MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 plasmid pQpDG

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009726	TA	4	8	30	37	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009726	AT	3	6	61	66	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009726	CA	3	6	422	427	50 %	0 %	0 %	50 %	154688252
4	NC_009726	AC	3	6	1756	1761	50 %	0 %	0 %	50 %	154688289
5	NC_009726	TC	3	6	1844	1849	0 %	50 %	0 %	50 %	154688289
6	NC_009726	TG	3	6	2289	2294	0 %	50 %	50 %	0 %	154688289
7	NC_009726	AC	3	6	3532	3537	50 %	0 %	0 %	50 %	154688312
8	NC_009726	CA	4	8	4936	4943	50 %	0 %	0 %	50 %	154688260
9	NC_009726	CG	3	6	6222	6227	0 %	0 %	50 %	50 %	209363624
10	NC_009726	GC	3	6	6702	6707	0 %	0 %	50 %	50 %	209363624
11	NC_009726	AT	3	6	6740	6745	50 %	50 %	0 %	0 %	209363624
12	NC_009726	CA	3	6	6761	6766	50 %	0 %	0 %	50 %	209363624
13	NC_009726	AT	3	6	7976	7981	50 %	50 %	0 %	0 %	154688257
14	NC_009726	CA	3	6	10426	10431	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_009726	TG	3	6	10437	10442	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009726	GC	3	6	11566	11571	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
17	NC_009726	TC	4	8	11640	11647	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_009726	TC	3	6	11743	11748	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_009726	TC	3	6	11919	11924	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009726	TG	3	6	12164	12169	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009726	AT	3	6	13100	13105	50 %	50 %	0 %	0 %	154688249
22	NC_009726	AG	3	6	14031	14036	50 %	0 %	50 %	0 %	209363626
23	NC_009726	TG	3	6	14123	14128	0 %	50 %	50 %	0 %	209363626
24	NC_009726	GA	3	6	14240	14245	50 %	0 %	50 %	0 %	154688274
25	NC_009726	AT	3	6	14919	14924	50 %	50 %	0 %	0 %	209363627
26	NC_009726	TG	3	6	15336	15341	0 %	50 %	50 %	0 %	154688310
27	NC_009726	GA	3	6	16987	16992	50 %	0 %	50 %	0 %	209363628
28	NC_009726	TG	3	6	18051	18056	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009726	TG	3	6	18524	18529	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009726	GA	3	6	19213	19218	50 %	0 %	50 %	0 %	154688291
31	NC_009726	AG	3	6	19394	19399	50 %	0 %	50 %	0 %	154688291
32	NC_009726	AC	3	6	19595	19600	50 %	0 %	0 %	50 %	154688291
33	NC_009726	GC	3	6	20019	20024	0 %	0 %	50 %	50 %	154688291
34	NC_009726	AT	3	6	20424	20429	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009726	AC	3	6	20578	20583	50 %	0 %	0 %	50 %	154688306
36	NC_009726	TC	3	6	20666	20671	0 %	50 %	0 %	50 %	154688306
37	NC_009726	GT	3	6	21156	21161	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009726	TG	3	6	22626	22631	0 %	50 %	50 %	0 %	154688290
39	NC_009726	AG	3	6	23597	23602	50 %	0 %	50 %	0 %	154688290
40	NC_009726	TA	3	6	24644	24649	50 %	50 %	0 %	0 %	209363632
41	NC_009726	GA	3	6	24773	24778	50 %	0 %	50 %	0 %	209363632
42	NC_009726	AT	3	6	26185	26190	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009726	GA	3	6	27310	27315	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009726	TC	3	6	27760	27765	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_009726	TA	3	6	28046	28051	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009726	GC	3	6	28255	28260	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_009726	GC	3	6	28752	28757	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_009726	TG	3	6	29774	29779	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009726	TA	3	6	30833	30838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009726	AG	3	6	30907	30912	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009726	TG	3	6	33638	33643	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009726	AT	3	6	34406	34411	50 %	50 %	0 %	0 %	154688297
53	NC_009726	TC	3	6	34603	34608	0 %	50 %	0 %	50 %	154688297
54	NC_009726	TA	3	6	35219	35224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009726	AG	3	6	35514	35519	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009726	AG	4	8	36083	36090	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009726	GC	3	6	36729	36734	0 %	0 %	50 %	50 %	154688280
58	NC_009726	GC	3	6	37261	37266	0 %	0 %	50 %	50 %	209363635
59	NC_009726	TC	3	6	39347	39352	0 %	50 %	0 %	50 %	154688295
60	NC_009726	TC	3	6	39917	39922	0 %	50 %	0 %	50 %	154688288
61	NC_009726	CA	3	6	40048	40053	50 %	0 %	0 %	50 %	209363636
62	NC_009726	CT	3	6	40232	40237	0 %	50 %	0 %	50 %	209363636
63	NC_009726	TC	3	6	40457	40462	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_009726	CA	3	6	40604	40609	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_009726	AT	3	6	40775	40780	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009726	TA	3	6	40807	40812	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009726	TG	3	6	41078	41083	0 %	50 %	50 %	0 %	154688270
68	NC_009726	TC	3	6	43267	43272	0 %	50 %	0 %	50 %	209363638
69	NC_009726	TG	3	6	43378	43383	0 %	50 %	50 %	0 %	209363638
70	NC_009726	GT	3	6	43582	43587	0 %	50 %	50 %	0 %	209363638
71	NC_009726	GA	4	8	44264	44271	50 %	0 %	50 %	0 %	209363638
72	NC_009726	CT	3	6	44892	44897	0 %	50 %	0 %	50 %	209363638
73	NC_009726	AT	3	6	45243	45248	50 %	50 %	0 %	0 %	154688304
74	NC_009726	CT	3	6	45300	45305	0 %	50 %	0 %	50 %	154688304
75	NC_009726	TA	4	8	46859	46866	50 %	50 %	0 %	0 %	154688258
76	NC_009726	AG	3	6	47895	47900	50 %	0 %	50 %	0 %	209363640
77	NC_009726	TC	3	6	48244	48249	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_009726	AT	3	6	48269	48274	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009726	GC	3	6	49005	49010	0 %	0 %	50 %	50 %	209363641
80	NC_009726	GA	3	6	49176	49181	50 %	0 %	50 %	0 %	209363641
81	NC_009726	TG	3	6	50662	50667	0 %	50 %	50 %	0 %	154688300
82	NC_009726	GC	3	6	51746	51751	0 %	0 %	50 %	50 %	154688253
83	NC_009726	TG	3	6	51803	51808	0 %	50 %	50 %	0 %	154688253
84	NC_009726	GA	3	6	52562	52567	50 %	0 %	50 %	0 %	154688299
85	NC_009726	AT	3	6	52975	52980	50 %	50 %	0 %	0 %	154688299
86	NC_009726	CG	3	6	53396	53401	0 %	0 %	50 %	50 %	209363642
87	NC_009726	CG	3	6	53747	53752	0 %	0 %	50 %	50 %	209363642
88	NC_009726	AT	4	8	54170	54177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.