MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. RCC307 chromosome

Total Repeats: 375

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009482	CCTG	2	8	29673	29680	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_009482	CAAG	2	8	42169	42176	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_009482	CGCT	2	8	64005	64012	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_009482	CATG	2	8	83017	83024	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_009482	CCTG	2	8	90610	90617	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_009482	AGTG	2	8	97687	97694	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009482	CGCT	2	8	109888	109895	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_009482	CCCT	2	8	123585	123592	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
9	NC_009482	TTTG	2	8	125063	125070	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009482	TCTG	2	8	132455	132462	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_009482	CCGG	2	8	132545	132552	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_009482	CCTG	2	8	155126	155133	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_009482	TTCG	2	8	190702	190709	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_009482	TGGG	2	8	191217	191224	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009482	GATT	2	8	195708	195715	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009482	AAGC	2	8	195738	195745	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_009482	TTTC	2	8	198347	198354	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_009482	TTGT	2	8	200122	200129	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009482	TTTG	2	8	202212	202219	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009482	TACC	2	8	202499	202506	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_009482	TGGT	2	8	207012	207019	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009482	TTGA	2	8	207208	207215	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009482	TAAA	2	8	210417	210424	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009482	GTTT	3	12	210465	210476	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009482	GCCC	2	8	227004	227011	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
26	NC_009482	GAAA	2	8	241621	241628	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009482	CGGG	2	8	255734	255741	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
28	NC_009482	TTTA	2	8	263397	263404	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009482	GAAT	2	8	263411	263418	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009482	ATCC	2	8	266138	266145	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_009482	TCAA	2	8	316336	316343	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_009482	TGCC	2	8	316345	316352	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_009482	GAAT	2	8	318577	318584	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009482	GCTG	2	8	318586	318593	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_009482	GATC	2	8	319056	319063	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_009482	ACGA	2	8	322308	322315	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_009482	TCGA	2	8	328252	328259	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_009482	CGTG	2	8	330907	330914	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_009482	AGCG	2	8	330959	330966	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_009482	TCGC	2	8	331018	331025	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_009482	CCGG	2	8	332950	332957	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_009482	TTTC	2	8	348414	348421	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_009482	CGAA	2	8	348802	348809	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_009482	ACGC	2	8	349574	349581	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_009482	AACC	2	8	350232	350239	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_009482	AGTG	2	8	350307	350314	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009482	AGCT	2	8	351651	351658	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_009482	TGGC	2	8	359110	359117	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_009482	AGGT	2	8	361356	361363	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009482	TCGC	2	8	361425	361432	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_009482	TGGA	2	8	376157	376164	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009482	GCAT	2	8	385474	385481	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_009482	TCGA	2	8	398294	398301	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_009482	GGCT	2	8	398797	398804	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_009482	AGAT	2	8	408743	408750	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009482	ATTT	2	8	413148	413155	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009482	GTTC	3	12	424429	424440	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_009482	CCGT	2	8	425595	425602	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_009482	GGCC	2	8	435662	435669	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_009482	ACTG	2	8	438892	438899	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_009482	GGTT	2	8	447548	447555	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009482	GACT	2	8	459707	459714	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_009482	GCCT	2	8	460447	460454	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_009482	TGGT	2	8	462735	462742	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009482	TGGC	2	8	463926	463933	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_009482	CAGG	2	8	466596	466603	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_009482	ATGG	2	8	466866	466873	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009482	TGCC	2	8	467057	467064	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_009482	CTGG	2	8	467147	467154	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_009482	AGAT	2	8	468340	468347	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009482	ACCC	2	8	468443	468450	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
72	NC_009482	TCCT	2	8	468518	468525	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_009482	CTTG	2	8	468540	468547	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_009482	AAGC	2	8	468552	468559	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_009482	TGGC	2	8	468749	468756	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_009482	GGGC	2	8	469301	469308	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
