MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. WH 7803 chromosome

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009481	TTCTT	2	10	48	57	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009481	GTTGT	2	10	23744	23753	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009481	CCAGA	2	10	24042	24051	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_009481	CCCCT	2	10	29401	29410	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
5	NC_009481	TTGAG	2	10	117126	117135	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009481	GGCTG	2	10	118363	118372	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_009481	GGCAT	2	10	150854	150863	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_009481	TGATT	2	10	150879	150888	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009481	CGTTG	2	10	183225	183234	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009481	TCCGT	2	10	183241	183250	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_009481	GTTCT	2	10	221729	221738	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_009481	GGTGA	2	10	314842	314851	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009481	CCGGG	2	10	340633	340642	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
14	NC_009481	GGATC	2	10	345361	345370	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_009481	ATTCA	2	10	428827	428836	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_009481	CGTTG	2	10	437129	437138	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009481	GATCC	2	10	475461	475470	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_009481	TCACA	2	10	483154	483163	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_009481	GAGGG	2	10	505509	505518	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009481	TGGTG	2	10	505574	505583	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009481	CGTGA	2	10	508333	508342	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_009481	ACTTC	2	10	511054	511063	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_009481	AGTTG	2	10	534233	534242	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009481	TCGTG	2	10	535555	535564	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009481	ACTGA	2	10	537173	537182	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009481	GGGAG	2	10	537315	537324	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009481	AGCCA	2	10	538246	538255	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_009481	GGTGG	2	10	538422	538431	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009481	CGCTG	2	10	542403	542412	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_009481	TGGCA	2	10	542507	542516	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009481	ACCTG	2	10	554208	554217	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_009481	TTGCG	2	10	599812	599821	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009481	TGGGT	2	10	613681	613690	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009481	CTTCA	2	10	676447	676456	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_009481	TCCGT	2	10	702202	702211	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_009481	TGTGT	2	10	717043	717052	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009481	TCCTG	2	10	727970	727979	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_009481	CGTTT	2	10	730357	730366	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009481	TGGGG	2	10	730420	730429	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009481	GATTG	2	10	802504	802513	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009481	GAAGG	2	10	804543	804552	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009481	ATTTC	2	10	818674	818683	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_009481	ATTTG	2	10	852756	852765	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009481	ACTTG	2	10	857173	857182	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009481	CAGGT	2	10	857413	857422	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_009481	TCCCA	2	10	858610	858619	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
47	NC_009481	GTGCA	2	10	867482	867491	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_009481	GCGTT	2	10	870158	870167	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009481	CCTTC	2	10	878805	878814	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_009481	CATTT	2	10	890055	890064	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_009481	GCAAT	2	10	890244	890253	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_009481	ATCGG	2	10	901013	901022	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009481	TCAGT	2	10	907684	907693	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009481	CCCTT	2	10	908116	908125	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_009481	CAATT	2	10	931340	931349	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_009481	TGCAT	2	10	941189	941198	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_009481	CTTGC	2	10	968215	968224	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_009481	GGGAG	2	10	968659	968668	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009481	TTCAG	2	10	993559	993568	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009481	ACCGG	2	10	1026729	1026738	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_009481	CCCGA	2	10	1067049	1067058	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_009481	ACGTC	2	10	1072768	1072777	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_009481	GCGAG	2	10	1072782	1072791	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009481	TTCTT	2	10	1076312	1076321	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_009481	CTGCA	2	10	1077441	1077450	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_009481	TCAGG	2	10	1105783	1105792	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_009481	CCCCA	2	10	1112407	1112416	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
