MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae O395 chromosome 1

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009456	ATTAA	2	10	37826	37835	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009456	TGAGC	2	10	38782	38791	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009456	CATTG	2	10	39211	39220	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_009456	AAAAG	2	10	40002	40011	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009456	TAATT	2	10	50421	50430	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009456	TGTAC	2	10	90443	90452	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_009456	TGAAT	2	10	101809	101818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009456	CTCAT	2	10	104350	104359	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_009456	TCATG	2	10	112760	112769	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009456	TTTGC	2	10	116947	116956	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009456	ACAAA	2	10	119899	119908	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_009456	CCTAA	2	10	135532	135541	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_009456	AGCCC	2	10	156128	156137	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_009456	TACCG	2	10	162347	162356	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_009456	TTGTT	2	10	183567	183576	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009456	GTATT	2	10	206585	206594	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009456	CAGCG	2	10	213285	213294	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_009456	GGGCG	2	10	213460	213469	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009456	AGGTA	2	10	222811	222820	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009456	TGAGG	2	10	228157	228166	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009456	TGTTT	2	10	242600	242609	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009456	TCATA	2	10	249410	249419	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009456	GAAAA	2	10	255861	255870	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009456	TTCCG	2	10	257530	257539	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_009456	CTTAG	2	10	261458	261467	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009456	AAAAT	2	10	261615	261624	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009456	TGTTT	2	10	320922	320931	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009456	AAGAA	2	10	327305	327314	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009456	TTTTC	2	10	333755	333764	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_009456	ATTGG	2	10	353410	353419	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009456	GAAAA	2	10	353437	353446	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009456	GTGCT	2	10	387610	387619	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009456	GTGAT	2	10	394424	394433	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009456	TTTTC	2	10	405711	405720	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_009456	TTTCC	2	10	434167	434176	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_009456	TCATT	2	10	437289	437298	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_009456	TTTGT	2	10	440871	440880	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009456	TTTCA	2	10	478701	478710	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009456	AGACA	2	10	487252	487261	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009456	AAGAT	2	10	487266	487275	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009456	TTTCA	2	10	497817	497826	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_009456	GATGT	2	10	501793	501802	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009456	CTTTA	2	10	512029	512038	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_009456	TAAAA	2	10	523753	523762	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009456	TTATG	2	10	526761	526770	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009456	ATAGG	2	10	530846	530855	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009456	TAGGA	2	10	534525	534534	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009456	TGGTT	2	10	545679	545688	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009456	TTTTC	2	10	547418	547427	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009456	AATTA	2	10	560464	560473	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009456	ACTAA	2	10	582135	582144	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_009456	ATAGT	2	10	591197	591206	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009456	TTATT	2	10	594493	594502	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009456	TACCC	2	10	601913	601922	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_009456	AGTGT	2	10	606785	606794	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009456	TCAAA	2	10	623526	623535	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_009456	AAAGA	2	10	646766	646775	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009456	GAAAA	2	10	646780	646789	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009456	TCAGG	2	10	653127	653136	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009456	CATCC	2	10	653238	653247	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_009456	CTTTT	2	10	662646	662655	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009456	AATTG	2	10	668556	668565	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009456	CTGAC	2	10	681962	681971	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_009456	AAATG	2	10	690836	690845	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009456	CAAAA	2	10	758853	758862	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009456	TGTGA	2	10	759915	759924	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009456	CAACT	2	10	773514	773523	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_009456	TACTT	2	10	782072	782081	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009456	CCATT	2	10	791979	791988	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_009456	GTCTT	2	10	796385	796394	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_009456	AATTT	2	10	814198	814207	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009456	GTTAG	2	10	814963	814972	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009456	TACCC	2	10	818446	818455	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
74	NC_009456	GGTAA	2	10	818785	818794	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009456	AAGCG	2	10	820191	820200	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_009456	GTGAG	2	10	820232	820241	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009456	AAGCG	2	10	820511	820520	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_009456	GTTAC	2	10	820799	820808	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_009456	TTGGT	2	10	820836	820845	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009456	GAACA	2	10	821741	821750	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_009456	AAGGA	2	10	825009	825018	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009456	GTGTG	2	10	827753	827762	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009456	TTAAT	2	10	834734	834743	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009456	AGCTA	2	10	840059	840068	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_009456	TGAAG	2	10	847821	847830	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009456	TTATT	2	10	866407	866416	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009456	TTCCA	2	10	870479	870488	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_009456	AGCGA	2	10	870595	870604	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009456	TCGAG	2	10	882832	882841	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_009456	ACGCA	2	10	893345	893354	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_009456	GCAAT	2	10	896254	896263	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_009456	AATCA	2	10	911971	911980	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_009456	CTAAA	2	10	916796	916805	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_009456	AATTT	2	10	934059	934068	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009456	AATGA	2	10	941122	941131	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009456	ATTAA	2	10	941226	941235	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009456	CAAAA	2	10	946319	946328	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_009456	TTTAT	2	10	978685	978694	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009456	TGAGT	2	10	988649	988658	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009456	TAATT	2	10	989094	989103	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009456	AGGAA	2	10	1001360	1001369	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009456	GCCCA	2	10	1033974	1033983	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_009456	ACACT	2	10	1059008	1059017	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_009456	GTCCT	2	10	1064502	1064511	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.