MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 plasmid pQpDG

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009726	GGGT	2	8	166	173	0 %	25 %	75 %	0 %	154688252
2	NC_009726	GAAC	2	8	412	419	50 %	0 %	25 %	25 %	154688252
3	NC_009726	GGTA	2	8	808	815	25 %	25 %	50 %	0 %	209363623
4	NC_009726	GCTG	2	8	889	896	0 %	25 %	50 %	25 %	209363623
5	NC_009726	TTCA	2	8	1726	1733	25 %	50 %	0 %	25 %	154688289
6	NC_009726	ATCA	2	8	1822	1829	50 %	25 %	0 %	25 %	154688289
7	NC_009726	AGCA	2	8	2056	2063	50 %	0 %	25 %	25 %	154688289
8	NC_009726	AAAT	2	8	2908	2915	75 %	25 %	0 %	0 %	154688312
9	NC_009726	GAAA	2	8	3459	3466	75 %	0 %	25 %	0 %	154688312
10	NC_009726	TTGC	2	8	3771	3778	0 %	50 %	25 %	25 %	154688308
11	NC_009726	ATGG	2	8	3990	3997	25 %	25 %	50 %	0 %	154688308
12	NC_009726	TCTT	2	8	4043	4050	0 %	75 %	0 %	25 %	154688308
13	NC_009726	TTGA	2	8	4378	4385	25 %	50 %	25 %	0 %	154688308
14	NC_009726	TTGC	2	8	4909	4916	0 %	50 %	25 %	25 %	154688260
15	NC_009726	ATAC	2	8	4968	4975	50 %	25 %	0 %	25 %	154688260
16	NC_009726	CGCA	2	8	6478	6485	25 %	0 %	25 %	50 %	209363624
17	NC_009726	CAAT	2	8	7114	7121	50 %	25 %	0 %	25 %	209363624
18	NC_009726	GATG	2	8	7358	7365	25 %	25 %	50 %	0 %	209363624
19	NC_009726	AAAT	2	8	7623	7630	75 %	25 %	0 %	0 %	154688294
20	NC_009726	CAAA	2	8	7695	7702	75 %	0 %	0 %	25 %	154688294
21	NC_009726	CCAT	2	8	9112	9119	25 %	25 %	0 %	50 %	154688273
22	NC_009726	TCGC	2	8	9233	9240	0 %	25 %	25 %	50 %	154688273
23	NC_009726	TCTT	2	8	9428	9435	0 %	75 %	0 %	25 %	154688273
24	NC_009726	AAGA	2	8	9522	9529	75 %	0 %	25 %	0 %	154688273
25	NC_009726	GCTT	2	8	9737	9744	0 %	50 %	25 %	25 %	154688273
26	NC_009726	TAAA	2	8	12321	12328	75 %	25 %	0 %	0 %	154688265
27	NC_009726	ATTA	2	8	12588	12595	50 %	50 %	0 %	0 %	154688265
28	NC_009726	TATT	2	8	12770	12777	25 %	75 %	0 %	0 %	154688265
29	NC_009726	CTGT	2	8	12795	12802	0 %	50 %	25 %	25 %	154688265
30	NC_009726	CTTT	2	8	13127	13134	0 %	75 %	0 %	25 %	154688249
31	NC_009726	TTGC	2	8	13146	13153	0 %	50 %	25 %	25 %	154688249
32	NC_009726	TTGC	2	8	13211	13218	0 %	50 %	25 %	25 %	154688249
33	NC_009726	AGTA	2	8	13287	13294	50 %	25 %	25 %	0 %	154688249
34	NC_009726	ACCA	2	8	13468	13475	50 %	0 %	0 %	50 %	154688249
35	NC_009726	AAAT	2	8	13837	13844	75 %	25 %	0 %	0 %	209363625
36	NC_009726	ATGT	2	8	14293	14300	25 %	50 %	25 %	0 %	154688274
37	NC_009726	GCCC	2	8	15206	15213	0 %	0 %	25 %	75 %	209363627
