MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 plasmid pCM2

Total Repeats: 45

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009479	ACGGAC	2	12	1429	1440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271111
2	NC_009479	CAAGAC	3	18	2447	2464	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	148271113
3	NC_009479	TCGAGG	2	12	10040	10051	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148271123
4	NC_009479	CATCGC	2	12	10437	10448	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148271123
5	NC_009479	CGAAGC	2	12	10683	10694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271123
6	NC_009479	ACCGAC	2	12	11617	11628	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148271123
7	NC_009479	CGCGGC	2	12	12996	13007	0 %	0 %	50 %	50 %	148271123
8	NC_009479	CGAGCG	2	12	13326	13337	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148271123
9	NC_009479	CGGGAG	2	12	13375	13386	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	148271123
10	NC_009479	GCGGCC	2	12	13510	13521	0 %	0 %	50 %	50 %	148271123
11	NC_009479	CGGATG	2	12	14554	14565	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148271125
12	NC_009479	CGCGTC	2	12	15108	15119	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148271125
13	NC_009479	TCGCCC	2	12	15340	15351	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	148271125
14	NC_009479	CGCGGC	2	12	17978	17989	0 %	0 %	50 %	50 %	148271128
15	NC_009479	TCACGA	2	12	18493	18504	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148271127
16	NC_009479	CCGCGG	2	12	19061	19072	0 %	0 %	50 %	50 %	148271127
17	NC_009479	CGGCGC	2	12	19175	19186	0 %	0 %	50 %	50 %	148271127
18	NC_009479	GCGAGA	2	12	22301	22312	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148271131
19	NC_009479	ATGCCC	2	12	22326	22337	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148271131
20	NC_009479	CAGCTG	2	12	24839	24850	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148271134
21	NC_009479	CGGTGA	2	12	25510	25521	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148271135
22	NC_009479	CTCGTG	2	12	25568	25579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009479	GACCCA	2	12	29115	29126	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_009479	CTTCGA	2	12	29926	29937	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148271140
25	NC_009479	CCGGCG	2	12	30054	30065	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
26	NC_009479	GGCGCC	2	12	30325	30336	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
27	NC_009479	GATCCA	2	12	33472	33483	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148271142
28	NC_009479	GTTGCC	2	12	35696	35707	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271143
29	NC_009479	CGTAGG	2	12	36145	36156	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148271143
30	NC_009479	CACGCG	2	12	37701	37712	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_009479	GCTCGC	2	12	38735	38746	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_009479	CGGCCG	2	12	38968	38979	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_009479	CGTCCT	2	12	39843	39854	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148271145
34	NC_009479	GCCAAG	2	12	40842	40853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271146
35	NC_009479	CGATCA	3	18	42884	42901	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148271148
36	NC_009479	CGACAT	2	12	46793	46804	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148271153
37	NC_009479	GCGCGT	2	12	51872	51883	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148271159
38	NC_009479	GGTCGA	2	12	61906	61917	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148271164
39	NC_009479	GGTCCT	2	12	61966	61977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271164
40	NC_009479	CGGCCT	2	12	62368	62379	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148271164
41	NC_009479	GCTCGA	2	12	62845	62856	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009479	GGCCAA	2	12	65155	65166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271168
43	NC_009479	CGACGT	2	12	68120	68131	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148271174
44	NC_009479	TCGACG	2	12	68386	68397	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148271174
45	NC_009479	GAGCGT	2	12	69072	69083	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148271175

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.