MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 chromosome

Total Repeats: 701

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009727	ATGGCC	2	12	1316	1327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154706441
2	NC_009727	TGAGCG	2	12	4129	4140	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209363643
3	NC_009727	CCGACG	2	12	5626	5637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209363643
4	NC_009727	TCACCA	2	12	9597	9608	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	154706378
5	NC_009727	AAGTGG	2	12	16512	16523	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	154706946
6	NC_009727	CCTTAG	2	12	17061	17072	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154706946
7	NC_009727	CAGAAA	2	12	18170	18181	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	209363645
8	NC_009727	ATTAAA	2	12	30352	30363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	154705832
9	NC_009727	TTTTTA	2	12	32930	32941	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	154706970
10	NC_009727	ATTAAT	2	12	39081	39092	50 %	50 %	0 %	0 %	154706910
11	NC_009727	CCGTTG	2	12	40323	40334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154706192
12	NC_009727	CGTTAT	2	12	40904	40915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	154706192
13	NC_009727	ATTGGT	2	12	43285	43296	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	154706317
14	NC_009727	GATAAT	2	12	45272	45283	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	154705781
15	NC_009727	GTCGAA	2	12	45830	45841	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154707506
16	NC_009727	GAATTA	2	12	47567	47578	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	154706010
17	NC_009727	CTAAAG	2	12	49060	49071	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209363653
18	NC_009727	TACTCG	2	12	52419	52430	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154707221
19	NC_009727	CCTTTT	2	12	53071	53082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209363656
20	NC_009727	GCATAG	2	12	64329	64340	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154707185
21	NC_009727	GAAGCC	2	12	68911	68922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154705751
22	NC_009727	CTGATA	2	12	69026	69037	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	154705751
23	NC_009727	TTGGCT	2	12	70056	70067	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	209363662
24	NC_009727	ATTGAT	2	12	72072	72083	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	154706906
25	NC_009727	GCAATT	2	12	72222	72233	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	154706906
26	NC_009727	CCTTGT	2	12	72797	72808	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	209363665
27	NC_009727	TCAAAG	2	12	75351	75362	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209363667
28	NC_009727	TTTTCT	2	12	76060	76071	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	209363669
29	NC_009727	CTTTTT	2	12	76142	76153	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	209363669
30	NC_009727	ATTGTT	2	12	78571	78582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	154706599
31	NC_009727	TTGGAT	2	12	88744	88755	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	154707212
32	NC_009727	GACTCC	2	12	91604	91615	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	154707257
33	NC_009727	AATTTT	2	12	92881	92892	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209363673
34	NC_009727	CCTTTG	2	12	93114	93125	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	209363674
35	NC_009727	ATAAAG	2	12	98139	98150	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	209363677
36	NC_009727	CATCCC	2	12	102401	102412	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	154706977
37	NC_009727	CCGCAG	2	12	104319	104330	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209363679
38	NC_009727	ACCATC	2	12	108961	108972	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	154705953
39	NC_009727	CCGCTG	2	12	110627	110638	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154705953
40	NC_009727	ATTGAA	2	12	111270	111281	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	154707089
41	NC_009727	GTTATG	2	12	119800	119811	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	154707193
42	NC_009727	TTTTCT	2	12	122676	122687	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	209363688
43	NC_009727	ACGCCT	2	12	123108	123119	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	154706571
44	NC_009727	AAGCCA	2	12	123858	123869	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	154706571
45	NC_009727	TATAAT	2	12	126836	126847	50 %	50 %	0 %	0 %	154707014
46	NC_009727	CATACG	2	12	127559	127570	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209363691
47	NC_009727	AAAAGC	2	12	128990	129001	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	209363692
48	NC_009727	GACGGT	2	12	132338	132349	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154706380
49	NC_009727	CTAATG	2	12	136935	136946	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	154706309
50	NC_009727	CCAAAG	2	12	140608	140619	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	154706035
51	NC_009727	TGTGAT	2	12	141536	141547	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	154706035
52	NC_009727	TAATAT	2	12	149113	149124	50 %	50 %	0 %	0 %	154706034
53	NC_009727	AATAAA	2	12	150436	150447	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	154706034
54	NC_009727	TCGAGG	2	12	152377	152388	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209363696
55	NC_009727	AAAACC	2	12	152858	152869	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	154707472
56	NC_009727	TAAATT	2	12	154747	154758	50 %	50 %	0 %	0 %	154705921
57	NC_009727	TGACAT	2	12	158900	158911	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	154707242
58	NC_009727	TCAACG	2	12	161629	161640	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209363699
59	NC_009727	GGTTTT	2	12	173152	173163	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209363703
60	NC_009727	TTTCGA	2	12	173274	173285	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	209363703
61	NC_009727	TTATCG	2	12	177336	177347	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	209363707
62	NC_009727	TTTTCC	2	12	178889	178900	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209363708
