MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus influenzae PittGG chromosome

Total Repeats: 414

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009567	CTAAA	2	10	6396	6405	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009567	GATTT	2	10	7135	7144	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009567	GTTAT	2	10	12242	12251	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009567	ATTTT	2	10	21145	21154	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009567	ATTAT	2	10	40597	40606	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009567	AGAGT	2	10	53535	53544	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009567	TTAGT	2	10	57675	57684	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009567	AGAGT	2	10	62092	62101	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009567	AAATT	2	10	65646	65655	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009567	TAAAA	2	10	67367	67376	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009567	CTTTG	2	10	70699	70708	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_009567	AACAG	2	10	71415	71424	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_009567	TGTAA	2	10	71454	71463	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009567	TGGAT	2	10	89783	89792	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009567	TTGCT	2	10	90358	90367	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_009567	TTTAA	2	10	96056	96065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009567	CAATC	2	10	99366	99375	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_009567	ATAGT	2	10	101437	101446	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009567	AATGT	2	10	102440	102449	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009567	GAAAT	2	10	106613	106622	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009567	AGTGA	2	10	125991	126000	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009567	ATTTA	2	10	130064	130073	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009567	GTTAC	2	10	139989	139998	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_009567	ATTCA	2	10	142134	142143	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009567	AAGGT	2	10	146292	146301	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009567	AAGCC	2	10	149005	149014	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_009567	TAAGC	2	10	151532	151541	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009567	CAATC	2	10	170821	170830	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_009567	AACGT	2	10	171130	171139	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_009567	CTTTT	2	10	188494	188503	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009567	TTTTC	2	10	195120	195129	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_009567	TTTCA	2	10	201652	201661	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009567	AGTTT	2	10	202174	202183	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009567	ATTTT	2	10	202307	202316	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009567	TTTCA	2	10	203524	203533	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_009567	CAAAA	2	10	210306	210315	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_009567	TTAAT	2	10	211994	212003	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009567	TAAAT	2	10	217402	217411	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009567	TGGCT	2	10	218745	218754	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009567	AATCC	2	10	220003	220012	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_009567	AAATT	2	10	221687	221696	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009567	TAATC	2	10	226372	226381	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_009567	TAAAA	2	10	238548	238557	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009567	AAAAG	2	10	242649	242658	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009567	TATTT	2	10	243696	243705	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009567	CAAGG	2	10	263890	263899	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_009567	GTTAA	2	10	274208	274217	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009567	TCAAT	2	10	276345	276354	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009567	AAAAG	2	10	280705	280714	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009567	ATTTA	2	10	282957	282966	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009567	GCAAA	2	10	283940	283949	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_009567	CAATC	2	10	284063	284072	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_009567	ACGAT	2	10	285802	285811	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009567	CTATG	2	10	289250	289259	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009567	TGTTT	2	10	289917	289926	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009567	TCCCC	2	10	302675	302684	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
57	NC_009567	AAATT	2	10	303552	303561	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009567	TAAGT	2	10	303577	303586	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009567	CCCTA	2	10	317284	317293	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_009567	CAGCC	2	10	336447	336456	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_009567	CTTTT	2	10	343956	343965	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009567	TCTTT	2	10	351802	351811	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009567	TTATT	2	10	364139	364148	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009567	ATTTT	2	10	369775	369784	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009567	AAAAC	2	10	369918	369927	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009567	AATTT	2	10	372059	372068	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009567	TATGC	2	10	381085	381094	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_009567	TAAAT	2	10	388464	388473	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009567	TCAAA	2	10	394221	394230	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009567	GAAAA	2	10	400839	400848	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009567	CTAAA	2	10	409520	409529	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009567	TTTAA	2	10	412942	412951	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009567	TAATC	2	10	419160	419169	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_009567	TAAAG	2	10	419403	419412	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009567	TTTCC	2	10	422944	422953	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_009567	ATTTT	2	10	423462	423471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009567	TGCAA	2	10	424479	424488	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_009567	CAAAA	2	10	430081	430090	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_009567	CTTTT	2	10	436580	436589	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_009567	TTAAT	2	10	439104	439113	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009567	TCTTT	2	10	439294	439303	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009567	ATTTG	2	10	439409	439418	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009567	TAACC	2	10	440925	440934	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_009567	CGACT	2	10	441368	441377	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_009567	TCGGT	2	10	441743	441752	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_009567	TCGCT	2	10	441970	441979	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_009567	GCTTC	2	10	443340	443349	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_009567	TTCAA	2	10	444594	444603	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009567	AATTT	2	10	453707	453716	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009567	AAAAC	2	10	470616	470625	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009567	GGCTT	2	10	471533	471542	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_009567	TTAAA	2	10	473785	473794	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009567	AACAT	2	10	480653	480662	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_009567	ATAAA	2	10	482957	482966	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009567	TTATG	2	10	501235	501244	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009567	AATGC	2	10	511914	511923	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_009567	CCTGC	2	10	511980	511989	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_009567	TAAAT	2	10	518345	518354	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009567	GCCTT	2	10	526812	526821	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_009567	ATTTA	2	10	531950	531959	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009567	CAACG	2	10	535064	535073	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_009567	AGAAA	2	10	536424	536433	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009567	GAAGA	2	10	536778	536787	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009567	TGATT	2	10	540216	540225	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009567	AATTT	2	10	540374	540383	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009567	CACAT	2	10	543664	543673	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_009567	AAAAT	2	10	544940	544949	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009567	ATGCC	2	10	548729	548738	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_009567	TTTGA	2	10	549421	549430	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009567	CAATT	2	10	551710	551719	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_009567	GTTTT	2	10	552088	552097	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009567	TACGC	2	10	555465	555474	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_009567	AGAAA	2	10	571550	571559	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009567	CAAAA	2	10	576095	576104	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_009567	AATGG	2	10	576307	576316	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009567	GTTAT	2	10	577797	577806	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009567	AAACT	2	10	578440	578449	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_009567	TAACC	2	10	580805	580814	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_009567	CGACT	2	10	581248	581257	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_009567	TCGGT	2	10	581623	581632	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_009567	TCGCT	2	10	581850	581859	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_009567	TAAAA	3	15	582742	582756	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009567	TACAC	2	10	583002	583011	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_009567	GCTTC	2	10	583470	583479	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_009567	TTCAA	2	10	584724	584733	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_009567	AAGAT	2	10	584996	585005	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009567	AAAAG	2	10	587552	587561	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009567	AATTG	2	10	587702	587711	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009567	TTTTC	2	10	591063	591072	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_009567	AAAAG	2	10	593114	593123	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009567	TAACT	2	10	594825	594834	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009567	AAATA	2	10	596176	596185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009567	TCTTT	2	10	604636	604645	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009567	ACAAA	2	10	605459	605468	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009567	GAATG	2	10	605599	605608	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009567	AAAGA	2	10	608626	608635	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009567	TTAAT	2	10	618012	618021	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009567	TACAA	2	10	621301	621310	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_009567	TCCAT	2	10	625447	625456	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_009567	ATAAA	2	10	626100	626109	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009567	TGGTC	2	10	628007	628016	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_009567	AATTC	2	10	630082	630091	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_009567	CAAAG	2	10	630326	630335	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_009567	ATCAA	2	10	630482	630491	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_009567	ATTTA	2	10	631814	631823	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009567	AAAAT	2	10	643625	643634	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009567	TTTCT	2	10	653700	653709	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_009567	TCACA	2	10	657929	657938	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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287	NC_009567	ATACC	2	10	1274896	1274905	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.