MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus reuteri DSM 20016 chromosome

Total Repeats: 339

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009513	TGTTT	2	10	3061	3070	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009513	AGTAA	2	10	9625	9634	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009513	TGATA	2	10	10647	10656	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009513	GATTT	2	10	30999	31008	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009513	ACCTA	2	10	36107	36116	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_009513	AAATT	2	10	36194	36203	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009513	ATTTA	2	10	47243	47252	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009513	ATTTA	2	10	47255	47264	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009513	CAAGA	2	10	47522	47531	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009513	AAAAT	2	10	47658	47667	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009513	ATTTT	2	10	75342	75351	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009513	TTAAC	2	10	81962	81971	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_009513	ATATA	2	10	89634	89643	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009513	ATCAT	2	10	89644	89653	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_009513	ATTTT	2	10	99132	99141	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009513	TAAAA	2	10	107018	107027	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009513	AATTT	2	10	114171	114180	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009513	CTTAC	2	10	117146	117155	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_009513	AGTTT	2	10	121161	121170	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009513	TCTTT	2	10	127198	127207	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_009513	CTTTT	2	10	137130	137139	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_009513	AGCCT	2	10	144372	144381	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_009513	AATTA	2	10	146955	146964	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009513	TTTTA	2	10	147012	147021	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009513	ATTTT	2	10	156030	156039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009513	TTTAT	2	10	160554	160563	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009513	GGTAA	2	10	178007	178016	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009513	GTCTG	2	10	178490	178499	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009513	TCGTG	2	10	178824	178833	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_009513	AACAA	2	10	179405	179414	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009513	GAGAT	2	10	182296	182305	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009513	TCTTT	2	10	182651	182660	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009513	ACAAA	2	10	185277	185286	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_009513	AAGTT	2	10	200434	200443	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009513	TCTAA	2	10	200460	200469	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_009513	GTTAA	2	10	200771	200780	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009513	AACTT	2	10	201723	201732	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_009513	TAAGT	2	10	212668	212677	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009513	TGCAT	2	10	216075	216084	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009513	AAAAT	2	10	229477	229486	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009513	ATATT	2	10	251299	251308	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009513	TAAAT	2	10	281905	281914	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009513	TTAAG	2	10	281928	281937	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009513	ATGAC	2	10	290607	290616	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009513	ATTAA	2	10	292630	292639	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009513	TATAT	2	10	295439	295448	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009513	TTAGA	2	10	295462	295471	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009513	TCTTT	2	10	307368	307377	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009513	AATTG	2	10	311790	311799	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009513	AAAAT	2	10	311964	311973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009513	CTAAT	2	10	312187	312196	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_009513	GGTAA	2	10	312672	312681	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009513	GTCTG	2	10	313155	313164	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009513	TCGTG	2	10	313489	313498	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009513	AACAA	2	10	314070	314079	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_009513	GAGAT	2	10	316961	316970	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009513	AGTAG	2	10	320553	320562	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009513	CCTCT	2	10	335387	335396	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_009513	GTGCG	2	10	354341	354350	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009513	CTTTA	2	10	358406	358415	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_009513	CAATA	2	10	361648	361657	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009513	AATTC	2	10	362947	362956	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009513	ATTTA	2	10	363504	363513	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009513	ATTAT	2	10	363547	363556	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009513	TTCTT	2	10	368032	368041	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009513	TATTT	2	10	380141	380150	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009513	ACTTT	2	10	385004	385013	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_009513	AAACT	2	10	386194	386203	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009513	ACGAC	2	10	386535	386544	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_009513	TTAAG	2	10	393548	393557	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009513	TTTTA	2	10	400347	400356	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009513	AAAAT	2	10	401396	401405	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009513	AATTT	2	10	401784	401793	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009513	AATTT	2	10	403450	403459	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009513	GTAAA	2	10	404044	404053	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009513	TTTGG	2	10	417020	417029	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009513	AAATA	2	10	431807	431816	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009513	TTTTA	2	10	441510	441519	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009513	AGATA	2	10	441831	441840	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009513	AAAAG	2	10	442043	442052	