MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Bradyrhizobium sp. BTAi1 plasmid pBBta01

Total Repeats: 436

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009475	TCGC	3	12	293	304	0 %	25 %	25 %	50 %	148240871
2	NC_009475	CAGC	2	8	325	332	25 %	0 %	25 %	50 %	148240871
3	NC_009475	CTCG	2	8	407	414	0 %	25 %	25 %	50 %	148240871
4	NC_009475	GACC	2	8	424	431	25 %	0 %	25 %	50 %	148240871
5	NC_009475	CCAT	2	8	1042	1049	25 %	25 %	0 %	50 %	148240871
6	NC_009475	TCGA	2	8	1979	1986	25 %	25 %	25 %	25 %	148240872
7	NC_009475	ACTC	2	8	2892	2899	25 %	25 %	0 %	50 %	148240873
8	NC_009475	GGCG	2	8	2900	2907	0 %	0 %	75 %	25 %	148240873
9	NC_009475	CGAT	2	8	3634	3641	25 %	25 %	25 %	25 %	148240873
10	NC_009475	GGCA	2	8	4893	4900	25 %	0 %	50 %	25 %	148240876
11	NC_009475	CGGC	2	8	4987	4994	0 %	0 %	50 %	50 %	148240876
12	NC_009475	CGTC	2	8	5626	5633	0 %	25 %	25 %	50 %	148240877
13	NC_009475	GCCG	2	8	5690	5697	0 %	0 %	50 %	50 %	148240877
14	NC_009475	GGCG	2	8	6400	6407	0 %	0 %	75 %	25 %	148240879
15	NC_009475	TCCG	2	8	6766	6773	0 %	25 %	25 %	50 %	148240880
16	NC_009475	TGCG	2	8	6960	6967	0 %	25 %	50 %	25 %	148240880
17	NC_009475	TGCG	2	8	8024	8031	0 %	25 %	50 %	25 %	148240882
18	NC_009475	CGGT	2	8	8161	8168	0 %	25 %	50 %	25 %	148240882
19	NC_009475	TTCC	2	8	8307	8314	0 %	50 %	0 %	50 %	148240882
20	NC_009475	CGGC	2	8	8582	8589	0 %	0 %	50 %	50 %	148240882
21	NC_009475	ACCG	2	8	8840	8847	25 %	0 %	25 %	50 %	148240883
22	NC_009475	CCTC	2	8	9622	9629	0 %	25 %	0 %	75 %	148240883
23	NC_009475	GCCG	2	8	10162	10169	0 %	0 %	50 %	50 %	148240884
24	NC_009475	CTGA	2	8	10178	10185	25 %	25 %	25 %	25 %	148240884
25	NC_009475	CTAT	2	8	10338	10345	25 %	50 %	0 %	25 %	148240884
26	NC_009475	TCAT	2	8	10972	10979	25 %	50 %	0 %	25 %	148240885
27	NC_009475	CGGT	2	8	10981	10988	0 %	25 %	50 %	25 %	148240885
28	NC_009475	AGAC	2	8	11422	11429	50 %	0 %	25 %	25 %	148240885
29	NC_009475	TCGA	2	8	11545	11552	25 %	25 %	25 %	25 %	148240885
30	NC_009475	GTTG	2	8	11585	11592	0 %	50 %	50 %	0 %	148240885
31	NC_009475	CATG	2	8	14845	14852	25 %	25 %	25 %	25 %	148240889
32	NC_009475	GCTT	2	8	14884	14891	0 %	50 %	25 %	25 %	148240889
33	NC_009475	TCGG	2	8	14929	14936	0 %	25 %	50 %	25 %	148240889
34	NC_009475	ATCC	2	8	15682	15689	25 %	25 %	0 %	50 %	148240891
35	NC_009475	CGGC	2	8	15757	15764	0 %	0 %	50 %	50 %	148240891
36	NC_009475	GAAC	2	8	15806	15813	50 %	0 %	25 %	25 %	148240891
37	NC_009475	GGAT	2	8	15900	15907	25 %	25 %	50 %	0 %	148240892
38	NC_009475	GCCG	2	8	16830	16837	0 %	0 %	50 %	50 %	148240893
39	NC_009475	ATCG	2	8	16859	16866	25 %	25 %	25 %	25 %	148240893
40	NC_009475	AGAA	2	8	17167	17174	75 %	0 %	25 %	0 %	148240893
41	NC_009475	CGAT	2	8	17698	17705	25 %	25 %	25 %	25 %	148240893
42	NC_009475	CAGC	2	8	18334	18341	25 %	0 %	25 %	50 %	148240894
43	NC_009475	ACTC	2	8	19094	19101	25 %	25 %	0 %	50 %	148240895
44	NC_009475	CGTC	2	8	21906	21913	0 %	25 %	25 %	50 %	148240899
45	NC_009475	GCCG	2	8	22336	22343	0 %	0 %	50 %	50 %	148240899
