MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Metallosphaera sedula DSM 5348 chromosome

Total Repeats: 653

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_009440	GATA	2	8	1545478	1545485	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
502	NC_009440	TAAA	2	8	1558274	1558281	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
503	NC_009440	AATA	2	8	1558291	1558298	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
504	NC_009440	AAGA	2	8	1560479	1560486	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
505	NC_009440	AAGG	2	8	1562421	1562428	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
506	NC_009440	ATTT	2	8	1567459	1567466	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
507	NC_009440	ATGT	2	8	1598541	1598548	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
508	NC_009440	AGCC	2	8	1598674	1598681	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
509	NC_009440	GAAA	2	8	1598887	1598894	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
510	NC_009440	TATG	2	8	1610024	1610031	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
511	NC_009440	TTTA	2	8	1611580	1611587	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
512	NC_009440	CTTT	2	8	1614389	1614396	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
513	NC_009440	GTTA	2	8	1614431	1614438	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
514	NC_009440	TAAA	3	12	1614818	1614829	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
515	NC_009440	ATTT	2	8	1616943	1616950	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
516	NC_009440	AAGG	2	8	1632111	1632118	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
517	NC_009440	TACA	2	8	1637195	1637202	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
518	NC_009440	AAAC	2	8	1637234	1637241	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
519	NC_009440	ACTA	2	8	1646075	1646082	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
520	NC_009440	CTTC	2	8	1653348	1653355	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
521	NC_009440	TGAG	2	8	1662395	1662402	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
522	NC_009440	GTTG	2	8	1665557	1665564	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
523	NC_009440	ATCT	2	8	1669483	1669490	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
524	NC_009440	TTAG	2	8	1676723	1676730	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
525	NC_009440	AAAT	2	8	1676738	1676745	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
526	NC_009440	TAAA	2	8	1679147	1679154	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
527	NC_009440	CTTA	2	8	1692898	1692905	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
528	NC_009440	GTCA	2	8	1698684	1698691	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
529	NC_009440	GATC	2	8	1704392	1704399	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
530	NC_009440	ATCT	2	8	1704713	1704720	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
531	NC_009440	CGAG	2	8	1706329	1706336	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
532	NC_009440	CCTG	2	8	1707073	1707080	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
533	NC_009440	TCCC	2	8	1708388	1708395	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
534	NC_009440	CGGT	2	8	1708948	1708955	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
535	NC_009440	GCCC	2	8	1709631	1709638	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
536	NC_009440	AAAG	2	8	1711437	1711444	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
537	NC_009440	AGGG	2	8	1711513	1711520	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
538	NC_009440	AAGG	2	8	1711523	1711530	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
539	NC_009440	TCAT	2	8	1722887	1722894	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
540	NC_009440	TCAA	2	8	1725020	1725027	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
541	NC_009440	AGAA	2	8	1737750	1737757	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
542	NC_009440	GAAG	2	8	1740190	1740197	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
543	NC_009440	TCCT	2	8	1740380	1740387	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
544	NC_009440	TTGT	2	8	1744475	1744482	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
545	NC_009440	CCTT	2	8	1748636	1748643	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
546	NC_009440	AATA	2	8	1749991	1749998	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
547	NC_009440	ACTA	2	8	1754605	1754612	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
548	NC_009440	CCTT	2	8	1754917	1754924	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
549	NC_009440	TAAA	2	8	1756154	1756161	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
550	NC_009440	ATTT	2	8	1762971	1762978	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
551	NC_009440	ATCT	2	8	1764657	1764664	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
552	NC_009440	AAAT	2	8	1764682	1764689	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
553	NC_009440	TTTC	2	8	1764818	1764825	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
554	NC_009440	ATGA	2	8	1764833	1764840	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
555	NC_009440	GAGC	2	8	1764844	1764851	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
556	NC_009440	AATT	2	8	1764894	1764901	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
557	NC_009440	CTTA	2	8	1765786	1765793	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
558	NC_009440	AAGT	2	8	1770994	1771001	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
559	NC_009440	CTAT	2	8	1771211	1771218	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
560	NC_009440	TCAC	2	8	1771283	1771290	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
561	NC_009440	TCGA	2	8	1771481	1771488	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
562	NC_009440	ATCC	2	8	1773074	1773081	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
563	NC_009440	ATTT	2	8	1773189	1773196	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
564	NC_009440	TTCA	2	8	1774264	1774271	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
565	NC_009440	GGTA	2	8	1774663	1774670	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
566	NC_009440	AGGA	2	8	1775100	1775107	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
567	NC_009440	ATTC	2	8	1775234	1775241	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
568	NC_009440	GGTA	2	8	1776567	1776574	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
569	NC_009440	AGGA	2	8	1776988	1776995	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
570	NC_009440	GAAA	2	8	1777454	1777461	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
571	NC_009440	AAGT	2	8	1777521	1777528	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
572	NC_009440	ATAC	2	8	1779898	1779905	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
573	NC_009440	TAGT	2	8	1781519	1781526	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
574	NC_009440	GCAG	2	8	1781907	1781914	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