77	NC_009482	TTAT	2	8	469428	469435	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009482	CATT	2	8	469465	469472	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_009482	CTTT	2	8	472272	472279	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_009482	TGGG	2	8	472588	472595	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009482	ACCA	2	8	472961	472968	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_009482	AAGC	2	8	473605	473612	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_009482	TCAA	3	12	475133	475144	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_009482	GACT	2	8	475225	475232	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_009482	GCTT	2	8	494394	494401	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_009482	AATT	2	8	495230	495237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009482	ATTT	2	8	495650	495657	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009482	TCTG	2	8	495717	495724	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_009482	ATTT	2	8	497928	497935	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009482	GCTG	2	8	501354	501361	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_009482	TTCG	2	8	518594	518601	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_009482	ATTG	2	8	522303	522310	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009482	CTTT	2	8	522336	522343	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_009482	AAGC	2	8	525492	525499	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_009482	CAGG	2	8	529426	529433	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_009482	AGGC	2	8	534009	534016	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_009482	GCGA	2	8	541134	541141	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_009482	CGCC	2	8	541199	541206	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
99	NC_009482	GCGT	2	8	541245	541252	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_009482	TCCC	2	8	541256	541263	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_009482	CGGC	2	8	547259	547266	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_009482	GCTT	2	8	557628	557635	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_009482	GGAT	2	8	558643	558650	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009482	AGCT	2	8	591962	591969	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_009482	GCTG	2	8	605715	605722	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_009482	TTCC	2	8	615664	615671	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_009482	TCAA	2	8	626112	626119	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_009482	ACCA	2	8	631110	631117	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_009482	GCTG	2	8	631182	631189	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_009482	CTGA	2	8	634240	634247	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_009482	GAAG	2	8	634384	634391	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009482	GCCA	2	8	634419	634426	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_009482	CCTT	2	8	641163	641170	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_009482	TTTC	2	8	653633	653640	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_009482	CGGA	2	8	660607	660614	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_009482	AATC	2	8	674135	674142	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_009482	GCCC	2	8	678638	678645	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
118	NC_009482	ACGG	2	8	687077	687084	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_009482	CAGA	2	8	688641	688648	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_009482	CCTG	2	8	690746	690753	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_009482	AACG	2	8	707597	707604	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_009482	CACG	2	8	730341	730348	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_009482	CTGC	2	8	739064	739071	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_009482	CGAA	2	8	741020	741027	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_009482	CGAT	2	8	741100	741107	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_009482	CAGA	2	8	743833	743840	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_009482	CTGG	2	8	757990	757997	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_009482	GAAG	2	8	771383	771390	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009482	AGCG	2	8	779969	779976	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_009482	ACTG	2	8	779979	779986	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_009482	ATAA	2	8	794401	794408	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009482	GATG	2	8	806139	806146	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009482	TTCG	2	8	806358	806365	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_009482	TGGA	2	8	810705	810712	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009482	TGGC	2	8	817275	817282	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_009482	CTAG	2	8	824345	824352	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_009482	TGAG	2	8	830184	830191	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009482	AATG	2	8	832763	832770	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009482	AGCA	2	8	859291	859298	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_009482	TACG	2	8	865623	865630	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_009482	CTTG	2	8	877813	877820	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_009482	CATC	2	8	877990	877997	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_009482	GGCG	2	8	890880	890887	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
144	NC_009482	GGAT	2	8	896064	896071	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009482	CCAG	2	8	905637	905644	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_009482	ATTG	2	8	906560	906567	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009482	TTCG	2	8	907029	907036	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_009482	CCTG	2	8	918640	918647	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_009482	GAAT	2	8	940880	940887	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009482	CAGC	2	8	940927	940934	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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290	NC_009482	CTCG	2	8	1650768	1650775	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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328	NC_009482	ATCA	2	8	1741880	1741887	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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341	NC_009482	GGTA	2	8	1826471	1826478	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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370	NC_009482	TTTC	2	8	2157712	2157719	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
371	NC_009482	GAGT	2	8	2165364	2165371	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
372	NC_009482	CTCA	2	8	2165431	2165438	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
373	NC_009482	AACC	2	8	2172925	2172932	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
374	NC_009482	GAAG	2	8	2191858	2191865	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
375	NC_009482	AGCC	2	8	2221089	2221096	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.