MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis 98HAH33

Total Repeats: 292

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009443	ACAAA	2	10	16912	16921	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009443	TCGTG	2	10	18044	18053	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009443	GTTAA	2	10	18923	18932	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009443	ATTAT	2	10	22856	22865	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009443	ATATT	2	10	23405	23414	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009443	TTTAT	2	10	24436	24445	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009443	TTTTG	2	10	55283	55292	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009443	TTAAG	2	10	58293	58302	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009443	GTTTT	2	10	65342	65351	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009443	TTATG	2	10	71429	71438	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009443	AAGGA	2	10	78176	78185	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009443	TAAGA	2	10	78933	78942	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009443	TAGTC	2	10	84506	84515	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_009443	TTTTA	2	10	87276	87285	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009443	ACAAA	2	10	87611	87620	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_009443	TCGTG	2	10	88743	88752	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009443	GTTAA	2	10	89622	89631	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009443	TTAAT	2	10	93334	93343	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009443	CTTTC	2	10	95195	95204	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_009443	CGCTC	2	10	96957	96966	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_009443	AATAT	2	10	98507	98516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009443	TTTTG	2	10	99879	99888	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009443	GTCTG	2	10	118901	118910	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_009443	CATGA	2	10	128822	128831	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009443	GAAAG	2	10	130261	130270	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009443	CTATA	2	10	133179	133188	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009443	GAAGC	2	10	136901	136910	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009443	TTAAG	2	10	142475	142484	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009443	GTAAA	2	10	143957	143966	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009443	GAAAA	2	10	145935	145944	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009443	CTATT	2	10	145961	145970	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_009443	ATAAA	2	10	148514	148523	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009443	AATTG	2	10	162028	162037	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009443	TGTCT	2	10	169685	169694	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_009443	CATTG	2	10	171797	171806	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_009443	CAAAT	2	10	178268	178277	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_009443	TATAA	2	10	180717	180726	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009443	TTGAT	2	10	183855	183864	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009443	TATTG	2	10	191116	191125	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009443	AAACG	2	10	195548	195557	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_009443	AAGTT	2	10	204927	204936	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009443	ATTTT	2	10	207673	207682	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009443	TTGAT	2	10	216285	216294	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009443	ATTTA	2	10	216469	216478	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009443	ATAAA	2	10	231053	231062	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009443	TAAAA	2	10	235938	235947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009443	AATTT	2	10	240688	240697	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009443	GGAAT	2	10	241938	241947	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009443	TCCTT	2	10	252182	252191	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_009443	TCTGC	2	10	255435	255444	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_009443	TTTAG	2	10	260255	260264	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009443	GTAAA	2	10	263497	263506	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009443	TTTTA	2	10	264971	264980	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009443	CAAAA	2	10	266391	266400	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009443	AAATA	2	10	266438	266447	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009443	TAGAA	2	10	269543	269552	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009443	TTAAA	2	10	271121	271130	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009443	GCCTA	2	10	292949	292958	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_009443	GAAAG	2	10	293134	293143	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009443	TTGGT	2	10	311969	311978	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009443	TAAAA	2	10	318162	318171	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009443	TAGAA	2	10	324410	324419	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009443	ACAAA	2	10	326483	326492	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009443	TCGTG	2	10	327615	327624	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_009443	GTTAA	2	10	328494	328503	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009443	TTTTC	2	10	331837	331846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_009443	CATTA	2	10	352458	352467	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_009443	TTGAT	2	10	354239	354248	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009443	AACAT	2	10	372518	372527	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009443	TATTT	2	10	379587	379596	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009443	TTCAG	2	10	387522	387531	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009443	ATCTT	2	10	392927	392936	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_009443	TTGGG	2	10	402612	402621	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009443	ACAAA	2	10	420544	420553	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_009443	TCGTG	2	10	421676	421685	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_009443	GTTAA	2	10	422559	422568	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009443	