MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. RCC307 chromosome

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009482	TTTCA	2	10	119713	119722	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009482	GCTCA	2	10	125020	125029	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_009482	TGAGG	2	10	192006	192015	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009482	CAAAT	2	10	196016	196025	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009482	CCTTG	2	10	200093	200102	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_009482	AGATC	2	10	200282	200291	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_009482	TTCAG	2	10	200293	200302	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_009482	TTGCG	2	10	202424	202433	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_009482	TTCTT	2	10	255564	255573	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009482	TCGTG	2	10	349752	349761	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009482	GGGAG	2	10	351339	351348	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009482	AGCCA	2	10	352270	352279	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_009482	GGTGG	2	10	352446	352455	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009482	CAGCC	2	10	393792	393801	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_009482	GAATG	2	10	398252	398261	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009482	GGCTG	2	10	446827	446836	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009482	CAAGC	2	10	470431	470440	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_009482	TGGTG	2	10	473211	473220	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009482	TTGAT	2	10	473264	473273	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009482	TGATG	2	10	473649	473658	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009482	AATTG	2	10	475030	475039	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009482	AGGTG	2	10	530077	530086	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009482	GCGCG	2	10	569355	569364	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
24	NC_009482	AGGTG	2	10	631055	631064	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009482	GCCAC	2	10	637615	637624	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
26	NC_009482	TGGCC	2	10	664535	664544	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_009482	CCCTC	2	10	750662	750671	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
28	NC_009482	CAAGC	2	10	806103	806112	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_009482	CAATG	2	10	810845	810854	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_009482	TGGCT	2	10	878153	878162	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009482	CCAGC	2	10	904881	904890	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_009482	GGTTC	2	10	941626	941635	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009482	GCGAT	2	10	955434	955443	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_009482	AGCTC	2	10	955751	955760	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_009482	TGGTG	2	10	958712	958721	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009482	GCTTG	2	10	960134	960143	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_009482	GTTCG	2	10	960868	960877	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_009482	CAGCT	2	10	960892	960901	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_009482	AGGCC	2	10	973849	973858	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_009482	GCAGA	2	10	1057923	1057932	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_009482	GTCTC	2	10	1079651	1079660	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_009482	CGAGG	2	10	1080311	1080320	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_009482	CCGCT	2	10	1084892	1084901	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_009482	ACTGA	2	10	1089070	1089079	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009482	CCTGG	2	10	1132659	1132668	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_009482	CCTCT	2	10	1213792	1213801	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
47	NC_009482	AGCTG	2	10	1281138	1281147	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_009482	CCAAG	2	10	1336854	1336863	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_009482	AGCCA	2	10	1356075	1356084	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_009482	AATTT	2	10	1356099	1356108	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009482	AAGGC	2	10	1377268	1377277	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_009482	CTGCT	2	10	1379838	1379847	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_009482	GCACG	2	10	1385990	1385999	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_009482	GCAGC	2	10	1422521	1422530	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_009482	TTCAT	2	10	1430085	1430094	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_009482	AGTTG	2	10	1455455	1455464	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009482	GCTGA	2	10	1492902	1492911	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_009482	CAAAG	2	10	1534559	1534568	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_009482	GCATG	2	10	1538219	1538228	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009482	CAGAT	2	10	1544489	1544498	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_009482	GAGCA	2	10	1545464	1545473	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009482	CCAAG	2	10	1547472	1547481	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_009482	GGGAA	2	10	1561033	1561042	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009482	ATTGC	2	10	1571322	1571331	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_009482	GCCCG	2	10	1620176	1620185	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_009482	CTCCC	2	10	1645925	1645934	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
67	NC_009482	AGGGC	2	10	1650714	1650723	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
68	NC_009482	AGCCA	2	10	1653761	1653770	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_009482	CAGGT	2	10	1661133	1661142	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009482	AGCTC	2	10	1717775	1717784	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_009482	TGTGG	2	10	1726766	1726775	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009482	GGCTG	2	10	1728204	1728213	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_009482	AAAGC	2	10	1738193	1738202	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_009482	CAAGC	2	10	1738551	1738560	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_009482	TTTCC	2	10	1752560	1752569	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_009482	ACGGC	2	10	1759479	1759488	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_009482	TCCCC	2	10	1832298	1832307	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
78	NC_009482	AGTCC	2	10	1846309	1846318	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_009482	CCCGT	2	10	1846333	1846342	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_009482	TGGGT	2	10	1881056	1881065	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009482	CAGCG	2	10	2023084	2023093	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_009482	GGATC	2	10	2049699	2049708	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_009482	CTGGC	2	10	2097225	2097234	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_009482	CCAGC	2	10	2102442	2102451	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_009482	GCCCC	2	10	2102456	2102465	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
86	NC_009482	AAATT	2	10	2189899	2189908	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009482	CGCGG	2	10	2210662	2210671	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.