MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 plasmid pCM2

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009479	CGTC	2	8	1988	1995	0 %	25 %	25 %	50 %	148271112
2	NC_009479	CGGC	2	8	2232	2239	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_009479	CCGG	2	8	3339	3346	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_009479	GCCG	2	8	3356	3363	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_009479	CCGT	2	8	3500	3507	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_009479	CGAG	2	8	4726	4733	25 %	0 %	50 %	25 %	148271115
7	NC_009479	CGGC	2	8	5324	5331	0 %	0 %	50 %	50 %	148271117
8	NC_009479	ACGC	2	8	5518	5525	25 %	0 %	25 %	50 %	148271117
9	NC_009479	CGAC	2	8	5828	5835	25 %	0 %	25 %	50 %	148271117
10	NC_009479	CTCC	2	8	5905	5912	0 %	25 %	0 %	75 %	148271117
11	NC_009479	CGTC	2	8	6646	6653	0 %	25 %	25 %	50 %	148271118
12	NC_009479	CGGC	2	8	6937	6944	0 %	0 %	50 %	50 %	148271118
13	NC_009479	CGAA	2	8	6952	6959	50 %	0 %	25 %	25 %	148271118
14	NC_009479	GCCG	2	8	7060	7067	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_009479	GCAC	2	8	7545	7552	25 %	0 %	25 %	50 %	148271119
16	NC_009479	CCGC	2	8	8007	8014	0 %	0 %	25 %	75 %	148271120
17	NC_009479	TCGC	2	8	8145	8152	0 %	25 %	25 %	50 %	148271120
18	NC_009479	CGGC	2	8	8339	8346	0 %	0 %	50 %	50 %	148271121
19	NC_009479	TCCT	2	8	8473	8480	0 %	50 %	0 %	50 %	148271121
20	NC_009479	CTCG	2	8	8495	8502	0 %	25 %	25 %	50 %	148271121
21	NC_009479	ATGA	2	8	8543	8550	50 %	25 %	25 %	0 %	148271121
22	NC_009479	GCCG	2	8	8660	8667	0 %	0 %	50 %	50 %	148271122
23	NC_009479	GTCC	2	8	8789	8796	0 %	25 %	25 %	50 %	148271122
24	NC_009479	CGCC	2	8	8897	8904	0 %	0 %	25 %	75 %	148271122
25	NC_009479	CGAG	2	8	9377	9384	25 %	0 %	50 %	25 %	148271123
26	NC_009479	CCCG	2	8	9447	9454	0 %	0 %	25 %	75 %	148271123
27	NC_009479	GCCG	2	8	10537	10544	0 %	0 %	50 %	50 %	148271123
28	NC_009479	ACTC	2	8	10788	10795	25 %	25 %	0 %	50 %	148271123
29	NC_009479	CGGA	2	8	10835	10842	25 %	0 %	50 %	25 %	148271123
30	NC_009479	CGCT	2	8	11638	11645	0 %	25 %	25 %	50 %	148271123
31	NC_009479	TCGG	2	8	11733	11740	0 %	25 %	50 %	25 %	148271123
32	NC_009479	CCGC	2	8	12938	12945	0 %	0 %	25 %	75 %	148271123
33	NC_009479	CGGC	2	8	12969	12976	0 %	0 %	50 %	50 %	148271123
34	NC_009479	CGGG	2	8	15779	15786	0 %	0 %	75 %	25 %	148271125
35	NC_009479	CATG	2	8	15908	15915	25 %	25 %	25 %	25 %	148271125
36	NC_009479	TTCG	2	8	16625	16632	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_009479	GGTG	2	8	17180	17187	0 %	25 %	75 %	0 %	148271126
38	NC_009479	CACC	2	8	17516	17523	25 %	0 %	0 %	75 %	148271126
39	NC_009479	GCCC	2	8	17779	17786	0 %	0 %	25 %	75 %	148271128
40	NC_009479	CACG	2	8	17854	17861	25 %	0 %	25 %	50 %	148271128
41	NC_009479	CAGC	2	8	18440	18447	25 %	0 %	25 %	50 %	148271127
42	NC_009479	CGGC	2	8	19554	19561	0 %	0 %	50 %	50 %	148271130
43	NC_009479	GCGA	2	8	20204	20211	25 %	0 %	50 %	25 %	148271130
44	NC_009479	GCCC	2	8	20554	20561	0 %	0 %	25 %	75 %	148271130
45	NC_009479	CGGT	2	8	20698	20705	0 %	25 %	50 %	25 %	148271130
46	NC_009479	CTCG	2	8	21610	21617	0 %	25 %	25 %	50 %	148271131
47	NC_009479	TTCC	2	8	21721	21728	0 %	50 %	0 %	50 %	148271131
48	NC_009479	GCGA	2	8	21875	21882	25 %	0 %	50 %	25 %	148271131
49	NC_009479	TCAC	2	8	22478	22485	25 %	25 %	0 %	50 %	148271131
50	NC_009479	TTCC	2	8	22492	22499	0 %	50 %	0 %	50 %	148271132
51	NC_009479	TCCG	2	8	22631	22638	0 %	25 %	25 %	50 %	148271132
52	NC_009479	ACCG	2	8	22697	22704	25 %	0 %	25 %	50 %	148271132
53	NC_009479	CGGC	2	8	22933	22940	0 %	0 %	50 %	50 %	148271132
54	NC_009479	AAGG	2	8	23084	23091	50 %	0 %	50 %	0 %	148271132
55	NC_009479	CCAA	2	8	23241	23248	50 %	0 %	0 %	50 %	148271132
56	NC_009479	GCCA	2	8	24754	24761	25 %	0 %	25 %	50 %	148271134
