MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sphingomonas wittichii RW1 plasmid pSWIT02

Total Repeats: 174

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009508	GGTCA	2	10	1575	1584	20 %	20 %	40 %	20 %	148550847
2	NC_009508	GGGAT	2	10	2864	2873	20 %	20 %	60 %	0 %	148550849
3	NC_009508	CGGGG	2	10	6383	6392	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
4	NC_009508	CCTGG	2	10	8699	8708	0 %	20 %	40 %	40 %	148550853
5	NC_009508	ACCGC	2	10	8710	8719	20 %	0 %	20 %	60 %	148550853
6	NC_009508	GGCTC	2	10	9289	9298	0 %	20 %	40 %	40 %	148550853
7	NC_009508	GCCCA	2	10	11296	11305	20 %	0 %	20 %	60 %	148550856
8	NC_009508	TGGCT	2	10	14343	14352	0 %	40 %	40 %	20 %	148550858
9	NC_009508	CATCG	2	10	14392	14401	20 %	20 %	20 %	40 %	148550858
10	NC_009508	TCGCA	2	10	14446	14455	20 %	20 %	20 %	40 %	148550858
11	NC_009508	CGCGG	2	10	16290	16299	0 %	0 %	60 %	40 %	148550860
12	NC_009508	AGTTG	2	10	17784	17793	20 %	40 %	40 %	0 %	148550861
13	NC_009508	TGATC	2	10	20255	20264	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_009508	TGGGG	2	10	23355	23364	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009508	CCCCA	2	10	23369	23378	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
16	NC_009508	GCGCC	2	10	24482	24491	0 %	0 %	40 %	60 %	148550869
17	NC_009508	CCGGG	2	10	28734	28743	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_009508	ATGCG	2	10	29289	29298	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009508	GCCTT	2	10	30914	30923	0 %	40 %	20 %	40 %	148550875
20	NC_009508	AAGCA	2	10	31129	31138	60 %	0 %	20 %	20 %	148550875
21	NC_009508	TTCGG	2	10	32264	32273	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_009508	GCTCC	2	10	33380	33389	0 %	20 %	20 %	60 %	148550877
23	NC_009508	CGATC	2	10	33915	33924	20 %	20 %	20 %	40 %	148550878
24	NC_009508	CTTGG	2	10	37993	38002	0 %	40 %	40 %	20 %	148550882
25	NC_009508	TCGCC	2	10	40007	40016	0 %	20 %	20 %	60 %	148550884
26	NC_009508	CGGTG	2	10	41589	41598	0 %	20 %	60 %	20 %	148550887
27	NC_009508	ATCGA	2	10	43817	43826	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009508	ACACG	2	10	47579	47588	40 %	0 %	20 %	40 %	148550892
29	NC_009508	GCCCT	2	10	47672	47681	0 %	20 %	20 %	60 %	148550892
30	NC_009508	GGCGA	2	10	49037	49046	20 %	0 %	60 %	20 %	148550893
31	NC_009508	ACGCG	2	10	49081	49090	20 %	0 %	40 %	40 %	148550893
32	NC_009508	AGGCG	2	10	49527	49536	20 %	0 %	60 %	20 %	148550894
33	NC_009508	TCCTC	2	10	49629	49638	0 %	40 %	0 %	60 %	148550894
34	NC_009508	GGGCA	2	10	50926	50935	20 %	0 %	60 %	20 %	148550897
35	NC_009508	CCGGT	2	10	52331	52340	0 %	20 %	40 %	40 %	148550900
36	NC_009508	GGTCA	2	10	52865	52874	20 %	20 %	40 %	20 %	148550900
37	NC_009508	CATCG	2	10	53948	53957	20 %	20 %	20 %	40 %	148550902
38	NC_009508	GCGCC	2	10	54089	54098	0 %	0 %	40 %	60 %	148550902
39	NC_009508	GCGCC	2	10	54162	54171	0 %	0 %	40 %	60 %	148550902
40	NC_009508	TGCGA	2	10	55085	55094	20 %	20 %	40 %	20 %	148550903
41	NC_009508	ATCGA	2	10	56097	56106	40 %	20 %	20 %	20 %	148550904
42	NC_009508	GGCTC	2	10	57251	57260	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_009508	TGACC	2	10	57739	57748	20 %	20 %	20 %	40 %	148550905
