MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Sphingomonas wittichii RW1 plasmid pSWIT01

Total Repeats: 147

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009507	CATCCC	2	12	509	520	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_009507	TCGGCG	2	12	2543	2554	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550555
3	NC_009507	GCGCCG	2	12	3786	3797	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_009507	CGCGTG	2	12	4086	4097	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550558
5	NC_009507	TCGACC	2	12	4814	4825	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148550559
6	NC_009507	TCATCG	2	12	6657	6668	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148550561
7	NC_009507	AGGTCG	2	12	7282	7293	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550562
8	NC_009507	GGCTGG	2	12	7903	7914	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	148550563
9	NC_009507	TCGGGA	2	12	13087	13098	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550566
10	NC_009507	GACCAA	2	12	13305	13316	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	148550566
11	NC_009507	CAGCTG	2	12	13414	13425	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550566
12	NC_009507	GCACGT	2	12	14522	14533	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550567
13	NC_009507	GCCAGA	2	12	17364	17375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148550568
14	NC_009507	CAGCGC	2	12	19237	19248	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148550570
15	NC_009507	GCCATC	2	12	19489	19500	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148550570
16	NC_009507	CTGGCG	2	12	20419	20430	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550571
17	NC_009507	AGCGCG	2	12	20663	20674	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550571
18	NC_009507	GCAGAT	2	12	22161	22172	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_009507	GTCCAG	2	12	31910	31921	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550578
20	NC_009507	CCTTGA	2	12	35182	35193	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148550580
21	NC_009507	AGCGCG	2	12	37540	37551	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550582
22	NC_009507	CACGCG	2	12	38525	38536	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_009507	CTGCAG	2	12	40675	40686	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550587
24	NC_009507	GCGTGG	2	12	42823	42834	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	148550589
25	NC_009507	ATGGCG	2	12	46203	46214	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550592
26	NC_009507	CGACAC	2	12	46387	46398	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148550592
27	NC_009507	CGATCA	2	12	46597	46608	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148550592
28	NC_009507	CGACGG	2	12	48249	48260	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550593
29	NC_009507	CTCGGC	2	12	64818	64829	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550610
30	NC_009507	TCATCG	2	12	64837	64848	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148550610
31	NC_009507	CCGCGG	2	12	67586	67597	0 %	0 %	50 %	50 %	148550612
32	NC_009507	ATCGAG	2	12	70892	70903	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148550616
33	NC_009507	AAGTCA	2	12	73564	73575	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	148550621
34	NC_009507	GGCCGA	2	12	79659	79670	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550629
35	NC_009507	CAAAGC	2	12	80492	80503	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	148550629
36	NC_009507	GATCAT	2	12	82060	82071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	148550631
37	NC_009507	TTGGCT	2	12	84428	84439	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	148550634
38	NC_009507	TCCTCG	2	12	85585	85596	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148550635
39	NC_009507	GCTCCT	2	12	85646	85657	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148550635
40	NC_009507	TCGCCC	2	12	90140	90151	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_009507	CATGCC	2	12	94595	94606	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148550643
42	NC_009507	TGGCGG	2	12	96197	96208	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	148550644
43	NC_009507	GTGGCG	2	12	97211	97222	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	148550645
44	NC_009507	ACCAGA	2	12	101040	101051	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_009507	CAAGAT	2	12	104098	104109	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	148550650
46	NC_009507	GGCATA	2	12	107409	107420	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148550653
47	NC_009507	GCGGCA	2	12	108056	108067	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550653
48	NC_009507	ATCGGC	2	12	112098	112109	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550657
49	NC_009507	ATGGCC	2	12	112284	112295	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550658
50	NC_009507	TCCGCC	2	12	114938	114949	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	148550660
51	NC_009507	GCCGGC	2	12	114982	114993	0 %	0 %	50 %	50 %	148550660
52	NC_009507	CGCCCC	2	12	119574	119585	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
53	NC_009507	GGCCAG	2	12	121344	121355	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550665
54	NC_009507	GGTCGG	2	12	122864	122875	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_009507	GGCGTC	2	12	124861	124872	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550669
56	NC_009507	GCCCGC	2	12	126121	126132	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148550671
57	NC_009507	CGGCAG	2	12	126780	126791	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550671
58	NC_009507	AGCGCG	2	12	127037	127048	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550671
59	NC_009507	CTCTAT	2	12	127777	127788	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	148550672
60	NC_009507	GCCTCG	2	12	129937	129948	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550675
61	NC_009507	CTCCCC	2	12	133106	133117	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
62	NC_009507	CCTCGG	2	12	133856	133867	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_009507	TCGGCG	2	12	134324	134335	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550682
64	NC_009507	ATATCG	2	12	135528	135539	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	148550684
65	NC_009507	GCCCGC	2	12	137821	137832	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148550685
66	NC_009507	CGAGCG	2	12	139398	139409	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009507	CTGGGA	2	12	139842	139853	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009507	CGCGCA	2	12	144764	144775	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_009507	GAAAGG	2	12	147842	147853	50 %	0 %	50 %	0 %	148550693
70	NC_009507	GGGAAA	2	12	148960	148971	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009507	TTCGTC	2	12	151026	151037	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	148550698
72	NC_009507	CGAGCG	2	12	151772	151783	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550698
73	NC_009507	CGCCCT	2	12	151982	151993	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	148550698
74	NC_009507	TCGGCC	2	12	152140	152151	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550698
