MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Bradyrhizobium sp. BTAi1 plasmid pBBta01

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009475	GCGCG	2	10	1316	1325	0 %	0 %	60 %	40 %	148240871
2	NC_009475	GGGCG	2	10	1329	1338	0 %	0 %	80 %	20 %	148240871
3	NC_009475	GAAAA	2	10	2474	2483	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009475	GCACG	2	10	2765	2774	20 %	0 %	40 %	40 %	148240873
5	NC_009475	TGCTG	2	10	2943	2952	0 %	40 %	40 %	20 %	148240873
6	NC_009475	GGAGG	2	10	3212	3221	20 %	0 %	80 %	0 %	148240873
7	NC_009475	CATTT	2	10	5703	5712	20 %	60 %	0 %	20 %	148240877
8	NC_009475	TCGCT	2	10	9740	9749	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_009475	AGGGC	2	10	12482	12491	20 %	0 %	60 %	20 %	148240886
10	NC_009475	GGCCT	2	10	12633	12642	0 %	20 %	40 %	40 %	148240887
11	NC_009475	CGCGG	2	10	13299	13308	0 %	0 %	60 %	40 %	148240887
12	NC_009475	GTGAG	2	10	13375	13384	20 %	20 %	60 %	0 %	148240887
13	NC_009475	GCGCG	2	10	14008	14017	0 %	0 %	60 %	40 %	148240888
14	NC_009475	TCTTT	2	10	17576	17585	0 %	80 %	0 %	20 %	148240893
15	NC_009475	CAGGC	2	10	19522	19531	20 %	0 %	40 %	40 %	148240896
16	NC_009475	GCCGT	2	10	22115	22124	0 %	20 %	40 %	40 %	148240899
17	NC_009475	CTGCG	2	10	23034	23043	0 %	20 %	40 %	40 %	148240900
18	NC_009475	GTCGC	2	10	23064	23073	0 %	20 %	40 %	40 %	148240900
19	NC_009475	GGTGC	2	10	24562	24571	0 %	20 %	60 %	20 %	148240901
20	NC_009475	CCGCT	2	10	27808	27817	0 %	20 %	20 %	60 %	148240904
21	NC_009475	TAGCT	2	10	28841	28850	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_009475	GATTT	2	10	28938	28947	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009475	TGCGC	2	10	30598	30607	0 %	20 %	40 %	40 %	148240906
24	NC_009475	GTGCA	2	10	30935	30944	20 %	20 %	40 %	20 %	148240907
25	NC_009475	GGCGC	2	10	34124	34133	0 %	0 %	60 %	40 %	148240911
26	NC_009475	TCGAC	2	10	34623	34632	20 %	20 %	20 %	40 %	148240911
27	NC_009475	GCCGA	2	10	34766	34775	20 %	0 %	40 %	40 %	148240911
28	NC_009475	CCCGC	2	10	37435	37444	0 %	0 %	20 %	80 %	148240914
29	NC_009475	GCGCC	2	10	39348	39357	0 %	0 %	40 %	60 %	148240915
30	NC_009475	CGGAA	2	10	40277	40286	40 %	0 %	40 %	20 %	148240915
31	NC_009475	TCCGC	2	10	40931	40940	0 %	20 %	20 %	60 %	148240916
32	NC_009475	AGGAC	2	10	41638	41647	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009475	GGCGG	2	10	45344	45353	0 %	0 %	80 %	20 %	148240920
34	NC_009475	GCATC	2	10	46892	46901	20 %	20 %	20 %	40 %	148240921
35	NC_009475	TGTGC	2	10	47973	47982	0 %	40 %	40 %	20 %	148240922
36	NC_009475	GACCA	2	10	48799	48808	40 %	0 %	20 %	40 %	148240924
37	NC_009475	GAACC	2	10	49524	49533	40 %	0 %	20 %	40 %	148240925
38	NC_009475	GGCGG	2	10	49659	49668	0 %	0 %	80 %	20 %	148240925
39	NC_009475	CCGGC	2	10	49913	49922	0 %	0 %	40 %	60 %	148240925
40	NC_009475	CAAAG	2	10	50655	50664	60 %	0 %	20 %	20 %	148240927
41	NC_009475	CGATA	2	10	53736	53745	40 %	20 %	20 %	20 %	148240930
42	NC_009475	CGGGC	2	10	56841	56850	0 %	0 %	60 %	40 %	148240935
43	NC_009475	AGGCG	2	10	59954	59963	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_009475	CAAGC	2	10	60595	60604	40 %	0 %	20 %	40 %	148240937
45	NC_009475	TTCCA	2	10	66612	66621	20 %	40 %	0 %	40 %	148240944
46	NC_009475	TTGGC	2	10	68022	68031	0 %	40 %	40 %	20 %	148240946
47	NC_009475	CTTTC	2	10	69065	69074	0 %	60 %	0 %	40 %	148240946
48	NC_009475	GGCGC	2	10	69290	69299	0 %	0 %	60 %	40 %	148240946
49	NC_009475	AGCTA	2	10	70125	70134	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009475	GTTGG	2	10	70470	70479	0 %	40 %	60 %	0 %	148240947
51	NC_009475	GATCT	2	10	71094	71103	20 %	40 %	20 %	20 %	148240947
52	NC_009475	AATCG	2	10	72008	72017	40 %	20 %	20 %	20 %	148240948
53	NC_009475	CACCT	2	10	74788	74797	20 %	20 %	0 %	60 %	148240951
54	NC_009475	AATCC	2	10	79372	79381	40 %	20 %	0 %	40 %	148240954
55	NC_009475	ATCTC	2	10	79399	79408	20 %	40 %	0 %	40 %	148240954
