MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Alkaliphilus metalliredigens QYMF chromosome

Total Repeats: 1946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009633	CTGTGG	2	12	450	461	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	150387854
2	NC_009633	TAAAGT	2	12	3010	3021	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	150387856
3	NC_009633	CAACTT	3	18	3160	3177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	150387857
4	NC_009633	GTTGAA	2	12	5045	5056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	150387859
5	NC_009633	CTGATG	2	12	6147	6158	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	150387859
6	NC_009633	TGATGG	2	12	6911	6922	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	150387860
7	NC_009633	ATGCAA	2	12	7501	7512	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	150387860
8	NC_009633	GAAAAA	2	12	11072	11083	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009633	AAAGTT	2	12	16563	16574	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009633	CAAGTT	2	12	17638	17649	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	150387866
11	NC_009633	AGAAAT	2	12	19731	19742	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	150387868
12	NC_009633	TTGAAG	2	12	30929	30940	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	150387872
13	NC_009633	TCCAAT	2	12	32251	32262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	150387874
14	NC_009633	ATATTT	3	18	32948	32965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	150387875
15	NC_009633	TATTTA	2	12	33113	33124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	150387875
16	NC_009633	TGTAGA	2	12	34063	34074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	150387875
17	NC_009633	AAGGAG	2	12	34361	34372	50 %	0 %	50 %	0 %	150387875
18	NC_009633	TGACAA	2	12	34387	34398	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	150387875
19	NC_009633	TATTGG	2	12	42617	42628	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	150387884
20	NC_009633	ATTTGA	2	12	48203	48214	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150387891
21	NC_009633	ATAAAT	2	12	73448	73459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	150387905
22	NC_009633	AGAAGG	2	12	76761	76772	50 %	0 %	50 %	0 %	150387908
23	NC_009633	GGCCCT	2	12	82928	82939	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	150387914
24	NC_009633	ACCCGA	2	12	83403	83414	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	150387914
25	NC_009633	GAGCTG	2	12	85042	85053	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	150387915
26	NC_009633	GTGGAT	2	12	87952	87963	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	150387918
27	NC_009633	CGCCTA	2	12	88059	88070	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	150387918
28	NC_009633	TTTGTC	2	12	92248	92259	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	150387923
29	NC_009633	ATGAAA	2	12	94574	94585	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	150387926
30	NC_009633	CATTGG	2	12	95483	95494	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	150387928
31	NC_009633	CAAGAA	2	12	98342	98353	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009633	AAAAGG	2	12	99002	99013	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	150387931
33	NC_009633	GAGATA	2	12	100242	100253	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150387934
34	NC_009633	ACAGGG	2	12	102503	102514	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	150387937
35	NC_009633	AAAAAT	2	12	103408	103419	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	150387938
36	NC_009633	TTTACG	2	12	108624	108635	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	150387943
37	NC_009633	AAAAAG	2	12	109131	109142	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	150387944
38	NC_009633	AAAGCT	2	12	111263	111274	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	150387946
39	NC_009633	AAAATA	2	12	116333	116344	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	150387951
40	NC_009633	GAAAAA	2	12	118611	118622	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	150387953
41	NC_009633	TTGAAT	2	12	120950	120961	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150387955
42	NC_009633	TAAATA	2	12	126977	126988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	150387960
43	NC_009633	AGATCA	2	12	131666	131677	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_009633	AAAACA	2	12	132086	132097	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	150387964
45	NC_009633	AAAAGC	2	12	132236	132247	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	150387965
46	NC_009633	CTGAAG	2	12	134083	134094	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150387968
47	NC_009633	AAGCTG	2	12	135877	135888	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150387969
48	NC_009633	ACAAGA	2	12	137141	137152	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	150387969
49	NC_009633	AAATAA	2	12	139291	139302	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	150387972
50	NC_009633	AAAAGC	2	12	142731	142742	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	150387976
51	NC_009633	GGTAAA	2	12	143981	143992	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150387977
52	NC_009633	GGAAGT	2	12	145749	145760	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	150387979
53	NC_009633	CTTGAG	2	12	148089	148100	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	150387980
54	NC_009633	AAGGAT	2	12	148170	148181	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150387980
55	NC_009633	GAAAAA	2	12	148302	148313	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	150387980
56	NC_009633	ACAAAT	2	12	150209	150220	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	150387983
57	NC_009633	AGGGGA	2	12	152660	152671	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	150387985
58	NC_009633	GAAGCA	2	12	155768	155779	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	150387988
59	NC_009633	ATTACT	2	12	156024	156035	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	150387988
60	NC_009633	ATCTTA	2	12	158878	158889	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	150387992
61	NC_009633	TAGGGG	2	12	160945	160956	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	150387995
62	NC_009633	TAGGGG	2	12	162998	163009	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	150387996
63	NC_009633	AATGGC	2	12	165379	165390	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150387997
64	NC_009633	AAATCA	2	12	165753	165764	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	150387998
65	NC_009633	GCCAAT	2	12	170726	170737	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	150388000
66	NC_009633	GTAGAG	2	12	171692	171703	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	150388001
