MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Vibrio cholerae O395 chromosome 1

Total Repeats: 769

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009456	AAAGA	2	10	4526	4535	80 %	0 %	20 %	0 %	147671650
2	NC_009456	CAAAC	2	10	4822	4831	60 %	0 %	0 %	40 %	147671650
3	NC_009456	CAATC	2	10	5414	5423	40 %	20 %	0 %	40 %	147671890
4	NC_009456	CACGC	2	10	9642	9651	20 %	0 %	20 %	60 %	147671783
5	NC_009456	AGCTC	2	10	10136	10145	20 %	20 %	20 %	40 %	147671783
6	NC_009456	CGCGC	2	10	13119	13128	0 %	0 %	40 %	60 %	147671421
7	NC_009456	CTCCG	2	10	13337	13346	0 %	20 %	20 %	60 %	147671421
8	NC_009456	TGGCT	2	10	14522	14531	0 %	40 %	40 %	20 %	147671421
9	NC_009456	GATCA	2	10	15842	15851	40 %	20 %	20 %	20 %	147672179
10	NC_009456	TCACA	2	10	16330	16339	40 %	20 %	0 %	40 %	147672179
11	NC_009456	CGACG	2	10	17185	17194	20 %	0 %	40 %	40 %	147671876
12	NC_009456	GAAGA	2	10	19761	19770	60 %	0 %	40 %	0 %	147672059
13	NC_009456	CATCG	2	10	20351	20360	20 %	20 %	20 %	40 %	147672276
14	NC_009456	GTGCT	2	10	21483	21492	0 %	40 %	40 %	20 %	147672276
15	NC_009456	CACTG	2	10	21504	21513	20 %	20 %	20 %	40 %	147672276
16	NC_009456	CAGCT	2	10	22211	22220	20 %	20 %	20 %	40 %	147671784
17	NC_009456	AGGGT	2	10	22578	22587	20 %	20 %	60 %	0 %	147671674
18	NC_009456	GATTG	2	10	23631	23640	20 %	40 %	40 %	0 %	147671674
19	NC_009456	TCAGC	2	10	25019	25028	20 %	20 %	20 %	40 %	147672171
20	NC_009456	CAGGA	2	10	25923	25932	40 %	0 %	40 %	20 %	147672171
21	NC_009456	CATCA	2	10	31425	31434	40 %	20 %	0 %	40 %	147671686
22	NC_009456	GTACC	2	10	31735	31744	20 %	20 %	20 %	40 %	147672162
23	NC_009456	CCCCA	2	10	32111	32120	20 %	0 %	0 %	80 %	147672162
24	NC_009456	GGACG	2	10	32435	32444	20 %	0 %	60 %	20 %	147672162
25	NC_009456	AGTTC	2	10	34022	34031	20 %	40 %	20 %	20 %	147672284
26	NC_009456	TGAAA	2	10	34722	34731	60 %	20 %	20 %	0 %	147672284
27	NC_009456	TGAGT	2	10	35404	35413	20 %	40 %	40 %	0 %	147671915
28	NC_009456	ATTAA	2	10	37826	37835	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009456	TGAGC	2	10	38782	38791	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_009456	CATTG	2	10	39211	39220	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009456	AAAAG	2	10	40002	40011	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009456	AATCC	2	10	43434	43443	40 %	20 %	0 %	40 %	147671764
33	NC_009456	TAATT	2	10	50421	50430	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009456	TGGTT	2	10	51428	51437	0 %	60 %	40 %	0 %	147671916
35	NC_009456	TTGCA	2	10	51797	51806	20 %	40 %	20 %	20 %	147671916
36	NC_009456	TGGTA	2	10	53921	53930	20 %	40 %	40 %	0 %	147672327
37	NC_009456	CTTAG	2	10	56020	56029	20 %	40 %	20 %	20 %	147671678
38	NC_009456	TGTGC	2	10	59763	59772	0 %	40 %	40 %	20 %	147672172
39	NC_009456	CAAAA	2	10	60067	60076	80 %	0 %	0 %	20 %	147672172
