MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9 plasmid pSJH901

Total Repeats: 440

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009477	GAA	2	6	138	143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244140
2	NC_009477	GCA	2	6	144	149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148244140
3	NC_009477	AGA	2	6	167	172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244140
4	NC_009477	GCA	2	6	294	299	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148244140
5	NC_009477	TGT	2	6	338	343	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148244140
6	NC_009477	AGA	2	6	362	367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244140
7	NC_009477	AGC	2	6	380	385	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148244140
8	NC_009477	GAA	2	6	390	395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244140
9	NC_009477	ATT	2	6	416	421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244140
10	NC_009477	TGG	2	6	596	601	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148244140
11	NC_009477	TTG	2	6	628	633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148244140
12	NC_009477	AGA	2	6	635	640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244140
13	NC_009477	TTG	2	6	655	660	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148244140
14	NC_009477	TGA	2	6	680	685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244140
15	NC_009477	AGC	2	6	695	700	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148244140
16	NC_009477	ATG	2	6	734	739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244140
17	NC_009477	GAA	2	6	806	811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244141
18	NC_009477	CAA	2	6	948	953	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244141
19	NC_009477	GAT	2	6	971	976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244141
20	NC_009477	TTA	2	6	1022	1027	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244141
21	NC_009477	AAC	2	6	1069	1074	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244141
22	NC_009477	AGT	2	6	1111	1116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244141
23	NC_009477	CAG	2	6	1125	1130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148244141
24	NC_009477	ATC	2	6	1186	1191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244141
25	NC_009477	AAC	2	6	1249	1254	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244141
26	NC_009477	AAT	2	6	1262	1267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244141
27	NC_009477	AGA	2	6	1354	1359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009477	AAG	2	6	1360	1365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009477	TAT	2	6	1377	1382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244142
30	NC_009477	GGA	2	6	1431	1436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148244142
31	NC_009477	TAA	2	6	1534	1539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244142
32	NC_009477	AGA	2	6	1556	1561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244142
33	NC_009477	ATT	2	6	1569	1574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244142
34	NC_009477	GGT	2	6	1649	1654	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148244142
35	NC_009477	ATA	2	6	1695	1700	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244142
36	NC_009477	ACT	2	6	1738	1743	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009477	GAT	2	6	2034	2039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244143
38	NC_009477	ATT	2	6	2108	2113	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244143
39	NC_009477	TAA	2	6	2181	2186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244143
40	NC_009477	TAA	2	6	2193	2198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244143
41	NC_009477	TCA	2	6	2315	2320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244143
42	NC_009477	ATG	2	6	2413	2418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244143
43	NC_009477	TAG	2	6	2483	2488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244143
44	NC_009477	TGA	2	6	2502	2507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244143
45	NC_009477	TAC	2	6	2572	2577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009477	ATC	2	6	2624	2629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009477	GAT	2	6	2641	2646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009477	ATA	2	6	2647	2652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009477	GTC	2	6	2658	2663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_009477	TCA	2	6	2743	2748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009477	TAT	2	6	2756	2761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009477	AAT	2	6	2793	2798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009477	ATT	2	6	2947	2952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009477	TCT	2	6	3067	3072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_009477	CTA	2	6	3131	3136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244144
56	NC_009477	GTG	2	6	3187	3192	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148244144
57	NC_009477	TCA	2	6	3200	3205	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244144
58	NC_009477	GAA	2	6	3260	3265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244144
59	NC_009477	TAT	2	6	3282	3287	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244144
60	NC_009477	TGA	2	6	3299	3304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244144
61	NC_009477	GTG	2	6	3329	3334	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148244144
62	NC_009477	CAT	2	6	3731	3736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244144
63	NC_009477	AAC	2	6	3846	3851	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009477	AAT	2	6	3859	3864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009477	AGG	2	6	3867	3872	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009477	TAA	3	9	3998	4006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244145
67	NC_009477	TAA	2	6	4034	4039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244145
68	NC_009477	ACA	2	6	4082	4087	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244145
69	NC_009477	CTT	2	6	4108	4113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148244145
70	NC_009477	ACA	2	6	4123	4128	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244145
71	NC_009477	TAC	2	6	4373	4378	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244145
72	NC_009477	TAA	2	6	4436	4441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244145
73	NC_009477	ATA	2	6	4592	4597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244146
74	NC_009477	TTG	2	6	4629	4634	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148244146
