MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphingomonas wittichii RW1 plasmid pSWIT01

Total Repeats: 53

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009507	CGGCG	2	10	730	739	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
2	NC_009507	ATGGC	2	10	3950	3959	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009507	AGGAA	2	10	5790	5799	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009507	TGCGC	2	10	19909	19918	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_009507	ATGAG	2	10	22119	22128	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009507	CAACG	2	10	30831	30840	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_009507	CCCTT	2	10	48511	48520	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
8	NC_009507	GCGCG	2	10	56716	56725	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_009507	AGCGC	2	10	58998	59007	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_009507	CTCTT	2	10	61986	61995	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_009507	GCACC	2	10	63875	63884	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
12	NC_009507	GCGTC	2	10	66570	66579	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_009507	GAAGC	2	10	68377	68386	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_009507	CGCCA	2	10	79526	79535	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_009507	CGGCG	2	10	84084	84093	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
16	NC_009507	GCGTT	2	10	95525	95534	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009507	CGGCG	2	10	99197	99206	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_009507	GCGCA	2	10	101502	101511	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_009507	CCTGC	2	10	108649	108658	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_009507	CTCGT	2	10	113393	113402	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_009507	CCCCT	2	10	120132	120141	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
22	NC_009507	AGCGG	2	10	120509	120518	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009507	CAGCC	2	10	120714	120723	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_009507	GGCGC	2	10	121107	121116	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_009507	CCGGA	2	10	128516	128525	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_009507	GCGAG	2	10	133171	133180	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009507	CGAAC	2	10	133808	133817	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_009507	CGGGG	2	10	136056	136065	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009507	GCGCC	2	10	139668	139677	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_009507	TGCGC	2	10	140979	140988	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_009507	CGCGC	2	10	143712	143721	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
32	NC_009507	AGACG	2	10	150944	150953	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009507	TGCGC	2	10	153409	153418	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_009507	CCGGG	2	10	160356	160365	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
35	NC_009507	GCGCC	2	10	160442	160451	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
36	NC_009507	GATGG	2	10	171445	171454	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009507	GCGCA	2	10	172595	172604	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_009507	GGATC	2	10	173311	173320	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009507	TCCCC	2	10	175198	175207	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
40	NC_009507	TGTGG	2	10	176618	176627	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009507	GAGGG	2	10	177364	177373	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009507	CCAGT	2	10	181052	181061	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_009507	CGTGA	2	10	189716	189725	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_009507	GGGGC	2	10	201358	201367	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009507	GAGAT	2	10	202116	202125	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009507	AGGAC	2	10	205448	205457	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_009507	AGGCT	2	10	207358	207367	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_009507	GGTCG	2	10	234227	234236	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009507	TCCCG	2	10	243258	243267	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_009507	GCTCT	2	10	249893	249902	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_009507	TGCGC	2	10	250581	250590	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_009507	GGGCG	2	10	267263	267272	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009507	GGGGC	2	10	268163	268172	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.