MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Vibrio cholerae O395 chromosome 1

Total Repeats: 338

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009456	CGATTG	2	12	787	798	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147671835
2	NC_009456	TATGAC	2	12	2280	2291	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	147672362
3	NC_009456	GCGGCA	2	12	6152	6163	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	147671538
4	NC_009456	CTTGCG	2	12	7935	7946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147671798
5	NC_009456	ACCGGA	2	12	8507	8518	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147672299
6	NC_009456	TTCGGT	2	12	10032	10043	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	147671783
7	NC_009456	TACGCT	2	12	11327	11338	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147672208
8	NC_009456	GGTTTT	2	12	13700	13711	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	147671421
9	NC_009456	GGCGGT	2	12	19516	19527	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	147671876
10	NC_009456	TCTTGC	2	12	24991	25002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	147672171
11	NC_009456	TGACGA	2	12	32280	32291	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	147672162
12	NC_009456	AGAAAA	2	12	38863	38874	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009456	GTGCAT	2	12	39455	39466	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147672092
14	NC_009456	GGTCAT	2	12	41476	41487	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147671884
15	NC_009456	CATCCA	2	12	45930	45941	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	147672331
16	NC_009456	CCATAA	2	12	48883	48894	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	147672107
17	NC_009456	CTTGAG	2	12	49778	49789	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147672338
18	NC_009456	CACGGT	2	12	51866	51877	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	147671916
19	NC_009456	CAACCG	2	12	53595	53606	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	147671653
20	NC_009456	CGGACT	2	12	54515	54526	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	147672327
21	NC_009456	ACCATC	2	12	56090	56101	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	147671678
22	NC_009456	TTCATA	2	12	63351	63362	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	147671781
23	NC_009456	TGCGAT	2	12	65168	65179	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147671888
24	NC_009456	TCATTT	2	12	67816	67827	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	147671577
25	NC_009456	TGAATT	2	12	69582	69593	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	147672035
26	NC_009456	TGTGCT	2	12	72512	72523	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	147671713
27	NC_009456	TGAGCA	2	12	74188	74199	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	147671767
28	NC_009456	GCCATA	2	12	82542	82553	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	147672486
29	NC_009456	CCCATT	2	12	90228	90239	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	147672017
30	NC_009456	CCTGAG	2	12	91187	91198	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	147672088
31	NC_009456	CCAAAG	2	12	92656	92667	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	147672075
32	NC_009456	CTACCT	2	12	97775	97786	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	147672478
33	NC_009456	ATTGAA	2	12	99542	99553	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	147671883
34	NC_009456	AAACCA	2	12	102888	102899	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147672016
35	NC_009456	AATATG	2	12	104387	104398	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009456	TCCTAT	2	12	104778	104789	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	147671547
37	NC_009456	TGCGAT	2	12	104967	104978	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147671547
38	NC_009456	TTTGAA	2	12	105298	105309	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	147671547
39	NC_009456	CGAATT	2	12	106191	106202	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	147672521
40	NC_009456	TATTTC	2	12	106506	106517	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	147672521
41	NC_009456	AAACTC	2	12	108243	108254	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	147671687
42	NC_009456	CAAACT	2	12	115901	115912	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	147672021
43	NC_009456	CCGCAA	2	12	121006	121017	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	147672366
44	NC_009456	TTTCTT	2	12	128410	128421	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	147672111
45	NC_009456	GGTTTT	2	12	130869	130880	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	147671987
46	NC_009456	TGCAGT	2	12	135937	135948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147671504
47	NC_009456	AGATGT	2	12	138366	138377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147671760
48	NC_009456	ATACCG	2	12	144378	144389	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009456	TTGGAA	2	12	147490	147501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147672384
50	NC_009456	AATCTC	2	12	149293	149304	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147672060
51	NC_009456	GCTTTT	2	12	151163	151174	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	147671404
52	NC_009456	TAGAGC	2	12	153986	153997	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	147671555
53	NC_009456	AGCACA	2	12	154141	154152	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	147672156
54	NC_009456	AGTTTG	2	12	155909	155920	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	147672269
55	NC_009456	ATTCGG	2	12	156753	156764	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147672262
56	NC_009456	CATTGC	2	12	160927	160938	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147671539
57	NC_009456	GTGGGC	2	12	161150	161161	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	147671539
58	NC_009456	CATAGC	2	12	169982	169993	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	147672169
59	NC_009456	TCTTGA	2	12	175063	175074	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	147672141
60	NC_009456	GCTTAG	2	12	175473	175484	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147672457
61	NC_009456	TATTGA	2	12	175687	175698	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	147672457
62	NC_009456	TGCTTG	2	12	178811	178822	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	147671711
63	NC_009456	CAAAAT	2	12	179659	179670	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	147672462
64	NC_009456	AGCGGA	2	12	185498	185509	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009456	TGATGG	2	12	188752	188763	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	147671848
66	NC_009456	TTGCTC	2	12	190150	190161	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	147672326
67	NC_009456	CACTTG	2	12	191514	191525	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147671735