38	NC_009726	TGGG	2	8	15364	15371	0 %	25 %	75 %	0 %	154688310
39	NC_009726	GGCG	2	8	17547	17554	0 %	0 %	75 %	25 %	209363628
40	NC_009726	AAGC	2	8	17672	17679	50 %	0 %	25 %	25 %	209363628
41	NC_009726	TCTG	2	8	18847	18854	0 %	50 %	25 %	25 %	209363629
42	NC_009726	ATTT	3	12	19648	19659	25 %	75 %	0 %	0 %	154688291
43	NC_009726	CATT	2	8	19724	19731	25 %	50 %	0 %	25 %	154688291
44	NC_009726	TCAA	2	8	20109	20116	50 %	25 %	0 %	25 %	154688291
45	NC_009726	TTCA	2	8	20548	20555	25 %	50 %	0 %	25 %	209363630
46	NC_009726	ATCA	2	8	20644	20651	50 %	25 %	0 %	25 %	154688306
47	NC_009726	AGCA	2	8	20878	20885	50 %	0 %	25 %	25 %	154688306
48	NC_009726	GTTT	2	8	21429	21436	0 %	75 %	25 %	0 %	154688279
49	NC_009726	AATT	2	8	21795	21802	50 %	50 %	0 %	0 %	154688279
50	NC_009726	TGAT	2	8	21921	21928	25 %	50 %	25 %	0 %	154688279
51	NC_009726	CCGG	2	8	22166	22173	0 %	0 %	50 %	50 %	154688279
52	NC_009726	CTTG	2	8	23129	23136	0 %	50 %	25 %	25 %	154688290
53	NC_009726	TTGA	2	8	23455	23462	25 %	50 %	25 %	0 %	154688290
54	NC_009726	TTCT	2	8	23492	23499	0 %	75 %	0 %	25 %	154688290
55	NC_009726	ATTT	2	8	23904	23911	25 %	75 %	0 %	0 %	209363631
56	NC_009726	TCGA	2	8	24167	24174	25 %	25 %	25 %	25 %	209363632
57	NC_009726	TCAT	2	8	24264	24271	25 %	50 %	0 %	25 %	209363632
58	NC_009726	TTTA	2	8	24526	24533	25 %	75 %	0 %	0 %	209363632
59	NC_009726	AAAT	2	8	24725	24732	75 %	25 %	0 %	0 %	209363632
60	NC_009726	GAAA	2	8	24836	24843	75 %	0 %	25 %	0 %	209363632
61	NC_009726	TTCA	2	8	31241	31248	25 %	50 %	0 %	25 %	209363633
62	NC_009726	TCTT	2	8	31475	31482	0 %	75 %	0 %	25 %	209363633
63	NC_009726	ATAA	2	8	32027	32034	75 %	25 %	0 %	0 %	209363633
64	NC_009726	GAAA	2	8	34142	34149	75 %	0 %	25 %	0 %	154688297
65	NC_009726	TATT	2	8	34225	34232	25 %	75 %	0 %	0 %	154688297
66	NC_009726	GCAA	2	8	36780	36787	50 %	0 %	25 %	25 %	154688280
67	NC_009726	TCAA	2	8	37051	37058	50 %	25 %	0 %	25 %	154688280
68	NC_009726	TTTG	2	8	37204	37211	0 %	75 %	25 %	0 %	209363635
69	NC_009726	CAGC	2	8	37653	37660	25 %	0 %	25 %	50 %	209363635
70	NC_009726	CAAA	2	8	39196	39203	75 %	0 %	0 %	25 %	154688295
71	NC_009726	GAAT	2	8	39402	39409	50 %	25 %	25 %	0 %	154688295
72	NC_009726	ACGT	2	8	39411	39418	25 %	25 %	25 %	25 %	154688295
73	NC_009726	AGGC	2	8	39474	39481	25 %	0 %	50 %	25 %	154688295
74	NC_009726	ATTG	2	8	39568	39575	25 %	50 %	25 %	0 %	154688295