56	NC_009475	GTTCC	2	10	82362	82371	0 %	40 %	20 %	40 %	148240958
57	NC_009475	ACTGG	2	10	82460	82469	20 %	20 %	40 %	20 %	148240958
58	NC_009475	TTGTG	2	10	83892	83901	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009475	CGCAC	2	10	84900	84909	20 %	0 %	20 %	60 %	148240961
60	NC_009475	CGTCT	2	10	87783	87792	0 %	40 %	20 %	40 %	148240965
61	NC_009475	GGCCA	2	10	91542	91551	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_009475	CTTTC	2	10	92189	92198	0 %	60 %	0 %	40 %	148240969
63	NC_009475	CATTC	2	10	93018	93027	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_009475	GAACA	2	10	96254	96263	60 %	0 %	20 %	20 %	148240971
65	NC_009475	CGCCA	2	10	96501	96510	20 %	0 %	20 %	60 %	148240972
66	NC_009475	TCGGC	2	10	98430	98439	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_009475	CTCGA	2	10	102160	102169	20 %	20 %	20 %	40 %	148240977
68	NC_009475	GAGCG	2	10	104190	104199	20 %	0 %	60 %	20 %	148240979
69	NC_009475	CTGAC	2	10	105777	105786	20 %	20 %	20 %	40 %	148240980
70	NC_009475	GGTCA	2	10	107075	107084	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_009475	CTTCT	2	10	109912	109921	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_009475	TAAGG	2	10	110652	110661	40 %	20 %	40 %	0 %	148240986
73	NC_009475	CCACA	2	10	110815	110824	40 %	0 %	0 %	60 %	148240986
74	NC_009475	GCGCG	2	10	111138	111147	0 %	0 %	60 %	40 %	148240987
75	NC_009475	GCGTG	2	10	112766	112775	0 %	20 %	60 %	20 %	148240988
76	NC_009475	ACCCT	2	10	113566	113575	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_009475	CTTGC	2	10	116342	116351	0 %	40 %	20 %	40 %	148240990
78	NC_009475	TGAAA	2	10	118605	118614	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009475	CGGCT	2	10	119336	119345	0 %	20 %	40 %	40 %	148240992
80	NC_009475	CGCGA	2	10	122795	122804	20 %	0 %	40 %	40 %	148240996
81	NC_009475	CGGGA	2	10	123015	123024	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009475	CGAGA	2	10	127060	127069	40 %	0 %	40 %	20 %	148241002
83	NC_009475	CGGCG	2	10	127188	127197	0 %	0 %	60 %	40 %	148241002
84	NC_009475	CGATC	2	10	128651	128660	20 %	20 %	20 %	40 %	148241003
85	NC_009475	GCCGC	2	10	129279	129288	0 %	0 %	40 %	60 %	148241003
86	NC_009475	AGCCG	2	10	133267	133276	20 %	0 %	40 %	40 %	148241009
87	NC_009475	AGGCA	2	10	134089	134098	40 %	0 %	40 %	20 %	148241010
88	NC_009475	CCCTC	2	10	134922	134931	0 %	20 %	0 %	80 %	148241010
89	NC_009475	GGAAT	2	10	137160	137169	40 %	20 %	40 %	0 %	148241012
90	NC_009475	GCGAC	2	10	140339	140348	20 %	0 %	40 %	40 %	148241015
91	NC_009475	CTTCC	2	10	140773	140782	0 %	40 %	0 %	60 %	148241016
92	NC_009475	TCGGC	2	10	141939	141948	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_009475	ACCAT	2	10	142573	142582	40 %	20 %	0 %	40 %	148241018
94	NC_009475	GATCG	2	10	143236	143245	20 %	20 %	40 %	20 %	148241019
95	NC_009475	AGCGT	2	10	144876	144885	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_009475	GACGC	2	10	148923	148932	20 %	0 %	40 %	40 %	148241024
97	NC_009475	TTTCG	2	10	150939	150948	0 %	60 %	20 %	20 %	148241026
98	NC_009475	CGACA	2	10	152136	152145	40 %	0 %	20 %	40 %	148241026
99	NC_009475	ATGGC	2	10	152787	152796	20 %	20 %	40 %	20 %	148241027
100	NC_009475	CGATC	2	10	153344	153353	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_009475	TCCAG	2	10	155391	155400	20 %	20 %	20 %	40 %	148241028
102	NC_009475	AAGCC	2	10	157551	157560	40 %	0 %	20 %	40 %	148241031
103	NC_009475	TGACC	2	10	158172	158181	20 %	20 %	20 %	40 %	148241032
104	NC_009475	ACGTA	2	10	160715	160724	40 %	20 %	20 %	20 %	148241037
105	NC_009475	TGACC	2	10	161323	161332	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_009475	CCGGA	2	10	163858	163867	20 %	0 %	40 %	40 %	148241041
107	NC_009475	CCGAA	2	10	166113	166122	40 %	0 %	20 %	40 %	148241043
108	NC_009475	GAGAT	2	10	167214	167223	40 %	20 %	40 %	0 %	148241044