68	NC_009456	ATTTCA	2	12	196354	196365	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	147671865
69	NC_009456	CATTTT	2	12	196928	196939	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009456	TTGTTT	2	12	198216	198227	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009456	TGGTTT	2	12	201261	201272	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	147671673
72	NC_009456	TGAAAG	2	12	204657	204668	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	147672108
73	NC_009456	AGTTAG	2	12	204770	204781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147672108
74	NC_009456	AATTTT	2	12	209157	209168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009456	TTTGAA	2	12	211112	211123	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	147671454
76	NC_009456	GGCGCT	2	12	222313	222324	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	147672533
77	NC_009456	ACTTTG	2	12	227964	227975	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	147671712
78	NC_009456	CCGCTG	2	12	229193	229204	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	147671594
79	NC_009456	TTTTAA	2	12	230481	230492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009456	TGTTTC	2	12	230768	230779	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	147672519
81	NC_009456	AAACAC	2	12	234409	234420	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147672361
82	NC_009456	CCAAAG	2	12	236201	236212	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	147672412
83	NC_009456	TTTCTA	2	12	238541	238552	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009456	TTGTGT	2	12	246356	246367	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	147671441
85	NC_009456	TTCATT	2	12	247655	247666	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	147671441
86	NC_009456	AGTGCC	2	12	251983	251994	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	147671831
87	NC_009456	ATATTG	2	12	254390	254401	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	147671975
88	NC_009456	AGCGCC	2	12	256542	256553	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	147672184
89	NC_009456	CAATCG	2	12	264555	264566	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	147671885
90	NC_009456	TCCCCA	2	12	267929	267940	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	147671488
91	NC_009456	GCAATC	2	12	273714	273725	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	147671697
92	NC_009456	TTGAGA	2	12	274239	274250	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147671697
93	NC_009456	CGGTGA	2	12	274348	274359	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	147671697
94	NC_009456	ACCGCA	2	12	274473	274484	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	147671697
95	NC_009456	ACCAAT	2	12	275112	275123	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	147671697
96	NC_009456	GTGATG	2	12	276223	276234	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	147672026
97	NC_009456	ATTTCG	2	12	276487	276498	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	147672026
98	NC_009456	CTTGCA	2	12	278178	278189	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147672176
99	NC_009456	GTTGGC	2	12	279943	279954	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	147672130
100	NC_009456	TTGTGA	2	12	284417	284428	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009456	TGAGTT	2	12	287684	287695	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	147671982
102	NC_009456	TTTGGC	2	12	292083	292094	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	147672249
103	NC_009456	GCAATC	2	12	298854	298865	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	147671832
104	NC_009456	CGACAG	2	12	305603	305614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147672040
105	NC_009456	ACCATC	2	12	308904	308915	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	147672245
106	NC_009456	ATTGTT	2	12	312366	312377	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	147671904
107	NC_009456	GAGATA	2	12	313443	313454	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	147672137
108	NC_009456	ATTTTG	2	12	316582	316593	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	147672451
109	NC_009456	GGATGC	2	12	328843	328854	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	147671546
110	NC_009456	GATTTT	2	12	330123	330134	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	147672454
111	NC_009456	ATTGAA	2	12	342694	342705	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	147671793
112	NC_009456	GCTTTG	2	12	345996	346007	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	147671438
113	NC_009456	CATCGC	2	12	346204	346215	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	147671438
114	NC_009456	CGTATC	2	12	347397	347408	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147672177
115	NC_009456	TGGCTT	2	12	348592	348603	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	147672177
116	NC_009456	GCAACC	2	12	355776	355787	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	147672216
117	NC_009456	AGGTTT	2	12	359121	359132	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	147671825
118	NC_009456	GCATAA	2	12	361036	361047	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	147672487
119	NC_009456	CATCTT	2	12	371924	371935	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	147671542
120	NC_009456	CATACA	2	12	376778	376789	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	147671990
121	NC_009456	CTTGAC	2	12	377222	377233	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147671990
122	NC_009456	ACTCAC	3	18	378365	378382	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	147671483
123	NC_009456	TTTGAT	2	12	378764	378775	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	147671483
124	NC_009456	CAATAA	2	12	380078	380089	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_009456	ATGTTG	2	12	380283	380294	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	147672334
126	NC_009456	TTAATT	2	12	392676	392687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009456	TGCAAG	2	12	393622	393633	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	147671738
128	NC_009456	TCATCT	2	12	394398	394409	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	147671738
129	NC_009456	ATTGGC	2	12	394977	394988	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147672506
130	NC_009456	CATCTG	2	12	395003	395014	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147672506
131	NC_009456	TGATGG	2	12	403605	403616	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	147672119
132	NC_009456	AAATGA	2	12	405928	405939	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	147671703
133	NC_009456	GTTTTT	2	12	409096	409107	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	147671621
134	NC_009456	TTTGGC	2	12	412727	412738	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	147672348
135	NC_009456	GGTTGA	2	12	412801	412812	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	147672348
136	NC_009456	GTTATT	2	12	413350	413361	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	147671448
