MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 plasmid pQpDG

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009726	GGGT	2	8	166	173	0 %	25 %	75 %	0 %	154688252
2	NC_009726	GAAC	2	8	412	419	50 %	0 %	25 %	25 %	154688252
3	NC_009726	GGTA	2	8	808	815	25 %	25 %	50 %	0 %	209363623
4	NC_009726	GCTG	2	8	889	896	0 %	25 %	50 %	25 %	209363623
5	NC_009726	CAGG	2	8	1219	1226	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_009726	ATTG	2	8	1294	1301	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009726	TTCA	2	8	1726	1733	25 %	50 %	0 %	25 %	154688289
8	NC_009726	ATCA	2	8	1822	1829	50 %	25 %	0 %	25 %	154688289
9	NC_009726	AGCA	2	8	2056	2063	50 %	0 %	25 %	25 %	154688289
10	NC_009726	TTTA	2	8	2843	2850	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009726	AAAT	2	8	2908	2915	75 %	25 %	0 %	0 %	154688312
12	NC_009726	GAAA	2	8	3459	3466	75 %	0 %	25 %	0 %	154688312
13	NC_009726	TTGC	2	8	3771	3778	0 %	50 %	25 %	25 %	154688308
14	NC_009726	ATGG	2	8	3990	3997	25 %	25 %	50 %	0 %	154688308
15	NC_009726	TCTT	2	8	4043	4050	0 %	75 %	0 %	25 %	154688308
16	NC_009726	TTGA	2	8	4378	4385	25 %	50 %	25 %	0 %	154688308
17	NC_009726	CGAG	2	8	4683	4690	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_009726	ATTA	2	8	4786	4793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009726	CCAA	2	8	4852	4859	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009726	TTGC	2	8	4909	4916	0 %	50 %	25 %	25 %	154688260
21	NC_009726	ATAC	2	8	4968	4975	50 %	25 %	0 %	25 %	154688260
22	NC_009726	TAAC	2	8	5434	5441	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_009726	CGCA	2	8	6478	6485	25 %	0 %	25 %	50 %	209363624
24	NC_009726	CAAT	2	8	7114	7121	50 %	25 %	0 %	25 %	209363624
25	NC_009726	GATG	2	8	7358	7365	25 %	25 %	50 %	0 %	209363624
26	NC_009726	AAAT	2	8	7623	7630	75 %	25 %	0 %	0 %	154688294
27	NC_009726	CAAA	2	8	7695	7702	75 %	0 %	0 %	25 %	154688294
28	NC_009726	TAAA	2	8	8399	8406	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009726	CCAT	2	8	9112	9119	25 %	25 %	0 %	50 %	154688273
30	NC_009726	TCGC	2	8	9233	9240	0 %	25 %	25 %	50 %	154688273
31	NC_009726	TCTT	2	8	9428	9435	0 %	75 %	0 %	25 %	154688273
32	NC_009726	AAGA	2	8	9522	9529	75 %	0 %	25 %	0 %	154688273
33	NC_009726	GCTT	2	8	9737	9744	0 %	50 %	25 %	25 %	154688273
34	NC_009726	TGAT	2	8	10394	10401	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009726	TCCT	2	8	10766	10773	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_009726	GGCT	2	8	10819	10826	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_009726	TTGA	2	8	10885	10892	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009726	TCTT	2	8	11243	11250	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_009726	TAAA	2	8	11347	11354	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009726	GCTT	2	8	11432	11439	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_009726	GCAC	2	8	11808	11815	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_009726	TTAT	2	8	12184	12191	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009726	TAAA	2	8	12321	12328	75 %	25 %	0 %	0 %	154688265
44	NC_009726	ATTA	2	8	12588	12595	50 %	50 %	0 %	0 %	154688265
45	NC_009726	TATT	2	8	12770	12777	25 %	75 %	0 %	0 %	154688265
46	NC_009726	CTGT	2	8	12795	12802	0 %	50 %	25 %	25 %	154688265
47	NC_009726	CTTT	2	8	13127	13134	0 %	75 %	0 %	25 %	154688249
48	NC_009726	TTGC	2	8	13146	13153	0 %	50 %	25 %	25 %	154688249
49	NC_009726	TTGC	2	8	13211	13218	0 %	50 %	25 %	25 %	154688249
50	NC_009726	AGTA	2	8	13287	13294	50 %	25 %	25 %	0 %	154688249
51	NC_009726	ACCA	2	8	13468	13475	50 %	0 %	0 %	50 %	154688249
52	NC_009726	AAAT	2	8	13837	13844	75 %	25 %	0 %	0 %	209363625
53	NC_009726	ATGT	2	8	14293	14300	25 %	50 %	25 %	0 %	154688274
54	NC_009726	TTAC	2	8	14901	14908	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_009726	GCCC	2	8	15206	15213	0 %	0 %	25 %	75 %	209363627
56	NC_009726	TGGG	2	8	15364	15371	0 %	25 %	75 %	0 %	154688310
57	NC_009726	GCAA	2	8	16320	16327	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_009726	GGCG	2	8	17547	17554	0 %	0 %	75 %	25 %	209363628
