MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium medicae WSM419 plasmid pSMED03

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009622	TCGGT	2	10	6040	6049	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009622	GCATC	2	10	7746	7755	20 %	20 %	20 %	40 %	150378272
3	NC_009622	CAACC	2	10	13056	13065	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_009622	ATGGA	2	10	13959	13968	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009622	GACCC	2	10	17723	17732	20 %	0 %	20 %	60 %	150378282
6	NC_009622	AGGCG	2	10	20093	20102	20 %	0 %	60 %	20 %	150378284
7	NC_009622	CCGGC	2	10	20263	20272	0 %	0 %	40 %	60 %	150378284
8	NC_009622	GCACG	2	10	21833	21842	20 %	0 %	40 %	40 %	150378286
9	NC_009622	CCGGA	2	10	22048	22057	20 %	0 %	40 %	40 %	150378286
10	NC_009622	CTCTG	2	10	24767	24776	0 %	40 %	20 %	40 %	150378289
11	NC_009622	TCTAG	2	10	25472	25481	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_009622	CGCTC	2	10	25907	25916	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
13	NC_009622	GCAGC	3	15	26774	26788	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_009622	CTTCC	2	10	27412	27421	0 %	40 %	0 %	60 %	150378290
15	NC_009622	CTTCG	2	10	29062	29071	0 %	40 %	20 %	40 %	150378293
16	NC_009622	ATGCA	2	10	29792	29801	40 %	20 %	20 %	20 %	150378293
17	NC_009622	CGTTT	2	10	30237	30246	0 %	60 %	20 %	20 %	150378294
18	NC_009622	ATCGC	2	10	31390	31399	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_009622	TCCGA	2	10	31527	31536	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_009622	CGGGG	2	10	32014	32023	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
21	NC_009622	TATCT	2	10	32253	32262	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_009622	GTGTC	2	10	34297	34306	0 %	40 %	40 %	20 %	150378297
23	NC_009622	TCCGC	2	10	36920	36929	0 %	20 %	20 %	60 %	150378298
24	NC_009622	CGTCG	2	10	37229	37238	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_009622	CGTTT	2	10	38756	38765	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009622	ATCCG	2	10	40529	40538	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_009622	GAGCG	2	10	43738	43747	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009622	GATCG	2	10	46380	46389	20 %	20 %	40 %	20 %	150378306
29	NC_009622	CAGCG	2	10	46803	46812	20 %	0 %	40 %	40 %	150378306
30	NC_009622	CTCGC	2	10	49411	49420	0 %	20 %	20 %	60 %	150378309
31	NC_009622	GTTCT	2	10	54380	54389	0 %	60 %	20 %	20 %	150378313
32	NC_009622	TCCGA	2	10	55423	55432	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_009622	TGGCT	2	10	56524	56533	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_009622	GCGAC	2	10	63333	63342	20 %	0 %	40 %	40 %	150378319
35	NC_009622	TGGCC	2	10	63941	63950	0 %	20 %	40 %	40 %	150378321
36	NC_009622	CCGCG	2	10	66519	66528	0 %	0 %	40 %	60 %	150378323
37	NC_009622	CCCGG	2	10	67175	67184	0 %	0 %	40 %	60 %	150378323
38	NC_009622	GCCTT	2	10	68790	68799	0 %	40 %	20 %	40 %	150378326
39	NC_009622	CGAAA	2	10	69683	69692	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009622	GACAA	2	10	70034	70043	60 %	0 %	20 %	20 %	150378327
41	NC_009622	GTCGC	2	10	71412	71421	0 %	20 %	40 %	40 %	150378329
42	NC_009622	TCGCG	2	10	73228	73237	0 %	20 %	40 %	40 %	150378333
43	NC_009622	TTCCA	2	10	73480	73489	20 %	40 %	0 %	40 %	150378333
44	NC_009622	CCCAT	2	10	74719	74728	20 %	20 %	0 %	60 %	150378335
45	NC_009622	CCGCG	2	10	75191	75200	0 %	0 %	40 %	60 %	150378335
46	NC_009622	TTCGT	2	10	76867	76876	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_009622	GACCG	2	10	78770	78779	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_009622	AAGGG	2	10	78795	78804	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009622	CGACC	2	10	80292	80301	20 %	0 %	20 %	60 %	150378340
50	NC_009622	CATCG	2	10	81822	81831	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_009622	ATGAC	2	10	82879	82888	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_009622	CTGGA	2	10	82973	82982	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009622	GGGCG	2	10	84451	84460	0 %	0 %	80 %	20 %	150378343
