MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis 05ZYH33 chromosome

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009442	TGGAAG	2	12	21765	21776	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009442	AGTCTA	2	12	52239	52250	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_009442	CAAATT	2	12	78858	78869	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009442	TGGAAG	2	12	92555	92566	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009442	TTCGGG	2	12	93492	93503	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_009442	TAAGAT	2	12	136954	136965	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009442	ATACTC	2	12	139548	139559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009442	ACTAAG	2	12	150826	150837	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_009442	GTTTGA	2	12	169035	169046	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009442	ATTTTT	2	12	172757	172768	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009442	CTATAC	2	12	176993	177004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_009442	TGATTT	2	12	184145	184156	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009442	ATCTGC	2	12	216463	216474	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009442	AAAATT	2	12	218074	218085	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009442	TTTTTC	2	12	255549	255560	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_009442	TAGAAA	2	12	286672	286683	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009442	TAGCCG	2	12	286711	286722	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_009442	TAAAAA	2	12	324218	324229	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009442	TGGAAG	2	12	331482	331493	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009442	ATCTGC	2	12	354391	354402	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009442	TAGCAG	2	12	388997	389008	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009442	AAACTA	2	12	411868	411879	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_009442	TGGAAG	2	12	425535	425546	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009442	CAAAAT	2	12	427035	427046	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_009442	ATTGTA	2	12	429403	429414	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009442	TTCAAC	2	12	443079	443090	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_009442	TAAAAA	2	12	445572	445583	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009442	TGTATT	2	12	449393	449404	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009442	AAAATC	2	12	485367	485378	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_009442	ATCTGC	2	12	485415	485426	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_009442	ACCTAT	2	12	494267	494278	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009442	AATATA	2	12	529936	529947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009442	TAGAAA	2	12	541362	541373	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009442	TTTTCC	2	12	549217	549228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009442	GACTGA	2	12	574703	574714	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_009442	TGGAGT	2	12	578212	578223	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009442	AAGGAA	2	12	592505	592516	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009442	GTTTTT	2	12	603328	603339	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009442	ATTTTT	2	12	619852	619863	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009442	AACAAT	2	12	642103	642114	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_009442	AGGATG	2	12	642122	642133	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009442	AGCGGA	2	12	657730	657741	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_009442	TCCAAG	2	12	745138	745149	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_009442	CTTGCA	2	12	753419	753430	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_009442	TTCGGG	2	12	753807	753818	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009442	CTCATT	2	12	789194	789205	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009442	TCCCAC	2	12	830985	830996	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_009442	TGACAA	2	12	837762	837773	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_009442	TGATTT	2	12	852861	852872	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009442	TTTATT	2	12	853137	853148	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009442	TATCAT	2	12	874582	874593	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_009442	TAAATC	2	12	875633	875644	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_009442	ATTTTT	2	12	881648	881659	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009442	AATTGA	2	12	906957	906968	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009442	CAATAA	2	12	918026	918037	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_009442	AGAATA	2	12	919040	919051	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009442	GCTACT	2	12	1067326	1067337	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_009442	ATAAAG	2	12	1082580	1082591	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009442	TATCGC	2	12	1087265	1087276	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009442	AAGGGT	2	12	1122941	1122952	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009442	TGATTT	2	12	1139834	1139845	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009442	AACATT	2	12	1172039	1172050	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_009442	TTTTTA	2	12	1178150	1178161	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009442	GCAGAT	2	12	1195067	1195078	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009442	TGATTT	2	12	1195114	1195125	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009442	TGATTT	2	12	1199540	1199551	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009442	AAATAT	2	12	1202041	1202052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009442	GCAGAT	2	12	1208903	1208914	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009442	TGATTT	2	12	1208950	1208961	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009442	TTACAT	2	12	1215133	1215144	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_009442	TACCTG	2	12	1234244	1234255	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009442	CGAATC	2	12	1263581	1263592	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009442	TGATTT	2	12	1274241	1274252	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009442	CTTTAA	2	12	1369182	1369193	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009442	ACTTTT	2	12	1370517	1370528	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_009442	CATCCC	2	12	1396204	1396215	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_009442	ATCAGA	2	12	1415282	1415293	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_009442	GCAGAT	2	12	1415303	1415314	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_009442	CCATCG	2	12	1426939	1426950	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_009442	TATCAA	2	12	1438985	1438996	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_009442	CGTATG	2	12	1471841	1471852	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_009442	AAAATC	2	12	1500107	1500118	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009442	ATCTGC	2	12	1500155	1500166	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_009442	ATAAAA	2	12	1513447	1513458	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009442	AACACT	2	12	1549009	1549020	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_009442	ATTTAT	2	12	1575531	1575542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009442	TGATTT	2	12	1581959	1581970	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009442	AAAATC	2	12	1591930	1591941	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_009442	CAAAAT	2	12	1592576	1592587	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_009442	ATAAAA	2	12	1597893	1597904	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009442	TGATTT	2	12	1599661	1599672	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009442	TCCCAG	2	12	1615980	1615991	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_009442	TGATTT	2	12	1660974	1660985	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009442	AAAATC	2	12	1697796	1697807	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009442	ACGCAA	2	12	1778833	1778844	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_009442	GATACA	2	12	1779936	1779947	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_009442	TTGTGC	2	12	1793439	1793450	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009442	GGAAAA	2	12	1796517	1796528	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009442	AATAGA	2	12	1798395	1798406	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009442	AAGAAA	2	12	1848317	1848328	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009442	CTCCAC	2	12	1874488	1874499	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_009442	GAAAGC	2	12	1882252	1882263	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_009442	TAGAAA	2	12	1885879	1885890	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009442	TGATTT	2	12	1904601	1904612	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009442	TTTATT	2	12	1933464	1933475	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009442	TAGTGT	2	12	1973758	1973769	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009442	TAAGAT	2	12	1989667	1989678	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009442	GCAGAT	2	12	2000258	2000269	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_009442	ATTTAT	2	12	2016641	2016652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009442	ATTTTT	2	12	2019689	2019700	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009442	TCATTT	2	12	2022614	2022625	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_009442	CTTTCT	2	12	2027774	2027785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_009442	AAAATC	2	12	2052549	2052560	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_009442	GTATTA	2	12	2061438	2061449	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.