MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 plasmid pCM2

Total Repeats: 66

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009479	GCCCG	2	10	1276	1285	0 %	0 %	40 %	60 %	148271111
2	NC_009479	CGCGC	2	10	1370	1379	0 %	0 %	40 %	60 %	148271111
3	NC_009479	GCCCC	2	10	1568	1577	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
4	NC_009479	CACCG	2	10	4319	4328	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_009479	CGCCA	2	10	4853	4862	20 %	0 %	20 %	60 %	148271116
6	NC_009479	CGGGA	2	10	5244	5253	20 %	0 %	60 %	20 %	148271116
7	NC_009479	CCGCG	2	10	5994	6003	0 %	0 %	40 %	60 %	148271117
8	NC_009479	GCTCG	2	10	9029	9038	0 %	20 %	40 %	40 %	148271122
9	NC_009479	CGCGA	2	10	9775	9784	20 %	0 %	40 %	40 %	148271123
10	NC_009479	TCCCC	2	10	10277	10286	0 %	20 %	0 %	80 %	148271123
11	NC_009479	CGCGT	2	10	12400	12409	0 %	20 %	40 %	40 %	148271123
12	NC_009479	TGCGC	2	10	15185	15194	0 %	20 %	40 %	40 %	148271125
13	NC_009479	TCGGG	2	10	16019	16028	0 %	20 %	60 %	20 %	148271125
14	NC_009479	GGAGC	2	10	20183	20192	20 %	0 %	60 %	20 %	148271130
15	NC_009479	GATGA	2	10	20706	20715	40 %	20 %	40 %	0 %	148271130
16	NC_009479	GTGGA	2	10	21026	21035	20 %	20 %	60 %	0 %	148271131
17	NC_009479	CCTGT	2	10	22169	22178	0 %	40 %	20 %	40 %	148271131
18	NC_009479	CACCC	2	10	22383	22392	20 %	0 %	0 %	80 %	148271131
19	NC_009479	GTCCA	2	10	23581	23590	20 %	20 %	20 %	40 %	148271132
20	NC_009479	CCTGC	2	10	23820	23829	0 %	20 %	20 %	60 %	148271133
21	NC_009479	GCGCC	2	10	24788	24797	0 %	0 %	40 %	60 %	148271134
22	NC_009479	CCGGG	2	10	25582	25591	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_009479	GGTGC	2	10	25697	25706	0 %	20 %	60 %	20 %	148271136
24	NC_009479	GCGAA	2	10	26188	26197	40 %	0 %	40 %	20 %	148271136
25	NC_009479	CCCGC	2	10	26345	26354	0 %	0 %	20 %	80 %	148271136
26	NC_009479	GCGCG	2	10	28595	28604	0 %	0 %	60 %	40 %	148271138
27	NC_009479	CTGCG	2	10	28890	28899	0 %	20 %	40 %	40 %	148271138
28	NC_009479	GCCAG	2	10	29629	29638	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_009479	GGCGC	2	10	30410	30419	0 %	0 %	60 %	40 %	148271140
30	NC_009479	CGCGG	2	10	31504	31513	0 %	0 %	60 %	40 %	148271140
31	NC_009479	CCCCT	2	10	31718	31727	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
32	NC_009479	AGCGC	2	10	32416	32425	20 %	0 %	40 %	40 %	148271141
33	NC_009479	AAGCG	2	10	34280	34289	40 %	0 %	40 %	20 %	148271143
34	NC_009479	CCAGC	2	10	35730	35739	20 %	0 %	20 %	60 %	148271143
35	NC_009479	GATGT	2	10	37601	37610	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009479	CCGGG	2	10	38169	38178	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
37	NC_009479	GGCGG	2	10	41898	41907	0 %	0 %	80 %	20 %	148271147
38	NC_009479	TGGCC	2	10	42422	42431	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_009479	TCAGC	2	10	43391	43400	20 %	20 %	20 %	40 %	148271149
40	NC_009479	CACGT	2	10	44759	44768	20 %	20 %	20 %	40 %	148271150
41	NC_009479	ACCGC	2	10	45232	45241	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_009479	GCTTC	2	10	45675	45684	0 %	40 %	20 %	40 %	148271151
43	NC_009479	GCCCG	2	10	46336	46345	0 %	0 %	40 %	60 %	148271152
44	NC_009479	CCGCA	2	10	46504	46513	20 %	0 %	20 %	60 %	148271152
45	NC_009479	GGCAC	2	10	46861	46870	20 %	0 %	40 %	40 %	148271153
46	NC_009479	CGCAG	2	10	48953	48962	20 %	0 %	40 %	40 %	148271156
47	NC_009479	CCGTG	2	10	49412	49421	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_009479	GCAGA	2	10	49802	49811	40 %	0 %	40 %	20 %	148271157
49	NC_009479	CTCAT	2	10	55513	55522	20 %	40 %	0 %	40 %	148271162
50	NC_009479	AAGAA	2	10	57448	57457	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009479	AACGA	2	10	57486	57495	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_009479	CACCG	2	10	58466	58475	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_009479	CACTG	2	10	59238	59247	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_009479	CCATG	2	10	59292	59301	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_009479	GCGTA	2	10	59730	59739	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_009479	TCGGC	2	10	59810	59819	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_009479	CTCTG	2	10	61483	61492	0 %	40 %	20 %	40 %	148271164
58	NC_009479	TGCGT	2	10	61510	61519	0 %	40 %	40 %	20 %	148271164
59	NC_009479	CGTCA	2	10	62036	62045	20 %	20 %	20 %	40 %	148271164
60	NC_009479	CCACG	2	10	63369	63378	20 %	0 %	20 %	60 %	148271165
61	NC_009479	GGACG	2	10	64994	65003	20 %	0 %	60 %	20 %	148271167
62	NC_009479	TGACC	2	10	65432	65441	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_009479	CGCAG	2	10	67671	67680	20 %	0 %	40 %	40 %	148271173
64	NC_009479	CGGCG	2	10	68516	68525	0 %	0 %	60 %	40 %	148271174
65	NC_009479	CGGGC	2	10	69557	69566	0 %	0 %	60 %	40 %	148271176
66	NC_009479	TCTGA	2	10	69703	69712	20 %	40 %	20 %	20 %	148271177

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.