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009513	AATTT	2	10	442209	442218	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009513	AGTAT	2	10	442291	442300	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009513	ATATA	2	10	443305	443314	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009513	TATTT	2	10	444772	444781	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009513	TGATA	2	10	446423	446432	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009513	TTTTA	2	10	451121	451130	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009513	ATTTT	2	10	455083	455092	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009513	TAATT	2	10	456201	456210	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009513	GAAAT	2	10	459228	459237	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009513	AAACT	2	10	472987	472996	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009513	TAAAT	2	10	475208	475217	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009513	GAAGA	2	10	476069	476078	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009513	AAAAT	2	10	476094	476103	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009513	TTATT	2	10	477149	477158	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009513	AAAAT	2	10	480225	480234	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009513	TATTT	2	10	481194	481203	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009513	TACCA	2	10	481204	481213	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_009513	GTATA	2	10	485327	485336	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009513	ATTAA	2	10	487467	487476	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009513	TAATC	2	10	488653	488662	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_009513	TATAT	2	10	490177	490186	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009513	AAAGT	2	10	490483	490492	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009513	TTATG	2	10	490716	490725	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009513	ATATA	2	10	490749	490758	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009513	TGCTT	2	10	492564	492573	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_009513	TGTTT	2	10	492689	492698	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009513	TGGTT	2	10	503437	503446	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009513	AATAA	2	10	509357	509366	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009513	TGATA	2	10	523657	523666	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009513	TATAA	2	10	531384	531393	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009513	CTATC	2	10	541847	541856	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_009513	AAAAG	2	10	550541	550550	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009513	TCTTT	2	10	554937	554946	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_009513	TATAA	2	10	556919	556928	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009513	CCTAT	2	10	556965	556974	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_009513	TAAAA	2	10	610428	610437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009513	ATAAA	2	10	618080	618089	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009513	TTTTA	2	10	620469	620478	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009513	CTGAT	2	10	624177	624186	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_009513	GGTAA	2	10	624661	624670	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009513	GTCTG	2	10	625144	625153	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_009513	TCGTG	2	10	625478	625487	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_009513	AACAA	2	10	626259	626268	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_009513	GAGAT	2	10	629150	629159	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009513	ACTTT	2	10	632559	632568	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_009513	GGTAA	2	10	639842	639851	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009513	GTCTG	2	10	640325	640334	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_009513	TCGTG	2	10	640659	640668	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_009513	AACAA	2	10	641440	641449	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_009513	GAGAT	2	10	644331	644340	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009513	TTTTC	2	10	646139	646148	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009513	TCTTT	2	10	689931	689940	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_009513	TAATT	2	10	690532	690541	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009513	TAAGT	2	10	693459	693468	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009513	TGGCT	2	10	693759	693768	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_009513	TAAAT	2	10	704126	704135	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009513	GCAAT	2	10	715973	715982	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_009513	ATATT	2	10	719445	719454	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009513	ATATA	2	10	724907	724916	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009513	TTTTC	2	10	735100	735109	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_009513	TTGTT	2	10	741549	741558	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009513	TGATA	2	10	742009	742018	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009513	TAAGT	2	10	748070	748079	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009513	AATTG	2	10	754105	754114	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009513	TTTTA	2	10	781904	781913	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009513	TAACT	2	10	791876	791885	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_009513	AAATT	2	10	798027	798036	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009513	GCTTA	2	10	798130	798139	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_009513	AAAAG	2	10	799097	799106	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_009513	ATTAA	2	10	1036237	1036246	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_009513	ATATT	2	10	1036336	1036345	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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332	NC_009513	CTTGG	2	10	1960917	1960926	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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334	NC_009513	TAAAA	2	10	1973267	1973276	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
335	NC_009513	CAAAA	2	10	1975811	1975820	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
336	NC_009513	TAACT	2	10	1988572	1988581	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
337	NC_009513	AATCT	2	10	1991438	1991447	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
338	NC_009513	CTGCC	2	10	1999321	1999330	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
339	NC_009513	TGGTT	2	10	1999531	1999540	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.