40	NC_009456	ATGGC	2	10	65221	65230	20 %	20 %	40 %	20 %	147671888
41	NC_009456	TGAAG	2	10	65657	65666	40 %	20 %	40 %	0 %	147671888
42	NC_009456	TGATC	2	10	68919	68928	20 %	40 %	20 %	20 %	147672035
43	NC_009456	ATGAA	2	10	69701	69710	60 %	20 %	20 %	0 %	147672035
44	NC_009456	TGGGT	2	10	70253	70262	0 %	40 %	60 %	0 %	147671521
45	NC_009456	CGCCA	2	10	72104	72113	20 %	0 %	20 %	60 %	147672465
46	NC_009456	ATGCG	2	10	73821	73830	20 %	20 %	40 %	20 %	147671767
47	NC_009456	CCAAT	2	10	74953	74962	40 %	20 %	0 %	40 %	147671767
48	NC_009456	CCTGT	2	10	75752	75761	0 %	40 %	20 %	40 %	147672139
49	NC_009456	GTGCG	2	10	75875	75884	0 %	20 %	60 %	20 %	147672139
50	NC_009456	TGGTT	2	10	77718	77727	0 %	60 %	40 %	0 %	147672272
51	NC_009456	CCACA	2	10	78088	78097	40 %	0 %	0 %	60 %	147672272
52	NC_009456	TAGCG	2	10	78938	78947	20 %	20 %	40 %	20 %	147672272
53	NC_009456	GTCAA	2	10	79499	79508	40 %	20 %	20 %	20 %	147672272
54	NC_009456	TTGTC	2	10	80627	80636	0 %	60 %	20 %	20 %	147671724
55	NC_009456	CTTGC	2	10	81673	81682	0 %	40 %	20 %	40 %	147671724
56	NC_009456	CCATT	2	10	83578	83587	20 %	40 %	0 %	40 %	147672486
57	NC_009456	CAAAT	2	10	88472	88481	60 %	20 %	0 %	20 %	147672153
58	NC_009456	AAACC	2	10	88612	88621	60 %	0 %	0 %	40 %	147672153
59	NC_009456	TGTAC	2	10	90443	90452	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009456	AATTG	2	10	90681	90690	40 %	40 %	20 %	0 %	147672088
61	NC_009456	CATGG	2	10	90887	90896	20 %	20 %	40 %	20 %	147672088
62	NC_009456	CTCAG	2	10	91337	91346	20 %	20 %	20 %	40 %	147672088
63	NC_009456	ATCTA	2	10	91406	91415	40 %	40 %	0 %	20 %	147672088
64	NC_009456	CAACT	2	10	91515	91524	40 %	20 %	0 %	40 %	147672075
65	NC_009456	GCATG	2	10	94903	94912	20 %	20 %	40 %	20 %	147672243
66	NC_009456	CAAGC	2	10	95183	95192	40 %	0 %	20 %	40 %	147672243
67	NC_009456	AAACC	2	10	96903	96912	60 %	0 %	0 %	40 %	147672478
68	NC_009456	TGTTC	2	10	96932	96941	0 %	60 %	20 %	20 %	147672478
69	NC_009456	AGGTA	2	10	97517	97526	40 %	20 %	40 %	0 %	147672478
70	NC_009456	GAGAA	2	10	100822	100831	60 %	0 %	40 %	0 %	147671883
71	NC_009456	TGAAT	2	10	101809	101818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009456	AAATG	2	10	102740	102749	60 %	20 %	20 %	0 %	147672016
73	NC_009456	CTCAT	2	10	104350	104359	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_009456	TTGAA	2	10	106940	106949	40 %	40 %	20 %	0 %	147671906
75	NC_009456	GTTGT	2	10	107658	107667	0 %	60 %	40 %	0 %	147671687
76	NC_009456	GCCAA	2	10	109158	109167	40 %	0 %	20 %	40 %	147672116
77	NC_009456	ACCCA	2	10	109228	109237	40 %	0 %	0 %	60 %	147672116
78	NC_009456	TTCAC	2	10	110754	110763	20 %	40 %	0 %	40 %	147672238
79	NC_009456	AGCTC	2	10	111271	111280	20 %	20 %	20 %	40 %	147672238
80	NC_009456	CAACC	2	10	111562	111571	40 %	0 %	0 %	60 %	147672238
81	NC_009456	GAGTG	2	10	112196	112205	20 %	20 %	60 %	0 %	147672238
