MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bradyrhizobium sp. BTAi1 chromosome

Total Repeats: 387

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009485	GGCCTG	2	12	30996	31007	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009485	GGCGCA	2	12	35806	35817	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_009485	CGCCAG	2	12	68510	68521	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_009485	GGAGGG	2	12	90362	90373	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009485	GCAGCC	2	12	107917	107928	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
6	NC_009485	CCTCTC	2	12	117229	117240	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_009485	CGGGCT	2	12	129659	129670	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009485	AAGTAA	2	12	131251	131262	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009485	CGATGT	2	12	174275	174286	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009485	GAACGT	2	12	186237	186248	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_009485	AGCGGC	2	12	225331	225342	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_009485	AAAATG	2	12	246130	246141	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009485	ACGGCC	2	12	267140	267151	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_009485	AAGTTC	2	12	274012	274023	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_009485	GGAGGG	2	12	275674	275685	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009485	CCCTCC	2	12	275795	275806	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
17	NC_009485	CCGGCC	2	12	289351	289362	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_009485	CCCTCC	2	12	297291	297302	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
19	NC_009485	GCGCCG	2	12	340065	340076	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009485	TCGCAA	2	12	369399	369410	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009485	GCCGCG	2	12	375283	375294	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_009485	CAAGCG	2	12	375939	375950	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009485	AAGGGG	2	12	378558	378569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009485	GCAAGC	2	12	403665	403676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_009485	TCCGCT	2	12	466652	466663	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_009485	GTCGGC	2	12	474943	474954	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_009485	CGTGCG	2	12	485436	485447	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_009485	GCCGAA	2	12	485479	485490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_009485	CGTCCG	2	12	536202	536213	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_009485	CGGGTT	2	12	547454	547465	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_009485	CCCCGC	2	12	548569	548580	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
32	NC_009485	TGGCTC	2	12	627439	627450	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_009485	TGCCGA	2	12	639788	639799	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_009485	GGGGGT	2	12	667298	667309	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009485	TGACGC	2	12	706826	706837	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009485	GAAGCC	2	12	759764	759775	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009485	CATGAT	2	12	764367	764378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009485	GATCAC	2	12	764388	764399	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009485	ATGAAT	2	12	770950	770961	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009485	GAACCG	2	12	785650	785661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009485	GCTGCG	2	12	805072	805083	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009485	GAGCGC	2	12	812237	812248	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_009485	GCCGGC	2	12	812346	812357	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_009485	AGCCTT	2	12	936027	936038	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_009485	CCGGGT	2	12	937255	937266	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009485	ATGATC	2	12	937625	937636	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_009485	TCGGCG	2	12	942360	942371	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009485	TCCGCC	2	12	942424	942435	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_009485	GATCGA	2	12	980728	980739	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_009485	GGAAGT	2	12	1086364	1086375	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009485	TGGCGC	2	12	1086402	1086413	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009485	CAAGCG	2	12	1087363	1087374	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009485	CGGCTC	2	12	1123909	1123920	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_009485	ATCGCT	2	12	1128339	1128350	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_009485	CCGGCG	2	12	1171257	1171268	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_009485	CTGCCT	2	12	1194587	1194598	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_009485	AGGGGG	2	12	1220304	1220315	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009485	CACCGT	2	12	1223750	1223761	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
59	NC_009485	CGACCA	2	12	1247824	1247835	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_009485	ATGACC	2	12	1247841	1247852	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_009485	TGAAGA	2	12	1273483	1273494	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009485	TAGGCG	2	12	1276934	1276945	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_009485	TCAACG	2	12	1390926	1390937	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009485	GCGGCT	2	12	1398132	1398143	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_009485	CACAAC	2	12	1405021	1405032	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_009485	GCCGCG	2	12	1412736	1412747	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_009485	ACACAA	2	12	1418738	1418749	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_009485	CGGTGG	2	12	1440419	1440430	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009485	GCCCCA	2	12	1463845	1463856	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_009485	AAGAAA	2	12	1508330	1508341	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009485	TTCTGG	2	12	1516081	1516092	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009485	CGGGCG	2	12	1517188	1517199	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009485	AACGGC	2	12	1530925	1530936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009485	GGGTGA	2	12	1539060	1539071	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009485	ACGCTC	2	12	1551713	1551724	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009485	AGGCCG	2	12	1568735	1568746	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009485	ACCTCG	2	12	1570244	1570255	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_009485	CGGTCG	2	12	1608637	1608648	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009485	TGCTCC	2	12	1645501	1645512	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_009485	GCACCA	2	12	1646513	1646524	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_009485	TGCGAT	2	12	1657484	1657495	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_009485	CCTGGC	2	12	1689533	1689544	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
83	NC_009485	GGAGGG	2	12	1694994	1695005	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009485	CCCTCC	2	12	1695177	1695188	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
85	NC_009485	CATAAT	2	12	1712333	1712344	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_009485	CGATCG	2	12	1738192	1738203	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_009485	CGCCTT	2	12	1750719	1750730	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009485	GCCTCG	2	12	1768855	1768866	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_009485	ACGGCA	2	12	1797925	1797936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_009485	CGCCTG	2	12	1798003	1798014	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_009485	TCCCCC	2	12	1821236	1821247	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