575	NC_009440	CCAC	2	8	1782295	1782302	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
576	NC_009440	CCTT	2	8	1782399	1782406	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
577	NC_009440	GTTA	2	8	1782568	1782575	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
578	NC_009440	GATG	2	8	1783047	1783054	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
579	NC_009440	TGGT	2	8	1783248	1783255	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
580	NC_009440	ATTA	2	8	1783316	1783323	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
581	NC_009440	TATT	2	8	1783490	1783497	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
582	NC_009440	GAAA	2	8	1783524	1783531	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
583	NC_009440	ACTT	2	8	1783539	1783546	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
584	NC_009440	ATAA	2	8	1783919	1783926	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
585	NC_009440	AATT	2	8	1784178	1784185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
586	NC_009440	CCTC	2	8	1784648	1784655	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
587	NC_009440	AAGA	2	8	1784882	1784889	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
588	NC_009440	AGCT	2	8	1784934	1784941	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
589	NC_009440	TTCT	2	8	1785017	1785024	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
590	NC_009440	AAAT	2	8	1785081	1785088	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
591	NC_009440	TCTA	2	8	1785174	1785181	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
592	NC_009440	ATTT	2	8	1785352	1785359	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
593	NC_009440	ATTC	2	8	1785542	1785549	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
594	NC_009440	TTGC	2	8	1785827	1785834	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
595	NC_009440	TACC	2	8	1786170	1786177	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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599	NC_009440	TCTA	2	8	1790808	1790815	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
600	NC_009440	AGTT	2	8	1793850	1793857	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
601	NC_009440	CCCT	2	8	1794642	1794649	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
602	NC_009440	GATG	2	8	1795046	1795053	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
603	NC_009440	CAAA	2	8	1795452	1795459	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
604	NC_009440	ATGT	2	8	1795679	1795686	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
605	NC_009440	AAGA	2	8	1796057	1796064	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
606	NC_009440	ATGG	2	8	1796454	1796461	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
607	NC_009440	TCGT	2	8	1800168	1800175	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
608	NC_009440	TCAA	2	8	1800516	1800523	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
609	NC_009440	ACGG	2	8	1806970	1806977	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
610	NC_009440	TATT	2	8	1807167	1807174	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
611	NC_009440	GATA	2	8	1826068	1826075	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
612	NC_009440	AAAT	2	8	1826269	1826276	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
613	NC_009440	ACAA	2	8	1831418	1831425	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
614	NC_009440	ATGG	2	8	1834583	1834590	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
615	NC_009440	AAGT	2	8	1834773	1834780	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
616	NC_009440	ATTT	2	8	1835428	1835435	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
617	NC_009440	AGAT	2	8	1838795	1838802	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
618	NC_009440	TCTA	2	8	1839661	1839668	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
619	NC_009440	ACGG	2	8	1853459	1853466	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
620	NC_009440	AGGG	2	8	1908772	1908779	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
621	NC_009440	TAGG	2	8	1920681	1920688	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
622	NC_009440	AGAA	2	8	1932911	1932918	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
623	NC_009440	ATGG	2	8	1944442	1944449	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
624	NC_009440	CTAG	2	8	1953301	1953308	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
625	NC_009440	GCCA	2	8	1953524	1953531	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
626	NC_009440	ATAG	2	8	1956070	1956077	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
627	NC_009440	ATTA	2	8	1960121	1960128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
628	NC_009440	TTCA	2	8	2045975	2045982	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
629	NC_009440	TTTC	2	8	2045988	2045995	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
630	NC_009440	AGGA	2	8	2052054	2052061	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
631	NC_009440	TGAT	2	8	2052498	2052505	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
632	NC_009440	GGAC	2	8	2052593	2052600	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
633	NC_009440	TAAA	2	8	2052967	2052974	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
634	NC_009440	CCTC	2	8	2077259	2077266	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
635	NC_009440	CGAC	2	8	2077415	2077422	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
636	NC_009440	ATCT	2	8	2077449	2077456	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
637	NC_009440	GGCA	2	8	2079438	2079445	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
638	NC_009440	GGGC	2	8	2109444	2109451	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
639	NC_009440	GGGA	2	8	2109720	2109727	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
640	NC_009440	AGGG	2	8	2109782	2109789	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
641	NC_009440	GAGG	2	8	2109818	2109825	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
642	NC_009440	AGGA	2	8	2110003	2110010	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
643	NC_009440	CTCC	2	8	2110361	2110368	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
644	NC_009440	CCTG	2	8	2110601	2110608	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
645	NC_009440	TGAT	2	8	2112337	2112344	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
646	NC_009440	GTAC	2	8	2120842	2120849	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
647	NC_009440	GATT	2	8	2160203	2160210	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
648	NC_009440	ATTT	2	8	2163407	2163414	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
649	NC_009440	TTAT	2	8	2170244	2170251	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
650	NC_009440	AAGG	2	8	2186626	2186633	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
651	NC_009440	GAGG	2	8	2186655	2186662	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
652	NC_009440	TATT	2	8	2189695	2189702	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
653	NC_009440	CCGG	2	8	2191230	2191237	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.