82	NC_009456	TCATG	2	10	112760	112769	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_009456	AGCTC	2	10	114449	114458	20 %	20 %	20 %	40 %	147672507
84	NC_009456	CTCCG	2	10	115014	115023	0 %	20 %	20 %	60 %	147672507
85	NC_009456	TGAGT	2	10	115454	115463	20 %	40 %	40 %	0 %	147672021
86	NC_009456	AGCTT	2	10	115573	115582	20 %	40 %	20 %	20 %	147672021
87	NC_009456	TAAGC	2	10	116010	116019	40 %	20 %	20 %	20 %	147672021
88	NC_009456	TTTGC	2	10	116947	116956	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009456	TGCAT	2	10	117935	117944	20 %	40 %	20 %	20 %	147671910
90	NC_009456	CGCTT	2	10	118817	118826	0 %	40 %	20 %	40 %	147671910
91	NC_009456	ACAAA	2	10	119899	119908	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_009456	GTCGC	2	10	122670	122679	0 %	20 %	40 %	40 %	147671406
93	NC_009456	TCTTT	2	10	125533	125542	0 %	80 %	0 %	20 %	147671998
94	NC_009456	GGTGG	2	10	125597	125606	0 %	20 %	80 %	0 %	147671998
95	NC_009456	CGGAT	2	10	128379	128388	20 %	20 %	40 %	20 %	147672111
96	NC_009456	CATCT	2	10	132823	132832	20 %	40 %	0 %	40 %	147671643
97	NC_009456	AAACC	2	10	134079	134088	60 %	0 %	0 %	40 %	147671860
98	NC_009456	CCTAA	2	10	135532	135541	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_009456	GCCAC	2	10	136019	136028	20 %	0 %	20 %	60 %	147671504
100	NC_009456	CGCGT	2	10	136275	136284	0 %	20 %	40 %	40 %	147671504
101	NC_009456	GTGAA	2	10	142517	142526	40 %	20 %	40 %	0 %	147672133
102	NC_009456	TACTT	2	10	144510	144519	20 %	60 %	0 %	20 %	147671903
103	NC_009456	AGAGA	2	10	145353	145362	60 %	0 %	40 %	0 %	147671903
104	NC_009456	AGAGC	2	10	145934	145943	40 %	0 %	40 %	20 %	147671903
105	NC_009456	CTGCC	2	10	146578	146587	0 %	20 %	20 %	60 %	147671899
106	NC_009456	GTCAT	2	10	148532	148541	20 %	40 %	20 %	20 %	147672254
107	NC_009456	CAAAG	2	10	149064	149073	60 %	0 %	20 %	20 %	147672060
108	NC_009456	CATCT	2	10	149625	149634	20 %	40 %	0 %	40 %	147671404
109	NC_009456	CACAT	2	10	150189	150198	40 %	20 %	0 %	40 %	147671404
110	NC_009456	GACTG	2	10	153665	153674	20 %	20 %	40 %	20 %	147671555
111	NC_009456	TTTGA	2	10	153907	153916	20 %	60 %	20 %	0 %	147671555
112	NC_009456	CTGAA	2	10	154062	154071	40 %	20 %	20 %	20 %	147672156
113	NC_009456	CAAGC	2	10	154532	154541	40 %	0 %	20 %	40 %	147672156
114	NC_009456	AGCCC	2	10	156128	156137	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_009456	CGCTG	2	10	157129	157138	0 %	20 %	40 %	40 %	147672262
116	NC_009456	CGCTG	2	10	159163	159172	0 %	20 %	40 %	40 %	147672442
117	NC_009456	GCAGA	2	10	159668	159677	40 %	0 %	40 %	20 %	147672442
118	NC_009456	ATTGA	2	10	161057	161066	40 %	40 %	20 %	0 %	147671539
119	NC_009456	AGCGA	2	10	161900	161909	40 %	0 %	40 %	20 %	147671487
120	NC_009456	TACCG	2	10	162347	162356	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_009456	CTATA	2	10	162602	162611	40 %	40 %	0 %	20 %	147671993
