MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Xanthobacter autotrophicus Py2 plasmid pXAUT01

Total Repeats: 176

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009717	TCGATC	2	12	955	966	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154243669
2	NC_009717	CGACCT	2	12	4605	4616	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	154243672
3	NC_009717	TCGACG	2	12	5542	5553	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243673
4	NC_009717	GGCGAT	2	12	7867	7878	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154243675
5	NC_009717	TCCGCC	2	12	7940	7951	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	154243675
6	NC_009717	CGAGGC	2	12	8089	8100	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	154243675
7	NC_009717	TCGACG	2	12	10034	10045	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243678
8	NC_009717	CGCGGC	2	12	10368	10379	0 %	0 %	50 %	50 %	154243678
9	NC_009717	GGATCG	2	12	14833	14844	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154243682
10	NC_009717	TCGGGA	2	12	29139	29150	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154243695
11	NC_009717	CATCTC	2	12	31539	31550	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	154243700
12	NC_009717	TCCACC	2	12	33264	33275	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	154243701
13	NC_009717	CCGGCG	2	12	35920	35931	0 %	0 %	50 %	50 %	154243702
14	NC_009717	CACACG	2	12	36186	36197	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	154243702
15	NC_009717	TCGGCC	2	12	38649	38660	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243704
16	NC_009717	GCGTCC	2	12	40914	40925	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243707
17	NC_009717	CGAGTT	2	12	42006	42017	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	154243708
18	NC_009717	CATCGC	2	12	42513	42524	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	154243708
19	NC_009717	CGGTGG	3	18	44075	44092	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	154243708
20	NC_009717	CCCACC	2	12	46379	46390	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	154243709
21	NC_009717	CACCGC	2	12	46444	46455	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	154243709
22	NC_009717	GGCGAT	2	12	46522	46533	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154243709
23	NC_009717	GCCCAT	2	12	49107	49118	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	154243712
24	NC_009717	CGCTCG	2	12	50451	50462	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243713
25	NC_009717	AGTCGA	2	12	51088	51099	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154243713
26	NC_009717	GGCATC	2	12	51778	51789	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243714
27	NC_009717	GGTGAG	2	12	52781	52792	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	154243715
28	NC_009717	ATGCGC	2	12	54198	54209	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243716
29	NC_009717	CAGCCG	2	12	55036	55047	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	154243717
30	NC_009717	TCGCTC	2	12	60498	60509	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	154243720
31	NC_009717	CGAGAT	2	12	63336	63347	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154243722
32	NC_009717	CGCTGA	2	12	63737	63748	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243722
33	NC_009717	CACCAT	2	12	74059	74070	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	154243731
34	NC_009717	CCACCG	2	12	75435	75446	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	154243732
35	NC_009717	GCCACC	2	12	81904	81915	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	154243739
36	NC_009717	GCCAAG	2	12	82252	82263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154243739
37	NC_009717	CGTGGT	2	12	83249	83260	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	154243741
38	NC_009717	CCTCGG	2	12	83528	83539	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243741
39	NC_009717	CCGGCG	2	12	87171	87182	0 %	0 %	50 %	50 %	154243744
40	NC_009717	CGGCAT	2	12	87345	87356	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243744
41	NC_009717	CCTCGT	2	12	87814	87825	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	154243745
42	NC_009717	GCTGGC	2	12	90324	90335	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243746
43	NC_009717	CCGGCG	2	12	90774	90785	0 %	0 %	50 %	50 %	154243747
44	NC_009717	TCGGCC	2	12	91278	91289	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243747
45	NC_009717	CCGCAG	2	12	91799	91810	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	154243748
46	NC_009717	GAGCGA	2	12	93076	93087	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	154243749
47	NC_009717	CGAGAC	2	12	93842	93853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154243750
48	NC_009717	TGGACA	2	12	93949	93960	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154243750
49	NC_009717	GGTGCC	2	12	97462	97473	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243753
50	NC_009717	GTTGCC	2	12	98462	98473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154243755
51	NC_009717	CCGCGC	2	12	98517	98528	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	154243755
52	NC_009717	AGCAGA	2	12	99827	99838	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	154243757
53	NC_009717	ATCTTC	2	12	99963	99974	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	154243758
54	NC_009717	CATCGT	2	12	104767	104778	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154243762
55	NC_009717	CTCGGC	2	12	105471	105482	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243764
56	NC_009717	CGCAAG	2	12	106464	106475	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154243764
57	NC_009717	GACCTT	2	12	106737	106748	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154243764
58	NC_009717	CGAGGA	2	12	107084	107095	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	154243764
59	NC_009717	ACCGCG	2	12	107347	107358	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	154243764