44	NC_009508	CGGCG	2	10	59247	59256	0 %	0 %	60 %	40 %	148550906
45	NC_009508	GGGTT	2	10	59461	59470	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009508	GCCCT	2	10	59901	59910	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_009508	CTCCC	2	10	60015	60024	0 %	20 %	0 %	80 %	148550907
48	NC_009508	CCGTC	2	10	60409	60418	0 %	20 %	20 %	60 %	148550907
49	NC_009508	CCCCT	2	10	60689	60698	0 %	20 %	0 %	80 %	148550908
50	NC_009508	CGATC	2	10	60851	60860	20 %	20 %	20 %	40 %	148550908
51	NC_009508	CCCCG	2	10	62142	62151	0 %	0 %	20 %	80 %	148550909
52	NC_009508	GGGAC	2	10	64115	64124	20 %	0 %	60 %	20 %	148550910
53	NC_009508	TGCGG	2	10	64146	64155	0 %	20 %	60 %	20 %	148550910
54	NC_009508	AGGGG	2	10	64967	64976	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009508	CAGCG	2	10	69010	69019	20 %	0 %	40 %	40 %	148550914
56	NC_009508	TGAGC	2	10	69104	69113	20 %	20 %	40 %	20 %	148550914
57	NC_009508	GCATG	2	10	71154	71163	20 %	20 %	40 %	20 %	148550916
58	NC_009508	GCTGG	2	10	72180	72189	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_009508	CTGGG	2	10	72816	72825	0 %	20 %	60 %	20 %	148550918
60	NC_009508	GGCGC	2	10	75548	75557	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_009508	TCGCT	2	10	77375	77384	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_009508	CGCAT	2	10	78292	78301	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_009508	ACCGG	2	10	78340	78349	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_009508	GGTAG	2	10	78387	78396	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009508	GTCGC	2	10	78577	78586	0 %	20 %	40 %	40 %	148550925
66	NC_009508	GATCA	2	10	79756	79765	40 %	20 %	20 %	20 %	148550925
67	NC_009508	GCCAG	2	10	84407	84416	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_009508	CCCAT	2	10	87195	87204	20 %	20 %	0 %	60 %	148550932
69	NC_009508	CGCCA	2	10	88382	88391	20 %	0 %	20 %	60 %	148550932
70	NC_009508	AAGCC	2	10	89065	89074	40 %	0 %	20 %	40 %	148550933
71	NC_009508	CGGCG	2	10	92207	92216	0 %	0 %	60 %	40 %	148550934
72	NC_009508	ATCAT	2	10	94562	94571	40 %	40 %	0 %	20 %	148550935
73	NC_009508	GCCTG	2	10	95690	95699	0 %	20 %	40 %	40 %	148550936
74	NC_009508	CCGCA	2	10	95777	95786	20 %	0 %	20 %	60 %	148550936
75	NC_009508	GGCCC	2	10	99018	99027	0 %	0 %	40 %	60 %	148550940
76	NC_009508	AGAGA	2	10	100565	100574	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009508	TGGCT	2	10	103131	103140	0 %	40 %	40 %	20 %	148550943
78	NC_009508	CATCG	2	10	103180	103189	20 %	20 %	20 %	40 %	148550943
79	NC_009508	TCGCA	2	10	103234	103243	20 %	20 %	20 %	40 %	148550943
80	NC_009508	TTGGG	2	10	104022	104031	0 %	40 %	60 %	0 %	148550944
81	NC_009508	TCAGC	2	10	105428	105437	20 %	20 %	20 %	40 %	148550945
82	NC_009508	TCGTG	2	10	105765	105774	0 %	40 %	40 %	20 %	148550945
83	NC_009508	CGATG	2	10	105778	105787	20 %	20 %	40 %	20 %	148550945
84	NC_009508	AGCAG	2	10	106144	106153	40 %	0 %	40 %	20 %	148550945
85	NC_009508	TGTCG	2	10	106633	106642	0 %	40 %	40 %	20 %	148550945
86	NC_009508	GAGCG	2	10	106889	106898	20 %	0 %	60 %	20 %	148550945