122	NC_009456	AGCAG	2	10	162652	162661	40 %	0 %	40 %	20 %	147671993
123	NC_009456	CACGG	2	10	163103	163112	20 %	0 %	40 %	40 %	147672339
124	NC_009456	AAAGC	2	10	164010	164019	60 %	0 %	20 %	20 %	147672219
125	NC_009456	TAACA	2	10	171665	171674	60 %	20 %	0 %	20 %	147671855
126	NC_009456	TTCAT	2	10	171880	171889	20 %	60 %	0 %	20 %	147672012
127	NC_009456	GCACA	2	10	172071	172080	40 %	0 %	20 %	40 %	147672012
128	NC_009456	TTCGA	2	10	172221	172230	20 %	40 %	20 %	20 %	147671709
129	NC_009456	AATTT	2	10	174139	174148	40 %	60 %	0 %	0 %	147672439
130	NC_009456	GCGCT	2	10	175718	175727	0 %	20 %	40 %	40 %	147672457
131	NC_009456	ATCTT	2	10	178467	178476	20 %	60 %	0 %	20 %	147671444
132	NC_009456	CGCAG	2	10	180187	180196	20 %	0 %	40 %	40 %	147672462
133	NC_009456	CAGCA	2	10	181484	181493	40 %	0 %	20 %	40 %	147672233
134	NC_009456	TGATG	2	10	182010	182019	20 %	40 %	40 %	0 %	147671409
135	NC_009456	AGCGT	2	10	182174	182183	20 %	20 %	40 %	20 %	147671409
136	NC_009456	TTGTT	2	10	183567	183576	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009456	GGTCA	2	10	186525	186534	20 %	20 %	40 %	20 %	147671958
138	NC_009456	GGATT	2	10	188508	188517	20 %	40 %	40 %	0 %	147671848
139	NC_009456	GGAGT	2	10	189899	189908	20 %	20 %	60 %	0 %	147672326
140	NC_009456	ACTTT	2	10	194359	194368	20 %	60 %	0 %	20 %	147672036
141	NC_009456	ATGTC	2	10	194933	194942	20 %	40 %	20 %	20 %	147672036
142	NC_009456	TTGGC	2	10	198794	198803	0 %	40 %	40 %	20 %	147671673
143	NC_009456	GTTTG	2	10	199335	199344	0 %	60 %	40 %	0 %	147671673
144	NC_009456	CACAA	2	10	199643	199652	60 %	0 %	0 %	40 %	147671673
145	NC_009456	GCATG	2	10	199674	199683	20 %	20 %	40 %	20 %	147671673
146	NC_009456	GAAGC	2	10	199984	199993	40 %	0 %	40 %	20 %	147671673
147	NC_009456	GCGCA	2	10	200731	200740	20 %	0 %	40 %	40 %	147671673
148	NC_009456	GTATT	2	10	206585	206594	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009456	CAGGG	2	10	208568	208577	20 %	0 %	60 %	20 %	147671701
150	NC_009456	CATCT	2	10	209352	209361	20 %	40 %	0 %	40 %	147671881
151	NC_009456	TATCT	2	10	212054	212063	20 %	60 %	0 %	20 %	147672015
152	NC_009456	CAGCG	2	10	213285	213294	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
153	NC_009456	GGGCG	2	10	213460	213469	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
154	NC_009456	AATCA	2	10	215620	215629	60 %	20 %	0 %	20 %	147672094
155	NC_009456	GGAAT	2	10	218617	218626	40 %	20 %	40 %	0 %	147672207
156	NC_009456	AACTC	2	10	218803	218812	40 %	20 %	0 %	40 %	147672207
157	NC_009456	AAATG	2	10	218903	218912	60 %	20 %	20 %	0 %	147672207
158	NC_009456	AGCGC	2	10	220115	220124	20 %	0 %	40 %	40 %	147671568
159	NC_009456	TGGCT	2	10	222326	222335	0 %	40 %	40 %	20 %	147672533
160	NC_009456	GGCTA	2	10	222624	222633	20 %	20 %	40 %	20 %	147672533
161	NC_009456	AGGTA	2	10	222811	222820	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