54	NC_009622	GCCCG	2	10	86062	86071	0 %	0 %	40 %	60 %	150378344
55	NC_009622	CGGCG	2	10	86959	86968	0 %	0 %	60 %	40 %	150378345
56	NC_009622	CATCG	2	10	90079	90088	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_009622	ATGGC	2	10	90735	90744	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_009622	TGCCC	2	10	91925	91934	0 %	20 %	20 %	60 %	150378346
59	NC_009622	ATGAC	2	10	94738	94747	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009622	GACAT	2	10	96126	96135	40 %	20 %	20 %	20 %	150378350
61	NC_009622	CTCGC	2	10	99109	99118	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_009622	TCGTG	2	10	99245	99254	0 %	40 %	40 %	20 %	150378356
63	NC_009622	AGCCG	2	10	103563	103572	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_009622	GATAG	2	10	105068	105077	40 %	20 %	40 %	0 %	150378360
65	NC_009622	GATCC	2	10	109328	109337	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_009622	CACCC	2	10	112982	112991	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
67	NC_009622	GGATA	2	10	113595	113604	40 %	20 %	40 %	0 %	150378365
68	NC_009622	GTTCG	2	10	115231	115240	0 %	40 %	40 %	20 %	150378367
69	NC_009622	GTTTG	2	10	115645	115654	0 %	60 %	40 %	0 %	150378367
70	NC_009622	CCCCG	2	10	119841	119850	0 %	0 %	20 %	80 %	150378369
71	NC_009622	CCCCG	2	10	123111	123120	0 %	0 %	20 %	80 %	150378369
72	NC_009622	CATGC	2	10	123605	123614	20 %	20 %	20 %	40 %	150378369
73	NC_009622	CCCCG	2	10	126369	126378	0 %	0 %	20 %	80 %	150378369
74	NC_009622	GCCAG	2	10	127742	127751	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
75	NC_009622	GCTCG	2	10	127887	127896	0 %	20 %	40 %	40 %	150378369
76	NC_009622	GCAGC	2	10	128628	128637	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
77	NC_009622	CCTGC	2	10	128694	128703	0 %	20 %	20 %	60 %	150378369
78	NC_009622	TTGGC	2	10	128891	128900	0 %	40 %	40 %	20 %	150378369
79	NC_009622	CCCCG	2	10	129582	129591	0 %	0 %	20 %	80 %	150378369
80	NC_009622	GCCAG	2	10	130955	130964	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
81	NC_009622	GCTCG	2	10	131100	131109	0 %	20 %	40 %	40 %	150378369
82	NC_009622	GCAGC	2	10	131841	131850	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
83	NC_009622	CCTGC	2	10	131907	131916	0 %	20 %	20 %	60 %	150378369
84	NC_009622	TTGGC	2	10	132104	132113	0 %	40 %	40 %	20 %	150378369
85	NC_009622	CCCCG	2	10	132795	132804	0 %	0 %	20 %	80 %	150378369
86	NC_009622	GCCAG	2	10	134168	134177	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
87	NC_009622	GCTCG	2	10	134313	134322	0 %	20 %	40 %	40 %	150378369
88	NC_009622	GCAGC	2	10	135054	135063	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
89	NC_009622	CCTGC	2	10	135120	135129	0 %	20 %	20 %	60 %	150378369
90	NC_009622	TTGGC	2	10	135317	135326	0 %	40 %	40 %	20 %	150378369
91	NC_009622	CCCCG	2	10	136008	136017	0 %	0 %	20 %	80 %	150378369
92	NC_009622	GCCTC	2	10	136258	136267	0 %	20 %	20 %	60 %	150378369
93	NC_009622	GCCAG	2	10	137402	137411	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
94	NC_009622	GCTCG	2	10	137547	137556	0 %	20 %	40 %	40 %	150378369
95	NC_009622	GCAGC	2	10	138288	138297	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
96	NC_009622	CCTGC	2	10	138354	138363	0 %	20 %	20 %	60 %	150378369
97	NC_009622	TTGGC	2	10	138551	138560	0 %	40 %	40 %	20 %	150378369
98	NC_009622	CCCCG	2	10	139242	139251	0 %	0 %	20 %	80 %	150378369
99	NC_009622	GCCAG	2	10	140615	140624	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
100	NC_009622	GCTCG	2	10	140760	140769	0 %	20 %	40 %	40 %	150378369
101	NC_009622	GCAGC	2	10	141501	141510	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
102	NC_009622	CCTGC	2	10	141567	141576	0 %	20 %	20 %	60 %	150378369
103	NC_009622	TTGGC	2	10	141764	141773	0 %	40 %	40 %	20 %	150378369
104	NC_009622	CCCCG	2	10	142455	142464	0 %	0 %	20 %	80 %	150378369
105	NC_009622	GCCAG	2	10	143807	143816	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
