MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae O395 chromosome 2

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009457	CTGCAA	2	12	4536	4547	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009457	ACTTTG	2	12	28762	28773	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_009457	TTTAGT	2	12	82444	82455	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009457	TAAATT	2	12	93811	93822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009457	TGATGG	2	12	107336	107347	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009457	CATTAT	2	12	156558	156569	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_009457	TGAAAT	2	12	257492	257503	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009457	TCCTTG	2	12	329048	329059	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009457	TCCTCA	2	12	361154	361165	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_009457	TTTATC	2	12	395109	395120	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_009457	TTAAAA	2	12	395179	395190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009457	CTTTTG	2	12	417812	417823	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_009457	ATTTTT	2	12	427152	427163	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009457	TAATAT	2	12	428402	428413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009457	TATCCT	2	12	469059	469070	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_009457	TAATAC	2	12	469222	469233	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_009457	AAAGAG	2	12	484122	484133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009457	TTATTT	2	12	489639	489650	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009457	AGCCTA	2	12	499401	499412	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_009457	TTTTAC	2	12	512753	512764	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_009457	AAGATA	2	12	525901	525912	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009457	AAAAAT	2	12	528314	528325	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009457	AGTGTG	2	12	612033	612044	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009457	AAAGGA	2	12	627006	627017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009457	TGCAAT	2	12	737004	737015	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_009457	TTAGAT	2	12	833865	833876	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009457	GATAAA	2	12	861148	861159	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009457	CCTGAC	2	12	867125	867136	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_009457	TGCCTA	2	12	891456	891467	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009457	AACGCT	2	12	920729	920740	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_009457	GTTTAC	2	12	975815	975826	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009457	GCAGCG	2	12	976914	976925	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_009457	TTCAAG	2	12	1000244	1000255	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_009457	TTTATT	2	12	1054427	1054438	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009457	CTCTGG	2	12	1128239	1128250	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009457	CTCTGG	2	12	1133090	1133101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009457	CTCTGG	2	12	1137941	1137952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009457	GATAAG	2	12	1237512	1237523	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009457	GTTAAG	2	12	1309631	1309642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009457	CATACT	2	12	1375112	1375123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009457	TTTACC	2	12	1390698	1390709	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009457	ATAAAA	2	12	1520476	1520487	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009457	GATCAA	2	12	1558057	1558068	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_009457	GGGATT	2	12	1601093	1601104	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009457	AACGAA	2	12	1601148	1601159	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009457	TGAAAC	2	12	1604255	1604266	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_009457	TACCTA	2	12	1637415	1637426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009457	CAAGCT	2	12	1642323	1642334	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009457	CGGCAT	2	12	1644738	1644749	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_009457	AATTCC	2	12	1651324	1651335	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009457	AAAGAG	2	12	1677403	1677414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009457	ATTTTT	2	12	1696994	1697005	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009457	TAAATG	2	12	1712364	1712375	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009457	ACCCAA	2	12	1717742	1717753	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_009457	AATTGA	2	12	1727127	1727138	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009457	GTCGTG	2	12	1736921	1736932	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009457	GACTTC	2	12	1780383	1780394	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_009457	TATTAA	2	12	1789378	1789389	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009457	TTACAT	2	12	1789551	1789562	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_009457	CAAAAG	2	12	1807558	1807569	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009457	TCACCT	2	12	1824388	1824399	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_009457	CATCTC	2	12	1902333	1902344	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_009457	AAAAAG	2	12	1919726	1919737	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009457	GGCTTT	2	12	1919869	1919880	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009457	AAGGTT	2	12	1921476	1921487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009457	GGTAAT	2	12	2075657	2075668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009457	ATTTTT	2	12	2077067	2077078	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009457	GATGGA	2	12	2101442	2101453	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009457	AGCTCT	2	12	2147531	2147542	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_009457	CAAAAC	2	12	2207014	2207025	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_009457	ACACAA	2	12	2224974	2224985	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009457	ATTTCA	2	12	2230543	2230554	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_009457	ATATGA	2	12	2236452	2236463	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009457	TTTTGA	2	12	2237304	2237315	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009457	TAACAA	2	12	2265051	2265062	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_009457	GGTTCA	2	12	2275608	2275619	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_009457	ATTCAG	2	12	2408017	2408028	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_009457	CAAAGG	2	12	2409473	2409484	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_009457	ATTTCA	2	12	2482892	2482903	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009457	ATTTCA	2	12	2488638	2488649	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_009457	CATTAG	2	12	2494558	2494569	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_009457	TCTAGT	2	12	2508822	2508833	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009457	GAGCGA	2	12	2566579	2566590	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009457	ATTTCA	2	12	2611540	2611551	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_009457	CTCTTT	2	12	2646095	2646106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_009457	TACTCT	2	12	2648392	2648403	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_009457	TTTTGA	2	12	2662128	2662139	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009457	GGCGTC	2	12	2664614	2664625	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009457	TGAAAT	2	12	2695688	2695699	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009457	CTTTGT	2	12	2756343	2756354	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_009457	CTTGCG	2	12	2836883	2836894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_009457	TTTGTT	2	12	2841565	2841576	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009457	TGAAAT	2	12	2870269	2870280	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009457	TGTCTT	2	12	2871663	2871674	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009457	GCTTTT	2	12	2881795	2881806	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_009457	TCAAAA	2	12	2898315	2898326	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_009457	TAAGGT	2	12	2904200	2904211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009457	TGAAAT	2	12	2947875	2947886	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009457	TTTATT	2	12	2996519	2996530	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009457	CCTTAT	2	12	3002071	3002082	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_009457	ACGTGA	2	12	3002147	3002158	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009457	TCACTG	2	12	3004089	3004100	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009457	CTATGT	2	12	3005396	3005407	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_009457	CTATGC	2	12	3005408	3005419	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_009457	TTTCCC	2	12	3023666	3023677	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.