162	NC_009456	GGGCA	2	10	225756	225765	20 %	0 %	60 %	20 %	147672234
163	NC_009456	CCAAA	2	10	226633	226642	60 %	0 %	0 %	40 %	147671432
164	NC_009456	TGAGG	2	10	228157	228166	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
165	NC_009456	ACCAG	2	10	229291	229300	40 %	0 %	20 %	40 %	147671594
166	NC_009456	ACCGC	2	10	229930	229939	20 %	0 %	20 %	60 %	147671594
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169	NC_009456	AACGT	2	10	234552	234561	40 %	20 %	20 %	20 %	147672361
170	NC_009456	AGCTG	2	10	239593	239602	20 %	20 %	40 %	20 %	147671631
171	NC_009456	TGCTC	2	10	239845	239854	0 %	40 %	20 %	40 %	147671631
172	NC_009456	CGCAA	2	10	242133	242142	40 %	0 %	20 %	40 %	147672363
173	NC_009456	TGTTT	2	10	242600	242609	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_009456	AATGG	2	10	242689	242698	40 %	20 %	40 %	0 %	147671744
175	NC_009456	TGCGC	2	10	242858	242867	0 %	20 %	40 %	40 %	147671744
176	NC_009456	CAACT	2	10	242966	242975	40 %	20 %	0 %	40 %	147671744
177	NC_009456	AAGGT	2	10	244695	244704	40 %	20 %	40 %	0 %	147671512
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180	NC_009456	CATCT	2	10	247267	247276	20 %	40 %	0 %	40 %	147671441
181	NC_009456	TCATA	2	10	249410	249419	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
182	NC_009456	TGGCA	2	10	250951	250960	20 %	20 %	40 %	20 %	147672466
183	NC_009456	TGCAG	2	10	251929	251938	20 %	20 %	40 %	20 %	147671831
184	NC_009456	GATTT	2	10	252238	252247	20 %	60 %	20 %	0 %	147671831
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186	NC_009456	TGCTT	2	10	254503	254512	0 %	60 %	20 %	20 %	147671975
187	NC_009456	CCATG	2	10	254904	254913	20 %	20 %	20 %	40 %	147671975
188	NC_009456	GAAAA	2	10	255861	255870	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
189	NC_009456	TGCAA	2	10	256400	256409	40 %	20 %	20 %	20 %	147672184
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191	NC_009456	TTCCG	2	10	257530	257539	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
192	NC_009456	AGCTT	2	10	258197	258206	20 %	40 %	20 %	20 %	147672093
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194	NC_009456	CTTAG	2	10	261458	261467	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
195	NC_009456	AAAAT	2	10	261615	261624	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_009456	TTTTC	2	10	261977	261986	0 %	80 %	0 %	20 %	147672283
197	NC_009456	GGTGC	2	10	262278	262287	0 %	20 %	60 %	20 %	147672283
198	NC_009456	CATGC	2	10	263557	263566	20 %	20 %	20 %	40 %	147672380
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201	NC_009456	GGCTT	2	10	268763	268772	0 %	40 %	40 %	20 %	147672218
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211	NC_009456	GCTCG	2	10	296498	296507	0 %	20 %	40 %	40 %	147672187