57	NC_009479	GGCA	2	8	24799	24806	25 %	0 %	50 %	25 %	148271134
58	NC_009479	TCGG	2	8	25212	25219	0 %	25 %	50 %	25 %	148271135
59	NC_009479	GAGG	2	8	26292	26299	25 %	0 %	75 %	0 %	148271136
60	NC_009479	GCTT	2	8	26389	26396	0 %	50 %	25 %	25 %	148271136
61	NC_009479	TTCG	2	8	26616	26623	0 %	50 %	25 %	25 %	148271136
62	NC_009479	GGCC	2	8	27301	27308	0 %	0 %	50 %	50 %	148271137
63	NC_009479	GAAC	2	8	27376	27383	50 %	0 %	25 %	25 %	148271137
64	NC_009479	TGAG	2	8	27412	27419	25 %	25 %	50 %	0 %	148271137
65	NC_009479	ATGA	2	8	27785	27792	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009479	TGGC	2	8	27898	27905	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_009479	GTCG	2	8	27919	27926	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_009479	AGCT	2	8	28419	28426	25 %	25 %	25 %	25 %	148271138
69	NC_009479	ATCC	2	8	28437	28444	25 %	25 %	0 %	50 %	148271138
70	NC_009479	GTGA	2	8	28836	28843	25 %	25 %	50 %	0 %	148271138
71	NC_009479	CAGT	2	8	29057	29064	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_009479	CGGC	2	8	29812	29819	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
73	NC_009479	GCCG	2	8	29903	29910	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
74	NC_009479	CGCA	2	8	30383	30390	25 %	0 %	25 %	50 %	148271140
75	NC_009479	CCGG	2	8	30759	30766	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
76	NC_009479	ACCT	2	8	30818	30825	25 %	25 %	0 %	50 %	148271140
77	NC_009479	GGCC	2	8	30883	30890	0 %	0 %	50 %	50 %	148271140
78	NC_009479	CAGG	2	8	31655	31662	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_009479	CATG	4	16	31820	31835	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_009479	TGCA	3	12	31930	31941	25 %	25 %	25 %	25 %	148271141
81	NC_009479	CCGG	2	8	33156	33163	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_009479	CGTC	2	8	33369	33376	0 %	25 %	25 %	50 %	148271142
83	NC_009479	AGCG	2	8	33400	33407	25 %	0 %	50 %	25 %	148271142
84	NC_009479	GGGT	2	8	33626	33633	0 %	25 %	75 %	0 %	148271142
85	NC_009479	AAAG	2	8	33889	33896	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009479	TCCT	2	8	34010	34017	0 %	50 %	0 %	50 %	148271143
87	NC_009479	GTCC	2	8	34372	34379	0 %	25 %	25 %	50 %	148271143
88	NC_009479	AGCC	2	8	34921	34928	25 %	0 %	25 %	50 %	148271143
89	NC_009479	CTTC	2	8	35002	35009	0 %	50 %	0 %	50 %	148271143
90	NC_009479	TGGG	2	8	35112	35119	0 %	25 %	75 %	0 %	148271143
91	NC_009479	GCTG	2	8	35269	35276	0 %	25 %	50 %	25 %	148271143
92	NC_009479	GCGA	2	8	35382	35389	25 %	0 %	50 %	25 %	148271143
93	NC_009479	GCCG	2	8	35834	35841	0 %	0 %	50 %	50 %	148271143
94	NC_009479	GCCG	2	8	35930	35937	0 %	0 %	50 %	50 %	148271143
95	NC_009479	GTCG	2	8	36050	36057	0 %	25 %	50 %	25 %	148271143
96	NC_009479	GCCG	2	8	36698	36705	0 %	0 %	50 %	50 %	148271143
97	NC_009479	GCCG	2	8	37268	37275	0 %	0 %	50 %	50 %	148271143
98	NC_009479	CTCA	2	8	37677	37684	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_009479	GGGC	2	8	38102	38109	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
100	NC_009479	CGGG	2	8	38621	38628	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
101	NC_009479	GCTC	2	8	39106	39113	0 %	25 %	25 %	50 %	148271144
102	NC_009479	TTGC	2	8	39928	39935	0 %	50 %	25 %	25 %	148271145
103	NC_009479	CGGC	2	8	40110	40117	0 %	0 %	50 %	50 %	148271145
104	NC_009479	ACCG	2	8	40118	40125	25 %	0 %	25 %	50 %	148271145
105	NC_009479	CACG	2	8	40140	40147	25 %	0 %	25 %	50 %	148271145
106	NC_009479	GCGG	2	8	40393	40400	0 %	0 %	75 %	25 %	148271146
107	NC_009479	TGCC	2	8	41124	41131	0 %	25 %	25 %	50 %	148271146
108	NC_009479	GGTA	2	8	41473	41480	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009479	GTGG	2	8	41795	41802	0 %	25 %	75 %	0 %	148271147
110	NC_009479	CGCT	2	8	42026	42033	0 %	25 %	25 %	50 %	148271147
