MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. WH 7803 chromosome

Total Repeats: 483

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009481	GAAA	2	8	4496	4503	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009481	TCGT	2	8	11911	11918	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_009481	CCAG	2	8	23945	23952	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_009481	TGAT	2	8	24066	24073	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009481	AAAT	2	8	24184	24191	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009481	TGAT	2	8	24244	24251	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009481	TGCT	2	8	25743	25750	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_009481	AAAG	2	8	45181	45188	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009481	ACAG	2	8	55491	55498	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_009481	GGTG	2	8	57879	57886	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009481	CCCT	2	8	58157	58164	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_009481	TCAG	2	8	65074	65081	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_009481	TTAA	2	8	72965	72972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009481	TGGC	2	8	84613	84620	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_009481	GCTT	2	8	89107	89114	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_009481	GGGC	2	8	91011	91018	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
17	NC_009481	ATCG	2	8	91039	91046	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_009481	AATG	2	8	91826	91833	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009481	GTAT	2	8	96318	96325	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009481	AAAT	2	8	96328	96335	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009481	GTTT	2	8	96352	96359	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009481	GTTT	2	8	96367	96374	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009481	ATTT	2	8	98302	98309	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009481	TTGT	2	8	98445	98452	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009481	AATT	2	8	98481	98488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009481	TAAA	2	8	98518	98525	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009481	ATTA	2	8	99395	99402	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009481	TAAA	2	8	99692	99699	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009481	ATTT	2	8	99768	99775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009481	GATG	2	8	99784	99791	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009481	GCAA	2	8	99977	99984	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_009481	TGTT	2	8	100748	100755	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009481	CAGC	2	8	106673	106680	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_009481	CGCT	2	8	108077	108084	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_009481	GCAA	2	8	117633	117640	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_009481	CCTT	2	8	126168	126175	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_009481	GGGA	2	8	126209	126216	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009481	CTTT	2	8	133502	133509	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_009481	TGTT	2	8	149563	149570	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009481	AAAC	2	8	193778	193785	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_009481	GCCG	2	8	215493	215500	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_009481	CCGG	2	8	221854	221861	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_009481	CGTT	2	8	229262	229269	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_009481	AAAC	2	8	269582	269589	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_009481	GGAT	2	8	294427	294434	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009481	CCTG	3	12	314932	314943	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_009481	GGGC	2	8	324774	324781	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
48	NC_009481	ATGA	2	8	333491	333498	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009481	CGAT	2	8	344506	344513	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_009481	GCTT	2	8	345289	345296	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_009481	ATGG	2	8	345338	345345	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009481	GCGT	2	8	347406	347413	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_009481	GGCA	2	8	350639	350646	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_009481	GATG	2	8	356642	356649	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009481	TAAA	2	8	364592	364599	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009481	ATTA	2	8	364668	364675	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009481	AGCG	2	8	369674	369681	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_009481	ATCG	2	8	377987	377994	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_009481	GACG	2	8	384415	384422	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_009481	CCAA	2	8	385673	385680	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_009481	TCAT	2	8	395871	395878	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_009481	GCAT	2	8	398320	398327	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_009481	CAAT	2	8	402780	402787	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_009481	CGGT	2	8	403179	403186	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_009481	TTCG	2	8	411246	411253	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_009481	CTTT	2	8	424895	424902	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_009481	CGTC	2	8	424951	424958	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_009481	GAGG	2	8	428842	428849	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009481	GCCC	2	8	428931	428938	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
70	NC_009481	GTTG	2	8	430170	430177	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009481	AGCG	2	8	447422	447429	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_009481	GCTG	2	8	447435	447442	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_009481	CAAA	2	8	447591	447598	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_009481	TGGA	2	8	451896	451903	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009481	AGCC	2	8	453837	453844	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009481	CAAG	2	8	455331	455338	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_009481	TGCG	2	8	455354	455361	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_009481	ACCG	2	8	471006	471013	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_009481	ACCG	2	8	471034	471041	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_009481	CATT	2	8	475350	475357	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_009481	GAGG	2	8	479338	479345	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009481	ATCG	2	8	483091	483098	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_009481	TCTG	2	8	483111	483118	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_009481	TGGG	2	8	484469	484476	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009481	ATTT	2	8	484564	484571	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009481	TAAT	2	8	492843	492850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009481	CCCT	2	8	495494	495501	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