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215	NC_009456	CTGCG	2	10	300286	300295	0 %	20 %	40 %	40 %	147672343
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229	NC_009456	CGATT	2	10	321551	321560	20 %	40 %	20 %	20 %	147671657
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231	NC_009456	CTCAA	2	10	322143	322152	40 %	20 %	0 %	40 %	147672166
232	NC_009456	TGAAA	2	10	322928	322937	60 %	20 %	20 %	0 %	147672305
233	NC_009456	GTGAA	2	10	324556	324565	40 %	20 %	40 %	0 %	147672430
234	NC_009456	AAGAA	2	10	327305	327314	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
235	NC_009456	AAAAG	2	10	327823	327832	80 %	0 %	20 %	0 %	147672298
236	NC_009456	GCTTT	2	10	330425	330434	0 %	60 %	20 %	20 %	147672454
237	NC_009456	TTTGG	2	10	330577	330586	0 %	60 %	40 %	0 %	147672454
238	NC_009456	TGGTG	2	10	331355	331364	0 %	40 %	60 %	0 %	147671708
239	NC_009456	GTCTC	2	10	331994	332003	0 %	40 %	20 %	40 %	147671455
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241	NC_009456	TTTTC	2	10	333755	333764	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
242	NC_009456	AACCA	2	10	334445	334454	60 %	0 %	0 %	40 %	147672290
243	NC_009456	GCGCC	2	10	342665	342674	0 %	0 %	40 %	60 %	147671793
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247	NC_009456	CGGTG	2	10	348356	348365	0 %	20 %	60 %	20 %	147672177
248	NC_009456	AAAGT	2	10	348522	348531	60 %	20 %	20 %	0 %	147672177
249	NC_009456	TGGAT	2	10	349534	349543	20 %	40 %	40 %	0 %	147672377
250	NC_009456	CGTAC	2	10	351907	351916	20 %	20 %	20 %	40 %	147672423
251	NC_009456	ATTGG	2	10	353410	353419	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
252	NC_009456	GAAAA	2	10	353437	353446	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
253	NC_009456	GCTAA	2	10	353622	353631	40 %	20 %	20 %	20 %	147672260
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255	NC_009456	TCAGT	2	10	357453	357462	20 %	40 %	20 %	20 %	147671602
256	NC_009456	TTGAT	2	10	358819	358828	20 %	60 %	20 %	0 %	147671825
257	NC_009456	ACCTT	2	10	363234	363243	20 %	40 %	0 %	40 %	147672281
258	NC_009456	ACCAT	2	10	363348	363357	40 %	20 %	0 %	40 %	147672281
259	NC_009456	GCAGA	2	10	363683	363692	40 %	0 %	40 %	20 %	147672281
260	NC_009456	CAACG	2	10	364115	364124	40 %	0 %	20 %	40 %	147672281
261	NC_009456	GCTGG	2	10	367047	367056	0 %	20 %	60 %	20 %	147671667
262	NC_009456	TGTGA	2	10	367548	367557	20 %	40 %	40 %	0 %	147671667
263	NC_009456	AAGCT	2	10	368938	368947	40 %	20 %	20 %	20 %	147672435
264	NC_009456	CATTT	2	10	369740	369749	20 %	60 %	0 %	20 %	147671800
265	NC_009456	GCGCA	2	10	370411	370420	20 %	0 %	40 %	40 %	147671490
266	NC_009456	AAGCA	2	10	370645	370654	60 %	0 %	20 %	20 %	147671490
267	NC_009456	CAGAT	2	10	374037	374046	40 %	20 %	20 %	20 %	147671692
268	NC_009456	GCAAG	2	10	374488	374497	40 %	0 %	40 %	20 %	147671692
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