MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Bradyrhizobium sp. BTAi1 plasmid pBBta01

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009475	CCTTGC	2	12	635	646	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148240871
2	NC_009475	ACCGCG	2	12	4447	4458	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_009475	GCCGGA	2	12	4567	4578	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148240875
4	NC_009475	CTCAAC	2	12	5866	5877	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	148240877
5	NC_009475	TCGAAG	2	12	6059	6070	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148240877
6	NC_009475	CCTTGA	2	12	6486	6497	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148240879
7	NC_009475	CGGTTC	2	12	6991	7002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148240880
8	NC_009475	TTCGTG	2	12	7981	7992	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	148240882
9	NC_009475	CTTCGA	2	12	9056	9067	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148240883
10	NC_009475	ATGGCT	2	12	9763	9774	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_009475	ACGCCC	2	12	11290	11301	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	148240885
12	NC_009475	GATTGG	2	12	12071	12082	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	148240886
13	NC_009475	GCGCCG	2	12	12205	12216	0 %	0 %	50 %	50 %	148240886
14	NC_009475	GTTCGC	2	12	13756	13767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_009475	CACCGA	2	12	15426	15437	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
16	NC_009475	GTGACG	2	12	19410	19421	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148240896
17	NC_009475	GCATGG	2	12	23805	23816	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148240900
18	NC_009475	TGCAGG	2	12	28910	28921	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_009475	AAGCCG	2	12	29573	29584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_009475	AGGAAT	2	12	31814	31825	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009475	GACAAG	2	12	34319	34330	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	148240911
22	NC_009475	GTCGCG	2	12	34781	34792	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148240911
23	NC_009475	CTACCC	2	12	35098	35109	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	148240911
24	NC_009475	AGGCGA	2	12	38488	38499	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148240915
25	NC_009475	CTGCGC	2	12	39575	39586	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148240915
26	NC_009475	GGCGAG	2	12	44382	44393	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	148240920
27	NC_009475	GATCGC	2	12	44729	44740	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148240920
28	NC_009475	TGCCGA	2	12	47179	47190	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148240921
29	NC_009475	CGGCGC	2	12	49153	49164	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_009475	GAGCGC	2	12	50748	50759	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148240927
31	NC_009475	CTTCAT	2	12	54779	54790	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	148240932
32	NC_009475	AGGTGA	2	12	55645	55656	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	148240934
33	NC_009475	CGACCT	2	12	55796	55807	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148240934
34	NC_009475	TCGGGG	2	12	57968	57979	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	148240935
35	NC_009475	GTCGAT	2	12	64139	64150	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	148240941
36	NC_009475	GGTGAA	2	12	68762	68773	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	148240946
37	NC_009475	AGCTTG	2	12	72758	72769	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	148240948
38	NC_009475	TTCGTG	2	12	77468	77479	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	148240952
39	NC_009475	CTTCGA	2	12	78543	78554	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148240953
40	NC_009475	ACGCCG	2	12	81498	81509	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_009475	CGTGAC	2	12	85693	85704	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148240963
42	NC_009475	CCATCG	2	12	86493	86504	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148240964
43	NC_009475	AAAGGC	2	12	93568	93579	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	148240970
44	NC_009475	GACTTC	2	12	95495	95506	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148240971
45	NC_009475	CGCCTG	2	12	98678	98689	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148240974
46	NC_009475	TGCGCT	2	12	99912	99923	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148240975
47	NC_009475	CCACAC	2	12	102726	102737	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	148240977
48	NC_009475	CGACCG	2	12	104276	104287	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148240979
49	NC_009475	TCGATT	2	12	107486	107497	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	148240983
50	NC_009475	GTAGGC	2	12	109324	109335	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148240985
51	NC_009475	GTTTCA	2	12	113120	113131	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	148240988
52	NC_009475	CTGGCG	2	12	113978	113989	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009475	GGTAGA	2	12	114798	114809	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009475	GGACGA	2	12	129059	129070	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148241003
55	NC_009475	ACAAAC	2	12	131415	131426	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	148241005
56	NC_009475	GGCATC	2	12	133645	133656	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148241009
57	NC_009475	CCGGCG	2	12	133696	133707	0 %	0 %	50 %	50 %	148241009
58	NC_009475	ACGCCG	2	12	134313	134324	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148241010
59	NC_009475	GCATGG	2	12	137022	137033	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148241012
60	NC_009475	CGCAGG	2	12	138086	138097	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148241013
61	NC_009475	CGCCGG	2	12	139572	139583	0 %	0 %	50 %	50 %	148241015
62	NC_009475	CTATGC	2	12	139681	139692	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148241015
63	NC_009475	CCCGAC	2	12	140599	140610	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	148241016
64	NC_009475	AGCTCT	2	12	142169	142180	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148241018
65	NC_009475	ATCGCC	2	12	143648	143659	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148241019
66	NC_009475	TGAACG	2	12	151347	151358	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148241026
67	NC_009475	TTACGC	2	12	155016	155027	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148241028
68	NC_009475	GTTATG	2	12	155270	155281	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	148241028
69	NC_009475	GGCTTG	2	12	157925	157936	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	148241032
70	NC_009475	TGTAGA	2	12	162693	162704	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148241040
71	NC_009475	GCTGCG	2	12	179582	179593	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148241055
72	NC_009475	CGTTGG	2	12	186764	186775	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	148241063
73	NC_009475	GAATCG	2	12	190496	190507	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148241067
74	NC_009475	TCGGCG	2	12	190589	190600	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148241067
75	NC_009475	GCCTCG	2	12	195340	195351	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148241073
76	NC_009475	CGCAAG	2	12	196332	196343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148241073
77	NC_009475	CCGATC	2	12	197773	197784	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148241073
78	NC_009475	GCGACC	2	12	198171	198182	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148241073
79	NC_009475	GGCCGC	2	12	200366	200377	0 %	0 %	50 %	50 %	148241073
80	NC_009475	TCGCGC	2	12	207549	207560	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_009475	CACGCA	2	12	208913	208924	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_009475	GCTTCG	2	12	210206	210217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148241080
83	NC_009475	CCGCTC	2	12	212967	212978	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	148241085
84	NC_009475	TGCATT	2	12	215260	215271	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_009475	CCGACG	2	12	218195	218206	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148241090
86	NC_009475	TGGCGA	2	12	220243	220254	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_009475	GCGTTC	2	12	222348	222359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_009475	CGGCCG	2	12	224217	224228	0 %	0 %	50 %	50 %	148241093
89	NC_009475	TCGTCC	2	12	224501	224512	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148241093
90	NC_009475	GGCGTG	2	12	224854	224865	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	148241093
91	NC_009475	CCCGAC	2	12	227316	227327	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	148241096
92	NC_009475	CGGTCG	2	12	228243	228254	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148241098

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.