MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus reuteri DSM 20016 chromosome

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009513	TAAAAT	2	12	18413	18424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009513	TGTTAC	2	12	87691	87702	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_009513	TGTAAC	2	12	120194	120205	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009513	GGTGCT	2	12	120450	120461	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_009513	AACATT	2	12	120663	120674	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_009513	GCCGAG	2	12	180897	180908	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_009513	TGAAAT	2	12	181532	181543	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009513	TGGAAG	2	12	182360	182371	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009513	ATTTTA	2	12	200479	200490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009513	GATTTT	2	12	221165	221176	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009513	TTTTTA	2	12	251263	251274	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009513	ACGATT	2	12	251326	251337	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_009513	TCATTA	2	12	268131	268142	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_009513	TTAAAA	2	12	302411	302422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009513	GCCGAG	2	12	315562	315573	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_009513	TGAAAT	2	12	316197	316208	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009513	TGGAAG	2	12	317025	317036	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009513	GGGGAA	2	12	329260	329271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009513	ATTATA	2	12	358247	358258	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009513	TAAAAT	2	12	361658	361669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009513	TAAAAA	2	12	362970	362981	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009513	TAGAAG	2	12	431483	431494	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009513	ACTTTT	2	12	455117	455128	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_009513	TTCTCT	2	12	464588	464599	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_009513	ATCGGG	2	12	475307	475318	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_009513	TTTTTG	2	12	490375	490386	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009513	AGATAC	2	12	494081	494092	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_009513	ATCATT	2	12	494681	494692	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009513	GTTCAT	2	12	532874	532885	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_009513	TTAATT	2	12	538185	538196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009513	GCCGAG	2	12	627751	627762	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009513	TGAAAT	2	12	628386	628397	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009513	TGGAAG	2	12	629214	629225	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009513	AATCCT	2	12	636538	636549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009513	GCCGAG	2	12	642932	642943	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009513	TGAAAT	2	12	643567	643578	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009513	TGGAAG	2	12	644395	644406	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009513	AGCTAG	2	12	647030	647041	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_009513	TAGTTT	2	12	652681	652692	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009513	TTAAAT	2	12	689974	689985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009513	GCAATT	2	12	690273	690284	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_009513	TTTAAT	2	12	699092	699103	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009513	TATTTA	2	12	711062	711073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009513	TAAAAA	2	12	715604	715615	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009513	ATTTTC	2	12	729965	729976	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009513	TCATTA	2	12	744590	744601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_009513	AAATTT	2	12	798168	798179	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009513	GCATAG	2	12	862816	862827	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_009513	TTAAAA	2	12	862843	862854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009513	GATAAA	2	12	862953	862964	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009513	AACCGA	2	12	869001	869012	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009513	GTCCTC	2	12	1003566	1003577	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_009513	AATGAT	2	12	1046373	1046384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009513	ATAATT	2	12	1059228	1059239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009513	CACTTC	2	12	1074683	1074694	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_009513	ATTTCA	2	12	1075513	1075524	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009513	CTCGGC	2	12	1076148	1076159	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_009513	TTTTTA	2	12	1088384	1088395	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009513	CTAACG	2	12	1115692	1115703	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009513	CAAATT	2	12	1121943	1121954	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009513	ATTTTG	2	12	1134099	1134110	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009513	TTAAAA	2	12	1139603	1139614	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009513	TTTGAT	2	12	1191702	1191713	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009513	TAAAAA	2	12	1241989	1242000	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009513	TAATTT	2	12	1249288	1249299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009513	TTATTG	2	12	1252708	1252719	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009513	TTAAAT	2	12	1298814	1298825	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009513	CATCGT	2	12	1307051	1307062	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_009513	TTTAAT	2	12	1368685	1368696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009513	CACTTC	2	12	1370150	1370161	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_009513	ATTTCA	2	12	1370980	1370991	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009513	CTCGGC	2	12	1371615	1371626	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_009513	CATTTT	2	12	1391425	1391436	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_009513	ATAGTT	2	12	1395454	1395465	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009513	TACTCC	2	12	1421225	1421236	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009513	ATTTTA	2	12	1455075	1455086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009513	AATATA	2	12	1458130	1458141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009513	TTTGTA	2	12	1464329	1464340	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009513	TCATAT	2	12	1473498	1473509	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009513	TCACCG	2	12	1481738	1481749	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_009513	TGAAAA	2	12	1495824	1495835	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009513	TTCAAA	2	12	1552481	1552492	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009513	CTTAAT	2	12	1568563	1568574	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009513	GCTGTT	2	12	1609549	1609560	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_009513	AATGGC	2	12	1609962	1609973	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_009513	TAGAAA	2	12	1610769	1610780	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009513	AACTAT	2	12	1629935	1629946	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_009513	ATCCTT	2	12	1643618	1643629	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009513	TTAGTT	2	12	1670759	1670770	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009513	TTTAAT	2	12	1684973	1684984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009513	AAAAGA	2	12	1700929	1700940	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009513	TTTCAT	2	12	1717566	1717577	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_009513	TTATTT	2	12	1881058	1881069	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009513	TAAAAT	2	12	1887871	1887882	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009513	AGGAAT	2	12	1889477	1889488	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009513	AATATT	2	12	1904352	1904363	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009513	CAAAAT	2	12	1908885	1908896	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009513	CCATTG	2	12	1925663	1925674	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_009513	AAGATG	2	12	1930930	1930941	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009513	CGGTAT	2	12	1933931	1933942	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_009513	TTTTAA	2	12	1967710	1967721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009513	AAAAAG	2	12	1970901	1970912	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009513	AATATT	2	12	1973137	1973148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009513	ATTTTT	2	12	1976087	1976098	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009513	AACTCC	2	12	1976248	1976259	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.