87	NC_009508	ATCGT	2	10	107972	107981	20 %	40 %	20 %	20 %	148550946
88	NC_009508	GCCCA	2	10	110489	110498	20 %	0 %	20 %	60 %	148550948
89	NC_009508	AAAGG	2	10	111276	111285	60 %	0 %	40 %	0 %	148550949
90	NC_009508	GCGTC	2	10	112177	112186	0 %	20 %	40 %	40 %	148550949
91	NC_009508	GCAGC	2	10	112574	112583	20 %	0 %	40 %	40 %	148550949
92	NC_009508	ATTAT	2	10	115192	115201	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009508	CGTGA	2	10	115931	115940	20 %	20 %	40 %	20 %	148550952
94	NC_009508	CTCGC	2	10	116662	116671	0 %	20 %	20 %	60 %	148550953
95	NC_009508	GCGCA	2	10	118633	118642	20 %	0 %	40 %	40 %	148550954
96	NC_009508	GATCG	2	10	120454	120463	20 %	20 %	40 %	20 %	148550955
97	NC_009508	TCGTC	2	10	121223	121232	0 %	40 %	20 %	40 %	148550956
98	NC_009508	GCGGG	2	10	122154	122163	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
99	NC_009508	TTCGG	2	10	122985	122994	0 %	40 %	40 %	20 %	148550958
100	NC_009508	ACCGA	2	10	123040	123049	40 %	0 %	20 %	40 %	148550958
101	NC_009508	CCAAG	2	10	123257	123266	40 %	0 %	20 %	40 %	148550958
102	NC_009508	TCCTT	2	10	124331	124340	0 %	60 %	0 %	40 %	148550960
103	NC_009508	GCGCA	2	10	125249	125258	20 %	0 %	40 %	40 %	148550960
104	NC_009508	CGTGA	2	10	125550	125559	20 %	20 %	40 %	20 %	148550960
105	NC_009508	CGGCG	2	10	127379	127388	0 %	0 %	60 %	40 %	148550962
106	NC_009508	GAACG	2	10	128420	128429	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009508	TTCAC	2	10	129680	129689	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_009508	CCCGA	2	10	129849	129858	20 %	0 %	20 %	60 %	148550965
109	NC_009508	CTGCG	2	10	131928	131937	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_009508	TCTCC	2	10	132092	132101	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
111	NC_009508	CGTTG	2	10	132524	132533	0 %	40 %	40 %	20 %	148550966
112	NC_009508	TGGCG	2	10	134694	134703	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009508	TCGGC	2	10	135249	135258	0 %	20 %	40 %	40 %	148550969
114	NC_009508	CCAGC	2	10	136498	136507	20 %	0 %	20 %	60 %	148550970
115	NC_009508	GCAGC	2	10	136842	136851	20 %	0 %	40 %	40 %	148550970
116	NC_009508	GCGCG	2	10	138378	138387	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
117	NC_009508	CGGTG	2	10	139363	139372	0 %	20 %	60 %	20 %	148550974
118	NC_009508	AATTG	2	10	140670	140679	40 %	40 %	20 %	0 %	148550976
119	NC_009508	GGCGG	2	10	143615	143624	0 %	0 %	80 %	20 %	148550978
120	NC_009508	GCATG	2	10	144872	144881	20 %	20 %	40 %	20 %	148550979
121	NC_009508	GTCAG	2	10	146384	146393	20 %	20 %	40 %	20 %	148550982
122	NC_009508	GCAAT	2	10	146812	146821	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_009508	GCGAC	2	10	147792	147801	20 %	0 %	40 %	40 %	148550984
124	NC_009508	CGGCC	2	10	148023	148032	0 %	0 %	40 %	60 %	148550984
125	NC_009508	CGCGC	2	10	148048	148057	0 %	0 %	40 %	60 %	148550984
126	NC_009508	CTGAC	2	10	150733	150742	20 %	20 %	20 %	40 %	148550987
127	NC_009508	CAGCG	2	10	154954	154963	20 %	0 %	40 %	40 %	148550993
128	NC_009508	ATAGC	2	10	156545	156554	40 %	20 %	20 %	20 %	148550994
129	NC_009508	CGGCC	2	10	156702	156711	0 %	0 %	40 %	60 %	148550994