59	NC_009726	AAGC	2	8	17672	17679	50 %	0 %	25 %	25 %	209363628
60	NC_009726	ACCA	2	8	17801	17808	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_009726	TTTC	2	8	17940	17947	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_009726	TTGG	2	8	18296	18303	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009726	CCTG	2	8	18692	18699	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_009726	TCTG	2	8	18847	18854	0 %	50 %	25 %	25 %	209363629
65	NC_009726	ATTT	3	12	19648	19659	25 %	75 %	0 %	0 %	154688291
66	NC_009726	CATT	2	8	19724	19731	25 %	50 %	0 %	25 %	154688291
67	NC_009726	TCAA	2	8	20109	20116	50 %	25 %	0 %	25 %	154688291
68	NC_009726	TTCA	2	8	20548	20555	25 %	50 %	0 %	25 %	209363630
69	NC_009726	ATCA	2	8	20644	20651	50 %	25 %	0 %	25 %	154688306
70	NC_009726	AGCA	2	8	20878	20885	50 %	0 %	25 %	25 %	154688306
71	NC_009726	GTTT	2	8	21429	21436	0 %	75 %	25 %	0 %	154688279
72	NC_009726	AATT	2	8	21795	21802	50 %	50 %	0 %	0 %	154688279
73	NC_009726	TGAT	2	8	21921	21928	25 %	50 %	25 %	0 %	154688279
74	NC_009726	CCGG	2	8	22166	22173	0 %	0 %	50 %	50 %	154688279
75	NC_009726	CTTG	2	8	23129	23136	0 %	50 %	25 %	25 %	154688290
76	NC_009726	TTGA	2	8	23455	23462	25 %	50 %	25 %	0 %	154688290
77	NC_009726	TTCT	2	8	23492	23499	0 %	75 %	0 %	25 %	154688290
78	NC_009726	ATTT	2	8	23904	23911	25 %	75 %	0 %	0 %	209363631
79	NC_009726	ATTT	2	8	24048	24055	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009726	TCGA	2	8	24167	24174	25 %	25 %	25 %	25 %	209363632
81	NC_009726	TCAT	2	8	24264	24271	25 %	50 %	0 %	25 %	209363632
82	NC_009726	TTTA	2	8	24526	24533	25 %	75 %	0 %	0 %	209363632
83	NC_009726	AAAT	2	8	24725	24732	75 %	25 %	0 %	0 %	209363632
84	NC_009726	GAAA	2	8	24836	24843	75 %	0 %	25 %	0 %	209363632
85	NC_009726	ACCA	2	8	24993	25000	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_009726	TGGG	2	8	25919	25926	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009726	ATGA	2	8	26010	26017	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009726	GCGA	2	8	26266	26273	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_009726	CCGT	2	8	26808	26815	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009726	AATA	2	8	27533	27540	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009726	GAAA	2	8	27624	27631	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009726	AGGT	2	8	28128	28135	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009726	GGCG	2	8	28625	28632	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
94	NC_009726	CCAT	2	8	29346	29353	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_009726	GAAA	2	8	29500	29507	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009726	GGAT	2	8	30356	30363	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009726	TCTA	2	8	30505	30512	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_009726	GCTC	2	8	30630	30637	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_009726	TTCA	2	8	31241	31248	25 %	50 %	0 %	25 %	209363633
100	NC_009726	TCTT	2	8	31475	31482	0 %	75 %	0 %	25 %	209363633
101	NC_009726	ATAA	2	8	32027	32034	75 %	25 %	0 %	0 %	209363633
102	NC_009726	CGAG	2	8	32868	32875	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_009726	AAAT	2	8	33964	33971	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009726	TTAA	2	8	34024	34031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009726	GAAA	2	8	34142	34149	75 %	0 %	25 %	0 %	154688297
106	NC_009726	TATT	2	8	34225	34232	25 %	75 %	0 %	0 %	154688297
107	NC_009726	ATCA	2	8	35139	35146	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_009726	CGAC	2	8	35415	35422	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_009726	TCGT	2	8	35536	35543	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_009726	ATGG	2	8	35577	35584	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009726	TGAA	2	8	35656	35663	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009726	CTTT	2	8	35745	35752	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_009726	AATT	2	8	35862	35869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009726	GCTG	2	8	35995	36002	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_009726	AGAT	2	8	36045	36052	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009726	AAAG	2	8	36259	36266	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009726	GCAA	2	8	36780	36787	50 %	0 %	25 %	25 %	154688280
