MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Bradyrhizobium sp. BTAi1 plasmid pBBta01

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009475	GCGCG	2	10	1316	1325	0 %	0 %	60 %	40 %	148240871
2	NC_009475	GGGCG	2	10	1329	1338	0 %	0 %	80 %	20 %	148240871
3	NC_009475	GCACG	2	10	2765	2774	20 %	0 %	40 %	40 %	148240873
4	NC_009475	TGCTG	2	10	2943	2952	0 %	40 %	40 %	20 %	148240873
5	NC_009475	GGAGG	2	10	3212	3221	20 %	0 %	80 %	0 %	148240873
6	NC_009475	CATTT	2	10	5703	5712	20 %	60 %	0 %	20 %	148240877
7	NC_009475	AGGGC	2	10	12482	12491	20 %	0 %	60 %	20 %	148240886
8	NC_009475	GGCCT	2	10	12633	12642	0 %	20 %	40 %	40 %	148240887
9	NC_009475	CGCGG	2	10	13299	13308	0 %	0 %	60 %	40 %	148240887
10	NC_009475	GTGAG	2	10	13375	13384	20 %	20 %	60 %	0 %	148240887
11	NC_009475	GCGCG	2	10	14008	14017	0 %	0 %	60 %	40 %	148240888
12	NC_009475	TCTTT	2	10	17576	17585	0 %	80 %	0 %	20 %	148240893
13	NC_009475	CAGGC	2	10	19522	19531	20 %	0 %	40 %	40 %	148240896
14	NC_009475	GCCGT	2	10	22115	22124	0 %	20 %	40 %	40 %	148240899
15	NC_009475	CTGCG	2	10	23034	23043	0 %	20 %	40 %	40 %	148240900
16	NC_009475	GTCGC	2	10	23064	23073	0 %	20 %	40 %	40 %	148240900
17	NC_009475	GGTGC	2	10	24562	24571	0 %	20 %	60 %	20 %	148240901
18	NC_009475	CCGCT	2	10	27808	27817	0 %	20 %	20 %	60 %	148240904
19	NC_009475	TGCGC	2	10	30598	30607	0 %	20 %	40 %	40 %	148240906
20	NC_009475	GTGCA	2	10	30935	30944	20 %	20 %	40 %	20 %	148240907
21	NC_009475	GGCGC	2	10	34124	34133	0 %	0 %	60 %	40 %	148240911
22	NC_009475	TCGAC	2	10	34623	34632	20 %	20 %	20 %	40 %	148240911
23	NC_009475	GCCGA	2	10	34766	34775	20 %	0 %	40 %	40 %	148240911
24	NC_009475	CCCGC	2	10	37435	37444	0 %	0 %	20 %	80 %	148240914
25	NC_009475	GCGCC	2	10	39348	39357	0 %	0 %	40 %	60 %	148240915
26	NC_009475	CGGAA	2	10	40277	40286	40 %	0 %	40 %	20 %	148240915
27	NC_009475	TCCGC	2	10	40931	40940	0 %	20 %	20 %	60 %	148240916
28	NC_009475	GGCGG	2	10	45344	45353	0 %	0 %	80 %	20 %	148240920
29	NC_009475	GCATC	2	10	46892	46901	20 %	20 %	20 %	40 %	148240921
30	NC_009475	TGTGC	2	10	47973	47982	0 %	40 %	40 %	20 %	148240922
31	NC_009475	GACCA	2	10	48799	48808	40 %	0 %	20 %	40 %	148240924
32	NC_009475	GAACC	2	10	49524	49533	40 %	0 %	20 %	40 %	148240925
33	NC_009475	GGCGG	2	10	49659	49668	0 %	0 %	80 %	20 %	148240925
34	NC_009475	CCGGC	2	10	49913	49922	0 %	0 %	40 %	60 %	148240925
35	NC_009475	CAAAG	2	10	50655	50664	60 %	0 %	20 %	20 %	148240927
36	NC_009475	CGATA	2	10	53736	53745	40 %	20 %	20 %	20 %	148240930
37	NC_009475	CGGGC	2	10	56841	56850	0 %	0 %	60 %	40 %	148240935
38	NC_009475	CAAGC	2	10	60595	60604	40 %	0 %	20 %	40 %	148240937
39	NC_009475	TTCCA	2	10	66612	66621	20 %	40 %	0 %	40 %	148240944
