MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium medicae WSM419 plasmid pSMED01

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009620	TTGGC	2	10	3560	3569	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009620	GATCG	2	10	3775	3784	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009620	GCAGC	2	10	11475	11484	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_009620	GCCGC	2	10	30820	30829	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
5	NC_009620	CGATG	2	10	42663	42672	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_009620	TTCCG	2	10	66820	66829	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_009620	GAGCC	2	10	86445	86454	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_009620	GAAGC	2	10	104376	104385	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_009620	TGCCC	2	10	132089	132098	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_009620	GCCGC	2	10	133315	133324	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_009620	CGCGT	2	10	164178	164187	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_009620	ATCGC	2	10	196822	196831	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_009620	CCGAC	2	10	227580	227589	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_009620	AGCCG	2	10	227792	227801	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_009620	AAATA	2	10	230124	230133	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009620	ACGCC	2	10	233019	233028	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_009620	CCGGG	2	10	254865	254874	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_009620	CGATA	2	10	256208	256217	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009620	CGCCC	2	10	266486	266495	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
20	NC_009620	CGGCG	2	10	282731	282740	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
21	NC_009620	GAAAA	2	10	303689	303698	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009620	AAATC	2	10	313925	313934	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009620	CCTGC	2	10	327537	327546	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_009620	TGCGG	2	10	328680	328689	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009620	TATTT	2	10	331466	331475	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009620	AAAGC	2	10	344354	344363	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009620	TCCGC	2	10	354616	354625	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_009620	GCCGA	2	10	356865	356874	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_009620	TTGCA	2	10	357150	357159	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_009620	TTTCG	2	10	359610	359619	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009620	GCACG	2	10	363861	363870	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_009620	CTTCG	2	10	364772	364781	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_009620	TGCGG	2	10	381007	381016	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_009620	GGCCC	2	10	405836	405845	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
35	NC_009620	CGCCT	2	10	432634	432643	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_009620	GTACC	2	10	443760	443769	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_009620	GGCCA	2	10	450096	450105	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_009620	TTTCC	2	10	487944	487953	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_009620	ACCTG	2	10	495397	495406	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_009620	CCGCC	2	10	509472	509481	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
41	NC_009620	GATTT	2	10	514698	514707	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009620	CTTCG	2	10	514724	514733	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_009620	ATGAA	2	10	526896	526905	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009620	GCGCC	2	10	529547	529556	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
45	NC_009620	CCCTG	2	10	535207	535216	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_009620	CCTCT	2	10	554400	554409	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
47	NC_009620	TTCCC	2	10	566473	566482	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_009620	CGCGG	2	10	578892	578901	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_009620	GACGC	2	10	585357	585366	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_009620	GATCG	2	10	592766	592775	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_009620	GAGCA	2	10	596427	596436	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_009620	CCGTC	2	10	607840	607849	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_009620	TCATC	2	10	644691	644700	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_009620	GGCGA	2	10	672001	672010	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009620	TTCCT	2	10	678142	678151	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_009620	TGCGT	2	10	684652	684661	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_009620	GTTAA	2	10	688625	688634	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009620	AGAGG	2	10	728754	728763	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009620	CGGCA	2	10	732286	732295	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_009620	GCGCC	2	10	753057	753066	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_009620	ACGCC	2	10	757357	757366	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_009620	TGGAA	2	10	758429	758438	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009620	TGACG	2	10	767841	767850	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009620	CTCGC	2	10	792914	792923	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_009620	TGGGC	2	10	810863	810872	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009620	GCGGG	2	10	816800	816809	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
67	NC_009620	AACCT	2	10	837676	837685	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_009620	TCCGC	2	10	838060	838069	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
69	NC_009620	GGACC	2	10	840538	840547	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_009620	CGGTC	2	10	840633	840642	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_009620	CGCGA	2	10	865179	865188	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_009620	GGAGG	2	10	869684	869693	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009620	CCCAG	2	10	875810	875819	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
74	NC_009620	TGCGG	2	10	881448	881457	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_009620	ATTGC	2	10	888403	888412	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_009620	GCGCG	2	10	895354	895363	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
77	NC_009620	GCATC	2	10	906183	906192	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_009620	CCGGC	2	10	907708	907717	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_009620	CAAGG	2	10	913673	913682	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_009620	ACGAA	2	10	913907	913916	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_009620	TTCTC	2	10	917963	917972	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_009620	TTCCT	2	10	928495	928504	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_009620	CGAAA	2	10	932510	932519	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_009620	GATGC	2	10	934001	934010	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_009620	GTCCC	2	10	936358	936367	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_009620	CGGCA	2	10	963574	963583	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
87	NC_009620	TGCAA	2	10	966893	966902	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_009620	GTTTT	2	10	986586	986595	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009620	CGGGA	2	10	996928	996937	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_009620	TTGGC	2	10	999329	999338	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009620	GAATC	2	10	1018547	1018556	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_009620	CGCAA	2	10	1058872	1058881	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_009620	ATGAA	2	10	1077218	1077227	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009620	CCTGC	2	10	1083630	1083639	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_009620	AAGCG	2	10	1117558	1117567	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_009620	GGCAG	2	10	1117778	1117787	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
97	NC_009620	TTGTC	2	10	1120340	1120349	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_009620	CCGTT	2	10	1134798	1134807	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_009620	GGCCG	2	10	1135561	1135570	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
100	NC_009620	TTGCG	2	10	1136973	1136982	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_009620	CTGCC	2	10	1137048	1137057	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_009620	GCCGT	2	10	1137220	1137229	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_009620	GCGTG	2	10	1138448	1138457	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
104	NC_009620	CGAGC	2	10	1138465	1138474	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_009620	CTCGG	2	10	1154732	1154741	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_009620	CAAAT	2	10	1192569	1192578	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009620	CCGGC	2	10	1200121	1200130	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
108	NC_009620	ACGGC	2	10	1206124	1206133	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_009620	AAGAA	2	10	1240896	1240905	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009620	ACGTC	2	10	1249066	1249075	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_009620	GGGCA	2	10	1297984	1297993	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_009620	GGCGT	2	10	1302394	1302403	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009620	CGCAT	2	10	1303274	1303283	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_009620	AACGT	2	10	1303366	1303375	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_009620	GCCGG	2	10	1337123	1337132	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
116	NC_009620	GAAGA	2	10	1339089	1339098	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009620	CCGAT	2	10	1344310	1344319	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_009620	AGGGC	2	10	1393024	1393033	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_009620	TCCCT	2	10	1396127	1396136	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
120	NC_009620	CCGGT	2	10	1396152	1396161	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_009620	TAATA	2	10	1417808	1417817	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009620	GCGCG	2	10	1431456	1431465	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
123	NC_009620	CGAAA	2	10	1451343	1451352	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_009620	TTGCG	2	10	1453547	1453556	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_009620	CGACA	2	10	1462364	1462373	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_009620	GGCTG	2	10	1465343	1465352	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_009620	TTGCA	2	10	1483170	1483179	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_009620	CCCCA	2	10	1531054	1531063	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
129	NC_009620	GTCCC	2	10	1533008	1533017	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_009620	AAATC	2	10	1538351	1538360	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_009620	TCTGG	2	10	1547913	1547922	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009620	GAGCG	2	10	1564636	1564645	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
133	NC_009620	CCGGT	2	10	1565152	1565161	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
134	NC_009620	ACCGG	2	10	1566963	1566972	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.