MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sphingomonas wittichii RW1 plasmid pSWIT02

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009508	CTTCGA	2	12	2008	2019	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148550848
2	NC_009508	CGGCAC	2	12	4799	4810	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148550851
3	NC_009508	CACCGA	2	12	14080	14091	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148550858
4	NC_009508	AGTTGC	2	12	17873	17884	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	148550861
5	NC_009508	CCAGCC	2	12	19880	19891	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	148550864
6	NC_009508	CATGGT	2	12	23105	23116	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	148550868
7	NC_009508	TGGAGA	2	12	23507	23518	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	148550869
8	NC_009508	CGATGC	2	12	27525	27536	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550873
9	NC_009508	CATAGA	2	12	30626	30637	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	148550875
10	NC_009508	GCGACG	2	12	34293	34304	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550878
11	NC_009508	CAGCGT	2	12	35715	35726	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550880
12	NC_009508	CCAGTC	2	12	36354	36365	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148550880
13	NC_009508	AGATCT	2	12	37769	37780	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	148550882
14	NC_009508	ATCGGG	2	12	40574	40585	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550886
15	NC_009508	TGCCGG	2	12	41068	41079	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550886
16	NC_009508	GGGCCA	2	12	45465	45476	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550890
17	NC_009508	CAGCGA	2	12	46054	46065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148550890
18	NC_009508	GATTGA	2	12	46630	46641	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148550891
19	NC_009508	GATCGA	2	12	49066	49077	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148550893
20	NC_009508	CTGATC	2	12	52425	52436	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148550900
21	NC_009508	GTCTTG	2	12	52662	52673	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	148550900
22	NC_009508	GAGCGA	2	12	56647	56658	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148550904
23	NC_009508	GCCGCT	2	12	58723	58734	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550906
24	NC_009508	TTGCGA	2	12	61041	61052	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	148550908
25	NC_009508	GATGGT	2	12	61202	61213	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	148550908
26	NC_009508	GTCCAG	2	12	66303	66314	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550912
27	NC_009508	GCACCC	2	12	68114	68125	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	148550913
28	NC_009508	GGTCGC	2	12	70538	70549	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550915
29	NC_009508	CAGAGC	2	12	71382	71393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148550916
30	NC_009508	CACCGA	2	12	73913	73924	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148550919
31	NC_009508	GAACCT	2	12	81261	81272	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148550926
32	NC_009508	CGATGG	2	12	85473	85484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550931
33	NC_009508	GATGGC	2	12	94228	94239	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550935
34	NC_009508	GCGCTG	2	12	94480	94491	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550935
35	NC_009508	CTGGAC	2	12	97367	97378	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550937
36	NC_009508	CACCGA	2	12	102868	102879	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148550943
37	NC_009508	AACGCC	2	12	106493	106504	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148550945
38	NC_009508	GAGCGC	2	12	106655	106666	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550945
39	NC_009508	GCGCTC	2	12	106796	106807	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550945
40	NC_009508	AGGCTG	2	12	107475	107486	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550945
41	NC_009508	GTAGGC	2	12	109106	109117	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550947
42	NC_009508	GTCATG	2	12	116355	116366	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	148550952
43	NC_009508	GCCGAC	2	12	117618	117629	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148550953
44	NC_009508	TTTCAC	2	12	118046	118057	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	148550953
45	NC_009508	ATGCCA	2	12	119194	119205	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148550954
46	NC_009508	GGCGCA	2	12	120671	120682	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550956
47	NC_009508	CTCGTC	2	12	126242	126253	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148550960
48	NC_009508	TGCGGC	2	12	127785	127796	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550963
49	NC_009508	GGCAGC	2	12	134997	135008	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550969
50	NC_009508	ACCACG	2	12	138010	138021	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148550972
51	NC_009508	CAGTTC	2	12	138831	138842	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148550973
52	NC_009508	CCTGTT	2	12	139296	139307	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	148550974
53	NC_009508	ATGGCG	2	12	143887	143898	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550979
54	NC_009508	TGCGGA	2	12	149773	149784	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550986
55	NC_009508	GGAACC	2	12	151840	151851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148550989
56	NC_009508	CTGGAA	2	12	154530	154541	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148550992
57	NC_009508	CTCGAT	2	12	155050	155061	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148550993
58	NC_009508	GTCTCC	2	12	160985	160996	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148550996
59	NC_009508	TGACGA	2	12	161482	161493	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148550997
60	NC_009508	ATCTTG	2	12	165216	165227	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	148550999
61	NC_009508	GCATCA	2	12	167490	167501	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148551002
62	NC_009508	CGGCTT	2	12	174505	174516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148551009
63	NC_009508	GTCCAG	2	12	174991	175002	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148551010
64	NC_009508	GAGGAA	2	12	176033	176044	50 %	0 %	50 %	0 %	148551011
65	NC_009508	GGCATC	2	12	179753	179764	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148551015
66	NC_009508	TCATCG	2	12	180511	180522	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148551016
67	NC_009508	GGAGAA	2	12	184689	184700	50 %	0 %	50 %	0 %	148551018
68	NC_009508	CAGCAA	2	12	185040	185051	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	148551019
69	NC_009508	GGCATC	2	12	186966	186977	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148551021
70	NC_009508	ACCGGG	2	12	187537	187548	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148551021
71	NC_009508	GTGCAG	2	12	188133	188144	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148551022
72	NC_009508	CTCAAG	2	12	194978	194989	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148551027
73	NC_009508	CGCGGG	2	12	195103	195114	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148551027
74	NC_009508	GGGAAG	2	12	200570	200581	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148551036
75	NC_009508	CGGCAT	2	12	204373	204384	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148551038
76	NC_009508	TTCTCC	2	12	209319	209330	0 %	50 %	0 %	50 %	148551044
77	NC_009508	CCCTCA	2	12	212865	212876	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	148551047
78	NC_009508	GTGCCC	2	12	214955	214966	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148551048
79	NC_009508	GCTGGC	2	12	216926	216937	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148551050
80	NC_009508	CCGGCA	2	12	217923	217934	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148551051
81	NC_009508	ATCCCG	2	12	218415	218426	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148551051
82	NC_009508	ACGGCG	2	12	218837	218848	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148551053
83	NC_009508	CCGCGG	2	12	220269	220280	0 %	0 %	50 %	50 %	148551054

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.