
76	NC_009727	TTAATT	2	12	189664	189675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	154707343
77	NC_009727	ATTTTT	2	12	191005	191016	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	209363714
78	NC_009727	TTTTGA	2	12	199041	199052	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	154706782
79	NC_009727	AGATAC	2	12	199265	199276	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209363720
80	NC_009727	CGATCG	2	12	205838	205849	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209363722
81	NC_009727	CGGCGA	2	12	206132	206143	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	209363722
82	NC_009727	TCGCGC	2	12	208279	208290	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154707520
83	NC_009727	CAATCT	2	12	208806	208817	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209363723
84	NC_009727	TAGCCG	2	12	210951	210962	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154706336
85	NC_009727	TTCATT	2	12	212237	212248	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	209363724
86	NC_009727	ATTTCT	2	12	217369	217380	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	154705925
87	NC_009727	TGAATG	2	12	218522	218533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	154705925
88	NC_009727	TCTCAT	2	12	221678	221689	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	209363728
89	NC_009727	ATAACA	2	12	229796	229807	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	154707750
90	NC_009727	GGTCTC	2	12	232446	232457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154706246
91	NC_009727	TTATCC	2	12	235811	235822	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	154706262
92	NC_009727	TCTCAA	2	12	236076	236087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	154706262
93	NC_009727	TTCAGC	2	12	237612	237623	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154705816
94	NC_009727	TTTAGT	2	12	238628	238639	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	154707087
95	NC_009727	GAAGAT	2	12	240753	240764	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	154707681
96	NC_009727	ATTTTA	2	12	241134	241145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	154706062
97	NC_009727	CCGGTT	2	12	241185	241196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154706062
98	NC_009727	TTTTTC	2	12	247518	247529	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	209363738
99	NC_009727	TAAAAA	2	12	249058	249069	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	209363739
100	NC_009727	GATCGA	2	12	250107	250118	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	209363741
101	NC_009727	CATTTC	2	12	251920	251931	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	209363741
102	NC_009727	ACCAAA	2	12	253347	253358	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209363742
103	NC_009727	GAACCC	2	12	256423	256434	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	209363744
104	NC_009727	CCTTTA	2	12	257005	257016	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	154707723
105	NC_009727	TTGAGA	2	12	257605	257616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	154707280
106	NC_009727	ATTTTT	2	12	258009	258020	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	154707280
107	NC_009727	GCCGCT	2	12	258985	258996	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154706577
108	NC_009727	GTTTTA	2	12	260247	260258	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009727	TAGAAA	2	12	262128	262139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009727	AAACCA	2	12	264073	264084	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	154706624
111	NC_009727	GGTAAA	2	12	264488	264499	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	154706624
112	NC_009727	TAAAAT	2	12	265967	265978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009727	GATGGT	2	12	266505	266516	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009727	ATCAAA	2	12	267250	267261	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_009727	TACGAA	2	12	270423	270434	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209363746
116	NC_009727	GCTTCG	2	12	271892	271903	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209363746
117	NC_009727	TGGTAG	2	12	272531	272542	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	209363746
118	NC_009727	AATATG	2	12	289340	289351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	209363752
119	NC_009727	ATGCCA	2	12	295102	295113	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	154706503
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237	NC_009727	TTAACC	2	12	566707	566718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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352	NC_009727	CAGCGA	2	12	887505	887516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154705851
353	NC_009727	GTTGAA	2	12	893747	893758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209363917
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457	NC_009727	CCCGTC	2	12	1157879	1157890	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	209363988
458	NC_009727	ATTCCA	2	12	1158774	1158785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209363989
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460	NC_009727	AATGAA	2	12	1161266	1161277	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	209363990
461	NC_009727	CATTAA	2	12	1161419	1161430	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	209363990
462	NC_009727	TCGATT	2	12	1166167	1166178	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	209363992
463	NC_009727	CAACTC	2	12	1166780	1166791	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	209363992
464	NC_009727	GCTTGC	2	12	1168740	1168751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154707610
465	NC_009727	AAAATA	2	12	1170360	1170371	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	154707610
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