60	NC_009717	CGAGCT	2	12	108395	108406	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243764
61	NC_009717	CGAGCT	2	12	108851	108862	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243764
62	NC_009717	CGACAA	2	12	109190	109201	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	154243764
63	NC_009717	ACTCGA	2	12	112390	112401	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	154243765
64	NC_009717	CACAGC	2	12	114918	114929	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	154243768
65	NC_009717	CGTGCC	2	12	115181	115192	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243768
66	NC_009717	CGAGCA	2	12	115222	115233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154243768
67	NC_009717	CGGCAA	2	12	119014	119025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154243770
68	NC_009717	GTCTTG	2	12	120262	120273	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	154243773
69	NC_009717	CATCTC	2	12	120489	120500	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	154243773
70	NC_009717	CTTCGA	2	12	122234	122245	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154243774
71	NC_009717	GCTCAG	2	12	124254	124265	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243776
72	NC_009717	GGAGCG	2	12	125670	125681	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	154243777
73	NC_009717	CACGCC	2	12	126803	126814	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	154243778
74	NC_009717	GGCATG	2	12	126882	126893	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154243778
75	NC_009717	GGCCGG	2	12	127667	127678	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	154243779
76	NC_009717	GTGCTG	2	12	129115	129126	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	154243781
77	NC_009717	GGCCGA	2	12	130101	130112	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	154243781
78	NC_009717	CATCGC	2	12	130176	130187	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	154243781
79	NC_009717	CGCCCG	2	12	130524	130535	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	154243781
80	NC_009717	GCTCGC	2	12	134378	134389	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243783
81	NC_009717	CGATGG	2	12	134825	134836	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154243783
82	NC_009717	GAGGCG	2	12	137753	137764	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	154243784
83	NC_009717	GCCTGT	2	12	138579	138590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154243785
84	NC_009717	GACGTG	2	12	140973	140984	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154243788
85	NC_009717	GTGGAA	2	12	144848	144859	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	154243790
86	NC_009717	GAAGGC	2	12	145580	145591	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	154243791
87	NC_009717	GCCTAT	2	12	146183	146194	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154243792
88	NC_009717	CCGTAT	2	12	148941	148952	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154243794
89	NC_009717	TCGGCG	2	12	150205	150216	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243795
90	NC_009717	TTCACC	2	12	150639	150650	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	154243795
91	NC_009717	CTCGTG	2	12	153976	153987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154243797
92	NC_009717	TCGCCG	2	12	156978	156989	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243800
93	NC_009717	TCGCCC	2	12	157515	157526	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	154243800
94	NC_009717	GTGCTG	3	18	158048	158065	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	154243800
95	NC_009717	TCCTGG	2	12	160838	160849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154243802
96	NC_009717	CGTGGG	2	12	161022	161033	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	154243802
97	NC_009717	CCCGTG	2	12	164434	164445	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243806
98	NC_009717	TGCTGG	2	12	164605	164616	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	154243806
99	NC_009717	GCGGGT	2	12	164838	164849	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	154243807
100	NC_009717	TTGGCC	2	12	166091	166102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154243809
101	NC_009717	CGAAGG	2	12	166866	166877	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	154243810
102	NC_009717	TGGCGC	2	12	169972	169983	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243814
103	NC_009717	GGACGG	2	12	170379	170390	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	154243815
104	NC_009717	CGGCCC	2	12	172049	172060	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	154243816
105	NC_009717	CGCTGC	2	12	172724	172735	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243817
106	NC_009717	CGCCCG	2	12	175447	175458	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	154243819
107	NC_009717	CGGCGC	2	12	180317	180328	0 %	0 %	50 %	50 %	154243825
108	NC_009717	CGCTGG	2	12	182499	182510	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243828
109	NC_009717	CGTCTC	2	12	182863	182874	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	154243828
110	NC_009717	CCTCGG	2	12	190296	190307	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243836
111	NC_009717	CGCCGG	2	12	190370	190381	0 %	0 %	50 %	50 %	154243836
112	NC_009717	CGCCGG	2	12	191287	191298	0 %	0 %	50 %	50 %	154243836
113	NC_009717	CGAGCC	2	12	191544	191555	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	154243836
114	NC_009717	CGAGGA	2	12	191904	191915	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	154243836
115	NC_009717	CGAGCT	2	12	193671	193682	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243836
116	NC_009717	GACAAT	2	12	194011	194022	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	154243836
117	NC_009717	CGAGAT	2	12	194778	194789	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154243836
118	NC_009717	TTCGCC	2	12	195226	195237	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	154243836