75	NC_009507	CAGGCG	2	12	152727	152738	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550698
76	NC_009507	CGGCCG	2	12	154953	154964	0 %	0 %	50 %	50 %	148550700
77	NC_009507	AGCGCG	2	12	158050	158061	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550701
78	NC_009507	CGGTGG	2	12	160533	160544	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	148550702
79	NC_009507	CGCCCT	2	12	160977	160988	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	148550702
80	NC_009507	GAGCGC	2	12	163655	163666	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550704
81	NC_009507	ACCGGC	2	12	165003	165014	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148550705
82	NC_009507	GAAGGA	2	12	169617	169628	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009507	GAAACA	2	12	179767	179778	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009507	CTGAAG	2	12	181543	181554	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148550718
85	NC_009507	ACCGGC	2	12	184271	184282	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148550720
86	NC_009507	TCGGCT	2	12	188373	188384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148550724
87	NC_009507	ATGGCA	2	12	188874	188885	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148550724
88	NC_009507	GCAGGA	2	12	189256	189267	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148550724
89	NC_009507	TCGAGT	2	12	191207	191218	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	148550726
90	NC_009507	TCGACT	2	12	193054	193065	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148550728
91	NC_009507	GCGACG	2	12	193200	193211	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550728
92	NC_009507	CTCGCG	2	12	193796	193807	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550729
93	NC_009507	TGTCGG	2	12	194471	194482	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	148550730
94	NC_009507	GCGATG	2	12	194488	194499	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550730
95	NC_009507	CGCCAT	2	12	198875	198886	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148550736
96	NC_009507	ATCGCC	2	12	199334	199345	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148550736
97	NC_009507	GCTGGA	2	12	199931	199942	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550736
98	NC_009507	GGCAGC	2	12	201656	201667	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550739
99	NC_009507	CAAGGG	2	12	204588	204599	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148550742
100	NC_009507	TCGACG	2	12	206762	206773	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550745
101	NC_009507	AAGTGG	2	12	211162	211173	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	148550750
102	NC_009507	GCCCGA	2	12	218848	218859	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148550757
103	NC_009507	GGTGCC	2	12	221277	221288	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148550759
104	NC_009507	GCCAAG	2	12	222307	222318	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148550759
105	NC_009507	TCGACG	2	12	222554	222565	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550759
106	NC_009507	AGGGCG	2	12	227698	227709	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	148550764
107	NC_009507	CCTGCG	2	12	230189	230200	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550764
108	NC_009507	TTGGCG	2	12	233860	233871	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	148550769
109	NC_009507	GTTTCG	2	12	238355	238366	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	148550770
110	NC_009507	GGCCGC	2	12	238963	238974	0 %	0 %	50 %	50 %	148550770
111	NC_009507	AGCCCC	2	12	239393	239404	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	148550770
112	NC_009507	CCAGGC	2	12	239688	239699	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148550770
113	NC_009507	TTGGTC	2	12	243749	243760	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	148550773
114	NC_009507	GCCGTC	2	12	245095	245106	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550774
115	NC_009507	CGAGGA	2	12	245433	245444	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148550774
116	NC_009507	GGCGGA	2	12	245508	245519	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	148550774
117	NC_009507	CCCGAT	2	12	248533	248544	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148550774
118	NC_009507	AACCAG	2	12	250108	250119	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	148550775
119	NC_009507	ATCGAG	2	12	255474	255485	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148550783
120	NC_009507	TCGAGA	2	12	256063	256074	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148550784
121	NC_009507	AGACCA	2	12	257028	257039	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	148550785
122	NC_009507	GATCAC	2	12	258101	258112	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148550787
123	NC_009507	CCTGAT	2	12	260076	260087	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_009507	TCGAAC	2	12	262040	262051	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148550789
125	NC_009507	CGACCA	2	12	268632	268643	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148550796
126	NC_009507	GCCTTC	2	12	271423	271434	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148550799
127	NC_009507	GGCCAA	2	12	275902	275913	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148550805
128	NC_009507	GCGCGG	2	12	277069	277080	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148550806
129	NC_009507	ATCGGG	2	12	278869	278880	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550807
130	NC_009507	GAGGAC	2	12	279068	279079	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148550807
131	NC_009507	CAGCGC	2	12	282559	282570	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148550813
132	NC_009507	CTGCGC	2	12	282713	282724	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550813
133	NC_009507	GCGCAA	2	12	283490	283501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148550813
134	NC_009507	GGCCAA	2	12	284384	284395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148550815
135	NC_009507	GCTGAC	2	12	286528	286539	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_009507	TTTCTA	2	12	287222	287233	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	148550817
137	NC_009507	CACCAA	2	12	287507	287518	50 %	0 %	0 %	50 %	148550817
138	NC_009507	ACGGGC	2	12	287557	287568	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550818
139	NC_009507	TCCTTC	2	12	287852	287863	0 %	50 %	0 %	50 %	148550818
140	NC_009507	GGGGGC	2	12	289089	289100	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	148550819
141	NC_009507	GTCCAT	2	12	290354	290365	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148550819
142	NC_009507	CTGGTT	2	12	293665	293676	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	148550822
143	NC_009507	GGGCGA	2	12	295540	295551	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	148550824
144	NC_009507	TCCCGG	2	12	305270	305281	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148550833
145	NC_009507	CGGGAT	2	12	309279	309290	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148550836
146	NC_009507	ATCGGC	2	12	309414	309425	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148550836
147	NC_009507	CGGCGA	2	12	309833	309844	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148550836

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.