75	NC_009726	CGAT	2	8	40172	40179	25 %	25 %	25 %	25 %	209363636
76	NC_009726	GCAA	2	8	40194	40201	50 %	0 %	25 %	25 %	209363636
77	NC_009726	CTTG	2	8	42309	42316	0 %	50 %	25 %	25 %	154688259
78	NC_009726	TAAG	2	8	42591	42598	50 %	25 %	25 %	0 %	209363638
79	NC_009726	ATCC	2	8	43145	43152	25 %	25 %	0 %	50 %	209363638
80	NC_009726	TGGC	2	8	43186	43193	0 %	25 %	50 %	25 %	209363638
81	NC_009726	GGTT	2	8	43528	43535	0 %	50 %	50 %	0 %	209363638
82	NC_009726	GTGA	2	8	43602	43609	25 %	25 %	50 %	0 %	209363638
83	NC_009726	CTTT	2	8	43639	43646	0 %	75 %	0 %	25 %	209363638
84	NC_009726	TTTG	2	8	43757	43764	0 %	75 %	25 %	0 %	209363638
85	NC_009726	GTTT	2	8	43800	43807	0 %	75 %	25 %	0 %	209363638
86	NC_009726	TTTC	2	8	44822	44829	0 %	75 %	0 %	25 %	209363638
87	NC_009726	GCAA	2	8	44833	44840	50 %	0 %	25 %	25 %	209363638
88	NC_009726	CCTT	2	8	45277	45284	0 %	50 %	0 %	50 %	154688304
89	NC_009726	CTTA	2	8	46091	46098	25 %	50 %	0 %	25 %	154688262
90	NC_009726	GTTG	2	8	47303	47310	0 %	50 %	50 %	0 %	209363639
91	NC_009726	CAAA	2	8	47389	47396	75 %	0 %	0 %	25 %	209363639
92	NC_009726	ACCC	2	8	47860	47867	25 %	0 %	0 %	75 %	209363640
93	NC_009726	CTTC	2	8	47918	47925	0 %	50 %	0 %	50 %	209363640
94	NC_009726	ATTG	2	8	48547	48554	25 %	50 %	25 %	0 %	209363641
95	NC_009726	TTTC	2	8	48595	48602	0 %	75 %	0 %	25 %	209363641
96	NC_009726	GTTT	2	8	49208	49215	0 %	75 %	25 %	0 %	209363641
97	NC_009726	GGAA	2	8	49899	49906	50 %	0 %	50 %	0 %	154688300
98	NC_009726	ATTG	2	8	50394	50401	25 %	50 %	25 %	0 %	154688300
99	NC_009726	ATGA	2	8	50478	50485	50 %	25 %	25 %	0 %	154688300
100	NC_009726	TTCT	2	8	50647	50654	0 %	75 %	0 %	25 %	154688300
101	NC_009726	TAAT	2	8	50791	50798	50 %	50 %	0 %	0 %	154688300
102	NC_009726	TAAA	2	8	50975	50982	75 %	25 %	0 %	0 %	154688253
103	NC_009726	CAGC	2	8	51151	51158	25 %	0 %	25 %	50 %	154688253
104	NC_009726	GAAT	2	8	51918	51925	50 %	25 %	25 %	0 %	154688299
105	NC_009726	AAAG	2	8	52008	52015	75 %	0 %	25 %	0 %	154688299
106	NC_009726	TTTA	2	8	52030	52037	25 %	75 %	0 %	0 %	154688299
107	NC_009726	TAAT	2	8	52644	52651	50 %	50 %	0 %	0 %	154688299
108	NC_009726	GAAA	2	8	52912	52919	75 %	0 %	25 %	0 %	154688299
109	NC_009726	GCTT	2	8	53111	53118	0 %	50 %	25 %	25 %	154688299
110	NC_009726	TTCT	2	8	53324	53331	0 %	75 %	0 %	25 %	209363642
111	NC_009726	CGAA	2	8	53495	53502	50 %	0 %	25 %	25 %	209363642

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.