119	NC_009717	ATGTCG	2	12	204191	204202	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	154243847
120	NC_009717	GCCGGT	2	12	204476	204487	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243847
121	NC_009717	CCGTCG	2	12	212710	212721	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243854
122	NC_009717	ATGACG	2	12	216233	216244	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154243858
123	NC_009717	TTGGCC	2	12	218106	218117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154243862
124	NC_009717	GCAGCG	2	12	219784	219795	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	154243862
125	NC_009717	GCTCGT	2	12	220080	220091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154243863
126	NC_009717	TTGGCC	2	12	220308	220319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	154243864
127	NC_009717	ATGACG	2	12	225855	225866	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154243867
128	NC_009717	CGCATG	2	12	226221	226232	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243867
129	NC_009717	TGGTCA	2	12	229722	229733	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	154243871
130	NC_009717	CTTGCC	2	12	231639	231650	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	154243873
131	NC_009717	CGGCTG	2	12	232267	232278	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243874
132	NC_009717	CGAGGC	2	12	232815	232826	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	154243876
133	NC_009717	GCCACC	2	12	236285	236296	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	154243878
134	NC_009717	GCCTAC	2	12	237176	237187	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	154243880
135	NC_009717	CGGCGC	2	12	237586	237597	0 %	0 %	50 %	50 %	154243880
136	NC_009717	CGTCGG	2	12	238917	238928	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243881
137	NC_009717	CTCCGC	2	12	241947	241958	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	154243883
138	NC_009717	CCTTCG	2	12	243781	243792	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	154243885
139	NC_009717	GCCCCA	2	12	253381	253392	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	154243896
140	NC_009717	CCCCCA	2	12	254967	254978	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	154243897
141	NC_009717	CAGGTC	2	12	258917	258928	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243900
142	NC_009717	GTCGAT	2	12	261248	261259	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	154243903
143	NC_009717	ATGCGA	2	12	261843	261854	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154243903
144	NC_009717	GCCACC	2	12	267451	267462	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	154243908
145	NC_009717	GCCAAG	2	12	267799	267810	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154243908
146	NC_009717	CGTGGT	2	12	268796	268807	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	154243909
147	NC_009717	AGCCGA	2	12	271407	271418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	154243912
148	NC_009717	AGCTGG	2	12	271932	271943	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154243912
149	NC_009717	CCGGCG	2	12	272705	272716	0 %	0 %	50 %	50 %	154243913
150	NC_009717	CGGCAT	2	12	272879	272890	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243913
151	NC_009717	GCCCGA	2	12	273158	273169	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	154243913
152	NC_009717	CCATGA	2	12	275672	275683	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	154243915
153	NC_009717	GCTGGC	2	12	275858	275869	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243915
154	NC_009717	TGGAGG	2	12	276500	276511	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	154243916
155	NC_009717	CGCGTC	2	12	276769	276780	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243916
156	NC_009717	CCGCAG	2	12	277333	277344	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	154243917
157	NC_009717	CGCGAG	2	12	279789	279800	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	154243919
158	NC_009717	CCAGAT	2	12	283859	283870	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	154243923
159	NC_009717	TTCCGA	2	12	284391	284402	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154243924
160	NC_009717	TTCAGC	2	12	286321	286332	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154243925
161	NC_009717	CCAGGT	2	12	286636	286647	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243926
162	NC_009717	ATGCCG	2	12	289643	289654	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243927
163	NC_009717	GGCGCT	2	12	289672	289683	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243927
164	NC_009717	CATCGA	2	12	290498	290509	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	154243928
165	NC_009717	GATCGA	2	12	291149	291160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154243928
166	NC_009717	TCGAGA	2	12	291900	291911	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	154243929
167	NC_009717	CCGCGA	2	12	292267	292278	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	154243929
168	NC_009717	GCCGGC	2	12	292797	292808	0 %	0 %	50 %	50 %	154243929
169	NC_009717	GATGCC	2	12	293328	293339	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243930
170	NC_009717	GCGATC	2	12	294831	294842	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243932
171	NC_009717	GGTCGA	2	12	297282	297293	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	154243934
172	NC_009717	GGCGCC	2	12	303663	303674	0 %	0 %	50 %	50 %	154243941
173	NC_009717	GCCGTA	2	12	305208	305219	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	154243944
174	NC_009717	TGCGCC	2	12	306286	306297	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	154243946
175	NC_009717	CCTGGG	2	12	306325	306336	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	154243946
176	NC_009717	CGATCT	2	12	312139	312150	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	154243953

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.