111	NC_009479	TAAA	2	8	42648	42655	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009479	CTGG	2	8	43365	43372	0 %	25 %	50 %	25 %	148271149
113	NC_009479	CACT	2	8	43492	43499	25 %	25 %	0 %	50 %	148271149
114	NC_009479	CAGT	2	8	43739	43746	25 %	25 %	25 %	25 %	148271149
115	NC_009479	GGTG	2	8	44374	44381	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009479	CTAT	2	8	44592	44599	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_009479	ATTC	2	8	44608	44615	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_009479	CGGG	2	8	44862	44869	0 %	0 %	75 %	25 %	148271150
119	NC_009479	CCCG	2	8	45112	45119	0 %	0 %	25 %	75 %	148271150
120	NC_009479	CCGC	2	8	45260	45267	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
121	NC_009479	AACT	2	8	45918	45925	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_009479	GCAC	2	8	46618	46625	25 %	0 %	25 %	50 %	148271152
123	NC_009479	GCCG	2	8	47392	47399	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_009479	GACA	2	8	47427	47434	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_009479	GACC	2	8	47851	47858	25 %	0 %	25 %	50 %	148271155
126	NC_009479	CGCC	2	8	48571	48578	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
127	NC_009479	GGCT	2	8	49311	49318	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_009479	AGCA	2	8	50091	50098	50 %	0 %	25 %	25 %	148271157
129	NC_009479	CCGC	2	8	51089	51096	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
130	NC_009479	TCGG	2	8	53406	53413	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_009479	TGCT	2	8	53437	53444	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_009479	CGGG	2	8	53588	53595	0 %	0 %	75 %	25 %	148271161
133	NC_009479	CGGC	2	8	53880	53887	0 %	0 %	50 %	50 %	148271161
134	NC_009479	TGGA	2	8	55042	55049	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009479	GTTC	2	8	55200	55207	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_009479	AGTC	2	8	55415	55422	25 %	25 %	25 %	25 %	148271162
137	NC_009479	CGGG	2	8	55503	55510	0 %	0 %	75 %	25 %	148271162
138	NC_009479	CGGC	2	8	55795	55802	0 %	0 %	50 %	50 %	148271162
139	NC_009479	CTCG	2	8	56255	56262	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_009479	TACT	2	8	56799	56806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_009479	GCTG	2	8	57174	57181	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_009479	TTGC	2	8	57222	57229	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_009479	GCAC	2	8	57461	57468	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_009479	ACCG	2	8	57947	57954	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_009479	CGTT	2	8	58649	58656	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_009479	CAGC	2	8	58674	58681	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_009479	CGAG	2	8	59895	59902	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_009479	GCCG	2	8	60180	60187	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_009479	CGGC	2	8	60850	60857	0 %	0 %	50 %	50 %	148271163
150	NC_009479	TCCC	2	8	61272	61279	0 %	25 %	0 %	75 %	148271163
151	NC_009479	CGAC	2	8	61594	61601	25 %	0 %	25 %	50 %	148271164
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159	NC_009479	CGGC	2	8	66354	66361	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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164	NC_009479	GGCC	2	8	68357	68364	0 %	0 %	50 %	50 %	148271174
165	NC_009479	ACCG	2	8	68433	68440	25 %	0 %	25 %	50 %	148271174
166	NC_009479	GGGT	2	8	68806	68813	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
167	NC_009479	CACC	2	8	68831	68838	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
168	NC_009479	GTCG	2	8	68898	68905	0 %	25 %	50 %	25 %	148271175
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.