40	NC_009475	TTGGC	2	10	68022	68031	0 %	40 %	40 %	20 %	148240946
41	NC_009475	CTTTC	2	10	69065	69074	0 %	60 %	0 %	40 %	148240946
42	NC_009475	GGCGC	2	10	69290	69299	0 %	0 %	60 %	40 %	148240946
43	NC_009475	GTTGG	2	10	70470	70479	0 %	40 %	60 %	0 %	148240947
44	NC_009475	GATCT	2	10	71094	71103	20 %	40 %	20 %	20 %	148240947
45	NC_009475	AATCG	2	10	72008	72017	40 %	20 %	20 %	20 %	148240948
46	NC_009475	CACCT	2	10	74788	74797	20 %	20 %	0 %	60 %	148240951
47	NC_009475	AATCC	2	10	79372	79381	40 %	20 %	0 %	40 %	148240954
48	NC_009475	ATCTC	2	10	79399	79408	20 %	40 %	0 %	40 %	148240954
49	NC_009475	GTTCC	2	10	82362	82371	0 %	40 %	20 %	40 %	148240958
50	NC_009475	ACTGG	2	10	82460	82469	20 %	20 %	40 %	20 %	148240958
51	NC_009475	CGCAC	2	10	84900	84909	20 %	0 %	20 %	60 %	148240961
52	NC_009475	CGTCT	2	10	87783	87792	0 %	40 %	20 %	40 %	148240965
53	NC_009475	CTTTC	2	10	92189	92198	0 %	60 %	0 %	40 %	148240969
54	NC_009475	GAACA	2	10	96254	96263	60 %	0 %	20 %	20 %	148240971
55	NC_009475	CGCCA	2	10	96501	96510	20 %	0 %	20 %	60 %	148240972
56	NC_009475	CTCGA	2	10	102160	102169	20 %	20 %	20 %	40 %	148240977
57	NC_009475	GAGCG	2	10	104190	104199	20 %	0 %	60 %	20 %	148240979
58	NC_009475	CTGAC	2	10	105777	105786	20 %	20 %	20 %	40 %	148240980
59	NC_009475	TAAGG	2	10	110652	110661	40 %	20 %	40 %	0 %	148240986
60	NC_009475	CCACA	2	10	110815	110824	40 %	0 %	0 %	60 %	148240986
61	NC_009475	GCGCG	2	10	111138	111147	0 %	0 %	60 %	40 %	148240987
62	NC_009475	GCGTG	2	10	112766	112775	0 %	20 %	60 %	20 %	148240988
63	NC_009475	CTTGC	2	10	116342	116351	0 %	40 %	20 %	40 %	148240990
64	NC_009475	CGGCT	2	10	119336	119345	0 %	20 %	40 %	40 %	148240992
65	NC_009475	CGCGA	2	10	122795	122804	20 %	0 %	40 %	40 %	148240996
66	NC_009475	CGAGA	2	10	127060	127069	40 %	0 %	40 %	20 %	148241002
67	NC_009475	CGGCG	2	10	127188	127197	0 %	0 %	60 %	40 %	148241002
68	NC_009475	CGATC	2	10	128651	128660	20 %	20 %	20 %	40 %	148241003
69	NC_009475	GCCGC	2	10	129279	129288	0 %	0 %	40 %	60 %	148241003
70	NC_009475	AGCCG	2	10	133267	133276	20 %	0 %	40 %	40 %	148241009
71	NC_009475	AGGCA	2	10	134089	134098	40 %	0 %	40 %	20 %	148241010
72	NC_009475	CCCTC	2	10	134922	134931	0 %	20 %	0 %	80 %	148241010
73	NC_009475	GGAAT	2	10	137160	137169	40 %	20 %	40 %	0 %	148241012
74	NC_009475	GCGAC	2	10	140339	140348	20 %	0 %	40 %	40 %	148241015
75	NC_009475	CTTCC	2	10	140773	140782	0 %	40 %	0 %	60 %	148241016
76	NC_009475	ACCAT	2	10	142573	142582	40 %	20 %	0 %	40 %	148241018
77	NC_009475	GATCG	2	10	143236	143245	20 %	20 %	40 %	20 %	148241019
78	NC_009475	GACGC	2	10	148923	148932	20 %	0 %	40 %	40 %	148241024
79	NC_009475	TTTCG	2	10	150939	150948	0 %	60 %	20 %	20 %	148241026
