MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis 05ZYH33 chromosome

Total Repeats: 286

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009442	CAAAC	2	10	16869	16878	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_009442	ACAAA	2	10	16915	16924	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_009442	TCGTG	2	10	18047	18056	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_009442	GTTAA	2	10	18926	18935	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009442	ATTAT	2	10	22861	22870	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009442	ATATT	2	10	23410	23419	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009442	TTTAT	2	10	24441	24450	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009442	TTTTG	2	10	55288	55297	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009442	TTAAG	2	10	58297	58306	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009442	GTTTT	2	10	65347	65356	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009442	TTATG	2	10	71434	71443	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009442	AAGGA	2	10	78179	78188	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009442	TAAGA	2	10	78937	78946	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009442	TAGTC	2	10	84510	84519	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_009442	TTTTA	2	10	87280	87289	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009442	ACAAA	2	10	87704	87713	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009442	TCGTG	2	10	88836	88845	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_009442	GTTAA	2	10	89715	89724	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009442	TTAAT	2	10	93425	93434	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009442	CTTTC	2	10	95284	95293	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_009442	CGCTC	2	10	97046	97055	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_009442	AATAT	2	10	98596	98605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009442	TTTTG	2	10	99968	99977	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009442	GTCTG	2	10	118995	119004	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009442	CATGA	2	10	128919	128928	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009442	GAAAG	2	10	130358	130367	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009442	CTATA	2	10	133276	133285	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009442	GAAGC	2	10	137000	137009	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009442	TTAAG	2	10	142575	142584	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009442	GTAAA	2	10	144055	144064	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009442	GAAAA	2	10	146033	146042	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009442	CTATT	2	10	146059	146068	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009442	ATAAA	2	10	148610	148619	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009442	AATTG	2	10	162126	162135	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009442	CATTG	2	10	171936	171945	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_009442	CAAAT	2	10	178407	178416	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_009442	TATAA	2	10	180857	180866	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009442	TTGAT	2	10	183995	184004	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009442	TATTG	2	10	191256	191265	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009442	AAACG	2	10	195701	195710	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_009442	AAGTT	2	10	205082	205091	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009442	ATTTT	2	10	207828	207837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009442	TTGAT	2	10	216440	216449	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009442	ATTTA	2	10	216624	216633	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009442	ATAAA	2	10	231209	231218	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009442	TAAAA	2	10	236094	236103	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009442	AATTT	2	10	240841	240850	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009442	GGAAT	2	10	242091	242100	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009442	TCTGC	2	10	255586	255595	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_009442	TTTAG	2	10	260401	260410	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009442	GTAAA	2	10	263643	263652	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009442	TTTTA	2	10	265117	265126	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009442	CCAAA	2	10	266537	266546	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_009442	AATTA	2	10	266585	266594	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009442	TAGAA	2	10	269689	269698	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009442	TTAAA	2	10	271268	271277	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009442	GCCTA	2	10	293095	293104	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_009442	GAAAG	2	10	293280	293289	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009442	TTGGT	2	10	312114	312123	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009442	TAGAA	2	10	324559	324568	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009442	ACAAA	2	10	326639	326648	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009442	TCGTG	2	10	327771	327780	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009442	GTTAA	2	10	328644	328653	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009442	TTTTC	2	10	331984	331993	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_009442	TATAG	2	10	340087	340096	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009442	CATTA	2	10	352586	352595	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_009442	TTGAT	2	10	354368	354377	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009442	AATCC	2	10	365198	365207	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_009442	AACAT	2	10	372652	372661	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009442	TATTT	2	10	379726	379735	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009442	ACCAA	2	10	383061	383070	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_009442	TTCAG	2	10	387663	387672	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_009442	ATCTT	2	10	393068	393077	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_009442	TTGGG	2	10	402752	402761	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009442	ACAAA	2	10	420686	420695	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_009442	TCGTG	2	10	421818	421827	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_009442	