109	NC_009475	CTGGT	2	10	167589	167598	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_009475	GCTGC	2	10	168242	168251	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_009475	CCGGC	2	10	168594	168603	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
112	NC_009475	GATCG	2	10	168692	168701	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009475	TTTGG	2	10	169632	169641	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009475	TGCCT	2	10	171265	171274	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_009475	CGCGC	2	10	172274	172283	0 %	0 %	40 %	60 %	148241045
116	NC_009475	TGCGG	2	10	172466	172475	0 %	20 %	60 %	20 %	148241045
117	NC_009475	GGTGC	2	10	172596	172605	0 %	20 %	60 %	20 %	148241045
118	NC_009475	CCGCG	2	10	172901	172910	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
119	NC_009475	CTGCT	2	10	173239	173248	0 %	40 %	20 %	40 %	148241046
120	NC_009475	TCGGT	2	10	175188	175197	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_009475	CGGAA	2	10	176372	176381	40 %	0 %	40 %	20 %	148241052
122	NC_009475	GGCGA	2	10	176995	177004	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_009475	GCAAT	2	10	180132	180141	40 %	20 %	20 %	20 %	148241055
124	NC_009475	AGCAG	2	10	180637	180646	40 %	0 %	40 %	20 %	148241055
125	NC_009475	GCCGA	2	10	182316	182325	20 %	0 %	40 %	40 %	148241057
126	NC_009475	GCCGC	2	10	182462	182471	0 %	0 %	40 %	60 %	148241057
127	NC_009475	GGTCT	2	10	183544	183553	0 %	40 %	40 %	20 %	148241058
128	NC_009475	ATCGC	2	10	183806	183815	20 %	20 %	20 %	40 %	148241058
129	NC_009475	TTCAT	2	10	186298	186307	20 %	60 %	0 %	20 %	148241063
130	NC_009475	CAGGC	2	10	188600	188609	20 %	0 %	40 %	40 %	148241064
131	NC_009475	GTTGA	2	10	190042	190051	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009475	ACAAA	2	10	190053	190062	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_009475	CGGGC	2	10	192434	192443	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
134	NC_009475	GACCG	2	10	194153	194162	20 %	0 %	40 %	40 %	148241071
135	NC_009475	CCGGA	2	10	194405	194414	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_009475	GCCCT	2	10	195186	195195	0 %	20 %	20 %	60 %	148241073
137	NC_009475	GCCGT	2	10	195216	195225	0 %	20 %	40 %	40 %	148241073
138	NC_009475	CGGAC	2	10	196069	196078	20 %	0 %	40 %	40 %	148241073
139	NC_009475	TCCGC	2	10	200546	200555	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_009475	CATTG	2	10	202245	202254	20 %	40 %	20 %	20 %	148241074
141	NC_009475	CTGCG	2	10	202388	202397	0 %	20 %	40 %	40 %	148241074
142	NC_009475	GCATC	2	10	203354	203363	20 %	20 %	20 %	40 %	148241075
143	NC_009475	GACGA	2	10	205366	205375	40 %	0 %	40 %	20 %	148241076
144	NC_009475	GACCG	2	10	205572	205581	20 %	0 %	40 %	40 %	148241076
145	NC_009475	CGTCT	2	10	211527	211536	0 %	40 %	20 %	40 %	148241084
146	NC_009475	CAAGA	2	10	213787	213796	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_009475	GGTCG	2	10	217006	217015	0 %	20 %	60 %	20 %	148241090
148	NC_009475	CGACC	2	10	220060	220069	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
149	NC_009475	GAAAG	2	10	220120	220129	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009475	AGCAA	2	10	220224	220233	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_009475	GCGAG	2	10	221629	221638	20 %	0 %	60 %	20 %	148241091
152	NC_009475	CTGCG	2	10	222711	222720	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
153	NC_009475	GCGAC	2	10	223550	223559	20 %	0 %	40 %	40 %	148241092
154	NC_009475	ATGTC	2	10	223958	223967	20 %	40 %	20 %	20 %	148241092
155	NC_009475	GGCGA	2	10	224248	224257	20 %	0 %	60 %	20 %	148241093
156	NC_009475	AGGCA	2	10	224315	224324	40 %	0 %	40 %	20 %	148241093
157	NC_009475	CCGGT	2	10	226780	226789	0 %	20 %	40 %	40 %	148241096

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.