MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Bradyrhizobium sp. BTAi1 plasmid pBBta01

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009475	GTCG	2	8	5284	5291	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_009475	CCAG	2	8	6122	6129	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_009475	GATT	2	8	7138	7145	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009475	AGCA	2	8	11871	11878	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_009475	ATCG	2	8	11923	11930	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_009475	GGCT	2	8	11933	11940	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_009475	TGCG	2	8	14290	14297	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_009475	CTGC	2	8	14355	14362	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_009475	ACGT	2	8	14442	14449	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_009475	CTTT	2	8	18008	18015	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_009475	AAGG	2	8	26834	26841	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009475	AGCG	2	8	27116	27123	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_009475	TCAG	2	8	27346	27353	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_009475	CTCG	2	8	29870	29877	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_009475	ATGG	2	8	32814	32821	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009475	ACGC	2	8	41570	41577	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_009475	GCCG	2	8	46806	46813	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_009475	ATGG	2	8	48036	48043	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009475	GCAC	2	8	48106	48113	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009475	CGTT	2	8	50208	50215	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_009475	GCCT	2	8	50571	50578	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_009475	CCCT	2	8	52136	52143	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
23	NC_009475	CTGC	2	8	54078	54085	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_009475	ATTG	2	8	60058	60065	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009475	GACG	2	8	61444	61451	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_009475	GGAC	2	8	61610	61617	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_009475	AGAA	2	8	61800	61807	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009475	CGAG	2	8	62085	62092	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_009475	AGGG	2	8	62441	62448	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009475	CCTT	2	8	63318	63325	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_009475	ACCT	2	8	66446	66453	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_009475	ACAT	2	8	81224	81231	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_009475	CCGC	2	8	82047	82054	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
34	NC_009475	TGCC	2	8	82172	82179	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_009475	ATAG	2	8	83927	83934	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009475	TGAC	2	8	84129	84136	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_009475	TGCA	2	8	89343	89350	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_009475	GATA	2	8	89464	89471	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009475	GCCC	2	8	89834	89841	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
40	NC_009475	ATCG	2	8	89890	89897	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_009475	GGCT	2	8	90497	90504	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_009475	CAAC	2	8	93740	93747	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_009475	TTTG	2	8	100958	100965	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009475	CGCC	2	8	100966	100973	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
45	NC_009475	GCCG	2	8	101148	101155	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_009475	AACC	2	8	101892	101899	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_009475	GCCT	2	8	103914	103921	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_009475	CTGC	2	8	103968	103975	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_009475	GATC	2	8	107096	107103	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_009475	CGAA	2	8	107234	107241	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_009475	ATCG	2	8	107314	107321	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_009475	AAAC	2	8	110118	110125	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_009475	AAGA	2	8	110926	110933	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009475	ACGA	2	8	111041	111048	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_009475	CTGA	2	8	112452	112459	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_009475	CCGT	2	8	113716	113723	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_009475	GATA	2	8	113786	113793	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009475	TGTT	2	8	114750	114757	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009475	TGTT	2	8	114784	114791	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009475	CGAA	2	8	115176	115183	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_009475	TTGA	2	8	115195	115202	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009475	GACG	2	8	116823	116830	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_009475	TCAT	2	8	119883	119890	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_009475	TCGC	2	8	120030	120037	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_009475	TGAG	2	8	120912	120919	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009475	GTCC	2	8	122223	122230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_009475	CCGG	2	8	123001	123008	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_009475	AACC	2	8	123032	123039	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_009475	ACTG	2	8	123550	123557	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_009475	GCTT	2	8	135777	135784	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_009475	TCAC	2	8	137375	137382	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_009475	CGAA	2	8	137432	137439	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_009475	GCCG	2	8	137508	137515	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_009475	CATG	2	8	137692	137699	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_009475	TGCG	2	8	141801	141808	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_009475	TTGG	2	8	152910	152917	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009475	ACGC	2	8	153468	153475	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_009475	TCGC	2	8	153493	153500	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_009475	GCTT	2	8	165003	165010	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_009475	ACCA	2	8	165045	165052	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_009475	CGAC	2	8	166404	166411	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_009475	ATCA	2	8	166601	166608	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_009475	ATCC	2	8	167549	167556	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_009475	ATGA	2	8	167849	167856	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009475	TGAC	2	8	168217	168224	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_009475	CGGC	2	8	168488	168495	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_009475	CCGA	2	8	169102	169109	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009475	TGGT	2	8	169220	169227	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009475	TCCG	2	8	169974	169981	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009475	ACCA	2	8	170088	170095	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_009475	GCCG	2	8	170301	170308	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009475	GGCC	2	8	170866	170873	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_009475	GGCC	2	8	170893	170900	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_009475	CAGC	2	8	170988	170995	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_009475	GGCC	2	8	171140	171147	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_009475	TCGA	2	8	171150	171157	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_009475	GCTG	2	8	171245	171252	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_009475	TGGC	2	8	171304	171311	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_009475	GCTG	2	8	171562	171569	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_009475	GATA	2	8	173382	173389	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009475	AAGG	2	8	176089	176096	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009475	GTTC	2	8	177824	177831	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_009475	ATTG	2	8	177906	177913	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009475	CTGT	2	8	185006	185013	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_009475	CTGT	2	8	191381	191388	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_009475	TGCG	2	8	192589	192596	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_009475	GCCG	2	8	193104	193111	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_009475	CGGC	2	8	194352	194359	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_009475	TCGC	2	8	194472	194479	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_009475	CGGG	2	8	200422	200429	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
111	NC_009475	CATT	2	8	207832	207839	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_009475	ACCC	2	8	211313	211320	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
113	NC_009475	GCCG	2	8	212089	212096	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
114	NC_009475	CCGT	2	8	212177	212184	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_009475	CTTG	2	8	213325	213332	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_009475	TTCA	2	8	222591	222598	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_009475	GGAG	2	8	228796	228803	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.