MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 chromosome

Total Repeats: 472

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009727	TTTCT	2	10	53	62	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009727	AGCGA	2	10	8078	8087	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009727	TCGCT	2	10	8128	8137	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_009727	TTTTC	2	10	12251	12260	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009727	TCGCG	2	10	14779	14788	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_009727	TGCCA	2	10	21325	21334	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_009727	TTAAA	2	10	21628	21637	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009727	ATCCC	2	10	22444	22453	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_009727	TCGCT	2	10	35367	35376	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_009727	AGCGA	2	10	43449	43458	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009727	TCGCT	2	10	43501	43510	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_009727	AAATC	2	10	47186	47195	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_009727	AAAAT	2	10	47209	47218	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009727	ATTTT	2	10	47295	47304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009727	AAAAT	2	10	51154	51163	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009727	AAATA	2	10	51636	51645	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009727	TTAAT	2	10	51793	51802	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009727	AGAGC	2	10	60082	60091	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009727	TATTT	2	10	60592	60601	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009727	AGCGA	2	10	62426	62435	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_009727	TCGCT	2	10	62476	62485	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_009727	ATGGT	2	10	71879	71888	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009727	TTCCA	2	10	80738	80747	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_009727	AGCGA	2	10	84344	84353	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009727	TCGCT	2	10	84388	84397	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_009727	AACAA	2	10	96638	96647	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009727	AAATA	2	10	113362	113371	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009727	GGCAA	2	10	113606	113615	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009727	GAAGG	2	10	117609	117618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009727	AGCGA	2	10	117807	117816	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009727	TCGCT	2	10	117857	117866	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_009727	TAACA	2	10	124257	124266	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009727	ATAAA	2	10	130693	130702	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009727	GCACA	2	10	132632	132641	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_009727	ATTTT	2	10	134785	134794	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009727	AAGAT	2	10	135120	135129	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009727	TAAGC	2	10	138996	139005	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_009727	GAAGC	2	10	147635	147644	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009727	TCGCT	2	10	147687	147696	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_009727	CCCAA	2	10	170641	170650	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_009727	TTAAT	2	10	171148	171157	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009727	AATCC	2	10	172061	172070	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_009727	GATGG	2	10	172490	172499	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009727	GAAGC	2	10	185138	185147	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009727	TTCGC	2	10	187698	187707	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_009727	TGCGC	2	10	202071	202080	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_009727	TCGCT	2	10	203072	203081	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_009727	TACTT	2	10	205556	205565	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009727	CGAAA	2	10	213114	213123	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009727	CGCTT	2	10	213153	213162	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_009727	ATTAA	2	10	216330	216339	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009727	AGCGA	2	10	224661	224670	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009727	TCGCT	2	10	224711	224720	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_009727	CTTAA	2	10	230491	230500	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009727	AAATA	2	10	233343	233352	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009727	TGCGC	2	10	241849	241858	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_009727	TCGCT	2	10	260160	260169	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_009727	TATTT	2	10	267133	267142	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009727	GAAGA	2	10	267213	267222	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009727	AACCG	2	10	267986	267995	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_009727	ATTTT	2	10	269184	269193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009727	GAAGC	2	10	277813	277822	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009727	CTCTC	2	10	279733	279742	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_009727	ATATA	2	10	295233	295242	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009727	CTGCG	2	10	297171	297180	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_009727	ATTTA	2	10	299600	299609	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009727	TTAAT	2	10	300866	300875	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009727	CTTAA	2	10	301039	301048	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009727	GTAAG	2	10	303115	303124	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009727	AGCGA	2	10	310836	310845	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_009727	TACTT	2	10	310906	310915	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009727	GTGTT	2	10	313713	313722	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009727	AGCGA	2	10	316401	316410	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_009727	AGCGA	2	10	326321	326330	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_009727	TCGCT	2	10	326371	326380	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_009727	TTAAT	2	10	328036	328045	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009727	AGCGA	2	10	328361	328370	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_009727	TCGCT	2	10	328411	328420	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_009727	AGCGA	2	10	334441	334450	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_009727	TCGCT	2	10	334491	334500	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_009727	GAAGC	2	10	340671	340680	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009727	TCGCT	2	10	340723	340732	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_009727	TTAAT	2	10	343424	343433	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009727	TAAGG	2	10	357146	357155	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009727	TTAAT	2	10	362797	362806	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009727	AGAAA	2	10	364385	364394	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009727	AATTA	2	10	364746	364755	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009727	ATATA	2	10	365145	365154	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009727	ATTTA	2	10	373807	373816	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009727	AGCGA	2	10	373926	373935	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009727	TCGCT	2	10	373976	373985	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_009727	AGCAG	2	10	375470	375479	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_009727	ATTAC	2	10	375791	375800	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_009727	GCCAA	2	10	376885	376894	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_009727	CGCTT	2	10	381198	381207	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_009727	AGCGA	2	10	382061	382070	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_009727	TCGCT	2	10	382111	382120	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_009727	GAAGC	2	10	400254	400263	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_009727	TCGCT	2	10	400306	400315	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_009727	TCGCT	2	10	404404	404413	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_009727	ATCAA	2	10	407851	407860	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_009727	ATTTT	2	10	408424	408433	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009727	AACCT	2	10	409141	409150	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_009727	ATTAA	2	10	410836	410845	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009727	AATTA	2	10	414471	414480	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009727	TGCGC	2	10	421223	421232	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_009727	GAAGC	2	10	427002	427011	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_009727	TCGCT	2	10	427045	427054	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_009727	TCGCT	2	10	427805	427814	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_009727	TACTT	2	10	438057	438066	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_009727	AAAAG	2	10	439269	439278	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009727	ACAGT	2	10	439387	439396	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009727	TAAAT	2	10	448048	448057	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009727	GGGGA	2	10	449572	449581	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009727	GCAGC	2	10	461963	461972	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_009727	CGCTG	2	10	462009	462018	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
117	NC_009727	AGCGA	2	10	467015	467024	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_009727	GCAAA	2	10	468202	468211	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_009727	GAAGC	2	10	475259	475268	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_009727	CGCTT	2	10	475312	475321	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_009727	TACTT	2	10	476705	476714	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_009727	ATTTT	2	10	481894	481903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009727	TGATT	2	10	482832	482841	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009727	AAAAT	2	10	483148	483157	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009727	TCGCT	2	10	485338	485347	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_009727	TAATT	2	10	488690	488699	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009727	ATTTA	2	10	494900	494909	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009727	ATTTA	2	10	495693	495702	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009727	TTTAA	2	10	495917	495926	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009727	GCGCA	2	10	507694	507703	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_009727	TAATT	2	10	513127	513136	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009727	TAGTT	2	10	516330	516339	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009727	AAAAT	2	10	517499	517508	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009727	TGCTT	2	10	517771	517780	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009727	TTCCA	2	10	521300	521309	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_009727	AGCGA	2	10	521875	521884	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_009727	TCGCT	2	10	521924	521933	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_009727	TCATT	2	10	538101	538110	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_009727	TATAA	2	10	538119	538128	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009727	AGGTA	2	10	538267	538276	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009727	TCGCT	2	10	542705	542714	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_009727	TCGCT	2	10	544544	544553	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_009727	TCGCT	2	10	546846	546855	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_009727	TCGCT	2	10	556188	556197	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_009727	AGCGA	2	10	566809	566818	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_009727	AGCGA	2	10	568114	568123	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_009727	TCGCT	2	10	568163	568172	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_009727	GAAAA	2	10	580229	580238	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.