MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1 chromosome

Total Repeats: 246

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009632	ATAAAT	2	12	3416	3427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009632	TTTAAA	2	12	3593	3604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009632	TAAATC	2	12	17296	17307	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009632	AAAAAT	2	12	37471	37482	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009632	ATTTTT	2	12	63862	63873	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009632	ATAAGA	2	12	66318	66329	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009632	ATTTAT	2	12	83977	83988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009632	GTTAGA	2	12	94289	94300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009632	AAAAGA	2	12	94343	94354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009632	AACAAA	2	12	97552	97563	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_009632	AATATA	2	12	106853	106864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009632	TTAAAT	2	12	117995	118006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009632	TAACAA	2	12	119352	119363	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_009632	AATGTA	2	12	142891	142902	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009632	CTGTAA	2	12	144712	144723	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_009632	GTTTTT	2	12	155918	155929	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009632	ATTAAT	2	12	181144	181155	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009632	TCCCAC	2	12	182402	182413	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_009632	TTTATA	2	12	204256	204267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009632	ATTAAT	2	12	204279	204290	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009632	TTTTTA	2	12	225106	225117	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009632	GATTTT	2	12	235259	235270	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009632	ATATGA	2	12	255974	255985	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009632	GGAATA	2	12	270835	270846	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009632	ATATAG	2	12	292062	292073	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009632	ATTTTC	2	12	297379	297390	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_009632	ATAATT	2	12	298328	298339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009632	TAACTT	2	12	313963	313974	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009632	TAAAAA	2	12	361192	361203	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009632	GTAACA	2	12	367091	367102	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_009632	GTAAAT	2	12	398040	398051	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009632	ATATGA	2	12	406871	406882	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009632	TTCATT	2	12	411326	411337	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_009632	TTGTAA	2	12	416629	416640	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009632	TAATAT	2	12	424934	424945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009632	AATGTA	2	12	454625	454636	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009632	AATTTG	2	12	454732	454743	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009632	TAAAGA	2	12	456720	456731	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009632	TGAAAT	2	12	478121	478132	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009632	TTTAAT	2	12	483125	483136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009632	TGTATA	2	12	492345	492356	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009632	ATTTAT	2	12	495615	495626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009632	TTTTTA	2	12	506201	506212	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009632	AAAATG	2	12	511634	511645	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009632	ACGTTG	2	12	531998	532009	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009632	AAAATA	2	12	532720	532731	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009632	TTATAA	2	12	552065	552076	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009632	AAATTT	2	12	558824	558835	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009632	TTATAA	2	12	619151	619162	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009632	GTTATA	2	12	619822	619833	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009632	CTTAAA	2	12	628254	628265	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_009632	ACATGT	2	12	638228	638239	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_009632	AATGAT	2	12	671385	671396	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009632	TAGATG	2	12	671458	671469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009632	TAAAAT	2	12	686778	686789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009632	TTATTT	2	12	692896	692907	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009632	CATTAT	2	12	708975	708986	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_009632	GTTTGG	2	12	720041	720052	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009632	CATCAA	2	12	721099	721110	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009632	TAATTT	2	12	725339	725350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009632	ATAAAA	2	12	726246	726257	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009632	TGAATA	2	12	741815	741826	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009632	GTTTGG	2	12	754623	754634	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009632	TTAAAA	2	12	769343	769354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009632	TAGTTA	2	12	773778	773789	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009632	TTTTTA	2	12	792057	792068	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009632	TGAAAA	2	12	800300	800311	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009632	AATGAT	2	12	828923	828934	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009632	ACAAAA	2	12	869157	869168	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009632	TAAAAA	2	12	888412	888423	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009632	TATCAA	2	12	894806	894817	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009632	TTTTGA	2	12	898626	898637	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009632	TCATTT	2	12	904618	904629	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_009632	AAATTA	2	12	914787	914798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009632	TAAAAG	2	12	940987	940998	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009632	GTAAAT	2	12	957095	957106	