46	NC_009475	GCCA	2	8	23515	23522	25 %	0 %	25 %	50 %	148240900
47	NC_009475	CTCG	2	8	25194	25201	0 %	25 %	25 %	50 %	148240902
48	NC_009475	CCCG	2	8	26259	26266	0 %	0 %	25 %	75 %	148240902
49	NC_009475	CCTG	2	8	26352	26359	0 %	25 %	25 %	50 %	148240903
50	NC_009475	AAGG	2	8	26360	26367	50 %	0 %	50 %	0 %	148240903
51	NC_009475	CGGT	2	8	28045	28052	0 %	25 %	50 %	25 %	148240904
52	NC_009475	AGCG	2	8	28990	28997	25 %	0 %	50 %	25 %	148240905
53	NC_009475	GTCG	2	8	29299	29306	0 %	25 %	50 %	25 %	148240905
54	NC_009475	AACG	2	8	30913	30920	50 %	0 %	25 %	25 %	148240907
55	NC_009475	ACGA	2	8	30981	30988	50 %	0 %	25 %	25 %	148240907
56	NC_009475	CGGC	2	8	31987	31994	0 %	0 %	50 %	50 %	148240909
57	NC_009475	CCGC	2	8	32883	32890	0 %	0 %	25 %	75 %	148240910
58	NC_009475	GTTG	2	8	33377	33384	0 %	50 %	50 %	0 %	148240910
59	NC_009475	GCTC	2	8	33499	33506	0 %	25 %	25 %	50 %	148240910
60	NC_009475	TCGC	2	8	33688	33695	0 %	25 %	25 %	50 %	148240910
61	NC_009475	GAGC	2	8	33847	33854	25 %	0 %	50 %	25 %	148240910
62	NC_009475	CTGC	2	8	34537	34544	0 %	25 %	25 %	50 %	148240911
63	NC_009475	TCGA	2	8	34571	34578	25 %	25 %	25 %	25 %	148240911
64	NC_009475	GATC	2	8	34902	34909	25 %	25 %	25 %	25 %	148240911
65	NC_009475	GATC	2	8	35053	35060	25 %	25 %	25 %	25 %	148240911
66	NC_009475	GATC	2	8	35207	35214	25 %	25 %	25 %	25 %	148240912
67	NC_009475	TCCG	2	8	35621	35628	0 %	25 %	25 %	50 %	148240912
68	NC_009475	GCCC	2	8	35772	35779	0 %	0 %	25 %	75 %	148240912
69	NC_009475	GGGC	2	8	35877	35884	0 %	0 %	75 %	25 %	148240912
70	NC_009475	GTCG	2	8	35976	35983	0 %	25 %	50 %	25 %	148240912
71	NC_009475	GCCG	2	8	36001	36008	0 %	0 %	50 %	50 %	148240912
72	NC_009475	TCGG	2	8	36010	36017	0 %	25 %	50 %	25 %	148240912
73	NC_009475	TCGA	2	8	36193	36200	25 %	25 %	25 %	25 %	148240912
74	NC_009475	GCTG	2	8	36459	36466	0 %	25 %	50 %	25 %	148240913
75	NC_009475	CGGC	2	8	36647	36654	0 %	0 %	50 %	50 %	148240913
76	NC_009475	GTCC	2	8	36892	36899	0 %	25 %	25 %	50 %	148240913
77	NC_009475	GCCG	2	8	37279	37286	0 %	0 %	50 %	50 %	148240913
78	NC_009475	GTCC	2	8	37579	37586	0 %	25 %	25 %	50 %	148240914
79	NC_009475	TCGC	2	8	38019	38026	0 %	25 %	25 %	50 %	148240914
80	NC_009475	CGCC	2	8	38455	38462	0 %	0 %	25 %	75 %	148240915
81	NC_009475	GGGC	2	8	38656	38663	0 %	0 %	75 %	25 %	148240915
82	NC_009475	GCGA	2	8	38783	38790	25 %	0 %	50 %	25 %	148240915
83	NC_009475	ATCG	2	8	38924	38931	25 %	25 %	25 %	25 %	148240915
84	NC_009475	GTCG	2	8	39101	39108	0 %	25 %	50 %	25 %	148240915
85	NC_009475	GAAC	2	8	39520	39527	50 %	0 %	25 %	25 %	148240915
86	NC_009475	CAGC	2	8	39528	39535	25 %	0 %	25 %	50 %	148240915
87	NC_009475	GCCA	2	8	40138	40145	25 %	0 %	25 %	50 %	148240915
88	NC_009475	GATC	2	8	40222	40229	25 %	25 %	25 %	25 %	148240915
89	NC_009475	GCCC	2	8	40295	40302	0 %	0 %	25 %	75 %	148240915
90	NC_009475	CGTC	2	8	40459	40466	0 %	25 %	25 %	50 %	148240915
91	NC_009475	GGCC	2	8	41951	41958	0 %	0 %	50 %	50 %	148240918
92	NC_009475	GGCC	2	8	42212	42219	0 %	0 %	50 %	50 %	148240919