92	NC_009485	ACCCCC	2	12	1821299	1821310	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
93	NC_009485	GGATGC	2	12	1879542	1879553	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_009485	GCTGGC	2	12	1880619	1880630	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_009485	GATGCT	2	12	1917848	1917859	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_009485	TGCCGG	2	12	1994512	1994523	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_009485	AAACGA	2	12	2032676	2032687	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009485	AAGATA	2	12	2037271	2037282	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009485	TTCTCT	2	12	2038715	2038726	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_009485	GAATTC	2	12	2088894	2088905	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_009485	GCTCCC	2	12	2104857	2104868	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_009485	AACGGC	2	12	2176776	2176787	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009485	TCGCAA	2	12	2256329	2256340	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009485	GGTGGC	2	12	2277414	2277425	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009485	TGGCTC	2	12	2278696	2278707	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009485	GGGCCG	2	12	2282937	2282948	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009485	CGAAAG	2	12	2296323	2296334	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_009485	ACCCGA	2	12	2319461	2319472	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_009485	GGTTCG	2	12	2338727	2338738	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_009485	GACCGC	2	12	2360408	2360419	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_009485	CAAGCT	2	12	2380264	2380275	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_009485	CCCTCC	2	12	2388707	2388718	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
113	NC_009485	ATCGTC	2	12	2396012	2396023	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_009485	CAATGT	2	12	2400745	2400756	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_009485	GAGACC	2	12	2404203	2404214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_009485	TTGCCG	2	12	2434721	2434732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009485	GGAGGG	2	12	2442498	2442509	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009485	CCCTCC	2	12	2442635	2442646	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
119	NC_009485	GGAGGG	2	12	2442697	2442708	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009485	GGAACC	2	12	2446519	2446530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_009485	AATGCA	2	12	2453886	2453897	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_009485	GATCGA	2	12	2470051	2470062	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_009485	TGCCGG	2	12	2481963	2481974	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_009485	GCTCCG	2	12	2484548	2484559	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_009485	AGCCTT	2	12	2494298	2494309	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_009485	GCGATC	2	12	2511969	2511980	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_009485	GCTGCC	2	12	2574791	2574802	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_009485	GCCGAA	2	12	2581114	2581125	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_009485	CCGCGA	2	12	2603361	2603372	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
130	NC_009485	TTGTCG	2	12	2612116	2612127	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_009485	AGGGAG	2	12	2633587	2633598	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009485	GCTCCG	2	12	2667538	2667549	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
133	NC_009485	GCGCCG	2	12	2674725	2674736	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_009485	ATTTGG	2	12	2682607	2682618	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009485	CGCGGC	2	12	2703161	2703172	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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139	NC_009485	GCGCCG	2	12	2825759	2825770	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_009485	GCGCCG	2	12	2855000	2855011	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
141	NC_009485	GAACAA	2	12	2922447	2922458	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_009485	ATCGAT	2	12	2926786	2926797	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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149	NC_009485	AGCGTA	2	12	3107193	3107204	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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165	NC_009485	TGAAGA	2	12	3469742	3469753	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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232	NC_009485	GCCGGC	2	12	4971062	4971073	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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234	NC_009485	AAAAAG	2	12	4996751	4996762	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
235	NC_009485	CGCATT	2	12	5101614	5101625	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
236	NC_009485	CTCCCC	2	12	5170332	5170343	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
237	NC_009485	CAAGAT	2	12	5191004	5191015	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
238	NC_009485	GCTTAT	2	12	5208590	5208601	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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241	NC_009485	CACTTC	2	12	5221333	5221344	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
242	NC_009485	GTCGAT	2	12	5239638	5239649	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
243	NC_009485	TGCCCT	2	12	5257967	5257978	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
244	NC_009485	GCTCAT	2	12	5314600	5314611	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
245	NC_009485	CGACTC	2	12	5316556	5316567	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
246	NC_009485	CGGGCT	2	12	5329281	5329292	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
247	NC_009485	GCTGCG	2	12	5358585	5358596	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
248	NC_009485	TCGGCG	2	12	5377926	5377937	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_009485	TCCGCC	2	12	5377990	5378001	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
250	NC_009485	TCGGGC	2	12	5388737	5388748	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
251	NC_009485	CCCTCC	2	12	5389065	5389076	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
252	NC_009485	TATCCG	2	12	5398639	5398650	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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277	NC_009485	GCCCTC	2	12	5891088	5891099	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
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362	NC_009485	GCGCCC	2	12	7900430	7900441	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
363	NC_009485	CCTCTC	2	12	7916512	7916523	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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366	NC_009485	AAGCCT	2	12	7950022	7950033	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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368	NC_009485	AGCGCA	2	12	7963375	7963386	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
369	NC_009485	TGGTGA	2	12	7970988	7970999	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
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371	NC_009485	GGAGGG	2	12	7982465	7982476	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
372	NC_009485	TATCGC	2	12	7982564	7982575	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.