118	NC_009726	TCAA	2	8	37051	37058	50 %	25 %	0 %	25 %	154688280
119	NC_009726	TTTG	2	8	37204	37211	0 %	75 %	25 %	0 %	209363635
120	NC_009726	CAGC	2	8	37653	37660	25 %	0 %	25 %	50 %	209363635
121	NC_009726	AAGG	2	8	38500	38507	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009726	CAAA	2	8	39196	39203	75 %	0 %	0 %	25 %	154688295
123	NC_009726	GAAT	2	8	39402	39409	50 %	25 %	25 %	0 %	154688295
124	NC_009726	ACGT	2	8	39411	39418	25 %	25 %	25 %	25 %	154688295
125	NC_009726	AGGC	2	8	39474	39481	25 %	0 %	50 %	25 %	154688295
126	NC_009726	ATTG	2	8	39568	39575	25 %	50 %	25 %	0 %	154688295
127	NC_009726	CGAT	2	8	40172	40179	25 %	25 %	25 %	25 %	209363636
128	NC_009726	GCAA	2	8	40194	40201	50 %	0 %	25 %	25 %	209363636
129	NC_009726	TCCT	2	8	40342	40349	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_009726	AGAT	2	8	40647	40654	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009726	CTTG	2	8	42309	42316	0 %	50 %	25 %	25 %	154688259
132	NC_009726	TAAG	2	8	42591	42598	50 %	25 %	25 %	0 %	209363638
133	NC_009726	ATCC	2	8	43145	43152	25 %	25 %	0 %	50 %	209363638
134	NC_009726	TGGC	2	8	43186	43193	0 %	25 %	50 %	25 %	209363638
135	NC_009726	GGTT	2	8	43528	43535	0 %	50 %	50 %	0 %	209363638
136	NC_009726	GTGA	2	8	43602	43609	25 %	25 %	50 %	0 %	209363638
137	NC_009726	CTTT	2	8	43639	43646	0 %	75 %	0 %	25 %	209363638
138	NC_009726	TTTG	2	8	43757	43764	0 %	75 %	25 %	0 %	209363638
139	NC_009726	GTTT	2	8	43800	43807	0 %	75 %	25 %	0 %	209363638
140	NC_009726	TTTC	2	8	44822	44829	0 %	75 %	0 %	25 %	209363638
141	NC_009726	GCAA	2	8	44833	44840	50 %	0 %	25 %	25 %	209363638
142	NC_009726	CCTT	2	8	45277	45284	0 %	50 %	0 %	50 %	154688304
143	NC_009726	CTTA	2	8	46091	46098	25 %	50 %	0 %	25 %	154688262
144	NC_009726	AACT	2	8	46439	46446	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_009726	TTCT	2	8	46623	46630	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_009726	GTTG	2	8	47303	47310	0 %	50 %	50 %	0 %	209363639
147	NC_009726	CAAA	2	8	47389	47396	75 %	0 %	0 %	25 %	209363639
148	NC_009726	ACCC	2	8	47860	47867	25 %	0 %	0 %	75 %	209363640
149	NC_009726	CTTC	2	8	47918	47925	0 %	50 %	0 %	50 %	209363640
150	NC_009726	ATTG	2	8	48547	48554	25 %	50 %	25 %	0 %	209363641
151	NC_009726	TTTC	2	8	48595	48602	0 %	75 %	0 %	25 %	209363641
152	NC_009726	GTTT	2	8	49208	49215	0 %	75 %	25 %	0 %	209363641
153	NC_009726	GGAA	2	8	49899	49906	50 %	0 %	50 %	0 %	154688300
154	NC_009726	ATTG	2	8	50394	50401	25 %	50 %	25 %	0 %	154688300
155	NC_009726	ATGA	2	8	50478	50485	50 %	25 %	25 %	0 %	154688300
156	NC_009726	TTCT	2	8	50647	50654	0 %	75 %	0 %	25 %	154688300
157	NC_009726	TAAT	2	8	50791	50798	50 %	50 %	0 %	0 %	154688300
158	NC_009726	TAAA	2	8	50975	50982	75 %	25 %	0 %	0 %	154688253
159	NC_009726	CAGC	2	8	51151	51158	25 %	0 %	25 %	50 %	154688253
160	NC_009726	GAAT	2	8	51918	51925	50 %	25 %	25 %	0 %	154688299
161	NC_009726	AAAG	2	8	52008	52015	75 %	0 %	25 %	0 %	154688299
162	NC_009726	TTTA	2	8	52030	52037	25 %	75 %	0 %	0 %	154688299
163	NC_009726	TAAT	2	8	52644	52651	50 %	50 %	0 %	0 %	154688299
164	NC_009726	GAAA	2	8	52912	52919	75 %	0 %	25 %	0 %	154688299
165	NC_009726	GCTT	2	8	53111	53118	0 %	50 %	25 %	25 %	154688299
166	NC_009726	TTCT	2	8	53324	53331	0 %	75 %	0 %	25 %	209363642
167	NC_009726	CGAA	2	8	53495	53502	50 %	0 %	25 %	25 %	209363642
168	NC_009726	TGTT	2	8	54030	54037	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
169	NC_009726	TTTA	2	8	54041	54048	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_009726	TAGT	2	8	54059	54066	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
171	NC_009726	TTTA	2	8	54071	54078	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.