88	NC_009481	GAAA	2	8	500772	500779	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009481	TTCG	2	8	504730	504737	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_009481	TCAA	2	8	508309	508316	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_009481	CGAT	2	8	511024	511031	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_009481	TCAA	2	8	513027	513034	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_009481	GGCT	2	8	520020	520027	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_009481	GTCT	2	8	530543	530550	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_009481	CGAA	2	8	534605	534612	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_009481	ACGC	2	8	535377	535384	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_009481	ACAA	2	8	536034	536041	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_009481	AGCT	2	8	537627	537634	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_009481	TACA	2	8	538815	538822	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_009481	GAAG	2	8	539108	539115	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009481	ATTT	2	8	539672	539679	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009481	AAAG	2	8	539933	539940	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009481	TGTT	2	8	555522	555529	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009481	ATTG	2	8	555698	555705	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009481	TTGA	2	8	557611	557618	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009481	TCCC	2	8	565231	565238	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
107	NC_009481	CGAA	2	8	571572	571579	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_009481	GTGG	2	8	595641	595648	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009481	GGAA	2	8	596745	596752	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009481	GAAG	2	8	611498	611505	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009481	TCGA	2	8	619422	619429	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_009481	CAAA	2	8	625011	625018	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_009481	CATC	2	8	630729	630736	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_009481	CGTG	2	8	632076	632083	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_009481	TGAG	2	8	632102	632109	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009481	CACC	2	8	632145	632152	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
117	NC_009481	GTCG	2	8	655029	655036	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_009481	TCTG	2	8	668332	668339	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_009481	CGAT	2	8	668387	668394	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_009481	TTGG	3	12	668397	668408	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009481	TCGA	2	8	688410	688417	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_009481	TCGG	2	8	688477	688484	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_009481	GTTG	2	8	702275	702282	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009481	TGGT	2	8	716982	716989	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009481	TGAC	2	8	717103	717110	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_009481	CGTT	2	8	717979	717986	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_009481	TAGG	2	8	720123	720130	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009481	AGCA	2	8	725008	725015	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_009481	TTTG	2	8	728948	728955	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009481	CCGA	2	8	729177	729184	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_009481	CTTT	2	8	730474	730481	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_009481	AAAG	2	8	735952	735959	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009481	GCAA	2	8	762063	762070	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_009481	TCCT	2	8	776662	776669	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_009481	ATCC	2	8	776769	776776	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_009481	CTTT	2	8	776862	776869	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_009481	CTGA	2	8	778089	778096	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_009481	CTTC	2	8	784271	784278	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_009481	CTCA	2	8	791467	791474	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_009481	GCTG	2	8	791520	791527	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_009481	CAAG	2	8	799793	799800	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_009481	CAAG	2	8	801812	801819	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_009481	CTTG	2	8	802923	802930	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_009481	GTTG	2	8	812370	812377	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009481	CTGC	2	8	820453	820460	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_009481	CAGG	2	8	842745	842752	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_009481	CTGG	2	8	844057	844064	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_009481	TCAC	2	8	845178	845185	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_009481	GTCA	2	8	845401	845408	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_009481	TTGG	2	8	849138	849145	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_009481	CTAA	2	8	850625	850632	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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438	NC_009481	CCTG	2	8	2117280	2117287	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
439	NC_009481	AACC	2	8	2117288	2117295	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
440	NC_009481	AGAA	2	8	2118515	2118522	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
441	NC_009481	CCGC	2	8	2125848	2125855	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
442	NC_009481	AATT	2	8	2131844	2131851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
443	NC_009481	AGTC	2	8	2131852	2131859	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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446	NC_009481	TCCT	2	8	2133809	2133816	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
447	NC_009481	TCCA	2	8	2142229	2142236	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
448	NC_009481	TCCT	2	8	2161240	2161247	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
449	NC_009481	CCAT	2	8	2169535	2169542	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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451	NC_009481	CTGA	2	8	2179145	2179152	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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453	NC_009481	TCGG	2	8	2192719	2192726	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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462	NC_009481	ATGG	2	8	2234444	2234451	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
463	NC_009481	CTGG	2	8	2239430	2239437	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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466	NC_009481	ATCG	2	8	2250092	2250099	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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471	NC_009481	GTCA	2	8	2257752	2257759	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
472	NC_009481	TGCG	2	8	2274423	2274430	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
473	NC_009481	CTTG	2	8	2282085	2282092	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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475	NC_009481	TTCA	2	8	2298826	2298833	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
476	NC_009481	GCGA	2	8	2310472	2310479	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
477	NC_009481	CCAA	2	8	2310618	2310625	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
478	NC_009481	ATCA	2	8	2315150	2315157	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
479	NC_009481	GATT	2	8	2320454	2320461	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
480	NC_009481	TCAC	2	8	2322275	2322282	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
481	NC_009481	AATT	2	8	2332062	2332069	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
482	NC_009481	CTTT	2	8	2344252	2344259	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
483	NC_009481	CAGG	2	8	2346284	2346291	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.