GTTGA	2	10	423196	423205	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009443	TTGAG	2	10	426851	426860	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009443	AGAAA	2	10	429836	429845	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009443	TGAAA	2	10	436586	436595	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009443	GATTT	2	10	436664	436673	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009443	CTGTT	2	10	449217	449226	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_009443	TTAAA	2	10	453464	453473	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009443	ACATT	2	10	460065	460074	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_009443	AGAAA	2	10	470307	470316	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009443	AAAGT	2	10	479340	479349	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009443	TAGAA	2	10	484827	484836	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009443	TTATT	2	10	484943	484952	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009443	TATAC	2	10	485007	485016	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_009443	TTGAT	2	10	485250	485259	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009443	GTAAT	2	10	485690	485699	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009443	TTGGT	2	10	485937	485946	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009443	ATATT	2	10	485970	485979	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009443	ATTAT	2	10	493136	493145	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009443	GCGGA	2	10	498062	498071	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_009443	ATAAA	2	10	499677	499686	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009443	ATAGG	2	10	502943	502952	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009443	AGTAT	2	10	505622	505631	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009443	ATAAA	2	10	513369	513378	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009443	ATATG	2	10	520759	520768	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009443	TCTTA	2	10	523759	523768	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_009443	CGTAT	2	10	533561	533570	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_009443	TAGAC	2	10	536018	536027	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_009443	TAGAC	2	10	536096	536105	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_009443	AGCAA	2	10	562885	562894	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_009443	TATGC	2	10	565717	565726	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009443	TCACC	2	10	566567	566576	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
108	NC_009443	GAAGT	2	10	569557	569566	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009443	GAAAA	2	10	575962	575971	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009443	TTGAG	2	10	579062	579071	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009443	AGAAA	2	10	580882	580891	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009443	TTTAA	2	10	633026	633035	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009443	AAGTG	2	10	642581	642590	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009443	AGCTA	2	10	645551	645560	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_009443	AAAAT	2	10	654918	654927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009443	TAGAA	2	10	658612	658621	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009443	GCAAA	2	10	658827	658836	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_009443	GAAAA	2	10	667181	667190	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009443	TAGAA	2	10	683687	683696	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009443	ATGAT	2	10	687121	687130	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009443	TAGAA	2	10	700236	700245	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009443	TCCTT	2	10	705657	705666	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_009443	GAGGG	2	10	716637	716646	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009443	ATTTA	2	10	721190	721199	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009443	TTGGA	2	10	723362	723371	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009443	AATTA	2	10	732190	732199	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009443	CTCTT	2	10	753167	753176	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_009443	TTTCC	2	10	755282	755291	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_009443	TTATA	2	10	755397	755406	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009443	GAGTA	2	10	761355	761364	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009443	GCTTA	2	10	763559	763568	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009443	CTTAT	2	10	767640	767649	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_009443	GATTT	2	10	767705	767714	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009443	CTTAT	2	10	769079	769088	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009443	GATTT	2	10	769144	769153	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009443	CATTC	2	10	781811	781820	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_009443	TAAAA	2	10	798414	798423	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009443	AAATG	2	10	821488	821497	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009443	GAAAA	2	10	828601	828610	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009443	AATTG	2	10	838451	838460	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009443	ACATT	2	10	840365	840374	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_009443	GAGAA	2	10	853576	853585	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009443	TGAAA	2	10	871729	871738	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009443	AATTC	2	10	881123	881132	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_009443	CATTT	2	10	883475	883484	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_009443	TATAA	2	10	883576	883585	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009443	AAATT	2	10	883924	883933	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009443	TTGTT	2	10	884021	884030	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_009443	TATCA	2	10	2051778	2051787	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
289	NC_009443	CTTTT	2	10	2055574	2055583	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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291	NC_009443	TAAAA	2	10	2091983	2091992	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_009443	GATTT	2	10	2093406	2093415	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.