67	NC_009633	CAAGTG	2	12	172245	172256	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150388002
68	NC_009633	TCTTTT	2	12	172281	172292	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009633	AGGAAC	2	12	172545	172556	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	150388003
70	NC_009633	GAGAAG	2	12	180800	180811	50 %	0 %	50 %	0 %	150388009
71	NC_009633	GAGAAG	2	12	185953	185964	50 %	0 %	50 %	0 %	150388015
72	NC_009633	CCATGC	2	12	186293	186304	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	150388015
73	NC_009633	AGTGAA	2	12	188446	188457	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150388019
74	NC_009633	ATGAAA	2	12	193041	193052	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	150388024
75	NC_009633	GCCAGT	2	12	193866	193877	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	150388024
76	NC_009633	ATTCGA	2	12	196068	196079	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	150388026
77	NC_009633	AATCAA	2	12	196612	196623	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	150388026
78	NC_009633	AGCTGA	2	12	197279	197290	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150388026
79	NC_009633	TATAGA	2	12	197873	197884	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	150388027
80	NC_009633	GGTAAT	2	12	201060	201071	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	150388027
81	NC_009633	CCTTTA	2	12	202912	202923	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	150388027
82	NC_009633	CAACGG	2	12	204128	204139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	150388027
83	NC_009633	CTGGAG	2	12	206637	206648	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	150388028
84	NC_009633	TAGACC	2	12	206893	206904	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	150388028
85	NC_009633	CAAAGG	2	12	210236	210247	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	150388030
86	NC_009633	CATCGT	2	12	210280	210291	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	150388030
87	NC_009633	GTAGAT	2	12	212460	212471	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	150388031
88	NC_009633	ATTTGA	2	12	213863	213874	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150388032
89	NC_009633	TTAGAT	2	12	217374	217385	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150388034
90	NC_009633	AATATG	2	12	218250	218261	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	150388035
91	NC_009633	TAAGAC	2	12	220516	220527	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	150388035
92	NC_009633	AGGTGG	2	12	223352	223363	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	150388037
93	NC_009633	TAAAAA	2	12	223778	223789	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	150388037
94	NC_009633	AGAAAA	2	12	226005	226016	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009633	ATATGA	2	12	232095	232106	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	150388043
96	NC_009633	AGCAAT	2	12	233634	233645	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	150388045
97	NC_009633	TGGGAC	2	12	235292	235303	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	150388046
98	NC_009633	GCCAGG	2	12	241182	241193	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	150388051
99	NC_009633	ATTTAG	2	12	241589	241600	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150388051
100	NC_009633	AGAATA	2	12	242447	242458	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	150388052
101	NC_009633	GATTAT	2	12	244589	244600	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150388055
102	NC_009633	AAGCAT	2	12	244936	244947	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	150388055
103	NC_009633	TATTTA	2	12	245361	245372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	150388055
104	NC_009633	TGGATG	2	12	245534	245545	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	150388055
105	NC_009633	GTTTTG	2	12	246088	246099	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	150388056
106	NC_009633	AAGAAA	2	12	252061	252072	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	150388061
107	NC_009633	TTAGCA	2	12	253749	253760	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	150388063
108	NC_009633	CTAGAG	2	12	258210	258221	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150388066
109	NC_009633	TGAGAA	2	12	260879	260890	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150388069
110	NC_009633	TTGGCT	2	12	271941	271952	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	150388076
111	NC_009633	ATATTT	2	12	272214	272225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	150388076
112	NC_009633	TAATGG	2	12	272311	272322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	150388076
113	NC_009633	TTTGTA	2	12	273423	273434	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	150388076
114	NC_009633	ATTTTA	2	12	276678	276689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	150388079
115	NC_009633	GGGTTA	2	12	277178	277189	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	150388079
116	NC_009633	CTTCTA	2	12	279731	279742	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	150388082
117	NC_009633	TGAAGG	2	12	280911	280922	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	150388083
118	NC_009633	GCTGGC	2	12	281929	281940	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	150388083
119	NC_009633	ATTTGA	2	12	283398	283409	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150388086
120	NC_009633	GTGTTG	2	12	286335	286346	0 %	50 %	50 %	0 %	150388090
121	NC_009633	TACCAT	2	12	294378	294389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	150388097
122	NC_009633	ACATTG	2	12	294755	294766	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	150388097
123	NC_009633	GCCAAT	2	12	297383	297394	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	150388100
124	NC_009633	AGAGAA	2	12	299815	299826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	150388102
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127	NC_009633	TGGAGG	2	12	314164	314175	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	150388120
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129	NC_009633	TATTGA	2	12	317138	317149	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150388123
130	NC_009633	TGATAC	2	12	317150	317161	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	150388123
131	NC_009633	TGTATA	2	12	317568	317579	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150388123
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134	NC_009633	ATAGAT	2	12	325001	325012	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	150388128
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137	NC_009633	TGCAGA	2	12	329153	329164	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150388132