GTTAA	2	10	422697	422706	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009442	TTGAG	2	10	426984	426993	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009442	AGAAA	2	10	429969	429978	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009442	TGAAA	2	10	436719	436728	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009442	GATTT	2	10	436797	436806	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009442	AAAAT	2	10	442998	443007	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009442	CTGTT	2	10	449359	449368	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_009442	TTAAA	2	10	453607	453616	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009442	AGAAA	2	10	470449	470458	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009442	AAAGT	2	10	479482	479491	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009442	TAGAA	2	10	484969	484978	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009442	TTATT	2	10	485085	485094	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009442	TATAC	2	10	485149	485158	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_009442	TTGAT	2	10	485392	485401	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009442	GTAAT	2	10	485832	485841	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009442	TTGGT	2	10	486078	486087	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009442	ATATT	2	10	486111	486120	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009442	ATTAT	2	10	493277	493286	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009442	ATAAA	2	10	499820	499829	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009442	ATAGG	2	10	503088	503097	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009442	AGTAT	2	10	505767	505776	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009442	ATAAA	2	10	513514	513523	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009442	ATATG	2	10	520902	520911	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009442	TCTTA	2	10	523904	523913	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_009442	CGTAT	2	10	533699	533708	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_009442	TAGAC	2	10	536156	536165	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_009442	TAGAC	2	10	536234	536243	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_009442	AGCAA	2	10	563022	563031	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_009442	TATGC	2	10	565854	565863	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_009442	TCACC	2	10	566704	566713	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
107	NC_009442	GAAGT	2	10	569693	569702	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009442	GAAAA	2	10	576098	576107	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009442	TTGAG	2	10	579198	579207	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009442	AGAAA	2	10	581018	581027	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009442	TGGAT	2	10	591464	591473	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009442	CCAAG	2	10	592734	592743	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_009442	TTTAA	2	10	633165	633174	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009442	AAGTG	2	10	642726	642735	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009442	AGCTA	2	10	645694	645703	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_009442	AAAAT	2	10	655059	655068	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009442	TAGAA	2	10	658754	658763	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009442	GCAAA	2	10	658969	658978	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_009442	GAAAA	2	10	667452	667461	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009442	TAGAA	2	10	683953	683962	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009442	ATGAT	2	10	687385	687394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009442	TAGAA	2	10	700503	700512	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009442	TCCTT	2	10	705922	705931	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_009442	ATTTA	2	10	721458	721467	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009442	TTGGA	2	10	723630	723639	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009442	AATTA	2	10	732457	732466	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009442	CCAAA	2	10	752606	752615	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_009442	CTCTT	2	10	753433	753442	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_009442	TTTCC	2	10	755545	755554	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_009442	TTATA	2	10	755660	755669	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009442	GAGTA	2	10	761618	761627	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009442	CTTAT	2	10	767905	767914	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_009442	GATTT	2	10	767970	767979	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009442	CTTAT	2	10	769344	769353	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009442	GATTT	2	10	769409	769418	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009442	CATTC	2	10	782076	782085	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_009442	TAAAA	2	10	798686	798695	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009442	AGCAG	2	10	816231	816240	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_009442	AAATG	2	10	821773	821782	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009442	AATTG	2	10	838740	838749	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009442	ACATT	2	10	840654	840663	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_009442	GAGAA	2	10	853859	853868	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009442	TGAAA	2	10	872008	872017	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009442	CATTT	2	10	883768	883777	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_009442	TATAA	2	10	883869	883878	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009442	AAATT	2	10	884217	884226	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009442	TTGTT	2	10	884314	884323	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009442	TCCTT	2	10	889652	889661	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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157	NC_009442	TTTTA	2	10	933085	933094	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_009442	CTTTT	2	10	2056214	2056223	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_009442	TCGCT	2	10	2087835	2087844	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
286	NC_009442	TAAAA	2	10	2092636	2092645	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.