106	NC_009622	GCTCG	2	10	143952	143961	0 %	20 %	40 %	40 %	150378369
107	NC_009622	GCAGC	2	10	144693	144702	20 %	0 %	40 %	40 %	150378369
108	NC_009622	CCTGC	2	10	144759	144768	0 %	20 %	20 %	60 %	150378369
109	NC_009622	TTGGC	2	10	145096	145105	0 %	40 %	40 %	20 %	150378370
110	NC_009622	CCCCG	2	10	145787	145796	0 %	0 %	20 %	80 %	150378370
111	NC_009622	CCCCG	2	10	149042	149051	0 %	0 %	20 %	80 %	150378370
112	NC_009622	CCCCG	2	10	152312	152321	0 %	0 %	20 %	80 %	150378370
113	NC_009622	CCCCG	2	10	155567	155576	0 %	0 %	20 %	80 %	150378370
114	NC_009622	CCCCG	2	10	158822	158831	0 %	0 %	20 %	80 %	150378370
115	NC_009622	CCCCG	2	10	162107	162116	0 %	0 %	20 %	80 %	150378370
116	NC_009622	CCCCG	2	10	165383	165392	0 %	0 %	20 %	80 %	150378370
117	NC_009622	CCCCG	2	10	168659	168668	0 %	0 %	20 %	80 %	150378370
118	NC_009622	GCCAG	2	10	170032	170041	20 %	0 %	40 %	40 %	150378370
119	NC_009622	GCTCG	2	10	170177	170186	0 %	20 %	40 %	40 %	150378370
120	NC_009622	GCAGC	2	10	170918	170927	20 %	0 %	40 %	40 %	150378370
121	NC_009622	CCTGC	2	10	170984	170993	0 %	20 %	20 %	60 %	150378370
122	NC_009622	TGATG	2	10	171292	171301	20 %	40 %	40 %	0 %	150378370
123	NC_009622	GAATC	2	10	173755	173764	40 %	20 %	20 %	20 %	150378373
124	NC_009622	CGATG	2	10	177273	177282	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_009622	ATCGC	2	10	179269	179278	20 %	20 %	20 %	40 %	150378380
126	NC_009622	GATCC	2	10	179405	179414	20 %	20 %	20 %	40 %	150378380
127	NC_009622	GATCC	2	10	180773	180782	20 %	20 %	20 %	40 %	150378381
128	NC_009622	CCCCT	2	10	181544	181553	0 %	20 %	0 %	80 %	150378383
129	NC_009622	AGCTA	2	10	182080	182089	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_009622	AGTCA	2	10	182976	182985	40 %	20 %	20 %	20 %	150378384
131	NC_009622	CGACG	2	10	185172	185181	20 %	0 %	40 %	40 %	150378386
132	NC_009622	TGGTG	2	10	185531	185540	0 %	40 %	60 %	0 %	150378386
133	NC_009622	GAGGC	2	10	186060	186069	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009622	GGCGA	2	10	187822	187831	20 %	0 %	60 %	20 %	150378388
135	NC_009622	GGGCA	2	10	187941	187950	20 %	0 %	60 %	20 %	150378388
136	NC_009622	AGGGG	2	10	188461	188470	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009622	AGGGG	2	10	188967	188976	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009622	CGTCG	2	10	189438	189447	0 %	20 %	40 %	40 %	150378390
139	NC_009622	TCCGT	2	10	191535	191544	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_009622	TCGAA	2	10	191994	192003	40 %	20 %	20 %	20 %	150378392
141	NC_009622	GGGTT	2	10	192196	192205	0 %	40 %	60 %	0 %	150378392
142	NC_009622	GTTCG	2	10	193103	193112	0 %	40 %	40 %	20 %	150378393
143	NC_009622	ATCCT	2	10	193402	193411	20 %	40 %	0 %	40 %	150378393
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145	NC_009622	TGCCA	2	10	194572	194581	20 %	20 %	20 %	40 %	150378393
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147	NC_009622	CCGGC	2	10	195792	195801	0 %	0 %	40 %	60 %	150378394
148	NC_009622	GCCGC	2	10	197203	197212	0 %	0 %	40 %	60 %	150378396
149	NC_009622	CTTCG	2	10	197380	197389	0 %	40 %	20 %	40 %	150378396
150	NC_009622	CGCAG	2	10	198120	198129	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
151	NC_009622	GCTCA	2	10	198895	198904	20 %	20 %	20 %	40 %	150378398
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153	NC_009622	GGGGA	2	10	199318	199327	20 %	0 %	80 %	0 %	150378398
154	NC_009622	GGATC	2	10	204924	204933	20 %	20 %	40 %	20 %	150378402
155	NC_009622	GCGAT	2	10	205060	205069	20 %	20 %	40 %	20 %	150378402
156	NC_009622	GCCGA	2	10	210989	210998	20 %	0 %	40 %	40 %	150378407
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159	NC_009622	TCGGT	2	10	216907	216916	0 %	40 %	40 %	20 %	150378411
160	NC_009622	TTGCA	2	10	217688	217697	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
161	NC_009622	CTTGT	2	10	217986	217995	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_009622	TCTTT	2	10	218337	218346	0 %	80 %	0 %	20 %	150378412

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.