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141	NC_009633	GGAGAA	2	12	338324	338335	50 %	0 %	50 %	0 %	150388140
142	NC_009633	GACATT	2	12	338549	338560	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	150388140
143	NC_009633	GTTTTT	2	12	340110	340121	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009633	AAAGGT	2	12	344421	344432	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150388147
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148	NC_009633	ATGAGG	2	12	347365	347376	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	150388151
149	NC_009633	TTTATC	2	12	349504	349515	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	150388152
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154	NC_009633	TGATCT	2	12	363917	363928	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_009633	GAATTG	2	12	372206	372217	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	150388172
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165	NC_009633	TTGTTT	2	12	384802	384813	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	150388186
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184	NC_009633	GAATAT	2	12	436103	436114	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	150388253
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199	NC_009633	AGAAGG	2	12	474915	474926	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
200	NC_009633	GTGGCA	2	12	475414	475425	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	150388301
201	NC_009633	ATAAAA	2	12	483177	483188	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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206	NC_009633	GTTTTT	2	12	495361	495372	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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219	NC_009633	ATACTT	2	12	546787	546798	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	150388359
220	NC_009633	CGGTAA	2	12	554289	554300	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150388368
221	NC_009633	CCGGAA	2	12	556257	556268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	150388372
222	NC_009633	GAAAAA	2	12	556581	556592	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	150388373
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224	NC_009633	TAACAA	2	12	559199	559210	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
225	NC_009633	CATTGC	2	12	559517	559528	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	150388376
226	NC_009633	GTCATT	2	12	559833	559844	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	150388376
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228	NC_009633	GCCACC	2	12	561104	561115	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	150388377
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230	NC_009633	GGTAGA	2	12	565040	565051	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	150388379
231	NC_009633	TTTCAT	2	12	571759	571770	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	150388385
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233	NC_009633	TATTTT	2	12	575113	575124	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	150388389
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341	NC_009633	AGATGC	2	12	865887	865898	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150388661
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345	NC_009633	ATATCA	2	12	880285	880296	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
346	NC_009633	AATTGA	2	12	882453	882464	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	150388681
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349	NC_009633	ACAGGA	2	12	888356	888367	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	150388682
350	NC_009633	GATGAA	2	12	888707	888718	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150388682
351	NC_009633	TGATGG	2	12	891333	891344	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	150388683
352	NC_009633	AAGATG	2	12	893219	893230	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150388684
353	NC_009633	ATTTGA	2	12	894921	894932	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	150388686
354	NC_009633	GAGCTT	2	12	898164	898175	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	150388689
355	NC_009633	GGTAAA	2	12	899870	899881	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150388691
356	NC_009633	CTTTAT	2	12	901090	901101	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	150388693
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361	NC_009633	TTAGTT	2	12	906608	906619	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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369	NC_009633	TTAGAT	2	12	926209	926220	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
370	NC_009633	AACATG	2	12	926329	926340	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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377	NC_009633	TAAGCT	2	12	948303	948314	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
378	NC_009633	GCAGGA	2	12	953545	953556	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	150388747
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386	NC_009633	GGCAGG	2	12	976975	976986	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	150388771
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456	NC_009633	TATCAT	2	12	1110349	1110360	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
457	NC_009633	GTGCTA	2	12	1119983	1119994	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
458	NC_009633	CATATT	2	12	1125180	1125191	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	150388894
459	NC_009633	TATGGA	2	12	1125913	1125924	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	150388895
460	NC_009633	AACCAC	2	12	1131999	1132010	50 %	0 %	0 %	50 %	150388901
461	NC_009633	ATGAAG	2	12	1134466	1134477	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150388904
462	NC_009633	AGATCG	2	12	1140890	1140901	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150388911
463	NC_009633	AGATGA	2	12	1145777	1145788	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	150388916
464	NC_009633	CATGTT	2	12	1145949	1145960	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	150388916
465	NC_009633	TGGCAG	2	12	1147219	1147230	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	150388916
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479	NC_009633	AATGAA	2	12	1170512	1170523	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	150388940
480	NC_009633	GGTACA	2	12	1172670	1172681	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	150388941
481	NC_009633	AGTGGC	2	12	1173203	1173214	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	150388942
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