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009632	CCAAAC	2	12	972697	972708	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_009632	TTTAAT	2	12	1049718	1049729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009632	ACAATA	2	12	1067119	1067130	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009632	TTTATA	2	12	1078435	1078446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009632	GTAAGT	2	12	1119123	1119134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009632	TAAAGT	2	12	1121500	1121511	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009632	AACGGA	2	12	1127145	1127156	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009632	AAAAGC	2	12	1131743	1131754	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_009632	CTAAAT	2	12	1146140	1146151	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_009632	CATTTA	2	12	1155293	1155304	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_009632	ATCATA	2	12	1157188	1157199	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_009632	TCAAAA	2	12	1163696	1163707	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_009632	ATTGCA	2	12	1164833	1164844	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_009632	TTTTCT	2	12	1177563	1177574	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_009632	TTTATA	2	12	1213660	1213671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009632	ATTTTA	2	12	1220556	1220567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009632	ATTTTT	2	12	1237610	1237621	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009632	ATAATT	2	12	1238407	1238418	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009632	TCATTA	2	12	1243620	1243631	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_009632	TAATGA	2	12	1251706	1251717	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009632	CCAAAC	2	12	1263504	1263515	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_009632	ATTTAT	2	12	1272336	1272347	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009632	AAATTT	2	12	1277056	1277067	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009632	AAGTAA	2	12	1298761	1298772	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009632	TCGTTT	2	12	1301888	1301899	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009632	TTAATT	2	12	1312604	1312615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009632	AATTAA	2	12	1315340	1315351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009632	GAAATT	2	12	1360440	1360451	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009632	ATGTTT	2	12	1361350	1361361	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009632	AATGAT	2	12	1373223	1373234	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009632	TAAAGA	2	12	1387700	1387711	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009632	TTTCAT	2	12	1403503	1403514	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_009632	TATATT	2	12	1408159	1408170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009632	CATATT	2	12	1433238	1433249	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_009632	ATGTAT	2	12	1433858	1433869	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009632	AAAGAA	2	12	1434090	1434101	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009632	ATATAA	2	12	1473707	1473718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009632	AAAATA	2	12	1487775	1487786	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009632	GTTTTA	2	12	1503522	1503533	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009632	TAAAAT	2	12	1519679	1519690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009632	TATCTT	2	12	1541780	1541791	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_009632	TTGATT	2	12	1541843	1541854	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009632	ATTCTA	2	12	1549184	1549195	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_009632	AATAAA	2	12	1552038	1552049	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009632	TATTCT	2	12	1600135	1600146	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_009632	TACTTG	2	12	1610383	1610394	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_009632	AAAAAT	2	12	1610399	1610410	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009632	TTAATC	2	12	1623909	1623920	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_009632	CTAATC	2	12	1655387	1655398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_009632	TATGAT	2	12	1663868	1663879	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009632	ACAAGA	2	12	1680126	1680137	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_009632	TAAAAA	2	12	1693028	1693039	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009632	AATTTA	2	12	1710196	1710207	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009632	AGCCAA	2	12	1738100	1738111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_009632	TTGACT	2	12	1738119	1738130	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_009632	TTTAAC	2	12	1743003	1743014	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_009632	TTATAA	2	12	1745488	1745499	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009632	ACCTTT	2	12	1755445	1755456	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_009632	ATAGCT	2	12	1757340	1757351	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_009632	TTTTAT	2	12	1758264	1758275	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009632	TTTTAA	2	12	1758501	1758512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009632	ATATTA	2	12	1759554	1759565	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009632	AGTTTT	2	12	1784154	1784165	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009632	AATTAA	2	12	1785399	1785410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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142	NC_009632	TTAAAT	2	12	1795858	1795869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009632	AATTTA	2	12	1798348	1798359	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009632	ATTTTC	2	12	1804383	1804394	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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162	NC_009632	TAAATT	2	12	2009548	2009559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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243	NC_009632	CTATTT	2	12	2878180	2878191	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
244	NC_009632	ATTCGA	2	12	2882509	2882520	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
245	NC_009632	GATTTT	2	12	2897665	2897676	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
246	NC_009632	ATATAA	2	12	2900617	2900628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.