75	NC_009477	AAT	2	6	4661	4666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244146
76	NC_009477	TAA	2	6	4741	4746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244146
77	NC_009477	AGA	2	6	4747	4752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244146
78	NC_009477	ATG	2	6	4767	4772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244146
79	NC_009477	AAT	2	6	4871	4876	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244146
80	NC_009477	TAA	2	6	4917	4922	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244146
81	NC_009477	TAA	2	6	5008	5013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244146
82	NC_009477	ACA	2	6	5075	5080	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244146
83	NC_009477	AAT	2	6	5201	5206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244146
84	NC_009477	TGA	2	6	5302	5307	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244146
85	NC_009477	ATA	2	6	5442	5447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244146
86	NC_009477	AAC	2	6	5693	5698	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244146
87	NC_009477	CAA	2	6	5743	5748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244146
88	NC_009477	TAG	2	6	5808	5813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244146
89	NC_009477	AAT	2	6	5834	5839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009477	TAC	2	6	5892	5897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244147
91	NC_009477	TAC	2	6	6048	6053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244147
92	NC_009477	TCA	2	6	6083	6088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244147
93	NC_009477	TCT	2	6	6119	6124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148244147
94	NC_009477	TGT	2	6	6128	6133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148244147
95	NC_009477	TAT	2	6	6280	6285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244147
96	NC_009477	TAT	2	6	6356	6361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009477	TAA	2	6	6442	6447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009477	TAT	2	6	6490	6495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244148
99	NC_009477	TAA	2	6	6632	6637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244148
100	NC_009477	TCG	2	6	6638	6643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148244148
101	NC_009477	TCA	2	6	6847	6852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244148
102	NC_009477	CTA	2	6	6905	6910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244148
103	NC_009477	ACA	2	6	6976	6981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244148
104	NC_009477	CTG	2	6	7052	7057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148244148
105	NC_009477	TCT	2	6	7429	7434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148244149
106	NC_009477	GCT	2	6	7589	7594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148244149
107	NC_009477	CAA	2	6	7669	7674	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244149
108	NC_009477	TAA	2	6	7675	7680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244149
109	NC_009477	GTT	2	6	7686	7691	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148244149
110	NC_009477	TTC	2	6	7810	7815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148244149
111	NC_009477	ATT	2	6	7852	7857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244149
112	NC_009477	GTT	2	6	7875	7880	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148244149
113	NC_009477	TGA	2	6	8327	8332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244149
114	NC_009477	TAA	2	6	8364	8369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244149
115	NC_009477	ATT	2	6	8404	8409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244149
116	NC_009477	TCA	2	6	8489	8494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244149
117	NC_009477	TCC	2	6	8751	8756	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	148244150
118	NC_009477	TTG	2	6	8779	8784	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148244150
119	NC_009477	CCA	2	6	8889	8894	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	148244150
120	NC_009477	GAA	2	6	8931	8936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148244150
121	NC_009477	TGC	2	6	8972	8977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148244150
122	NC_009477	ATA	2	6	8989	8994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	148244150
123	NC_009477	TCT	2	6	9033	9038	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148244150
124	NC_009477	TCC	2	6	9093	9098	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	148244150
125	NC_009477	ACA	2	6	9129	9134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244150
126	NC_009477	CCT	2	6	9316	9321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_009477	TAA	2	6	9480	9485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009477	TAA	2	6	9517	9522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009477	TAT	2	6	9546	9551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009477	TTC	2	6	9607	9612	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148244151
131	NC_009477	TTC	2	6	9631	9636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148244151
132	NC_009477	TTA	2	6	9686	9691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244151
133	NC_009477	TCT	2	6	9725	9730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148244151
134	NC_009477	TGA	2	6	9739	9744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148244151
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391	NC_009477	CTA	2	6	28220	28225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148244167
392	NC_009477	ATT	2	6	28233	28238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244167
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395	NC_009477	TAT	2	6	28520	28525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	148244167
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434	NC_009477	CCA	2	6	30083	30088	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	148244168
435	NC_009477	AAC	2	6	30097	30102	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148244168
436	NC_009477	CTT	2	6	30159	30164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148244168
437	NC_009477	TCC	2	6	30220	30225	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	148244168
438	NC_009477	TGT	2	6	30263	30268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	148244168
439	NC_009477	ATT	2	6	30353	30358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
440	NC_009477	ATT	2	6	30400	30405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.