MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermotoga petrophila RKU-1 chromosome

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009486	ACCCC	2	10	1503	1512	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
2	NC_009486	TCTAT	2	10	58793	58802	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009486	TGATA	2	10	68624	68633	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009486	CTGTT	2	10	99527	99536	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009486	TCTGT	2	10	116546	116555	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_009486	GATAC	2	10	140307	140316	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_009486	CTTTT	2	10	173819	173828	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_009486	CAACC	2	10	195130	195139	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_009486	TATCA	2	10	222069	222078	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009486	CGGGG	2	10	231963	231972	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009486	TTTTC	2	10	258758	258767	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_009486	TTTAC	2	10	282678	282687	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_009486	TGTTT	2	10	287318	287327	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009486	TCCCA	2	10	366952	366961	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_009486	AAGAC	2	10	374736	374745	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_009486	AGGGG	2	10	378550	378559	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009486	AAAGA	2	10	386034	386043	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009486	GTTTT	2	10	432735	432744	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009486	CTTTT	2	10	432865	432874	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_009486	GGAAA	2	10	457184	457193	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009486	TTTCC	2	10	461315	461324	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_009486	GAAGC	2	10	486445	486454	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009486	TTGGA	2	10	512833	512842	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009486	ATGCA	2	10	515603	515612	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009486	AGAAC	2	10	533628	533637	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009486	TGAGA	2	10	533740	533749	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009486	ACAAG	2	10	536378	536387	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009486	GGCTG	2	10	536698	536707	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009486	AAGAA	2	10	568887	568896	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009486	AGGAA	2	10	582612	582621	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009486	AGGGG	2	10	621974	621983	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009486	TTTTG	2	10	737758	737767	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009486	GGCTC	2	10	742582	742591	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_009486	AGAAA	2	10	742722	742731	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009486	AGAAC	2	10	742779	742788	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_009486	GGATG	2	10	750104	750113	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009486	CCCCT	2	10	751472	751481	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
38	NC_009486	ATCCC	2	10	898371	898380	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_009486	TTTCT	2	10	931673	931682	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009486	GAGAA	2	10	940862	940871	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009486	AAGAA	2	10	941415	941424	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009486	ATAAA	2	10	955749	955758	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009486	CCTCA	2	10	964768	964777	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
44	NC_009486	TGTTA	2	10	974109	974118	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009486	TATAA	2	10	1006560	1006569	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009486	GAGGT	2	10	1077618	1077627	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009486	CCTCT	2	10	1094626	1094635	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_009486	CTTCG	2	10	1101819	1101828	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_009486	ACACC	2	10	1102237	1102246	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_009486	CTCTT	2	10	1102539	1102548	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_009486	GAAGA	2	10	1102608	1102617	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009486	CTGAA	2	10	1105821	1105830	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009486	TTTCT	2	10	1106929	1106938	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009486	AAGAA	2	10	1118801	1118810	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009486	CCCTT	2	10	1129489	1129498	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_009486	AAAAG	2	10	1142106	1142115	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009486	TAATA	2	10	1147892	1147901	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009486	TTCTT	2	10	1171627	1171636	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_009486	TAAAA	2	10	1172684	1172693	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009486	AAGAA	2	10	1281305	1281314	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009486	ATTTG	2	10	1281664	1281673	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009486	TAATC	2	10	1365202	1365211	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009486	TTCTT	2	10	1372147	1372156	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009486	GCTTT	2	10	1387588	1387597	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_009486	CTTCT	2	10	1423542	1423551	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_009486	TTATT	2	10	1434042	1434051	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009486	TCTTT	2	10	1442303	1442312	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_009486	GTGAG	2	10	1452460	1452469	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009486	GTTGT	2	10	1461851	1461860	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009486	AAATC	2	10	1463124	1463133	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_009486	AAGGA	2	10	1463351	1463360	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009486	TTTCT	2	10	1467945	1467954	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_009486	TTTAT	2	10	1472975	1472984	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009486	TCTCC	2	10	1489207	1489216	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_009486	TCCCC	2	10	1493439	1493448	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
76	NC_009486	CCCCG	2	10	1538084	1538093	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
77	NC_009486	CTTTC	2	10	1542912	1542921	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_009486	AATTT	2	10	1561702	1561711	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009486	TAAAA	2	10	1563410	1563419	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009486	AAAAG	2	10	1615028	1615037	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009486	TCGGG	2	10	1631616	1631625	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009486	AAAAT	2	10	1719713	1719722	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009486	GTAAA	2	10	1724865	1724874	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009486	GAAAT	2	10	1725592	1725601	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009486	CTTCT	2	10	1735796	1735805	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_009486	ACCCG	2	10	1743022	1743031	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_009486	GCAAA	2	10	1746486	1746495	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_009486	AAATG	2	10	1779122	1779131	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.