130	NC_009508	CCATT	2	10	156901	156910	20 %	40 %	0 %	40 %	148550994
131	NC_009508	GCGCC	2	10	158238	158247	0 %	0 %	40 %	60 %	148550995
132	NC_009508	GAATG	2	10	158765	158774	40 %	20 %	40 %	0 %	148550995
133	NC_009508	GACGC	2	10	159534	159543	20 %	0 %	40 %	40 %	148550995
134	NC_009508	AGCCC	2	10	161629	161638	20 %	0 %	20 %	60 %	148550997
135	NC_009508	CGAAA	2	10	162356	162365	60 %	0 %	20 %	20 %	148550997
136	NC_009508	GCCGC	2	10	166424	166433	0 %	0 %	40 %	60 %	148551001
137	NC_009508	GCCAG	2	10	166595	166604	20 %	0 %	40 %	40 %	148551001
138	NC_009508	GCGTG	2	10	167965	167974	0 %	20 %	60 %	20 %	148551002
139	NC_009508	TCGCA	2	10	172271	172280	20 %	20 %	20 %	40 %	148551006
140	NC_009508	GCACG	2	10	172579	172588	20 %	0 %	40 %	40 %	148551007
141	NC_009508	CGTGC	2	10	173243	173252	0 %	20 %	40 %	40 %	148551008
142	NC_009508	CATGC	2	10	173648	173657	20 %	20 %	20 %	40 %	148551008
143	NC_009508	CGCAG	2	10	175962	175971	20 %	0 %	40 %	40 %	148551011
144	NC_009508	TGCGC	2	10	176719	176728	0 %	20 %	40 %	40 %	148551011
145	NC_009508	TGCGC	2	10	177579	177588	0 %	20 %	40 %	40 %	148551012
146	NC_009508	GACGG	2	10	177984	177993	20 %	0 %	60 %	20 %	148551012
147	NC_009508	CCGCG	2	10	179710	179719	0 %	0 %	40 %	60 %	148551015
148	NC_009508	CGGAG	2	10	180857	180866	20 %	0 %	60 %	20 %	148551016
149	NC_009508	TCCAG	2	10	182811	182820	20 %	20 %	20 %	40 %	148551017
150	NC_009508	CGATC	2	10	183142	183151	20 %	20 %	20 %	40 %	148551017
151	NC_009508	CGCCC	2	10	185117	185126	0 %	0 %	20 %	80 %	148551019
152	NC_009508	GCGCG	2	10	188839	188848	0 %	0 %	60 %	40 %	148551023
153	NC_009508	GGCCA	2	10	191029	191038	20 %	0 %	40 %	40 %	148551024
154	NC_009508	TGATC	2	10	193791	193800	20 %	40 %	20 %	20 %	148551026
155	NC_009508	ACACC	2	10	195371	195380	40 %	0 %	0 %	60 %	148551028
156	NC_009508	TTAAG	2	10	201250	201259	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_009508	TGCCT	2	10	202136	202145	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
158	NC_009508	ATCCC	2	10	202607	202616	20 %	20 %	0 %	60 %	148551038
159	NC_009508	GCCGA	2	10	202787	202796	20 %	0 %	40 %	40 %	148551038
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162	NC_009508	TCGGC	2	10	203482	203491	0 %	20 %	40 %	40 %	148551038
163	NC_009508	AGCGC	2	10	206599	206608	20 %	0 %	40 %	40 %	148551040
164	NC_009508	CCATG	2	10	207323	207332	20 %	20 %	20 %	40 %	148551040
165	NC_009508	TGATC	2	10	208180	208189	20 %	40 %	20 %	20 %	148551042
166	NC_009508	CGTCG	2	10	211438	211447	0 %	20 %	40 %	40 %	148551046
167	NC_009508	TACCA	2	10	211563	211572	40 %	20 %	0 %	40 %	148551046
168	NC_009508	TGTTC	2	10	211620	211629	0 %	60 %	20 %	20 %	148551046
169	NC_009508	CAGGC	2	10	212792	212801	20 %	0 %	40 %	40 %	148551047
170	NC_009508	CACCG	2	10	217404	217413	20 %	0 %	20 %	60 %	148551050
171	NC_009508	AGGGG	2	10	217565	217574	20 %	0 %	80 %	0 %	148551050
172	NC_009508	TGCCA	2	10	219843	219852	20 %	20 %	20 %	40 %	148551054
173	NC_009508	GCGCC	2	10	220098	220107	0 %	0 %	40 %	60 %	148551054
174	NC_009508	TCTCT	2	10	220781	220790	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.