80	NC_009475	CGACA	2	10	152136	152145	40 %	0 %	20 %	40 %	148241026
81	NC_009475	ATGGC	2	10	152787	152796	20 %	20 %	40 %	20 %	148241027
82	NC_009475	TCCAG	2	10	155391	155400	20 %	20 %	20 %	40 %	148241028
83	NC_009475	AAGCC	2	10	157551	157560	40 %	0 %	20 %	40 %	148241031
84	NC_009475	TGACC	2	10	158172	158181	20 %	20 %	20 %	40 %	148241032
85	NC_009475	ACGTA	2	10	160715	160724	40 %	20 %	20 %	20 %	148241037
86	NC_009475	CCGGA	2	10	163858	163867	20 %	0 %	40 %	40 %	148241041
87	NC_009475	CCGAA	2	10	166113	166122	40 %	0 %	20 %	40 %	148241043
88	NC_009475	GAGAT	2	10	167214	167223	40 %	20 %	40 %	0 %	148241044
89	NC_009475	CGCGC	2	10	172274	172283	0 %	0 %	40 %	60 %	148241045
90	NC_009475	TGCGG	2	10	172466	172475	0 %	20 %	60 %	20 %	148241045
91	NC_009475	GGTGC	2	10	172596	172605	0 %	20 %	60 %	20 %	148241045
92	NC_009475	CTGCT	2	10	173239	173248	0 %	40 %	20 %	40 %	148241046
93	NC_009475	CGGAA	2	10	176372	176381	40 %	0 %	40 %	20 %	148241052
94	NC_009475	GCAAT	2	10	180132	180141	40 %	20 %	20 %	20 %	148241055
95	NC_009475	AGCAG	2	10	180637	180646	40 %	0 %	40 %	20 %	148241055
96	NC_009475	GCCGA	2	10	182316	182325	20 %	0 %	40 %	40 %	148241057
97	NC_009475	GCCGC	2	10	182462	182471	0 %	0 %	40 %	60 %	148241057
98	NC_009475	GGTCT	2	10	183544	183553	0 %	40 %	40 %	20 %	148241058
99	NC_009475	ATCGC	2	10	183806	183815	20 %	20 %	20 %	40 %	148241058
100	NC_009475	TTCAT	2	10	186298	186307	20 %	60 %	0 %	20 %	148241063
101	NC_009475	CAGGC	2	10	188600	188609	20 %	0 %	40 %	40 %	148241064
102	NC_009475	GACCG	2	10	194153	194162	20 %	0 %	40 %	40 %	148241071
103	NC_009475	GCCCT	2	10	195186	195195	0 %	20 %	20 %	60 %	148241073
104	NC_009475	GCCGT	2	10	195216	195225	0 %	20 %	40 %	40 %	148241073
105	NC_009475	CGGAC	2	10	196069	196078	20 %	0 %	40 %	40 %	148241073
106	NC_009475	CATTG	2	10	202245	202254	20 %	40 %	20 %	20 %	148241074
107	NC_009475	CTGCG	2	10	202388	202397	0 %	20 %	40 %	40 %	148241074
108	NC_009475	GCATC	2	10	203354	203363	20 %	20 %	20 %	40 %	148241075
109	NC_009475	GACGA	2	10	205366	205375	40 %	0 %	40 %	20 %	148241076
110	NC_009475	GACCG	2	10	205572	205581	20 %	0 %	40 %	40 %	148241076
111	NC_009475	CGTCT	2	10	211527	211536	0 %	40 %	20 %	40 %	148241084
112	NC_009475	GGTCG	2	10	217006	217015	0 %	20 %	60 %	20 %	148241090
113	NC_009475	GCGAG	2	10	221629	221638	20 %	0 %	60 %	20 %	148241091
114	NC_009475	GCGAC	2	10	223550	223559	20 %	0 %	40 %	40 %	148241092
115	NC_009475	ATGTC	2	10	223958	223967	20 %	40 %	20 %	20 %	148241092
116	NC_009475	GGCGA	2	10	224248	224257	20 %	0 %	60 %	20 %	148241093
117	NC_009475	AGGCA	2	10	224315	224324	40 %	0 %	40 %	20 %	148241093
118	NC_009475	CCGGT	2	10	226780	226789	0 %	20 %	40 %	40 %	148241096

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.