93	NC_009475	ATGT	2	8	43231	43238	25 %	50 %	25 %	0 %	148240919
94	NC_009475	GTCG	2	8	43428	43435	0 %	25 %	50 %	25 %	148240919
95	NC_009475	CGTG	2	8	43796	43803	0 %	25 %	50 %	25 %	148240920
96	NC_009475	TCGT	2	8	43824	43831	0 %	50 %	25 %	25 %	148240920
97	NC_009475	GGAC	2	8	43852	43859	25 %	0 %	50 %	25 %	148240920
98	NC_009475	CCGA	2	8	45378	45385	25 %	0 %	25 %	50 %	148240920
99	NC_009475	CGGA	2	8	45963	45970	25 %	0 %	50 %	25 %	148240920
100	NC_009475	CCGG	2	8	46074	46081	0 %	0 %	50 %	50 %	148240920
101	NC_009475	GTCG	2	8	46289	46296	0 %	25 %	50 %	25 %	148240920
102	NC_009475	ATCT	2	8	46359	46366	25 %	50 %	0 %	25 %	148240920
103	NC_009475	GTCC	2	8	46470	46477	0 %	25 %	25 %	50 %	148240920
104	NC_009475	GTTG	2	8	47362	47369	0 %	50 %	50 %	0 %	148240921
105	NC_009475	GTGC	2	8	47857	47864	0 %	25 %	50 %	25 %	148240922
106	NC_009475	GGCT	2	8	48275	48282	0 %	25 %	50 %	25 %	148240923
107	NC_009475	TCTG	2	8	51056	51063	0 %	50 %	25 %	25 %	148240928
108	NC_009475	GCGA	2	8	51137	51144	25 %	0 %	50 %	25 %	148240928
109	NC_009475	GAGC	2	8	52907	52914	25 %	0 %	50 %	25 %	148240930
110	NC_009475	GATG	2	8	53421	53428	25 %	25 %	50 %	0 %	148240930
111	NC_009475	GGCC	2	8	53429	53436	0 %	0 %	50 %	50 %	148240930
112	NC_009475	GAAC	2	8	53786	53793	50 %	0 %	25 %	25 %	148240930
113	NC_009475	TGGT	2	8	53956	53963	0 %	50 %	50 %	0 %	148240930
114	NC_009475	GACG	2	8	54444	54451	25 %	0 %	50 %	25 %	148240931
115	NC_009475	GCTG	2	8	54661	54668	0 %	25 %	50 %	25 %	148240932
116	NC_009475	CGCT	2	8	55430	55437	0 %	25 %	25 %	50 %	148240933
117	NC_009475	GTCC	2	8	55714	55721	0 %	25 %	25 %	50 %	148240934
118	NC_009475	ACCG	2	8	55936	55943	25 %	0 %	25 %	50 %	148240934
119	NC_009475	ATCG	2	8	56420	56427	25 %	25 %	25 %	25 %	148240935
120	NC_009475	CGGC	2	8	57861	57868	0 %	0 %	50 %	50 %	148240935
121	NC_009475	CGAT	2	8	59590	59597	25 %	25 %	25 %	25 %	148240936
122	NC_009475	CACG	2	8	62936	62943	25 %	0 %	25 %	50 %	148240939
123	NC_009475	TTGC	2	8	62964	62971	0 %	50 %	25 %	25 %	148240939
124	NC_009475	CGGG	2	8	63097	63104	0 %	0 %	75 %	25 %	148240939
125	NC_009475	ACGA	2	8	63642	63649	50 %	0 %	25 %	25 %	148240940
126	NC_009475	CGCC	2	8	64037	64044	0 %	0 %	25 %	75 %	148240941
127	NC_009475	TCGC	2	8	64737	64744	0 %	25 %	25 %	50 %	148240941
128	NC_009475	GGCT	2	8	65600	65607	0 %	25 %	50 %	25 %	148240942
129	NC_009475	AGCC	2	8	65961	65968	25 %	0 %	25 %	50 %	148240943
130	NC_009475	TCCG	2	8	65985	65992	0 %	25 %	25 %	50 %	148240943
131	NC_009475	GCAG	2	8	66132	66139	25 %	0 %	50 %	25 %	148240943
132	NC_009475	TCGA	2	8	66221	66228	25 %	25 %	25 %	25 %	148240943
133	NC_009475	ATCC	2	8	66942	66949	25 %	25 %	0 %	50 %	148240944
134	NC_009475	ATGC	2	8	67066	67073	25 %	25 %	25 %	25 %	148240944
135	NC_009475	CCGA	2	8	68013	68020	25 %	0 %	25 %	50 %	148240946
136	NC_009475	GCCG	2	8	68540	68547	0 %	0 %	50 %	50 %	148240946
137	NC_009475	CATG	2	8	68824	68831	25 %	25 %	25 %	25 %	148240946
138	NC_009475	GGGA	2	8	69697	69704	25 %	0 %	75 %	0 %	148240946
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.