68	NC_009481	TGATG	2	10	1143887	1143896	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009481	CCGAA	2	10	1174831	1174840	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_009481	TTCGC	2	10	1186802	1186811	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_009481	CAGGG	2	10	1207805	1207814	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009481	ATCCG	2	10	1231938	1231947	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_009481	GTGAG	2	10	1253715	1253724	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009481	CCATC	2	10	1259731	1259740	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_009481	GTGCG	2	10	1260648	1260657	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_009481	CTGCC	2	10	1262618	1262627	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
77	NC_009481	GGTGA	2	10	1324263	1324272	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009481	ATCAC	2	10	1329516	1329525	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_009481	GCCTG	2	10	1375072	1375081	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_009481	CAGGC	2	10	1389777	1389786	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_009481	ACGGA	2	10	1435709	1435718	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009481	GCGTT	2	10	1438433	1438442	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_009481	TTGCC	2	10	1439750	1439759	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_009481	CAGCC	2	10	1452449	1452458	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_009481	GGTTC	2	10	1453853	1453862	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_009481	ATTGG	2	10	1515746	1515755	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009481	CACAG	2	10	1516821	1516830	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_009481	TATCA	2	10	1527568	1527577	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009481	CATGC	2	10	1538651	1538660	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_009481	GCGAA	2	10	1539420	1539429	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009481	GCCTT	2	10	1542369	1542378	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_009481	GAAGC	2	10	1555610	1555619	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_009481	TAAAT	2	10	1556117	1556126	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009481	GCAGG	2	10	1575972	1575981	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009481	GACTC	2	10	1599857	1599866	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_009481	AGGGC	2	10	1683175	1683184	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
97	NC_009481	GTGAT	2	10	1755026	1755035	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009481	CGGCT	2	10	1756760	1756769	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_009481	CCCAT	2	10	1759887	1759896	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
100	NC_009481	GCAAA	2	10	1777493	1777502	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_009481	CCTGC	2	10	1801904	1801913	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_009481	GCTGT	2	10	1827981	1827990	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_009481	CTAAC	2	10	1831153	1831162	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_009481	GGCCA	2	10	1890348	1890357	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_009481	TGATC	2	10	1891564	1891573	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_009481	CCACC	2	10	1905378	1905387	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
107	NC_009481	GAGAA	2	10	1952206	1952215	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009481	TCAGA	2	10	1954201	1954210	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_009481	CATGG	2	10	1960688	1960697	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_009481	CATGG	2	10	1974951	1974960	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_009481	AATCG	2	10	1977537	1977546	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_009481	CAACG	2	10	1982612	1982621	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_009481	CAACG	2	10	2004017	2004026	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_009481	TGGCT	2	10	2017221	2017230	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_009481	CTCCC	2	10	2018152	2018161	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
116	NC_009481	TCAGT	2	10	2018294	2018303	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_009481	CTTTC	2	10	2018458	2018467	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_009481	CACGA	2	10	2019912	2019921	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_009481	CCGAT	2	10	2027320	2027329	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_009481	CGATC	2	10	2045413	2045422	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_009481	CAACC	2	10	2056221	2056230	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
122	NC_009481	GGTCA	2	10	2056263	2056272	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_009481	GGAAA	2	10	2081733	2081742	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009481	CTGGG	2	10	2081763	2081772	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
125	NC_009481	CCGCT	2	10	2098115	2098124	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_009481	GAAGA	2	10	2110996	2111005	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009481	GACTG	2	10	2125769	2125778	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_009481	TCTGA	2	10	2166604	2166613	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_009481	ACAGG	2	10	2169273	2169282	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_009481	GATCT	2	10	2178318	2178327	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_009481	TTAAG	2	10	2180843	2180852	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009481	AGTCG	2	10	2192164	2192173	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_009481	TTTCC	2	10	2247417	2247426	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_009481	GGATC	2	10	2247452	2247461	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009481	AACAC	2	10	2324570	2324579	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_009481	ATCCA	2	10	2329934	2329943	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_009481	AATCT	2	10	2330022	2330031	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_009481	CGGAA	2	10	2333272	2333281	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_009481	AACCA	2	10	2366764	2366773	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.