137	NC_009456	TGGAAC	2	12	421866	421877	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	147671810
138	NC_009456	CAGTGA	2	12	426158	426169	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	147672431
139	NC_009456	GCTTAG	2	12	441313	441324	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147671804
140	NC_009456	GCGATG	2	12	442361	442372	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	147671939
141	NC_009456	GATTTC	2	12	449781	449792	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	147671723
142	NC_009456	CATTTT	2	12	450977	450988	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	147671723
143	NC_009456	CGTGAC	2	12	452597	452608	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	147672394
144	NC_009456	GGCGCG	2	12	454059	454070	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	147671613
145	NC_009456	CTCATA	2	12	457270	457281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671459
146	NC_009456	TACCGG	2	12	460049	460060	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	147672201
147	NC_009456	CGGGTA	2	12	464489	464500	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	147671742
148	NC_009456	CAGGAG	2	12	470242	470253	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	147672514
149	NC_009456	ATCTGG	2	12	470348	470359	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147672514
150	NC_009456	ATCTGC	2	12	472127	472138	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147671923
151	NC_009456	ACCAAA	2	12	475077	475088	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147671789
152	NC_009456	ACAGGT	2	12	476851	476862	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	147671700
153	NC_009456	ATGGCT	2	12	478781	478792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147672336
154	NC_009456	GCCGAC	2	12	483091	483102	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	147671584
155	NC_009456	TACAGC	2	12	492071	492082	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	147672512
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158	NC_009456	CGTGAA	2	12	502684	502695	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	147672493
159	NC_009456	TTTGAG	2	12	504517	504528	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	147671875
160	NC_009456	AACAGC	2	12	505529	505540	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	147671875
161	NC_009456	CGCTTG	2	12	507062	507073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147671875
162	NC_009456	TAGTGA	2	12	507413	507424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147672372
163	NC_009456	TGAGTT	2	12	508827	508838	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	147672372
164	NC_009456	TTGGTT	2	12	517410	517421	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	147671467
165	NC_009456	CCAGAA	2	12	518577	518588	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	147672240
166	NC_009456	CAGCTT	2	12	524126	524137	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147672289
167	NC_009456	GCCAAA	2	12	532761	532772	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	147671695
168	NC_009456	TAGTGG	2	12	536475	536486	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
169	NC_009456	GGCTTT	2	12	537635	537646	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	147672368
170	NC_009456	GACAAT	2	12	549468	549479	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	147671518
171	NC_009456	AGAGCC	2	12	553986	553997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671557
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181	NC_009456	TGCCGC	2	12	572628	572639	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	147672312
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186	NC_009456	AAGCCA	2	12	587277	587288	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	147671907
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189	NC_009456	GGTCAT	2	12	603502	603513	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147672485
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199	NC_009456	TGGCAG	2	12	650804	650815	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	147671919
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202	NC_009456	CTGAAA	2	12	655002	655013	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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207	NC_009456	CGCAAT	2	12	677041	677052	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	147672469
208	NC_009456	TGAAGT	2	12	678749	678760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147671836
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214	NC_009456	TTGCCC	2	12	685694	685705	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	147672011
215	NC_009456	ATTCAT	2	12	686014	686025	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	147672011
216	NC_009456	AAATAA	2	12	690913	690924	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
217	NC_009456	CAAATA	2	12	691187	691198	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
218	NC_009456	AATCGA	2	12	691316	691327	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	147671786
219	NC_009456	ATGGCG	2	12	691359	691370	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	147671786
220	NC_009456	TTGGTA	2	12	696516	696527	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	147671427
221	NC_009456	AAACAG	2	12	705238	705249	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	147672489
222	NC_009456	ACCAAT	2	12	706782	706793	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	147671605
223	NC_009456	CCATGT	2	12	711164	711175	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	147672266
224	NC_009456	CTAAAC	2	12	714356	714367	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	147672464
225	NC_009456	ACGTCG	2	12	715180	715191	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	147672464
226	NC_009456	CTCAAC	2	12	716583	716594	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	147672222
227	NC_009456	TGCCGT	2	12	720142	720153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147672505
228	NC_009456	GCCGTT	2	12	720372	720383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147671874
229	NC_009456	CTTTGC	2	12	720560	720571	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	147671874
230	NC_009456	CAAAAC	2	12	730347	730358	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147672320
231	NC_009456	CAGCCC	2	12	731481	731492	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	147672337
232	NC_009456	CTCAGA	2	12	731997	732008	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	147672337
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234	NC_009456	AATAGG	2	12	734893	734904	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	147672427
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337	NC_009456	ACGGGT	2	12	1100526	1100537	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	147672448
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.