63	NC_009727	CCGCTT	2	12	184285	184296	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	209363710
64	NC_009727	CCATTT	2	12	186445	186456	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	154706390
65	NC_009727	TTTTCA	2	12	188679	188690	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	154707343
66	NC_009727	TTAATT	2	12	189664	189675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	154707343
67	NC_009727	ATTTTT	2	12	191005	191016	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	209363714
68	NC_009727	TTTTGA	2	12	199041	199052	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	154706782
69	NC_009727	AGATAC	2	12	199265	199276	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209363720
70	NC_009727	CGATCG	2	12	205838	205849	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209363722
71	NC_009727	CGGCGA	2	12	206132	206143	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	209363722
72	NC_009727	TCGCGC	2	12	208279	208290	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154707520
73	NC_009727	CAATCT	2	12	208806	208817	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209363723
74	NC_009727	TAGCCG	2	12	210951	210962	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154706336
75	NC_009727	TTCATT	2	12	212237	212248	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	209363724
76	NC_009727	ATTTCT	2	12	217369	217380	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	154705925
77	NC_009727	TGAATG	2	12	218522	218533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	154705925
78	NC_009727	TCTCAT	2	12	221678	221689	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	209363728
79	NC_009727	ATAACA	2	12	229796	229807	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	154707750
80	NC_009727	GGTCTC	2	12	232446	232457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154706246
81	NC_009727	TTATCC	2	12	235811	235822	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	154706262
82	NC_009727	TCTCAA	2	12	236076	236087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	154706262
83	NC_009727	TTCAGC	2	12	237612	237623	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154705816
84	NC_009727	TTTAGT	2	12	238628	238639	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	154707087
85	NC_009727	GAAGAT	2	12	240753	240764	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	154707681
86	NC_009727	ATTTTA	2	12	241134	241145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	154706062
87	NC_009727	CCGGTT	2	12	241185	241196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154706062
88	NC_009727	TTTTTC	2	12	247518	247529	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	209363738
89	NC_009727	TAAAAA	2	12	249058	249069	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	209363739
90	NC_009727	GATCGA	2	12	250107	250118	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	209363741
91	NC_009727	CATTTC	2	12	251920	251931	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	209363741
92	NC_009727	ACCAAA	2	12	253347	253358	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209363742
93	NC_009727	GAACCC	2	12	256423	256434	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	209363744
94	NC_009727	CCTTTA	2	12	257005	257016	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	154707723
95	NC_009727	TTGAGA	2	12	257605	257616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	154707280
96	NC_009727	ATTTTT	2	12	258009	258020	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	154707280
97	NC_009727	GCCGCT	2	12	258985	258996	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154706577
98	NC_009727	AAACCA	2	12	264073	264084	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	154706624
99	NC_009727	GGTAAA	2	12	264488	264499	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	154706624
100	NC_009727	TACGAA	2	12	270423	270434	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209363746
101	NC_009727	GCTTCG	2	12	271892	271903	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209363746
102	NC_009727	TGGTAG	2	12	272531	272542	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	209363746
103	NC_009727	AATATG	2	12	289340	289351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	209363752
104	NC_009727	ATGCCA	2	12	295102	295113	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	154706503
105	NC_009727	TTTTCT	2	12	297254	297265	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	154705857
106	NC_009727	TAAAAT	2	12	309822	309833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	154706136
107	NC_009727	ATCGCA	2	12	313862	313873	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	154706815
108	NC_009727	TTTTGC	2	12	317893	317904	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	154707609
109	NC_009727	GTTTCT	2	12	319657	319668	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	154705759
110	NC_009727	GAAAAA	2	12	324972	324983	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	154706588
111	NC_009727	TAGCAG	2	12	327593	327604	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	209363764
112	NC_009727	ATAAAA	2	12	334661	334672	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	154707359
113	NC_009727	GCAATA	2	12	337881	337892	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	154706650
114	NC_009727	CTGGCG	2	12	338102	338113	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154707117
115	NC_009727	AGAAAA	2	12	342006	342017	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	154706613
116	NC_009727	TGGGTT	2	12	346336	346347	0 %	50 %	50 %	0 %	154706791
117	NC_009727	GCGAAG	2	12	348177	348188	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	154706520
118	NC_009727	TCTTGT	2	12	353156	353167	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	209363774
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343	NC_009727	CTGAGA	2	12	1036775	1036786	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154706722
344	NC_009727	ATTAGA	2	12	1038584	1038595	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	154707037
345	NC_009727	CAGCGG	2	12	1041447	1041458	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	154706093
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461	NC_009727	GGCGGA	2	12	1396742	1396753	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	209364063
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